方孝孺在威胁利诱之下屈服了吗？当人们看到他拿起笔往纸上落下时，以为他要起草“即位诏书”了，全神贯注盯着看。方孝孺从容不迫地在纸上写了四个大字：“燕贼谋反”。然后把笔一丢，边哭边骂：死就死，诏书决不起草！朱棣威胁道：难道你想快点死？难道不顾虑株连九族？方孝孺应声答道：即使株连十族，也奈何我不得！
朱棣恼羞成怒，下令武士把他的嘴割破，使他无法讲话，并把他关进监狱。然后四处逮捕他的亲族、朋友、门生，当着方孝孺的面，一一处死。历史上的株连九族，是指父族四、母族三、妻族二，株连十族是在九族之外加上朋友门生一族，是朱棣的一大发明。受到株连而死的有873人，充军边地而死者难以计数。他的妻子郑氏和两个儿子自缢而死，两个女儿投秦淮河而死。那些受株连的人显然是无辜的，他们的后裔经受了长期的凌辱。万历十三年（1585），朝廷宣布大赦受方孝孺牵连而充军者的后裔，竟然有一千三百人之多！
方孝孺本人被押往聚宝门外，凌迟处死，就义前留下了一首绝命诗：“天降乱离兮孰知其由？奸臣得计兮谋国用猷。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求？呜呼哀哉兮庶不我尤！”
铁铉之死比方孝孺更为惨烈。兵部尚书铁铉率军死守济南，给燕王军队沉重打击。兵败后被俘，押解到宫中，不愿正面向朱棣称臣，背身而立，正气凛然。朱棣下令割去他的耳朵、鼻子，继而下令割他的肉，塞入他的口中，问道：甜不甜？铁铉傲然回答：忠臣孝子的肉，当然是甜的。
朱棣无计可施，下令当场凌迟处死。在行刑过程中，铁铉始终骂声不绝。朱棣命令武士扛来一口大锅炉，把铁铉的尸体投入翻滚的沸油中，然后把尸体捞出，让他面向朱棣站立，竟然办不到。朱棣大怒，命令太监用铁棒挟持，使他面孔朝北。朱棣笑道：你今天也不得不朝见我了。话音未落，身上的沸油突然飞溅，太监吓得弃棒而逃，尸体仍然反背如故。野史传闻如此活灵活现，令人惊叹不已。他的两个儿子被处死，妻子杨氏和两个女儿发配教坊司为娼。杨氏病死，女儿始终不肯受辱，赋诗明志：“教坊脂粉洗铅华，一片闲心对落花，旧曲听来犹有恨，故园归去已无家。”
朱棣在惩处景清时又有一大发明，叫做“瓜蔓抄”。景清是个奇人，《明史》说他“倜傥尚大节，读书一过不忘”。建文初年，以都察院左都御史身份出任北平参议，燕王与他交谈，言论明晰，大为赞赏。不久，被召回都察院。南京陷落后，他与方孝孺等相约，以身殉国。然而，他却单独向朱棣表示归顺之意，得以留任原官。此举颇受建文旧臣的非议，其实错怪了他。原来他想潜伏下来，乘机行刺朱棣。此事的案发，据《明史》所说，颇有一点戏剧色彩。主管天象的官员向朱棣报告：“异星赤色犯帝座甚急。”迷信天象的朱棣信以为真，立即怀疑景清图谋不轨。上朝时，他看到景清身穿红衣，神色异常，马上命人对他搜身，果然查获随身携带的凶器。景清奋起喊道：“欲为故主报仇！”当然，仇来不及报，就被处死了。
景清死得很惨，斩首后，还要剥皮。朱元璋当年为了“以重典驭臣下”，搞了不少酷刑：刷洗、秤杆、抽肠、剥皮，听起来都汗毛凛凛。官吏贪赃银子六十两以上，先斩首，后剥皮。州县衙门左边的城隍庙，就是剥皮的刑场，剥下的皮囊塞进稻草，吊在旗杆上示众。朱棣下令把景清剥皮实草，悬挂于长安门。无巧不成书，朱棣的轿子经过长安门，悬挂皮囊的绳索忽然断了，景清的皮囊掉落在轿子前面，状如扑击，朱棣大吃一惊，下令烧毁。
