朱棣酷似乃父朱元璋，并不是从容貌体形而言的，从长相来看，两人迥然有别，乃父獐头鼠目，儿子魁梧高大、满脸络腮胡须，两人很不相像。但是从政治品格来看，朱元璋是“十足自私惨刻的怪杰”，在这点上朱棣酷似乃父。洪武三十一年（1398）闰五月朱元璋驾崩，皇太孙朱允炆继位。不久，户部侍郎卓敬向新皇帝呈递秘密奏疏，其中最重要的一句话就是：“燕王（朱棣）知虑绝伦，雄才大略，酷类高帝（朱元璋）。”如果光看字面，似乎是对朱棣的褒奖之词，其实是话中有话。再看他的下文，端倪便显露出来了。卓敬说这句话的本意是提醒新皇帝，要提防此人：“北平形胜地，士马精强，金、元所由兴。今宜徙封南昌，万一有变，亦易控制。”建议把燕王朱棣从北平改封到江西南昌，便于控制。他还意味深长地说：“将萌而未动者几也，量时而可为者势也，势非至刚莫能断，几非至明莫能察。”第二天，朱允炆召见卓敬，责问道：燕王是朕的骨肉至亲，你怎么可以说出这样的话来？卓敬当即叩头请罪，解释道：臣所说的是天下至关重要的大计，愿陛下明察。朱允炆没有接受卓敬的意见。在对朱棣的判断上，卓敬显然棋高一着。
洪武二十五年，皇太子朱标病逝，法定接班人死了，由谁来继承皇位？明太祖朱元璋十分欣赏四子燕王朱棣，因为性格、脾气、作风都与他酷似，想立他为皇储。翰林学士刘三吾期期以为不可，理由很简单：把二子秦王、三子晋王置于何地？他建议立朱标的长子即皇太孙朱允炆为皇储，那样的话，“四海归心，皇上无忧”。朱元璋采纳了这个利弊参半的建议，“利”的方面是，体现了嫡长子继承的原则，可以服众；“弊”的方面是，那些藩王都是皇太孙的叔叔，能够容忍一个年轻的侄儿做皇帝吗？燕王朱棣尤其难以摆平，在二哥秦王、三哥晋王相继死去后，他自以为是理所当然的接班人。洪武三十一年朱元璋去世，皇太孙即位，成为明朝第二个皇帝，年号建文。于是，建文帝与燕王的矛盾逐渐明朗化。朱棣心怀异志，却颇会伪装掩饰。郑晓《初学编》写到这样一些细节：朱棣在燕王府经常装病，久而久之，宣称病入膏肓。大暑天居然围着火炉，还冷得发抖，连喊：太冷了，太冷了。在王府中走路，都拄着拐杖。有的野史甚至说，朱棣常在街上发酒疯，倒在路上胡言乱语。所有这一些，刻意制造假象：他是一个胸无大志的庸人。
种种迹象表明，机敏过人的朱元璋对叔侄之争是有所预料的，他事先留下遗诏，关照分封各地的藩王不得前往南京哭临，意在防止争夺皇位的宫廷政变。
燕王朱棣得到父皇驾崩的噩耗，立即带领军队从北平赶往南京奔丧，快到淮安时，建文帝派人带来先帝遗诏——“诸王各于本国哭临，不必赴京”，只得悻悻然退回北平。心怀不满的朱棣发布了《报父仇书》，责问建文帝：“焉有父死而不得奔丧者也？”并且援引他即位之初所说的话，以子之矛攻子之盾：
陛下即位之初，尝谕普天下文武百官，其中有云：“太祖高皇帝用心三十年，大纲纪大法度都摆布定了。如今想着太祖皇帝开基创业，平定天下，便如作了一所大房子与人住的一般。若是做官的政事上不用心，不守法度，便是将房子拆毁了，却要房子里安稳住的一般，世间安有此理。”旨者言乎。今陛下听信奸臣齐（泰）尚书等之言，即将祖业拆毁，与诏旨大相违背。
