风云激荡的历史长河中，留下了许多难解之谜，建文帝的下落就是其中之一。他是明朝开国皇帝朱元璋的长孙朱允炆，明朝的第二代皇帝——明惠帝，年号建文，人们习惯于称他为建文帝。
本来这个皇位理应由朱允炆的父亲朱标继承，可惜他英年早逝（死于洪武二十五年），朱元璋按照嫡长子继承原则，把朱允炆立为皇储。洪武三十一年（1398），朱元璋病逝，长孙朱允炆继位。出生于洪武十年的他，此时已是英气勃发的青年，成长于深宫的他，温文尔雅，缺少祖父与叔父们的霸气，在位仅仅四年，就被叔父——燕王朱棣赶下台。而祸根恰恰是祖父种下的。
朱元璋出身卑微，当上皇帝后，为了防止开国元勋尾大不掉，效法汉高祖刘邦，把二十三个儿子都封王建藩，作为皇权的屏障；而且明文规定，如遇奸臣擅权，藩王可以声讨，发兵“清君侧”。洪武二十八年他颁布《祖训条章》，给礼部发去一道敕书，特别强调两点：一是“恐后世守成之君生长深宫，未谙世故；山林初出之士自矜己长，至有奸贼之臣徇权利，作聪明，上不能察而信任之，变更祖法，以败乱国家，贻害天下”；二是“汉高祖刑白马盟曰：‘非刘氏者不王。’”
然而，熟读《汉书》的朱元璋只知其一不知其二，忽略了汉高祖分封同姓诸侯王，为刘家天下构筑屏障，结果适得其反。那些同姓诸侯王野心勃勃，和中央分庭抗礼。汉景帝接受晁错的建议“削藩”，引来了藩王的反叛——吴楚七国之乱。他们打出的幌子就是：“请诛晁错，以清君侧。”
历史往往有惊人的相似之处。建文帝即位后，那些分封于各地的藩王们，个个身拥重兵，位高权重，根本不把年轻的侄皇帝放在眼里。在中央集权体制受到严重威胁的情势下，他不得不与兵部尚书齐泰、太常寺卿黄子澄策划“削藩”。藩王们当然不会甘心失去既有的权势，势力最大的燕王朱棣率先发难。建文元年（1399）七月，他在北平起兵，发动“靖难之役”，打着“祖训”的幌子，借口征讨奸臣齐泰、黄子澄，以显示自己的正义性。他发布了给朝廷的公开信，把矛头指向“奸臣齐泰、黄子澄辈”，指责他们“包藏祸心”，“假陛下之威权，剪皇家之枝叶”。口口声声说：“臣守藩于燕二十余年，寅畏小心，奉法循分。”篇末露出了他的本意：“伏观《祖训》有云：‘如朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵，待命天子，密诏诸王统领镇兵讨平之。’臣谨俯伏候命，惟陛下念之。”已经兵戎相见了，表面上还客客气气。
面对燕王的挑战，建文帝发布诏书把燕王“废为庶人”：“朕以燕王（朱）棣于亲最近，未忍穷治其事。今（朱）棣乃忘祖逆天，称兵搆逆，意欲犯阙危宗社，悖逆如此，孰不骇闻……天地不容。已告太庙，废为庶人，遣长兴侯耿炳文等率兵三十万，往讨其罪。”
然而形势的发展大大出乎人们的预料，燕王的“靖难”军节节胜利，朝廷方面处境颇为尴尬。参军断事高巍以“国朝处士”的名义上书燕王朱棣：“臣以为动干戈，孰若和解，使帝者复帝，王者复王，君臣之义大明，骨肉之亲愈厚。”还说：“（大王）实欲效汉吴王倡七国，以诛晁错为名，家必自毁，然后人毁之。”反映了建文帝虽然正义在手，却无可奈何的状况。建文四年五月二十五日，朱棣的军队逼近南京，朱元璋的女儿（朱棣称为“老姐姐公主”）来到阵前，对朱棣说：“这三四年动军马运粮的百姓，厮杀的军，死的多了。事都是一家的事，军马不要过江，回去，天下太平了，却不好？”朱棣没有接受“老姐姐公主”的劝说，反而向南京城里射去一封书信，对“众兄弟亲王众姐妹公主”宣称：“我之兴兵，别无它事，为报父皇之仇，诛讨奸恶，扶持宗社，以安天下军民，使父皇基业传子孙以永万世。我岂有他心哉！”实在是欲盖弥彰，“岂有他心”四字露出了马脚。
建文四年（1402）七月，燕王朱棣打进当时的首都南京，建文帝下落不明，有的说自焚而死，有的说出宫逃亡，众说纷纭，迷茫混沌。朱棣表面上说起兵是为了“清君侧”，其实是想自己当皇帝。为了夺取帝位，必须宣称建文帝已经死亡，否则他就不可能称帝。在装模作样地多次拒绝大臣们的“劝进”之后，朱棣终于登上了梦寐以求的皇帝宝座。这样的做法，未免过于赤裸裸，有篡位的嫌疑。要摆脱嫌疑，他必须否定建文帝的合法性，不但不给建文帝应有的谥号，甚至不承认建文这个年号，把建文四年改称洪武三十五年，表示他并非建文帝的继承者，而是太祖高皇帝的继承者；与此同时，制造舆论，尽力诽谤建文帝：“（建文帝）年幼冲，即位以来，任用奸邪小人、贪墨猾吏……日以甘言巧语，蔽君之聪明，使君淫酗酒色，不遵丧制，不孝于祖，不亲于政事，崇信奸回，放黜师保，屏弃典刑，残骸骨肉，于是秽恶怒于天地。”言外之意，由他取而代之，完全是为了天下社稷考虑。
明成祖朱棣为了粉饰夺取帝位的合法性，指使臣下掩盖历史真相，销毁建文时期的政府档案，肆意篡改历史。后来的《明成祖实录》关于建文、永乐之间的事变，就成了这个样子：“靖难”军队打到南京金川门，“建文君欲出迎，左右悉散，惟内侍数人而已，乃叹曰：‘我何面目相见耶！’遂阖宫自焚”。史家的春秋笔法已经显露无遗，对朱允炆既不称惠帝，也不称建文帝，径直改称“建文君”，显示他并非帝位的合法继承人，因为无脸见人，才畏罪自杀。燕王朱棣则显得高风亮节，捐弃前嫌，立即派人前往救援，无奈来不及。太监把“建文君”的尸体从火中找出，燕王哭着说：果然如此痴呆，我来是为了扶翼你为善，你竟浑然不觉，走上绝路。——这分明是粉饰之词。假如建文帝不自焚，也必死无疑，明成祖上台以后，对建文旧臣展开一场又一场大屠杀，岂肯放过建文帝！
《明成祖实录》所说并非事实真相。明末文坛领袖钱谦益的《有学集》中有一篇“建文年谱序”，颇为感慨地说：他在史局工作三十余年，博览各种典籍，始终对于“建文逊国”（明朝官方关于朱棣夺取帝位的一种标准宣传口径）搞不清楚，而伤心落泪。原因有三：一是《实录》无征，二是传闻异词，三是伪史杂出。因此他称赞赵士喆所编《建文年谱》，荟萃诸家记录，再现真相，感人至深——“读未终卷，泪流臆而涕渍纸”。可见从明初到明末，一直有人在探求建文帝下落之谜。