在公路、铁路、航空运输中，运单是订立合同，接受货物运输条件以及关于货物详细内容的初步证据，承运人应当场核对。我国《航空法》规定托运人未能出示空运单、空运单不符合规定或空运单遗失，不影响运输合同的存在或有效。但在国内航空运输中，承运人同意未经填具空运单而载运货物的，承运人无权援用有关的赔偿责任限制的规定。
同样在国际航空运输中，承运人同意未经填具航空货运单而载运货物的，或者航空货运单未依照有关国际航空公约的规定在首要条款上加以说明的，承运人将无权援用有关的赔偿责任的规定。
在海运中提单相对复杂，提单是指用以证明海上货物运输合同和货物已经由承运人接收或装船，以及承运人保证据以交付货物的单证。提单是承运人在接受或装载货物以后，应托运人的要求，由承运人、船长或承运人的代理人签发的货运单据。提单是海上运输合同的证明，是证明货物由承运人装载的单据，是承运人保证凭此交付货物的物权凭证。提单一般是针对海上货物运输的，指定由某一船舶负责承运，如果承运人有合理的根据怀疑所记载的货物与托运人提供并载于提单的有关货物品名、标志、包数、件数、重量及体积不符，与实际接收的货物不符，或者没有适当的方法核对提单记载的，则承运人有权在提单上批注，列明不符之处、怀疑的根据或没有适当的检验办法。经常出现纠纷的情形是预借提单和倒签提单，由于托运人未能在装运期内交货，或由于船公司未能在装运期内到港装船等情况下均会出现预借提单签发的情况。原则上不接受预借提单的签发。由于托运人未能在装运期内交货，但仍要求签发装运期内日期的提单，该提单为倒签。由于倒签提单的日期与货物实际装船日期不符，原则上不接受倒签提单的签发。
5.货运租金、运费纠纷
海运中的货运提单应包括运费支付和其他费用，我国《海商法》规定，托运人应当按照约定向承运人支付运费。如果约定由收货人支付，此项约定应当在运输单证中载明。
航空货运价格是由特种货物运价、货物等级运价、一般货物运价三类组成。特种货物运价是由航空运输协会根据在一定航线上有经常性特种货物运输的发货人的要求，或者为促进某地区的某种货物运输，向国际航空运输协会提出申请，经同意后制定的特种货物运价。货物等级运价是按一般货物运价的基础上，加上或减去一定的百分比后公布的，适用于指定地区内少数货物的运输。一般货物运价是指该种货物既没有可适用的等级运价，又没有特种货物运价，就使用一般货物运价。我国民航关于空运的规定明确承运人应当公布运价，该运价和运费只适用于机场至机场的航空运输，不包括承运人提供与航空运输有关的其他附属服务所收取的费用。同时在贸易合同中有关的价格条件已经规定几个价格术语，以便减少费用纠纷，常见的有FOB、CIF、CFR等(详见《国际贸易术语解释通则》)。
通常铁路运费是由托运人在发运站承运货物当日支付。我国铁路运输企业违反法律规定，多收运费或者货物运输杂费的，必须将多收的费用退还付款人，无法退还的须上缴国库。根据《国际货协》的规定，运费的支付方式分为很多种，比如发送国铁路的运送费用，按照发送国的国内运价计算，在始发站由发货人支付；到达国铁路的费用，按照到达国铁路的国内运价计算，在终点站由收货人支付等具体规定。
所以在运输合同中当事人应清楚租金和运费的多少、支付时间、支付地点等情况，避免纠纷的产生。
6.运输工具损害纠纷
托运的货物中夹带危险货物，易腐蚀、易污染物以及禁、限运货物，造成运输工具、设备的损坏或者承运人的故意或过失造成运输工具、设备的损坏，当事人对于损害的原因、责任的承担、赔偿的数额等易产生争议。
7.其他纠纷
在多式联运中，承运人增加、责任期间界限不明显等情况的出现容易产生纠纷；货物托运人、承运人在履行运输合同所规定的一切义务的条件下，有权提出变更运输，但是变更的时间、内容等都关系到另一方当事人的切身利益，自然涉及承担赔偿损失的问题；承运人的责任和免除、责任限制等也有不同的规定。所以关于运输纠纷也就显得更为多样、更为复杂。
