颇有讽刺意味的是，朱棣自己也不相信建文帝真的自焚而死。永乐五年（1407），朱棣派遣户科都给事中胡荧，以寻访道长张邋遢（张三丰）为幌子，暗中侦查建文帝的踪迹，达十四年之久。胡荧回朝后，把打听到的民间传闻与蛛丝马迹，向明成祖报告。《明史·胡荧传》写道：“惠帝之崩于火，或言遁去，诸旧臣多从者。帝疑之，五年，遣胡荧颁御制诸书，并访仙人张邋遢，遍行天下州郡乡邑，隐察建文帝安在……（胡）荧未至，传言建文帝蹈海而去，帝分遣内臣郑和数辈，浮海下西洋。至是，疑始释。”你看，朱棣如果真的相信建文帝已经自焚而死，何必如此兴师动众呢？明清史专家孟森在《建文逊国考》中说：“果如横云所言，成祖命中使（宦官）出其尸于火已验明的系建文，始以礼葬，则何必疑于人言，分遣胡荧、郑和辈海内海外，遍行大索二十余年之久？”逻辑严谨的反问，直指朱棣的内心深处：公开宣称建文帝自焚而死是为了夺取帝位，暗中派人侦查他的下落是为了防止东山再起。
即使朱棣的子孙后代也认为建文帝的下落是一个谜，明神宗朱翊钧就是一例。他即位伊始，曾下诏为建文朝尽节诸臣建造祠庙祭祀，并颁布《苗裔恤录》，对他们的后裔给予抚恤。万历二年（1574）十月十七日，他在文华殿与内阁大学士们谈起建文帝，提出了一个思虑已久的问题：“闻建文帝当时逃逸，果否？”内阁首辅张居正如实回答：
国史不载此事，但先朝故老相传，言建文当靖难师入城，即削发披缁从间道走出，人无知道。至正统间，忽于云南邮壁上题诗一首，有“沦落江湖数十秋”之句。有一御史觉其有异，召而问之。老僧坐地不跪。曰：“吾欲归骨故园。”乃验知为建文也。御史以闻（报告朝廷），遂驿召来京，入宫验之，良是。是年已七八十矣。莫知其所终。
这段文字见于《明神宗实录》，与祝允明《野记》所说大体相同，可见在明朝中晚期，关于建文帝的下落不再是一个忌讳的话题，事实真相逐渐明朗。有意思的是，朱翊钧对此很感兴趣，刨根问底，要张居正把建文帝在云南驿站墙壁上的题诗，背给他听。听罢，慨然兴叹，又要张居正抄写给他。全诗如下：
沦落江湖数十秋，归来白发已盈头。
乾坤有恨家何在？江汉无情水自流。
长乐宫中云气散，朝元阁上雨声愁。
新蒲细柳年年绿，野老吞声哭未休。
这首诗见于《明神宗实录》，也见于孙承宗《春明梦余录》，与建文帝的遭遇和气质十分相符。明朝野史关于建文帝逃亡生涯的记载，大体是这样的：
建文四年六月，建文帝得知南京金川门失守，长吁短叹，想自杀以谢国人。翰林院编修程济说：不如出走流亡。少监王钺提醒皇上：高皇帝升天之前，留下一个宝匣，交代说，如有大难，可以打开。众人一起赶到奉先殿左侧，找到这个红色宝匣。建文帝见到祖父的遗物，打开以后，但见里面有三张度牒，分别写着“应文”、“应能”、“应贤”，里面还有和尚的袈裟、帽子、鞋子、剃刀，以及银元宝十锭。第一张“应文”度牒写着：“应文从鬼门出，其余人等从水关御沟而行，薄暮时分在神乐观的西房会合。”建文帝感叹道：这岂非天数！看来朱元璋在安排皇太孙为继位时，似乎料到可能会发生宫廷政变，临死前作出这样的应急预案。
于是乎，程济立即召来主录僧博洽和尚为皇上剃去头发，换上袈裟、僧帽、僧鞋。吴王教授杨应能表示愿意剃度，随帝流亡。监察御史叶希贤说：臣名有一个贤字，无疑就是“应贤”，也剃度随从。当时在场的五六十人痛哭流涕，都愿意随从流亡。建文帝说：这么多人一起行动，势必引起怀疑，决定由九人陪他前往鬼门，到神乐观乘船前往太平门。少顷，杨应能、叶希贤等人赶来会合，一行人开始了流亡生涯，途经吴江、襄阳，来到云南。
