平定准噶尔叛乱的战争是清朝前期在巩固多民族国家中历时最长、影响最大的一场斗争，历时68年之久，直接关系到蒙古、西藏、新疆、青海等地的安定和统一，意义十分重大。
明清之际，我国西北地区蒙古族分为漠南、漠北喀尔喀和漠西厄鲁特三大部，其中漠南蒙古又称内蒙古，皇太极时已归附清。清政府给他们以显贵的封爵，并与之通婚。他们已是清巩固全国统治的得力助手。漠北喀尔喀又称外蒙古（明称鞑靼），其内部又分三部，均与清保持通贡关系。漠西厄鲁特（明称瓦剌）下分为准噶尔等四部，首领也向清廷奉表入贡。
康熙初年，属于漠西厄鲁特蒙古的准噶尔部逐渐强大，经常劫掠奴役他族。首领噶尔丹野心勃勃，相继吞并厄鲁特其他三部，占领了天山南路的各回城，继而把矛头指向了漠北喀尔喀部。这时俄罗斯已在喀尔喀建立了军事据点，噶尔丹跟俄罗斯勾结，向喀尔喀的土谢图部进攻。喀尔喀各部风俗、习惯、宗教都与满族相似，于是决定归附清朝，康熙把科尔沁牧场拨给他们放牧。康熙二十九年（1690），噶尔丹以追击土谢图为名进攻内蒙古，俘掠人口，抢劫牲畜。由于有沙俄的支持，他公然叫嚣独立，妄图统治中国北部，与清廷抗衡。为了保卫边疆安宁，反抗沙俄侵略，康熙帝决定亲征准噶尔。
1690年、1695年和1697年，康熙帝率清兵在乌兰布通、昭莫多等地与噶尔丹进行了激烈战斗，大败噶尔丹。噶尔丹在蒙古各部中十分孤立，他走投无路，饮药自尽。喀尔喀部蒙古遂得以重返故地。雍、乾时期，清政府加强了与外蒙的联系。噶尔丹死后，他的侄子策妄阿拉布坦又在北疆纠集准噶尔余部，继续和清廷为敌。他不仅控制了天山南北路地区，还在1717年率兵攻人西藏，策动西藏叛乱。1718年，康熙遣军入藏，又一次大败准噶尔军，安定了西藏。
但是，准噶尔残部叛乱仍未平息。康熙1722年逝世后，雍正、乾隆继续进行平定准噶尔的战争。雍正年间，青海的封建主在策妄阿拉布坦的煽动下发生叛乱，清军在柴达木大败之，并在青海设立土司，加强了对青海各族的统治。乾隆时期，准噶尔在外蒙古、西藏、青海等地的势力已基本被肃清。1755年，策妄阿拉布坦的外甥率领本已降清的准部复叛。乾隆派兵攻打，准噶尔叛军全线溃败，首领连夜投奔沙俄，不久就患天花死去。准噶尔叛乱终于被平定，原属准噶尔的蒙古唐努乌梁海地区也并入了清的版图。
准噶尔部上层贵族长期与清廷为敌，并勾结俄罗斯煽动西北各地叛乱，平定准噶尔成为清完成全国统一的关键。这场斗争的胜利，使清在西北地区的统治得到巩固和加强，有利于对边疆地区的统辖和开发，并确保国家的主权和领土完整不受侵犯，巩固了统一多民族国家。