10.3.2 争议解决的办法
1.解决争议纠纷概述
解决争议纠纷的方法概括起来包括司法方法和非司法方法。司法方法即通过诉讼的方法解决物流运输纠纷及争议，非司法方法即通过诉讼以外的方法解决纠纷及争议，如通过双方友好协商或谈判，或者由双方同意的第三人进行调解或仲裁。运输合同当事人在执行合同过程中发生纠纷时，应及时协商解决。如协商不成，任何一方均可向合同管理机关申请调解或仲裁，也可以直接向人民法院起诉。
2.非司法程序解决纠纷
(1)当事人自行协商解决纠纷
协商是指双方在争议发生后，由争议的双方当事人在自愿互谅的基础上直接进行磋商，自行解决争议的活动。协商是以当事人各方平等、自愿协商一致为原则的，不会损害双方关系，而且可省去仲裁和诉讼的复杂程序，节省时间和金钱，因此，协商在物流运输纠纷中被广泛使用。
(2)经第三方调解解决纠纷
调解是指发生争议后，经当事人各方提出申请，由法院、仲裁机构或民间组织充当第三者的主持，通过调解说服，促使双方当事人达成谅解协议，以解决争议的活动。在一些发达国家，这种方法被称为选择性的解决争议方法。以调解的方式解决纠纷有利于纠纷的彻底解决和协议的自动履行，即双方在自愿协商的基础上进行调解，一般都能自觉履行调解协议。调解程序灵活、迅速、费用低廉，各方当事人的自主权利大，更容易被双方接受。调解是一种友好的解决纠纷的方式，又能保护当事人的合法权益，从而维护运输业、商事交易的发展。但调解的局限性在于，调解成功的前提条件是双方的自愿，如果涉及重大利益或分歧较大时，双方的利益往往不容易进行调和平衡。如果调解不成，再进行仲裁或诉讼，就浪费时间了。
3.司法程序解决纠纷
(1)仲裁
当事人不愿协商、调解的，或协商、调解不成功的，可以根据合同中的仲裁条款或者事后达成的仲裁协议，提交仲裁机构仲裁解决，而且是对有关当事人发生约束的一种解决争议纠纷的方式。
1)仲裁介于调解和诉讼之间，是准司法途径。仲裁程序一经开始，当事人中的任何一方就无权单方面终止仲裁程序，即便某方当事人不参加或拒绝参加仲裁程序，仲裁庭仍有权利作出缺席审理和裁决。仲裁裁决具有一定的强制性，事后一方不执行裁决，另一方可以根据该裁决请求法院强制执行。所以仲裁具有准司法性质。
2)仲裁机构。根据国际商事仲裁机构的组织形式不同，仲裁机构分为临时仲裁机构和常设仲裁机构。临时仲裁机构的任务是一次性的，即审理裁决完该纠纷后，该机构即告解散，常设仲裁机构有固定的地址和组织机构，并制定了仲裁程序规则，常设仲裁机构成为国际商事纠纷中最常见的解决场所。
中国海事仲裁委员会是根据中华人民共和国国务院1958年11月21日的决定，于1959年1月22日设立于中国国际贸易促进委员会内受理国内外海事争议案件的常设仲裁机构。设立时名为中国国际贸易促进委员会海事仲裁委员会。
中国海事仲裁委员会以仲裁的方式，独立、公正地解决海事、海商、物流争议以及其他契约性或非契约性争议，以保护当事人的合法权益，促进国际国内贸易和物流的发展。
中国海事仲裁委员会积极适应现代物流发展的需要，由提供单纯的海事仲裁服务的机构转变为提供海、陆、空运输仲裁及其他物流仲裁服务的专业性仲裁机构。
经中国国际商会批准，中国海事仲裁委员会物流争议解决中心于2004年2月1日在北京正式成立，这是一家由物流专家、技术专家和法律专家组成的专门处理物流争议的专业机构，受案范围包括国际国内各种类型的物流或与物流有关的一切争议。
3)仲裁的依据。仲裁协议是指双方当事人对他们之间将来可能发生或已经发生的争议交付仲裁解决的一种书面协议。仲裁协议作为仲裁机构最主要依据，而不是唯一依据，是因为在某些国家，仲裁机构受理案件的依据并不总是当事人之间存在的仲裁协议，有时是法院指定或法律规定。例如，英国伦敦国际仲裁院就可以根据双方的协议进行仲裁，也可以对法院转交的商事案件进行仲裁。
