涉外的运输纠纷诉讼案件在诉讼时遇到的各种事实和法律问题，要比单纯的国内案件复杂得多。大陆法系和英美法系在诉讼程序上有很大区别，比如法官和当事人的律师在诉讼程序中所发挥的作用不同，在向法庭提供证据方面也不同。这样带来的结果是一些司法行为需要对案件行使管辖权的法院所属国以外的国家或地区实施，如司法文书送达、境外调查取证、查明争议的事实的程序和方法都会遇到问题。所以，涉外诉讼程序不是独立的诉讼程序，而是考虑涉外的诉讼特殊性，针对某些特殊情况的一些特别条款，它和《民事诉讼法》是一般和特殊的关系。审理具有涉外因素的案件，有特别规定适用特别规定，没特别规定适用一般规定，运输纠纷的涉外诉讼程序参照《民事诉讼法》以及我国参加和缔结的国际条约的相关规定。
2)诉讼受理的管辖权，是指规定上下级人民法院之间、同级人民法院之间受理第一审纠纷案件的分工和权限，可以分为级别管辖、地域管辖、协议管辖和指定管辖四种。运输纠纷的受理管辖权参照我国《民事诉讼法》的有关规定，当人民法院审理涉外运输合同纠纷时，适用特别规定。
一般情况下，在专属地域管辖中，如果运输过程纠纷发生的原因不在海运、铁路运输期间产生，一般由普通法院管辖；如果运输过程中货损或货物灭失发生于国际海上货物运输过程中，则根据《海事物流诉讼程序法》应由海事法院管辖；如果货损或货物灭失发生于铁路运输过程中，则有可能由铁路法院进行管辖。
在特殊地域管辖中，一般原告可以按其意愿选择以下缔约国之一的法院提起诉讼，被告通常住所或主要营业所在地法院；合同订立地法院；承运人接管或交付货物地点所在地法院。习惯理解，上述法院作出的裁决是终局性的，但并不妨碍因特殊原因对同一案件提起新的诉讼，但此项新的诉讼只有在第一次诉讼法院所作出的裁决是在新提起诉讼的国家难以执行的。如果当第一个缔约国的法院所作出的裁决能在该国执行而当事人又在其他任何一个缔约国办理有关手续后，并不妨碍该裁决也在该缔约国执行。
依据《中华人民共和国海事诉讼特别程序法》，具体分为以下情况：
①因海事侵权行为提起的诉讼。因侵权行为提起的诉讼，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖；因铁路、公路、水上和航空事故请求损害赔偿提起的诉讼，由事故发生地或者车辆、船舶最先到达地、航空器最先降落地或者被告所在地人民法院管辖；因船舶碰撞或者其他海事损害事故请求损害赔偿提起的诉讼，由碰撞发生地、碰撞船舶最先到达地、加害船舶被扣地或者被告所在地人民法院管辖外，按《中华人民共和国海事特别程序法》的规定，还可以由船籍港所在地的海事法院管辖。
②因海上运输合同纠纷提起的诉讼。因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告所在地人民法院管辖外，依据《中华人民共和国海事特别程序法》的规定，还可由转运港所在地海事法院管辖。
③因海船租用合同纠纷提起的诉讼，由交船港、还船港、船籍港所在地、被告所在地海事法院管辖。
④因海上保赔合同纠纷提起的诉讼，由保赔标的物所在地、事故发生地、被告住所地海事法院管辖。
⑤因海船的船员劳务合同纠纷提起的诉讼，由原告住所地、合同签订地、船员登船港或者离船港所在地，被告住所地海事法院管辖。
⑥因海事担保纠纷提起的诉讼，由担保物所在地、被告住所地海事法院管辖。
⑦因船舶抵押纠纷提起的诉讼，还可以由船籍港所在地海事法院管辖。
⑧因海船的船舶所有权、占有权、使用权、优先权纠纷提起诉讼，由船舶所在地、船籍港所在地、被告住所地海事法院管辖。
10.3.3 索赔时效和诉讼时效
1.与索赔和诉讼有关的法律和国际公约
由于运输货物的方式有很多种，所以适用不同运输方式的法律法规和国际公约也有很多种。如果我国是某个公约的成员国，国际公约比国内规定优先适用，即按照国际公约的规定办理，声明保留的条款除外。不是公约的成员国或者公约没有规定的情况下，适用我国相关的法律法规。
海运方式既包括国际海上运输，又包括内河、沿海运输。中国于1992年11月7日通过了《海商法》，以调整海上货物运输、旅客运输、海上保险、海上救助等法律关系。1995年我国针对国内水运制定了《水路货物运输规则》，1999年新的《合同法》专设了运输合同规则，2001年为了与修改后的《合同法》精神相一致，国家交通主管部门重新制定了《国内水路运输规则》。国际上针对海运的国际公约主要包括《海牙规则》、《维斯比规则》、《汉堡规则》等。
陆上运输方式包括公路和铁路两种，陆上运输对货物在大陆的流通起着重要的作用，而且铁路、公路各有自己的运行特点。我国公路运输方面的国内法规主要是《汽车货物运输规则》、《集装箱汽车运输规则》、《汽车危险货物运输规则》。国际上的公路运输的公约是《国际公路货物运输合同公约》、《国际公路货物运输合同公约》等，但我国都未加入，实际业务操作涉及的法律问题依靠与邻国间达成的双边公路运输协议来执行。
铁路运输方面，国内有关法律法规是《中华人民共和国铁路法》、《铁路货物运输管理规则》等，在国际上我国是《国际铁路货物联运协定》的缔约国，而对于《铁路运输国际公约》，我国则没有加入。
