徐阶由于“海瑞上疏”和“海瑞罢官”的关系，而为世人所关注，也许因为这样的关系，人们对他的评价大多带有情绪因素。
严氏父子死了，嘉靖皇帝还活着，依然故我，朝政没有起色，令有识之士忧心忡忡。黄仁宇说得非常有意思：“严嵩去职虽已三年，但人们对嘉靖的批评依然是‘心惑’、‘苛断’和‘情偏’。然而他对这些意见置若罔闻，明明是为谀臣所蒙蔽，他还自以为圣明如同尧舜。”这时，一向刚直不阿的海瑞上了一本奏疏，嬉笑怒骂地批评皇帝：“嘉靖者，言家家皆净而无财用也。”他向皇帝提出警告，要他“幡然悔悟”，洗刷“君道之误”。这就是为后人津津乐道的“海瑞上疏”。执拗的“中材之主”哪里有这样的雅量，一定要处死海瑞，来维护自己拒绝纳谏的尊严。幸亏内阁首辅徐阶从旁缓解，海瑞才幸免一死。隆庆皇帝即位后，他从监狱中获释，不久以都察院右佥都御使的身份出任应天十府巡抚，查实徐阶在家乡松江接受“投献”。对于当年的救命恩人，海瑞丝毫不讲情面，一定要徐阶“退田过半”。双方较量的结果，以徐阶的胜利告终，海瑞罢官而去。四十多年前喧闹一时的政治活剧，就是由“海瑞罢官”而引起的。
其实，徐阶并非“反面人物”。他的最大贡献是扳倒了不可一世的严嵩、严世蕃父子，在嘉靖、隆庆之交，拨乱反正，清除严氏父子的亲信党羽，扭转先前的政治颓靡局面，因此被誉为“杨廷和再世”。
徐阶，字子升，号少湖，一号存斋，松江府华亭县人。据王世贞为他写的传记的描述，“短小白皙”、“眉秀目善”，一副江南士人的典型气派，能屈能伸，随机应变而不露声色，又精通权术。在严嵩专权跋扈的形势下，能够合作共事而不被打倒，充分显示了他的政治智慧，谋略和诡谲兼而有之。这种品格或许并不高尚，却颇为实用，不仅保全了自己，而且潜移帝意，导致严嵩、严世蕃父子的垮台，为拨乱反正扫清了障碍。
他主政以后，在内阁办公室墙壁上写了一个条幅：
以威福还主上
以政务还诸司
以用舍刑赏还诸公论
这三句话用直白的语言宣称，他要拨乱反正，把威权和福祉归还皇帝，把政务归还政府各部门，把官员的任免与奖惩归还公众舆论，可以看作是他的施政纲领，目的在于改变严氏父子专擅朝政的局面。意图是很明显的，他要向朝廷上下表明，不想成为严嵩第二，一定要反其道而行之。
同时代人唐鹤征所写的徐阶传记，对此给予高度评价：“（徐阶）尽反（严）嵩政，务收人心，用物望严杜筐篚，天下翕然想望风采。”意思是说，徐阶执政和严嵩完全相反，把收拾人心作为第一要务，用威望来杜绝不正之风，全国人民都迫切想一睹他的风采。唐鹤征用具体的实例来论证他的观点：
——起初，徐阶与严嵩同事，下级官员的贿赂馈赠，虽然没有严嵩那么多，数量也不少，他都照单全收，不敢拒绝。他对人解释其中原委：如果拒绝，恐怕以自己的高洁反衬出严嵩的污秽。日子一长，人们也就不再非议了。当他成为内阁首辅以后，就和严嵩反其道而行之，邀请内阁次辅袁炜一起办公，共同为皇帝票拟谕旨。皇帝知道了，认为不妥，只要首辅一人票拟即可。徐阶向皇帝解释，事情出于众人合议比较公正，而公正是所有美德的基础；独断专行就是自私，而自私会导致百弊丛生。皇帝听了表示同意。当时言官竭力抨击勾结严氏父子的大臣，皇帝对此很反感。徐阶委婉曲折地作出解释，缓解了他的怒气，保护了那些言官。某一天，皇帝和徐阶谈起人才难得，徐阶侃侃而谈：自古以来常言道，“大奸似忠，大诈似信”（最大的奸佞貌似忠诚，最大的欺诈貌似诚信），能够知人善任，便是哲人。因此当皇帝是最难的。要想把困难转化为容易，只有广泛听取意见一个途径。广泛听取意见，就等于有人为我化解穷凶极恶，为我揭发隐匿的实情。皇帝听了他的一番宏论，连连称赞。