根据各国有关的仲裁法规和仲裁机构的仲裁规则，仲裁协议是仲裁庭或仲裁机构受理双方当事人争议的依据，除了法院指定或法律另有强制规定的外。这里“依据”的含义包括两个方面：第一，只有经有效的仲裁协议的指定，仲裁机构才有权对仲裁协议中规定的纠纷事项进行仲裁；第二，仲裁机构所进行的仲裁不得与仲裁协议规定的事项相冲突，如不可对仲裁协议指定事项以外的当事人间其他纠纷进行仲裁，仲裁过程不得违背当事人意愿而将之公开，仲裁机构须在约定期限内作出等。
当事人如要采用仲裁方式解决他们的争议，就必须订立仲裁协议。如何订立明确、完整、有效的仲裁协议对发挥仲裁的积极性具有重要的作用。仲裁协议应包括仲裁事项、仲裁地点、仲裁机构、仲裁程序规则、仲裁效力等内容。
仲裁协议的作用体现在：约束双方当事人只能以仲裁方式解决其争议，且不得向法院起诉；排除法院对有关案件的管辖权，如果一方背离仲裁协议，自行向法院起诉，另一方可根据仲裁协议要求法院不予受理，并将争议案件交仲裁庭裁断，使仲裁机构取得对争议的管辖权。所以，当双方当事人不愿将争议提交法院审理时，就应该在争议发生前在合同中规定出仲裁条款，以免对未来发生争议后，由于达不成仲裁而不得不诉至法院。
4)按国际惯例审理。各国一般允许当事人约定具体的仲裁程序，只有无约定时，根据国际商事仲裁当事人的约定习惯，各国仲裁法和各种常设仲裁机构规则及仲裁的实践，仲裁程序中涉及下列问题：仲裁的申请、答辩与反诉，仲裁员的选任、仲裁庭的审理、取证和临时保全措施，裁决与作成裁决及仲裁程序的终止等。
仲裁审理是仲裁庭对案情所作的审查和核实活动的总称。各国仲裁法和各常设机构的仲裁规则对仲裁审理的基本原则皆有规定。归纳起来，这些原则无外乎是尊重各方当事人的意愿，公正、快速审理。对于仲裁审理范围应仅限于仲裁协议中约定的可交付仲裁的事项，仲裁审理方式可分为口头审理和书面审理。口头审理又称听证，即仲裁员和当事人在各方规定时间集中于规定的场所，由仲裁员作出口头查问，当事人作口头陈述。在书面审理的方式下，当事人不需要共同出庭陈述，仲裁员只根据当事人提交的书面材料进行审理。国际商事仲裁大多以书面审理为主。当今极为发达的通信条件也为书面审理提供了极大的方便。当事人有协议的，依据协议决定仲裁审理地点；无协议时，各常设机构的仲裁规则一般规定，仲裁员有权决定仲裁审理地点。当事人对仲裁审理程序可加以约定；无当事人约定时，仲裁庭可自主安排。在实践中裁决审理程序与法院的程序大体相同，只是在很多环节上仲裁要比诉讼快速灵活得多，且除当事人协议同意外，仲裁审理应秘密进行。
根据中国仲裁规则规定，仲裁应当根据事实，依照法律合同规定，参照国际惯例，并遵循公平合理原则，独立公正地作出裁决。仲裁裁决是终局的，双方当事人均有约束力。
任何一方当事人不得向法院起诉，也不得向其他任何机构提出变更裁决的请求。败诉方有权向法院起诉，请求法院强制执行。
(2)诉讼
1)诉讼的程序。运输纠纷的诉讼，就是人民法院在与双方当事人和其他诉讼参与人参加下，审理和解决运输纠纷案件的活动，以及由这些活动中所产生的诉讼法律关系的总和。
诉讼的整个过程适用我国《民事诉讼法》的规定，过程由若干个阶段组成，每一个阶段前后连接，各有自己的中心任务，只有完成前一阶段的任务，才能将诉讼推移到下一阶段。根据《民事诉讼法》的规定，诉讼程序分为第一审程序、第二审程序、审判监督程序、执行程序。第一审程序具体又包括起诉和受理、调查和调解、开庭审理三个阶段。这些程序是对整个民事诉讼过程的划分，并不是说每一个具体的诉讼必须经过所有这些程序，但诉讼的先后顺序不能逾越。