（一）生态补偿的原则
1、谁开发谁保护、谁破坏谁恢复、谁受益谁补偿、谁排污谁付费、谁保护谁受益
综合各位专家的观点，得到这条建立生态补偿的首要原则。虽然只是短短的30字原则，已经勾勒出了四大类生态环境的消费者——开发者、破坏者、受益者、排污者；生态环境的供给者——保护者。但从文献来看，每位学者强调的重点有所不同。秦艳红、康慕谊结合国外的生态服务付费，提出OECD的“谁保护，谁受益”和“谁受益，谁补偿”两大原则，并指出真正实现“谁受益，谁补偿”原则是完善生态补偿政策尚待解决的主要问题。陆新元、王金南等把建立生态环境补偿制度的首要原则定义为“谁开发，谁保护”，他们指出，直接影响生态退化的开发者应该承担保护生态的责任。张鸿铭则用“开发者补偿，受益或损害者付费原则”作为建立生态补偿的第一原则，他指出“开发者不但要为其利用资源环境付出代价，而且有责任和义务对造成的生态破坏和环境污染损失给予赔偿；受益者有责任和义务向提供优良生态环境质量的地区和人们提供适当的补偿。”麻朝晖和王丰年都很明确地提出污染者和受益者承担责任。差别在于，前者强调“谁污染，谁治理；谁受益，谁补偿”，更注重对自然本身的修复和治理；后者提出“谁污染谁赔偿、谁受益谁补偿”，更强调对人的赔偿。相比之下，王德辉的观点就更加全面，他提出建立生态补偿应遵循5大基本原则，首当其冲的就是“谁开发谁保护、谁破坏谁恢复、谁受益谁补偿、谁排污谁付费”的原则。
2、公平公正原则
公平公正是生态补偿的另一重要原则。学者普遍认为，只有本着公平公正的原则才能有效地激励生态环境的保护。金蓉、石培基、王雪平认为，流域生态补偿机制要公平公正，即“上游地区污染了下游就要赔偿下游地区；反之，如果上游地区提供给下游的是经过努力后的、优于标准的水质，下游地区就应该对上游地区作出的贡献做出适当的补偿。”王丰年认为，公平原则不仅体现在流域上下游之间的补偿，也体现在拥有环境权和发展权。张鸿铭从共同发展的角度强调了公平原则，他指出，“要充分考虑和正视欠发达地区的发展权，促进保护地区与受益地区的共同发展。”
3、循序渐进
考虑到生态补偿涉及的技术多样，所需制度复杂，学者提出在具体实践中应遵循循序渐进的原则。张鸿铭指出，生态补偿要坚持循序渐进、先易后难的原则。“既要以积极的态度抓紧组织专题研究，逐步解决其中的一些较难的技术和制度问题，更要尽快组织力量，完善那些已出台、并被证明切实可行的做法，力争在近期内有新的突破。”王丰年认为，“生态补偿机制的建立主要应从规范并推广补偿费的征收入手，合理收费，并逐步总结经验，循序推行”，借此减少阻力、顺利推进。王德辉则将循序渐进具体化为“先试点、后推广”，即中央先在跨省、区的重点流域和领域进行试点示范，在取得经验后再在全国推广；地方在本辖区范围内进行重点领域的试点，为在本地建立适应当地特点的生态补偿机制打下基础。
4、因地制宜
由于生态补偿类型繁多、各地区财力各异，生态补偿还需因地制宜。陆新元、王金南指出，“生态环境的再生能力和恢复能力差异很大，在不同的地区，生态环境的主要矛盾不完全一致。因此，在制定生态补偿政策时要注意地区特点，区别对待。”王德辉也认为，“由于我国地域广大，人口众多，东、中、西、南、北的经济发展和群众生活水平有了较大的区别，环保的任务、目标及其优先顺序也不尽相同，生态补偿的目标、标准也不会一样，因此，制订生态补偿政策要因地制宜。”
（二）补偿标准
补偿标准是生态补偿政策的核心，它关系着政策的实施和效果。从现有文献来看，对补偿标准的规定大致有以下几种观点：
1、按损失价值或恢复费用
