顺治二年，徐州（今江苏）任应乾聚众反清，起义军占据山险并与附近山东，河南等地的农民起义相配合，一致抗清。农民军占据了徐州附近的驹嘴、天门寺、黄藏峪、白工洞等有利地形，凭地利人和频繁地杀官绅，劫土豪，农民军每股仅数百人但却英勇无畏，多次打击了清朝的军队。后因各股间独自作战，被清总兵王之纲、苏见乐各个击破，致使各股起义军将士或杀或俘，起义失败。
在徐州，清顺治三年（1646年）又发生了吴任之领导的反清起义。吴任之利用当地乡民的封建迷信思想，号召乡民反清。并且与虞山农民军首领张万紫联络，利用砀山知事作佛事的机会，号召群众夺占了砀山县城，并且俘获了典史江应元，起义者没收官库物资，开仓放粮，附近百姓欢喜不尽，清廷在徐州的地方统治受到了很大的打击。后由于起义者的麻痹，疏于戒备，被清军和当地的乡绅里外夹击，砀山失守，起义军战败四散而逃，吴任之也逃跑了，起义失败。
在甘肃，1648年（清顺治四年）爆发了由米喇印、丁国宝等领导的回民起义。清军在陕、甘地区击败李自成的反清武装之后，明朝旧臣和西北边疆各族仍继续反清。甘州（甘肃张掖）副将、回民米喇印，趁清军大部入川进剿的机会，联合回民丁国宝等，聚众起义，起义者迅速增至10余万人。回民义军杀死清朝巡抚张文衡等大批官吏，使满清朝野震惊。回民们又拥立原明延长王朱识錝，以“反清复明”相号召。丁国宝串一部分义军守甘州，并东进攻克附近的地区，杀官劫府打击清军。起义军一鼓作气，连克凉州（甘肃武威）、兰州、狄道（甘肃临洮）、巩昌（甘肃陇西）、岷州（甘肃岷县）、渭源、通渭、洮州（甘肃临潭）等10余个州县。清廷在震惊之余，下令镇压。清陕西总督孟乔芳奉令调集陕、甘清军前往围剿，但遭到起义军的反击。清廷又调满州八旗兵及外蒙古军集中于秦州（甘肃天水），然后重点进攻起义军活跃的地区。米喇印的义军不敌清军的强攻，退守靖远，但在水泉堡（甘肃靖远东），义军又与清军遭遇，激战的结果，米喇印战败，被俘牺牲，这一支回民部队因此而溃散瓦解。八月，清军又集重兵围攻甘州，与此同时，在狄道又兴起一支以“闯榻天”为领袖的回民义军，清军防不胜防。为了保卫甘州，以丁国宝和黑承印为首的回民武装在甘州城内与清军对峙了半年之久（自顺治五年八月至六年正月）。清军一面攻城，一面诱降。然而城内义军宁死不屈，清军无计可施，清军恼羞成怒，下令疯狂进攻。战斗激烈时一日攻达10余次之多，清军和义军伤亡都很大。最后，城内守军因孤立无援，人力、物力损失太大．被迫放弃甘州，退至肃州（甘肃酒泉）。在肃州，义军与当地维吾尔族群众联合抗清，并积极响应山西大同姜壤的反清之变，反清斗争又趋高涨。到顺治六年（1649年）十一月，肃州城终于被清军攻占，丁国宝等起义军将领战败，被俘栖牲。不久，狄道的义军也被清军残酷镇压。这样，关、陇一带轰轰烈烈的抗清起义宣告失败。
清军进剿西安后，陕西各地农民军受到了血醒的镇压，因为这里是明末农民起义的发源地，是清廷重点围剿之地。但西安人民以及西安周围山寨农民奋起抗清，以后又有陕南农民军团结明朝旧将在五郎山起事，并配合其它义军，围攻西安长达7个月之久。
总之，在李自成大顺农民政权反清斗争的影响和推动下，河北、河南、山东、山西、陕西等北方各省的农民纷纷举起抗清义旗。各省的农民起义此起彼伏，虽然各自为战，没有统一的指挥和协调，并且均以失败告终，但这种抗清斗争发生手清军入关后不久，破坏了清朝统治的稳固性，给清军以沉重的打击，阻止和拖延了清军的南下，从而有利地配合了南方各族人民的抗清斗争。因此北方各地的农民起义是抗清斗争的先锋和主力军。
§§§第二节 大江南北抗清斗争正酣