一日，朱棣午睡，梦见景清手拿利剑追杀过来，吓得他出了一身冷汗。醒来后惊叹：想不到景清死了还这么厉害！下令诛杀他的九族以及乡亲，一共株连了几百人。他的乡亲全部被杀，村庄化为一片废墟。这就是令人毛骨悚然的“瓜蔓抄”。
“瓜蔓抄”并非孤立的事例。大理寺少卿胡闰，与齐泰、黄子澄昼夜策划军事。南京陷落后，不肯归附朱棣，与儿子一起被处死。他的家乡江西饶州城西硕辅坊，乡亲217人被牵连处死。吕毖《明朝小史》描写那里的惨状：“一路无人烟，雨夜闻哀号声，时见光怪。尝有一猿，独哀鸣彻晓。东西皆污池，黄茅白苇，稍夜人不敢行。”御史高翔颇有军事才干，朱棣闻名召见，高翔却穿了丧服前来，出言不逊。结果，除了本人处死，株连亲族之外，朱棣还搞了一点新花样。《明朝小史》写道：“帝没御史高翔田产，给诸百姓，皆加税，曰：‘令世世骂高御史也。’又，发其先墓，杂牛马骨焚灰扬之，而以其地为漏泽园。”
朱元璋推行特务政治，设立检校、锦衣卫，承担监视官员的特殊使命。
检校的职责是“专主察听在京大小衙门官吏不公不法及风闻之事”，直接报告皇帝。朱元璋自己坦率地说：有这几个人，譬如人家养了恶犬，则人怕。检校的鹰犬无孔不入，到处刺探，一举一动都报告皇帝，皇帝对大臣的一言一行了如指掌。
胡惟庸案发两年后，即洪武十五年（1382），在检校之外建立了锦衣卫。这是一个由皇帝直接指挥的军事特务组织，掌管侍卫、缉捕、刑狱，凌驾于刑部、大理寺之上。它所设的监狱称为“诏狱”，逮捕皇帝特批的人犯。处理胡惟庸党案、蓝玉党案，锦衣卫起了很大的作用。
朱元璋晚年意识到“法外加刑”，使得人人自危，告诫他的继承者：“非守成之君所用常法。”有鉴于此，他取消了锦衣卫诏狱。朱棣登上皇帝宝座以后，把它恢复了。正如孟森所说，锦衣卫诏狱是“以意杀人”，“不由法司问拟，法律为虚设，此皆成祖之作俑也”。
不仅如此，朱棣还建立另一个特务组织——东厂。《明史·刑法志》说：“东厂之设，始于成祖。”朱棣在北平时，为了刺探南京情报，收买建文帝左右的宦官为耳目，即位以后，特别倚重宦官，东厂就是由宦官掌控的机构。从此厂卫横行，流毒无穷。《明史·刑法志》还说：“盖明世宦官出使、专征、监军、分镇、刺臣民隐事诸大权，皆自永乐间始。”毫无疑问，朱棣把特务政治推向了一个新高度。
吴晗对明太祖朱元璋有一个尖刻的评语：“十足自私惨刻的怪杰。”这个怪杰的二十几个儿子，得其真传的莫过于朱棣，把这一评语加到他的头上，无需增一字减一字，正好合适。朱元璋的皇太子朱标，《明史》说他“为人友爱”；朱标之子即朱元璋的皇太孙朱允炆，《明史》说他“仁柔乐善”，都不像朱元璋、朱棣那样“自私惨刻”。同一父亲所生的儿子，秉性截然不同，只有朱棣酷似乃父。
明成祖朱棣并非无能之辈，他五次出征漠北，亲历战阵，并且死于榆木川军旅途中，还发动了郑和下西洋这样的壮举，应该说是颇有作为的皇帝。历史是复杂的，历史人物有他的多面性。在溢美“永乐大帝”的当下，尤其需要看到有意无意忽略的另一面。