可见徐阶对于治国、用人还是很有想法的。他引荐门生张居正为裕王（后来的隆庆皇帝）讲学，使日后的权力交接显得更为顺利。嘉靖皇帝病危，他连夜紧急召见张居正，一起谋划，起草遗诏，次日清晨当朝公布，稳定了嘉靖、隆庆交替之际的政局。朝廷上下对此赞誉有加，把他比喻为“杨廷和再世”。
嘉靖四十五年（1566）十二月十四日，皇帝朱厚熜逝世，由徐阶和张居正起草的遗诏，并不是朱厚熜临死前口授的，而是用“遗诏”名义发布的徐阶和张居正的政见。为了拨乱反正，“遗诏”强调了已故皇帝对于痴迷道教的错误有所反省，为那些批评皇帝清虚学道而遭到惩处的官员恢复名誉和官职，惩处主持玄修的道士，停止一切斋醮活动。一看便知，这不是执迷不悟的朱厚熜愿意讲的话。但是，当时必须这样做。十二月二十六日，穆宗隆庆皇帝即位，他的登极诏书也是徐阶和张居正起草的，基调和先帝遗诏完全一致，主旨是强调起用因反对玄修而遭惩处的官员，处罚道士，停止斋醮，破格提拔贤才，裁减冗员。
嘉靖、隆庆之际的政治交接，徐阶处理得巧妙、妥帖，先是以“遗诏”的形式表示先帝的悔悟，继而以“即位诏书”的形式表示尊重先帝的遗愿，避免了“改祖宗之法”的非难。
徐阶确实配得上“杨廷和再世”的美誉。他是聂双江的门下弟子，也是欧阳南野、邹东廓、罗念庵等著名学者的同道，对王学（阳明学）是有精深研究的。不过，他并不是学者型官僚，也不是一个理想主义者，而是一个务实型官僚，接手严嵩留下的烂摊子，必须拨乱反正，力图革新。他在给友人的信中说，今日的局面似乎已有更新之机，但是人心陷溺已久，一定要德高望重的人才能转移；朝廷政务的废弛已经达到极点，一定要高明的手段才能整顿。这两点我都没有，所以感叹“有时无人”！正因为如此，国家大事并非一人所能担当，必须有人倡率，有人协助。我有幸得到父师的教诲、朋友的指点、皇上的信任，力所能及地起一点“倡率”作用。
他推心置腹地敦请严讷出任吏部尚书，整顿颓败已极的吏治。《明史·严讷传》谈到严讷出掌吏部，为了扭转严嵩造成的“吏道污杂”局面，与同僚约法三章：其一，谈公事到吏部衙门，不得到他的私宅；其二，慎重选择吏部的中层官员——郎中、主事，杜绝开后门、通路子，用当时的话表述，就是“务抑奔竞”；其三，选拔人才不要拘泥于资格，即使是州县小吏，只要政绩优异，应该破格提升。在他的努力下，改变了先前“吏道污杂”的状况，出现了“铨政一新”的面貌。这与徐阶的大力支持是分不开的，严讷深有感触地说：吏部尚书与内阁首辅必须同心同德，事情才办得好，我掌管吏部两年，适逢徐阶主持内阁，大力支持，办事毫无阻力。
徐阶不但全力支持严讷，而且尽量争取皇帝的默许，使得整顿吏治的工作得以顺利进行。为此，他经常在皇帝面前替严讷讲话，比如说：臣听说严讷主管吏部有方，为皇上守法，一概拒绝请托，不免招来怨恨与诽谤。仰赖皇上圣明，明辨是非，保证吏治整顿顺利进行。又比如说，严讷主张用人打破论资排辈的旧习，徐阶极为赞成，为了减少阻力，他特地请求皇帝下一道特别谕旨：“唯才是用，勿专论资格。”
