在鲁西曹州一带的榆园农民军起义影响最大。据顺治元年八月山东巡抚方大猷报：“土寇马应试，自（祟祯）十三年作贼，聚众万余，迄今五载，……”榆园农民军原是反明朝腐朽统治的起义队伍，清军打入北京，榆园军转入抗清斗争。1645年李自成牺牲之后，榆园军执行了团结其它阶层抗清力量共同对敌的正确政策，“数日之内，袭陷四城，聚众至数10万”。在山东、河北、河南三省交界处，形成抗清的中心力量，榆园军的领袖人物有任七、张七、李化鲸、马应试、范慎行（范次吾）等，他们率领起义者占领了榆园丛林地带作为根据地，筑营寨、掘地道、设官分职、编组军队，并拥有洋枪洋炮等精良武器。起义军广招流散，为民除害，同时又联络了一批反清的知名知识分子作为谋士，从而提高了榆园军的声威。成为清初农民起义中较为有组织、有纪律的农民武装。榆园军以濮州、范县为根据地，活动于朝城、观城、郓城、城武等县，“凡数百里”，众“号百万”。当南明福王政权被清廷剿灭之后，榆园军就独自担负起在江北一带的抗清重任，与清军周旋。清顺治二年，榆园军在李化鲸等人领导下先后攻占了曹州（山东荷泽）、僕州（范县西南）、定陶、城武（成武）、旧城，拥立明忠义王建都曹州称帝，改元天正，并且“设官置将”，“聚众至数10万”。之后，连克巨野，东明等地，清廷朝野震动，调集河北、山东两省的军队前往围剿，把曹州城包围达两个月之久，却久攻不下。顾治四年，榆园军又西破南乐，开州（河北漠阳），与河南农民军取得联系，分兵南进归德（河南商丘），北攻大名，大有进取北京之势，榆园军“结连北直、河南”等地义军，攻城占地，“势如鼎沸”。清王朝统治者又惊又怕，招抚不成，攻战不克，决计采用残酷的镇压手段。顺治五年八月，在攻打兰阳县（河南兰考）战役中，农民军被清兵“焚毁‘贼’楼，杀死2000有余，烧死男妇2000有余”。榆园军范次吾部在东明县黄堌集被清兵包围，经过两天两夜的拚杀，农民军被杀死、烧死1000余名。清军在围攻曹州的两个月当中，各营“得获马骡、器械，留营应用，牛驴赏给伤亡及有功官兵；妇女……并应赏给官兵，以示鼓励”。面对清军的暴行和杀戳，榆园军更加顽强，斗争更加坚决。1649年（顺治六年），清朝派张存仁为直、鲁、豫三省总督，镇压榆园农民起义军。但张存仁的部队屡吃败仗，无计可施，采用了归德大官僚地主侯方域的“五剿五抚议”，的毒辣诡计。侯方域的五剿议是：逼巢穴，绝径路，困粮食，鼓敌仇，散党援；其五抚议是：固根本，昭激劝，简精锐，信号全，责屯种。张存仁派徐州总兵张胆调查榆园地理情况，采用了火焚丛林、决黄河水灌地道等狠毒手段，并派重兵将榆园四周团团围困，农民军的根据地遭到严重破坏，大部分农民起义领袖及将士献出了生命。到1655年（顺治十二年），清军终于镇压了榆园起义军，持续了20年之久的斗争失败了。
与榆园农民抗清的同时，鲁西南还活跃着大小数10股、各有数千人的农民起义队伍，其中以王俊（一说名为王肖武，或王小吾）所领导的一支农民军力量最强。他们占据苍山（山东郯城县北）、花盘山（峄县北）、抱犊岗（临沂县西南）为根据地，与榆园军配合，与大名（河北今县）以苏自兴、邓名扬为首的农民军共同抗清“一日数战”。王俊自称九山王，内黄（河南今县）农民军领袖王鼎铉则自称总督大元帅，彼此相互呼应，“势将燎原”。王俊领导的农民军坚持抗清直到顺治八年（1651年），才被清三省总督张存仁率军围困在苍山，起义最后失败。
1646年（清顺治三年），高苑县（山东高青东南）发生了谢迁起义。他于顺治三年十一月聚集农民数千人并联络附近山区农民军起义抗清，经过奋力拚杀，袭占了高苑县城。次年秋天，谢迁又联络淄州（山东淄博市南）起义首领丁可峰，共同攻占了淄川县城，将带头剃发降清的大明进士一一杀死以泄民愤，但对具有民族气节的士族蒲松龄居住的村庄，则加以保护。起义军爱憎分明的做法受到当地群众的支持。这支义军在高苑、淄州、德平（山东商河县北）、临巴等县与清军周旋。到顺治四年，清军发起猛攻企图占领高苑。谢迁率众守城，清军在城外筑壕围攻达两个月之久，终于挖通了地道，用火药炸毁了城墙。高苑城被清军占领后，起义军退守淄川，清军穷追猛攻，用大炮、火药再破淄川城。起义失败。
