崇祯十二年，复社人士乘南京乡试的机会，在淮清桥桃叶渡的冒襄寓所，召开大会。会上，复社名士与天启年间遭到“阉党”迫害致死的东林遗孤，纷纷声讨“逆案中人”阮大铖。会议公推周钟、徐孚远等为盟主，正式发表《留都防乱公揭》。在《留都防乱公揭》上签名的有142人，领衔的是东林弟子代表顾杲，以及天启年间被难诸家代表黄宗羲。《留都防乱公揭》以慷慨激昂的气势向世人宣布：
（顾）杲等读圣人之书，附讨贼之义，志动义慨，言与俱愤，但知为国除奸，不惜以身贾祸……（顾）杲亦请以一身当之，以存此一段公论，以塞天下乱臣贼子之胆！
阮大铖遭到迎头痛击，从此隐居于南京郊外牛首山，不敢再招摇过市。
弘光小朝廷建立以后，马士英想启用阮大铖与之搭档。阮与马在《明史》中同列“奸臣传”，可谓臭味相投。崇祯五年马士英以都察院右佥都御使出任宣府巡抚，因失职遭到遣戍处分，流寓南京。阮大铖隐居郊外，闭门谢客，唯独和马士英时常往来，可见两人关系非同一般。何况阮大铖对于马士英的仕途升迁还助过一臂之力，马士英援引阮大铖还有一点感恩图报的意思。
事情是这样的。前内阁辅臣周延儒遭温体仁排挤而下台，一直耿耿于怀，很想东山再起，再显一番身手。他的门生——复社领袖张溥早就对内阁首辅温体仁及其党羽蔡奕琛、薛国观迫害东南诸君子，扼腕叹息，早夜呼愤。复社成员礼部员外郎吴昌时写信给张溥，怂恿周延儒复出。他在信中说：自从钱谦益和文震孟受到排挤以后，“东南党狱日闻，非阳羡（周延儒）复出，不足弭祸”。
经过张溥与吴昌时的努力，冯铨、侯恂与阮大铖等人筹集六万两银子，作为通路子的活动经费，终于使得周延儒于崇祯十四年九月以吏部尚书、中极殿大学士的头衔，出任内阁首辅。阮大铖自以为出钱出力，向周延儒讨个官当当。周延儒感到为难，对他说：我此行谬为东林所推，你名在“阉党逆案”，可以吗？阮大铖沉吟良久，不得已收回讨官请求，转而推荐马士英，周延儒表示同意。崇祯十五年六月，马士英被任命为兵部右侍郎兼都察院右佥都御使，出任凤阳总督。马士英后来之所以能在弘光小朝廷独揽大权，这是关键的一步。阮大铖的提携于此有着密切关系。
由于《留都防乱公揭》的巨大影响，要启用阮大铖必须消除舆论的不利因素，马士英想起了钱谦益。他想利用钱谦益在政坛长期不得志，又急于谋求升迁的心态，要挟他以东林领袖的身份为“阉党逆案”中人翻案。这就是“士英入朝而逆案自此翻”的由来。关于翻案的全过程，文秉《甲乙事案》有详细记录：
五月下旬，马士英的亲信刘孔昭攻击吏部尚书张慎言，原因就在于刘孔昭“故善阮大铖，必欲起之”，而张慎言掌握人事大权，“秉铨持正，度难破例”，便在上朝时发动突然袭击，迫使张慎言“引疾乞休”。
六月初，马士英向福王推荐“知兵之臣”阮大铖，与朝廷“共济艰难”，希望福王赦免他的罪行，立即任命为兵部右侍郎。次日，阮大铖向福王为自己的“见枉”作了辩白。内阁大学士、礼部尚书高弘图说，若要用阮大铖，必须会议讨论，显得更加光明正大。马士英说，我又没有徇私受贿，哪里有什么“不光明”？高弘图说，只要经过朝廷会议，国人都说贤能，然后任用岂不很好？
马士英无奈，要阮大铖写了《孤忠被陷之由疏》，为自己洗刷，口口声声“逆案冤及于臣”，理由是“凡（魏）忠贤窃威福，皆臣在山林息影唯恐不深时也”。马士英与之呼应，批评持反对意见的官员“护持局面，阻抑大铖”。接下来局势的演变是在意料之中的，吏部尚书张慎言罢官之后，主持吏部常务的左侍郎吕大器也随之罢官，主持正义的姜曰广、刘宗周遭到攻击。道路扫清以后，马士英于九月挟制福王，“内批阮大铖兵部添注右侍郎”，圣旨如此写道：
阮大铖前陛见奏对明爽，才略可见，朕览群臣所进逆案，大铖并无赞导实迹，时事多艰，需人干济，着添注兵部右侍郎办事，群臣不得仍前把持渎扰。