清军入关，在一年多的时间里打败了李自成的农民政权，又摧毁了南明弘光政权，清军的势力迅速席卷了半个中国。作为新崛起的军事力量，清王朝在短短的时间内取得了令人心惊目眩的胜利，但是，它对农民军的血腥镇压，它在南下胜利进军过程中野蛮的烧杀抢掠，以及由于民族之间的隔阂和社会制度的差距，它入关后采取的一系列高压政策，使得满族贵族与广大汉族农民处于严重的冲突之中。国内的民族矛盾，特别是满汉间的矛盾迅速上升。南方的农民抗清义军和地主阶级政权在清军步步推进的压力之下，由互相仇视和战争转为互相靠拢，并开始了一定程度上的合作，共同抗清，随着清军的进攻矛头指向浙、赣、闽、粤东南地区，民族矛盾日益激化，人民群众和许多地主士大夫纷纷卷入了抗清斗争的洪流。抗清斗争中，既有下层农民和市民对清军残酷暴行的自发反抗，也有汉族士大夫为恢复明朝统治的狭隘的图谋。他们有的持城固守，抗拒强敌，有的结寨深山，自保家园；有的困守海岛，矢志不屈，弘光王朝土崩瓦解之日，正是江南抗清武装风起云涌之时。
江南一带，在清军南下之前，就有反抗地主阶级压迫的农民革命组织，如溧阳藩茂、藩珍领导的削鼻、珐琅诸党。清军南下以后，这些农民组织团结广大贫苦农民，同仇敌慨，开展抗清斗争。仅溧阳一地，其力量发展“遂至十六区”。徐州的农民队伍，曾一度占据徐州西部，阻止清军南下。针对清军的野蛮镇压和灭绝人性的大肆屠杀，江南及东南沿海地区的人民群众奋起反抗，宁死不屈。
清军兵临南京后，腐败的南明官军不战而溃，但南京周围的地区，如金牛、六塘、陶村、聂村、邓村等地农民，“借练乡兵为名”，奋起与清军作战。
1646年8、9月间，溧阳、金坛、兴化等县农民军2万人，曾配合明宗室举兵进攻南京，兵抵神策门。抗清力量在江南的迅速兴起和发展，并且敢于攻打大城市，大出清统治者意料之外，农民军不畏强敌，以后又多次袭击南京，使清统治者坐卧不安。
太湖渔民起义太湖地区的广大贫苦农民、渔民、在赤脚张三的领导下，以淀山、长白荡、澄湖为基地，组成抗清义军，他们“虏富家子置山寨，勒千金取赎”以充军饷，对广大贫苦百姓则“仍分子交易”，“故众多归之”。太湖的农民和渔民的抗清斗争威胁了清朝在苏（州）、松（江）一带的统治，鼓舞了当地各阶层人民。1645年7月，太湖的农民和渔军联军参加了吴江进士吴日生等发动的抗清起义。起义战士一律用白布裹头，称“白头军”。“白头军”以农民和渔民为主力，攻打吴江，占据宜兴作为根据地，袭击横山、木凟等镇（江苏吴县境），活跃在太湖地区。清廷几次派兵前往围剿，都被起义军击败，清廷被这支神出鬼没的义军牵着鼻子转。清贝勒八王爷亲自督战，率兵到太湖“征剿”，结果遭到起义军的伏击，竟被赤手空拳的起义军用石头打死，起义军主动攻打清军，从而牵制了一部分清军兵力。白头军还曾挥师东破浙江的海盐，回攻嘉善，声震江南。因为白头军严刑镇压官吏富坤，打富济贫，远近百姓争相归附，白头军借长江等河流的地理、特点，与清军周旋于太湖地区的港口湖汉，出没无常，坚持抗清10余年。只是由于起义军内部成份日益复杂，1647年7月以后清军进攻连连得手，起义军力量有所削弱，吴日生被杀。白头军在赤脚张三的带领下继续抗清，出没于苏、常等地，多次挫败清军。清军对白头军束手无策，因为“湖路埂塞，莫可如何”。从而给吴江吴易等人的抗清斗争树立了榜样，客观上支持了吴易，白头军成为江南抗清的一面旗帜。直到清康熙元年，太湖东山地主朱允恭、韩心康设计宴请张三，乘其酒醉之际，擒获献于清军，赤脚张三英勇牺牲，太湖起义军遂后被清军镇压。
吴江人吴易在顺治二年秋，继赤脚张三起义不久，也在吴江号召人民起义抗清，并迅速组织起一支训练有素、纪律严明的吴江义军，与江阴（江苏今县。）陈明遇、阎应元领导的守城抗清相呼应。平望一战，起义军击败了由清嘉兴总兵李遇春的进犯。起义军还曾在芦苇荡中设伏，突袭并击溃了清提督吴兆胜统领的水陆军的围剿，俘获船只20余艘，与清军在水面上周旋，相持数日。后来，清贝勒博托攻占杭州之后，亲自领兵前往吴江，与吴兆胜军联合进攻起义军，封锁了吴江县城以及水路全部港口矿然后攻破吴江，吴易抗清失败。