航空货物运输所适用的国内法律法规主要有《中华人民共和国航空法》和《中国民用航空货物国际运输规则》，国际航空货物运输适用的国际公约主要有《统一国际航空运输某些规则的公约》(即《华沙公约》、《海牙议定书》、《瓜达拉哈拉公约》等)。
2.索赔时效
货损货差事故是货物运输中经常发生的，这就产生了受损方向责任方要求损害赔偿，责任方根据受损方提出的赔偿要求进行处理索赔和理赔的工作。根据货物发生的灭失或损害的不同原因，受损方提出的索赔对象也不同。一项有效的索赔必须在规定的期限内提出，这就是“索赔时效”，如果货物的损害是由于责任方的过失所致，索赔人提出的索赔要求超过时效后，很难得到赔偿。
(1)国际法及规则的有关规定
《海牙规则》规定，在提货时货物发生灭失或损坏的，应立即向承运人提出索赔，货物灭失或损坏不明显，也应在3天内提出索赔的书面通知。《汉堡规则》将通知的期限从3天延长至15天，延迟交货的索赔通知时限为自收货后60天内。若运送的是非集装箱货物，我国《海商法》规定的不明显货损通知时限是从交货次日起7日内，若是集装箱货物，则是15天。承运人对货物的灭失或损坏负有责任时，应该按照规定向货主进行赔偿，同时货主也应当按规定及时向承运人发出索赔通知。
凡根据运输合同向铁路部门提出索赔，以及铁路部门对发货人、收货人关于支付运费、罚款的赔偿要求应在9个月内提出，有关货物运输延误的赔偿，应在2个月内提出。
根据《华沙公约》的规定，在货物遭受损害的情况下，收货人或有关当事人应于发现后向承运人提出书面通知，或在收货后7天内提出书面通知，延迟交货，应在收货后14天内提出索赔书面通知，如上述规定期限没有提出，则作为托运人放弃该项索赔。《海牙议定书》对托运人提出的书面通知作了修改，由原来的7天改为14天，延迟交货由原来的14天改为21天。
规定时效的目的是为了促进当事人各方及时行使和保护自己的权利，早日消除不确定的法律关系，而由法律规定的一段特定的时间。如果一方当事人超过时效才行使自己的索赔和诉讼请求权，则通常会丧失胜诉权。
(2)我国法律与法规的规定
1)海运时效期规定。我国《海商法》规定，就海上货物运输向承运人要求赔偿的请求权，时效期为1年，自承运人交付或者应当交付货物之日起计算；在时效期间内或者时效期间届满后，被认为负有责任的人向第三人提起追偿请求的，时效期间为90日，自追偿请求人解决原赔偿请求之日起计算。
有关航次租船合同的请求权，时效期间为2年，自知道或者应当知道权利被侵害之日起计算。
2)公路运输时效期规定。因公路运输的纠纷要求赔偿的有效期限，从货物开票之日起，不得超过6个月。从提出赔偿要求之日起，责任方应在2个月内作出处理。
3)对收、发货人的规定。发货人或收货人根据铁路运输合同向铁路提出赔偿请求，以及铁路对发货人或收货人关于支付运送费用、罚款和赔偿损失的要求，可在9个月内提出；货物运到逾期的赔偿请求，应在2个月内提出。上述期限按如下方法计算：
①关于货物部分灭失、毁损、重量不足、腐坏或由于其他原因降低质量以及逾期的赔偿请求，自货物交付之日起算。
②关于货物全部灭失的赔偿请求，自货物运到期限期满后30天起算。
③关于补充支付运费、杂费、罚款的赔偿请求，或关于退还上述款额的赔偿请求，或由于运价适用不当以及费用计算错误所发生的订正清算的赔偿请求，自付款之日起算，如未付款时，从货物交付之日起算。
④关于支付变卖货物的余款的赔偿请求，自变卖货物之日起算。
3.诉讼时效
诉讼时效是指权利人不行使自己的权利，依法律规定其胜诉权归于消灭的时效制度。当权利人得知自己的权利被侵犯后，必须在法律规定的诉讼时效期内向人民法院提出请求，保护其合法权益。超过法定期限以后再提出请求的，除法律有特别规定的以外，人民法院不再予以保护，即权利人的胜诉权归于消灭，义务人可以不再履行义务。
索赔通知和诉讼时效是两个不同的概念。受损方向责任方提出赔偿要求，称为索赔，索赔应在规定的时间提出。而诉讼时效则是指向法院提出诉讼的日期，如果在规定的日期内未提出诉讼，法院一般不再受理，责任方可解除一切责任。索赔方没有或没有按期向责任方发出索赔通知，并不影响其直接向法院起诉责任方的权利。相反，若逾期向法院起诉，法院将依法不再受理。
《海牙规则》将诉讼时效规定为1年，对货方极为不利，因为货方在起诉之前，要调查情况，搜集证据，1年的时间太短。虽然按1950年“黄金条款协议”的规定，如在1年内提出索赔通知，就可以将诉讼时效延长为2年。但这只对参加该协议的国家适用，未参加协议的国家享受不到这一利益。《维斯比规则》对此做了修改和补充：诉讼时效为1年，但经船、货双方协商可以延长；在1年期满后，承运人至少仍有3个月的期限向第三者提出赔偿要求。《汉堡规则》规定诉讼时效是2年，2年的时效适用于托运人向承运人的诉讼以及相反的诉讼，而且在2年时效期限届满时，根据索赔人的要求，还可以再延长。
关于诉讼时效，《华沙公约》规定：“诉讼应当在航空飞机到达目的地之日起，或该到达之日起，或从运输停止之日起两年内提出，否则丧失追诉权。”
根据《国际货协》的规定，有关当事人依据运输合同向铁路提出索赔和诉讼，以及铁路对发货人或收货人关于支付运送费用、罚款和赔偿损失的要求和诉讼，应在9个月内提出。