马士英还是顾忌舆论压力，难以名正言顺，用礼部尚书为诱饵，要挟钱谦益以东林领袖的身份出面表态。钱谦益写了《愚臣报国心长等事》，议论南明的四件大事：严内治、定庙算、振纪纲、惜人才。在“惜人才”的幌子下，强调“不复以党论异同，徒滋藩棘，则人才日出”。所谓“不复以党论异同”，就是说不要再谈什么“东林党”、“阉党”，只要是人才都可以用。他主张对“逆案中人”予以昭雪，理由很牵强：“钦定逆案诸臣，未免轩轾有心，上下在手……果有嫌隙，固当先国家之急而后私仇……臣亲见门户诸臣植党营私，断送社稷，断送君父，何忍复师其故智。”然后笔锋一转，看似不经意地带出一句话：“逆案之贾继春、阮大铖者，皆慷慨魁垒男子也。”这可是画龙点睛之笔，他的议论焦点并非贾继春，而是阮大铖，因为他已经“内批”为兵部添注右侍郎了，必须为他找到合法性依据。钱谦益以东林领袖的身份，强调捐弃前嫌，推翻逆案，起到了别人无法替代的作用。
文秉《甲乙事案》评论道：“时马、阮欲尽翻钦案，擢用杨维垣诸人，以钱为东林领袖，欲令钱疏荐，以塞众议，以爰立诱钱，钱遂出此疏。”对这一事件的来龙去脉看得很透彻。
也许有人会为钱谦益辩解，他所说的“门户诸臣植党营私，断送社稷，断送君父”，不能说毫无道理，确实是晚明政治的大问题。但是，以此为依据，企图抹杀“阉党”迫害东林的事实，为那些卖身投靠魏忠贤的“逆案中人”翻案，为阮大铖之流小小之徒张目，无论如何有悖于历史，也有悖于良心。轻而言之，是迫于形势的违心之论；重而言之，是为了仕途有亏于晚节。上引文秉的话大抵是同时代人的共识，比如夏完淳就与文秉同调，他在《续幸存录》中说：
（马）士英欲起用蔡奕琛、杨维垣，恐物论不容，以（钱）谦益人望也，嘱荐之。（钱）谦益乃阿（马）士英指，疏列四事，曰严内治、定庙算、振纪纲、惜人才……大旨在颂马士英功，雪逆案诸臣冤。
钱谦益心甘情愿被马士英利用，看来是不争的事实，三余氏《明末纪事补遗》写到钱谦益出任礼部尚书一事，评述道：“谦益之起也，以家妓为妾者柳如是自随，冠插雉羽，戎服骑入国门，如昭君出塞状，都人咸笑之。”又说：“谦益以弥缝（阮）大铖，得进用，乃出其妾柳氏为阮奉酒，阮赠珠冠值千金，谦益命柳姬谢，且移席近阮。闻者绝倒。”此种丧失气节的举动，不管出于何种目的，后果是极其严重的。事情的发展并不以钱谦益的愿望为转移。阮大铖上台以后，并不像钱谦益所希望的那样，“不复以党论异同”，并没有“捐弃前嫌”，而是小人得志，疯狂报复，效法魏忠贤对付“东林党”的手法，编造黑名单——《蝗蝻录》、《续蝗蝻录》，把东林人士比作“蝗”，复社人士比作“蝻”，罗织“十八罗汉”、“五十三善才童子”、“七十二圣贤菩萨”。又编造《蝇蚋录》，罗织“八十八活佛”、“三百六十五天王”、“五百尊应真”。前后牵连一千多人，妄图把东林复社人士一网打尽，推行没有魏忠贤的魏忠贤主义。阮大铖列入《明史·奸臣传》，完全是咎由自取。为这样的人鸣锣开道，钱谦益理应受到谴责。
可惜的是，昧着良心换来的礼部尚书乌纱帽，犹如昙花一现。清军渡过长江，福王、马士英、阮大铖擅离职守，自顾逃命。手下无一兵一卒的钱谦益无可奈何地率南京政府投降。
钱谦益降清后，前往北京出任礼部侍郎，在仕途与名节的两难选择中，苦苦挣扎。几个月以后就借口养病告假，回到家乡常熟。两年后卷入抗清斗争，被清朝当局逮捕入狱。在旁人看来，首鼠两端的行径，反映了失节者的忏悔，以及对于名节的珍惜，想用最后的挣扎来洗刷降清的污点。结果两面不讨好，在明朝遗老遗少眼里，始终是失节者；在清朝当权者眼里，则是朝秦暮楚的“贰臣”。
钱谦益的人格弱点，铸就了政治生涯的悲剧性结局。