一个藩王居然敢和皇帝这样叫板，野心已经暴露无遗。这一点也许朱元璋早有预料。根据野史记载，他甚至考虑到有可能会发生宫廷政变，因此预先给皇太孙朱允炆留下锦囊妙计，放在红色的宝匣之中，去世前交代说：如有大难，可以打开。建文四年（1402），朱棣的反叛军队进入南京金川门。建文君臣在危难之际打开这个宝匣，里面有三张度牒（和尚的证件），以及袈裟、僧帽、僧鞋、剃刀、银元宝等物，要建文君臣化装成和尚潜逃出宫。还有如何脱身的预案：朱允炆从鬼门出宫，其余人等从水关御沟出宫，薄暮时分在神乐观会合。朱元璋的这种预感，是出于对四子朱棣的了解，他与皇太孙的较量不可避免。
朱允炆在即位之前也已经感受到叔父的潜在威胁，他向太常卿黄子澄请教如何化解这个威胁。黄子澄援引汉景帝平定吴楚七国之乱的历史典故，示意削藩——削夺藩王的权力。即位以后，在齐泰、黄子澄的辅佐下，建文帝加快了削藩的步伐。他在“削燕王属籍”的诏书中明确指出：先皇帝在世时，朱棣“包藏祸心，为日已久”，现已祷告太庙，将他废为庶人。
燕王朱棣则打出“清君侧”的幌子，指责奸臣齐泰、黄子澄等，“假陛下之威权，剪皇家之枝叶”，发兵南下，夺取久已觊觎的皇位。同样是藩王反叛朝廷，汉朝的吴楚七国之乱、西晋的八王之乱都以失败告终，而明朝燕王的“靖难之役”却胜利了，朱棣成了明朝第三个皇帝——成祖，年号永乐。
朱棣当上皇帝之后，为了粉饰夺取帝位的合法性，摆脱篡位的嫌疑，必须制造舆论，否定建文帝的合法性，把建文四年改称洪武三十五年，表示他是太祖高皇帝的直接继承者。与此同时，对主张“削藩”，抗拒“靖难之役”的建文朝大臣，实施残酷的大屠杀。孟森在谈到“靖难后杀戮之惨”时，用了一句分量极重的话：“皆人类所不忍见闻者。”这在他的著作中是极为罕见的。
永乐初年，再现了洪武年间胡惟庸党案、蓝玉党案大屠杀的一幕，其残酷程度有过之而无不及。孟森分析道，朱棣篡位成功，臣民以为他毕竟是太祖的儿子，夺位不过是帝王家事，没有必要为建文报仇，非口诛笔伐不可。在这种情况下，他完全可以豁达大度，对建文旧臣不予追究，未必会有什么后患。即使要杀几个建文亲信，也不必株连他们的亲属，连妇女儿童也不放过。但是朱棣没有这样的雅量，因为篡位心虚，必须造成无人敢于议论的威慑恐怖气氛，在这点上，他深得乃父“以重典驭臣下”的真传。
对方孝孺的惩处，最为典型地暴露朱棣的心虚。攻占南京，进入紫禁城后，他当即召见被谋士僧道衍誉为“读书种子”的方孝孺，希望由他来起草“即位诏书”。这份“即位诏书”，如果由建文旧臣、德高望重的方孝孺起草，可以起到意想不到的作用，洗刷篡逆的恶名。方孝孺这个“读书种子”偏偏不领情，宁折不弯，不为所动。他披麻戴孝来到宫中，为建文帝嚎啕大哭。
朱棣有些尴尬，讪讪地为自己辩解道：我是仿效周公辅佐成王。方孝孺反问：成王在哪里？朱棣回答：他自焚而死。方孝孺追问：为何不拥立成王的儿子？朱棣回答：国家仰赖年长的国君。方孝孺紧追不舍：为何不拥立成王的弟弟？朱棣被追问得理屈词穷，从座位上走下来，好言相劝：这是我们家的事，先生不必过于操心。即位诏书非先生起草不可。语气毫无商量的余地。