当胡荧前往云南侦查的消息传来，建文帝决定遁迹深山。
匆匆间，成祖死，仁宗即位，不到一年仁宗死，宣宗即位，十年后英宗即位。皇帝换了好几个。政治环境稍显宽松，是他再现真身的时候了。正统五年（1440），正在广西的他对程济说，我决意东行。
颇有书生意气的他，流亡中经常诗兴大发，最著名的就是前面提到的那首“沦落江湖数十秋”。另两首题写在贵州金竺的罗永庵墙壁，其一是：
风尘一夕忽南侵，天命潜移四海心。
凤还丹山红日远，龙归沧海碧云深。
紫薇有象星还拱，玉漏无声水自渗。
遥想禁城今夜月，六宫犹望翠华临。
其二是：
阅罢楞严磬懒敲，笑看黄屋寄团瓢。
南来瘴岭千层回，北望天门万里遥。
款段久忘飞凤辇，袈裟新换衮龙袍。
百官次日如何处？唯有群鸟早晚朝。
巧得很，同寓所的一名和尚，偷到建文帝的诗稿，跑到思恩知州岑瑛那里，大言不惭地说，我就是建文帝。岑瑛大为惊讶，马上报告藩司。藩司下令把那和尚与建文帝一并逮捕，飞章报告朝廷。当朝皇帝（英宗）命令把他们押解京城，由监察御史审问。那和尚声称：年九十余，且死，想葬于祖父陵墓旁。御史反问道：建文君生于洪武十年，而今正统五年，应当是六十四岁，何得九十岁？后来查实，那和尚名叫杨应祥，钧州白沙里人。建文帝此时把实情告诉御史，御史上报皇帝，皇帝派曾经服侍过建文帝的老太监吴亮来试探虚实。建文帝见到老太监，脱口而出大喊一声：难道你不是吴亮？吴亮故意说不是，他纠正道：我有一天在便殿就餐，吃子鹅，一片鹅肉掉到地上，你手里拿着壶，趴在地上把它吃掉了。还说不是你！吴亮知道建文帝左脚趾有黑痣，查看后果然，想不到几十年后还能够见面，伏地痛哭，不能仰视。于是，英宗把建文帝迎入宫中养老，人们称他为“老佛”。“老佛”寿终正寝后，葬于西山，不树不封——成为一座无名墓。
以上所说，当然是野史传闻，却见于《吾学编》、《皇明资治通纪会纂》、《皇明忠义存褒》、《明史纪事本末》和《明朝小史》等文献，可见受到史家的采信。但是质疑者也不少。清初万斯同在《明史稿·史例议》中说：“明代野史之失实，无有如建文逊国一事。”朱彝尊在明史馆时，写信给总裁，就《明史》建文帝本纪的写法，对野史表示怀疑。正反两方面的意见并存，使得《明史》的编纂者进退失据，它的卷四“惠帝纪”这样写道：
都城陷，宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后于火中。越八日壬申葬之。或云：帝由地道出亡。
夏燮《明通鉴》对这种写法有所非议：“既云‘帝不知所终’，何以下文又有‘出帝后于火中’之语，未免上下矛盾。”他自己的写法就比较合乎逻辑：“上（建文帝）知事不可为，纵火焚宫，马后死之。传言：帝自地道出，翰林院编修程济、御史叶希贤等凡四十余人从。”
根据夏燮的“考异”，《明史》所说“出帝后于火中”云云，根据的是《明成祖实录》；“帝不知所终”云云，则是参考了“野史之说”。他说，明人关于此事的记载，有“数十百种之多”，即使收入四库全书存目的也有二十多种，大多是说建文逊国以后“为僧之事”，而不认为“宫中火起便是建文结局”。
由于建文时期的档案史料已被销毁，《明成祖实录》充满谎言，《明史》又自相矛盾，因此现在要确切考证建文帝的下落，犹如雾里看花，那只好仁者见仁、智者见智了。