“二刘”从此惺惺相惜。刘文典于是遵循古时拜师的路数，准备礼金，三拜九叩，成为刘师培膝下的得意门生。如果说，陈独秀是现代体制意义上的公共课老师，那么刘师培则仍是传统教育模式下的师傅，除去每日的大课外，刘文典还可以享受“小灶”，单独赴刘师培家中聆听教诲。刘文典从这位“狂”师傅身上学到的“狂”气更多的是来自于学术方面。在刘师培的悉心教导之下，刘文典打定了“非三代两汉之书不敢读”的信念，不但做起文章来要“追效昔人，示其稽古”，就是平常写起字来，也故意写得古古怪怪的，表示他懂得“古”。譬如“刘文典”这三个字，“刘”字不见《说文》，是不写的，定要写作“镏”字；“典”字的古义从竹，便硬要加上个竹子头。同时他又敢于疑古、敢于否定前人，注重个人学术风格的塑造，逐渐打下了扎实的国学根基。
虽然刘师培广博的学问令刘文典钦佩不已，但其中途变节的政治活动却实在让身为弟子的刘文典惋惜不已。常言道：“道不同不足与谋”，跟随刘师培一段时间后，刘文典决定投身革命，于是他打点行装，东渡扶桑。
20世纪最初几年，中国资产阶级革命的主战场虽在中华大地，但其策源地和司令部却是位于一衣带水的邻邦日本。当时，革命领袖孙中山、黄兴、宋教仁等人都常驻东京，积蓄力量、指挥起义，而他们重要机关报刊《民报》的主编章太炎也正在这里宣传革命、讲演国学。
毫不夸张地讲，这个时候的章太炎，其大名已是声震华夏，冠盖亚洲，绝对是士人心目中学术泰斗、革命元勋、道德楷模，毫无疑问地成为众多留日学生拜访求学的首选。而初来乍到，刘文典已经将拜师目标锁定在章的身上。不过，先前刘师培同章太炎之间曾经发生过极不愉快的事情，刘文典担心章太炎因此事而不收自己为徒。不过，“即使不能侍奉膝下，能睹其大师风采也好啊”！于是，刘文典鼓起勇气，去章太炎住处拜访问学。
那时章太炎住在日本东京小石川区，门口有一个小牌牌，叫作学林社。刘经朋友介绍，去拜见他。章先生一身和服，从楼上走下来，刘自我介绍之后，就说明来意，要拜他为师。章问刘文典：“你从前拜过什么师？读过什么书？”
刘文典明知道他和本师刘师培先生已经翻脸，但是又不能不说，心里踌躇了一下，只好说：“我自幼从仪政刘先生读过《说文》、《文选》。”他一听说刘文典是刘先生的学生，高兴极了，拉着刘文典谈了几个钟头，谈话间对刘先生的学问推崇备至。他忽然又想起来说：“是了。申叔对我提到过你。”
从那天起，刘文典就是章氏门中的一个弟子了。
拜师之后，刘文典几乎天天去章太炎的住处向他请教，听他讲解研究经学、小学的方法。“太炎对于阔人要发脾气，可是对学生却极好，随便谈笑，同家人朋友一样。夏天盘膝坐在席上，光着膀子，只穿一件长背心，留着一点泥鳅须，笑嘻嘻地讲书，庄谐杂出。”