研究之初，多数学者认为生态补偿应以生态破坏造成的损失价值和重新恢复生态环境的费用为标准。如陆新元、王金南提出，“生态环境补偿费收费标准的制定应遵循：略高于生态环境恢复费用的原则和按造成的污染损失计算费用的原则。”庄国泰，高鹏等也认为，“征收标准，从经济上讲，主要由生态破坏造成的生态环境功能损害所致的生态环境价值损失来确定。同时，还必须考虑到征收生态环境补偿费将可能给社会带来的一些问题，如价格上涨和国家财政收入。”在生态补偿的实践中，由于计算损失价值和恢复费用的技术瓶颈、标准过高等原因，研究者对生态补偿的标准进行了修正，提出了机会成本与直接成本之和、机会成本、协议确定、公共服务均等化等更容易被补偿双方所接受的标准。
2、机会成本和直接成本之和
有学者认为，生态服务的供给者最主要的成本有两类：一是建设维护生态环境的直接成本，二是放弃发展的机会成本。因此，生态补偿的标准应该以两者之和为准，才能有效地激励供给者继续提供生态服务。如韩东娥提出，“按生态建设者付出的直接投入成本和损失的机会成本来作为确定补偿标准的依据。”麻朝晖指出，“在实际中比较切实可行的办法是以生态环境保护和重建地区的直接投入成本和外溢损失为计算标准进行补偿。”常杪、邬亮也认为，流域生态补偿的标准之一就是按照提供流域生态服务的成本，即建设成本和机会成本之和。任勇，俞海，冯东方等也指出，“对于重要生态功能区和流域的补偿应包括生态建设和保护的额外成本和发展机会成本的损失。”
3、机会成本
一部分学者认为，从理论上讲，补偿标准应介于受偿者的机会成本与所提供的生态服务的价值之间。但是，按这种方法确定的标准较高，可能会因为超出补偿方的能力范围而遭到反对。因此，更现实的方法是以机会成本为依据，作为补偿的标准。秦艳红、康慕谊指出，“Macmillan对苏格兰造林生态补偿的研究结果显示，补偿标准与机会成本直接相关，而与新造林地的生态服务功能无关，生态补偿不能完全被看作是从提供生态服务的土地使用者手中购买生态服务。”，他们还特别强调，“既然生态补偿要与地区经济发展相结合，因此，除了农民近期土地产出减少的损失和植树种草的投入，还应包括调整产业结构、改变传统生产生活方式的各种投入。”金高洁，方凤满也认为，“由于生态系统自身循环机制的复杂性，不同生态系统物质结构破缺和现状弱化程度的不等同，生态服务功能的价值至今仍缺乏有效的计算方法，难以用货币衡量，致使补偿的额度难以精确量化。目前国际上普遍采用的是以产权主体环境经济行为的机会成本作为补偿标准。”
4、协议确定
生态补偿是双向的，补偿方和受偿方任何一方有异议，生态补偿的实施就会受阻。因此，有的学者提出，补偿的标准采用协议来确定更现实。王金南，万军，张惠远等指出，“生态补偿问题的本质就是接受补偿的意愿和支付补偿的意愿之间的协商平衡问题。协议补偿比依据理论价值估算确定补偿标准更加可取。”
5、公共服务均等化
从享受公平发展权和环境权的角度出发，有的专家提出按照公共服务均等化的原则确定补偿标准。宏观经济研究院课题组的专家提出，我国“近期可考虑按照公共服务均等化原则，以人均GDP、人均财政收入和支出等指标为依据，确定合理可行的补偿标准。”
（三）生态补偿的范围和重点领域
1、补偿范围
从学者们的研究来看，生态补偿的范围表现出由窄到宽的趋势。
研究初期，生态补偿的范围较窄，主要集中在开发中的破坏或收益。庄国泰，高鹏指出，“生态环境补偿费的征收范围是一切造成生态环境破坏的生产、建设、经营活动，主要是：第一，各种自然资源开发活动；第二，造成严重生态破坏的建设项目。”陆新元、王金南则列举了一系列需要征收生态环境补偿费的开发活动，包括“各类矿产资源的开采、能源开采、石料开采、森林砍伐、草原的过度使用、地下水资源的过量开采、地表水资源的开发、旅游资源、土地开发等。”