然而徐阶主政的嘉靖、隆庆之际，政坛高层也不平静，最突出的表现就是高拱与徐阶矛盾的逐渐明朗化。
高拱在嘉靖四十五年进入内阁，得力于徐阶的推荐。徐阶的考虑是周全的，一方面高拱先后主持过礼部、吏部工作，办事干练，很有革新精神；另一方面，高拱长期在裕王府任职，与当时的皇储（后来的皇帝）关系密切，徐阶希望通过他沟通与皇储的关系。
不过高拱此人性格刚直，自视甚高，入阁以后，常常和徐阶发生冲突。徐阶授意他的同乡——吏科都给事中胡应嘉，弹劾高拱“不忠”，使徐、高关系趋于紧张。嘉靖皇帝去世，徐阶绕过其他内阁成员，与张居正起草“遗诏”，引起高拱极大不满，公开扬言：把先帝的过错公示于天下，是诋毁先帝，是大逆不道。平心而论，徐阶和张居正起草“遗诏”带有拨乱反正的意义，高拱的攻击完全是意气用事，效果适得其反，使得他自己处于被动境地。
隆庆元年（1567）的内阁中，首辅徐阶是元老耆宿，张居正是他的门生，李春芳折节好士，郭朴、陈以勤是忠厚长者，唯独高拱最不安分，躁进又不得志于言路。他对徐阶引用门生张居正，瞒过同僚，起草遗诏，耿耿于怀，到处散布流言蜚语，怂恿言官弹劾徐阶；还抓住他的家属子弟通路子、走后门，横行乡里，大做文章，制造“倒徐”舆论。搞得徐阶很被动，不得不向皇帝声辩，请求退休。此举激起朝中官员公愤，纷纷弹劾高拱，称赞徐阶。高拱自讨没趣，以身体有病为由，辞官而去。支持高拱的郭朴也遭到弹劾，被迫辞职。
内阁的纷争并未停息。徐阶再次遭到言官弹劾，请求退休。隆庆皇帝显然对于高拱情有独钟，对徐阶以“国师”自居的姿态，有所不满，当即批准徐阶退休。举朝官员纷纷上书挽留，皇帝不为所动。徐阶离去，李春芳升任内阁首辅，隆庆三年十二月皇帝召回高拱，让他再度入阁，并且兼任吏部尚书。李春芳识相地辞职，把内阁首辅让给了高拱。
一旦大权独揽，高拱便肆意报复。史书这样写道：“（高）拱性强直自遂，颇快恩怨，及再入阁，尽反徐阶所为。”不仅在大政方针上和徐阶对着干，而且不遗余力打击已经退休的徐阶。地方长官见风使舵，落井下石，剥夺徐阶的田产，把他的两个儿子充军。幸亏张居正把高拱赶下台，一切才得以恢复原状。
万历二年（1574），八十一岁的徐阶逝世，皇帝赠予太师荣誉头衔，赏赐谥号“文贞”。《明史·徐阶传》对他的评价还算比较公允：“（徐）阶立朝有相度，保全善类，嘉（靖）隆（庆）之政多所匡救。间有委蛇，亦不失大节。”钱谦益对他是颇为赞许的：“负物望，膺主眷，当分宜（严嵩）骄汰之日，以精敏自持，阳柔附分宜，而阴倾之。分宜败后，尽反其粃政，卒为名相。”目光犀利、言辞直率的海瑞的评价就显得严峻多了：一方面肯定徐阶“自执政以来忧勤国事”，另一方面指责他“事先帝无能救于神仙土木之误，畏威保位”；一方面称赞他为官清正廉洁，“不招权，不纳贿”，另一方面批评他过于“容悦顺从”，只能算作一位“甘草阁老”。海瑞律己严律人也严，在他眼中，当时的官僚几乎多是“一味甘草，二字乡愿”式的人物，治国的药方只有一味温和的甘草，为官准则则是恪守明哲保身的“乡愿”二字。徐阶当然也不例外，不过是“甘草阁老”而已。这样的评价，是否过于苛刻呢？难道要求每一个官僚都像他那样，抬着棺材去骂皇帝吗？政治是复杂的，政坛既需要海瑞这样的“模范官僚”，也需要徐阶这样的“甘草阁老”。倘若没有这位“甘草阁老”的援手，海瑞早已被皇帝处死，他也没有机会上演后来的“罢官”好戏了。