同样是在顺治二年，昆山县的百姓怒杀了降清的县丞阎茂才，于七月举行起义。百姓推举当地贡生朱集璜等人为领袖，聚众千余人，立明朝旗帜，号称“其义兵”，并推明旧将王佐才为帅，守城抗清。常熟士民严拭也聚众响应。清军调集了30万之多的大军，兵临昆山县城，以火炮猛轰。城内义军坚持抵抗，清军连向城内发射900余发炮弹，破城而入。义军与清兵展开巷战，结果寡不敌众，起义领袖数10人及全部抗清义军壮烈牺牲，城内百姓也惨遭杀害。不久常熟也被清军攻克。
吴江的吴易起义被清军镇压之后，吴易的部将钱应魁（一名钱大）回松江原籍，招集旧部，领导乡民继续抗清。起义军以泖湖（松江县西）为根据地，东与海上义军祁国始联络，南与浙、闽的南明鲁王、唐王政权的反清斗争相配合，再加上泖湖十带水道曲折、千汊万港、湖海交连的优越地理位置，起义军力量迅速壮大，组成了水、陆部队，劫夺清官兵的钱粮以充军用，自备了弓箭器械，后来又接受了南明桂王永历帝的招抚，钱应魁为平南将军。起义军有大小船只300余，活动在江、浙一带，成为清军的劲敌。清巡抚张中元、水师游击杨芳的部队先后被起义击败。起义军在泖湖发展10余年，给清军很大打击。直到清顺治十五年（1658年）二月，清江南总督郎廷佐调重兵，分九路包围、打击起义，经过血战，钱应魁被俘牺牲，将领大部分伤亡，起义失败。
顺治四年（1647年），盐城和淮安等地暴发了以周元山、张华山等为首的盐民起义。他们不堪忍受清廷对盐民的盘剥，召集了淮安、盐城一带的盐民数千人，起义反清。盐民们拥立明益王朱，奉南明唐王朱聿键的隆武年号，用以号召盐民和贫苦百姓。起义军首先选中了淮安，于夜间突袭，在给守城的清军以重创之后迅速撤离。九月，起义军又集中兵力进攻滨海要地庙湾（江苏阜宁），经过一个昼夜的激战，起义军击伤清军庙湾游击潘延吉，俘获清将耿嘉乐，占领庙湾作为根据地，并不断打击清军，清廷于十月夜征调徐、扬、凤、泰各州府的驻军，并由江宁增调满、汉军队，集中“会剿”，起义军战败溃散。十二月，益王朱及起义军首领孙盛宇等在如皋被俘，起义失败。
江阴人民抗清起义清军在江南和东南沿海地区节节胜利，连续攻灭了南明的几个小朝廷，兵锋所向，如摧枯拉朽，充分发挥了它的战争机器的效能，显示了在军事上的强大和迅捷。但是，清军每攻取一地，烧杀掳掠，“子女玉帛”，捆载而去，供满族贵族的享受和驱使。东南繁华地区到处是颓垣废墟，变成一片荒凉景象，使生产遭受严重破坏，人民生活更加痛苦。压迫愈深，反抗愈烈，江南和东南沿海地区的人民群众，奋起反抗清军的骚扰侵害，此伏彼起的抗清斗争风起云涌。
清军对江南地区实行军事控制以后，为了实现对全国人民进一步的统治，清政府采取了一系列强制性的措施，企图从制度到生活习俗等方面，清除明朝统治的痕迹和影响。
1645年8月，清廷下令在江南实行“剃发令”，即强迫汉人仿照满人的习惯，剃去前额和四周的头发，在脑后梳辫。在满清统治者看来，剃发是汉人投降归顺的标志。清统治者竟然规定：自布告下达后10日之内。各地人民一律剃发。凡是不剃的，迟疑的，上表章请求保存明朝制度的，一律“杀无赦”。在州县的命令上，更写了“留头不留发，留发不留头”等语。与此同时，清政府还派兵丁巡行街头，武装强迫剃头，稍一反抗，就把头砍下来。
本来，由于清军江南的暴行和一系列民族高压政策的实施，早已激起各地人民的无比愤怒，剃发令的颁布，起着火上浇油的作用，抗清斗争如燎原烈火，在社会各阶层中迅速蔓延。汉族中除一批官僚地主豪绅投诚依附，引导清军加倍压迫和奴役人民以外，广大的农民群众（包括灶丁，渔户），城市市民，商人和小手工业者，以及不少地主和知识分子，纷纷行动起来。他们组织各种形式的抗清义军，坚持“头可断，发决不可剃”，开展大规模的反剃发斗争。它是第一个全国抗清高潮的组成部分，许多城市，如江苏的常州、无锡、宜兴、江阴、常熟、松江、昆山、华亭、吴江、崇明、金山卫、浙江的嘉兴、平湖、嘉善、湖州、绍兴等地，都先后举行抗清起义。