就在顺治四年冬（1647年），在兖州（山东今县）一带暴发了由丁维岳、张尧中领导的农民起义，响应者数千人。十月，起义军围攻张秋镇（山东阳谷县东），城内的百姓主动配合起义军，在城内与清军进行战斗，从而使张秋镇里的清军陷入腹背受敌的困境。黄昏时分激战正酣，由于清军大批援军的来到，使城内的清军气焰嚣张，反而割断了起义军在城内外的互相联系。关键时刻，城外的起义军首领丁维岳又中箭负伤，无奈率部撤退，致使围攻张秋镇的战斗一无所获。十二月，起义军在郓城附近的王象海子整顿时，遭到清将沙尔虎达率满洲八旗兵的突然围攻，起义军被迫应战，但因陷入重围而难以摆脱。结果，清军攻占了王象海子，起义军首领战死，余众溃散，起义失败。
山东人民的抗清斗争连绵不断，顺治五年（1648年），山东栖霞人于七聚众于锯齿山（山东栖霞东南），联合周围各地起义军进行抗清斗争。在顺治七年（1650年）起义军攻占了宁海（山东牟平），一时声威大震。清廷采用了两手政策，阴谋“令其贼自效”，乃授于七为栖霞把总，以引诱、瓦解起义军。但于七不为所动，仍率众在登州、菜州地区继续反清。清廷见诱降不成，乃于顺治十八年（1661年）春，派兵前往围剿、镇压。于七闻讯，镇定自若，联合附近的各路起义军首领商讨对敌计划。然后，于七和昆仑山（牟平东南）的张振冈、鳌山（即墨东）的段忠渍、招虎山的徐海门等率领的农民起义队伍，先发制人，先后围攻福山、文登、宁海、大嵩卫（莱阳东南）等处，清军顾此失彼，疲于奔命，屡遭失败，被各路起义军打得焦头烂额。清军纠集力量，于十二月重点围攻于七的根据地锯齿山。于七率起义军不屈不挠，与清军坚持战斗两个多月，被迫撤出锯齿山，率余众入海。此后，农民军余部占据了蓬莱、宁海的沿海岛屿，神出鬼没，声东击西，仍顽强地与清军进行战斗。
清初山东各地的抗清斗争此起彼伏，连绵不断，既反映出山东的人民不屈不挠的反抗精神，又牵制了清政府的部分兵力，配合了其它地区的抗清斗争。
北方其它地区的抗清斗争1644年（顺治元年），清军追击李自成的大顺军进入山西后，遭到各地农民的顽强抗击。农民军纷纷占山结寨，与清军周旋。1648年，清驻大同总兵姜壤也起兵反清。到了第二年，各地义军相互配合，攻城略掠，直逼太原。清朝山西当局惊惶失措，哀号“省城孤悬一土”，“呼吸危亡，朝暮难保存”。
山西朔州（山西朔县）教民张四、李二、邢四、蔡羽、李一梅等人，假借“皇天清净善友会”之名，四处联络群众，名为持斋事佛，暗中组织反清起义。顺治二年（1645年）三月，教民们举行了抗清义旗，迅速占领了朔州蒋家峪作为根据地，清军派军前来镇压，参加反清起义的男女老幼纷纷行动起来，拿起木棍、刀枪、弓矢等，奋力反抗清朝地方官军的进攻，并多次击退了来自朔州镇兵的围剿。清军对起义者采取了残酷的镇压手段，烧杀抢掠无所不作，更激起了起义群众的反抗，清军遭到起义军的顽强反击，伤亡很大。清廷被迫征调山西、陕西两省的军队前采围剿，起义军坚守蒋家峪，寸土不让。终因寡不敌众，起义军首领均战败被俘，壮烈牺牲，致使起义失败。
在晋西吕粱山区，自明末以来就有农民起义军不断地举行起义反抗暴政。清军入关之后，这一带的起义军占据吕梁山区作为根据地，又转入了抗清斗争。到顺治五年（1648年）秋天，吕梁农民军在领袖王显明等领导下，对清军发起了频繁攻势，经过短短1年的苦战，起义军连克山西省50多个县，声威大振。清山西巡抚祝世昌无计可施，只得向摄政王多尔衮告急。多尔衮亲率满洲八旗精兵驻屯于浑源县的寇家寨，同时令阿济格率军北上围攻大同，令博洛南下援救太原。
清军由博洛统领的救援部队由百羊口（代县北70里）火速抵达代州，正值农民万余人围攻代州的关键之时。在刘迁的指挥下，农民军奋勇杀敌，已经攻破了代州城的东关，但由于博洛的援军已到，起义军来不及向代州城内深入，只好匆忙撤退。博洛率清军随后紧迫，双方在平城（代县东40里）发生了激战，农民军伤亡惨重，死伤数以万计，战将郎枋战死沙场，刘迁只好率余部退入黄香寨（繁峙县东南100余里，五台山华严岭东北50里），继续与清军周旋。另一部分义军则由高鼎、刘永忠率领，进入了五台山区以求发展。
博洛带领清军从代州向忻口（山西忻县北）进逼，忻口、静乐等地的起义军在李茂兰和杨奉山的率领下，在滹沱河东、西两岸的山区与清军对峙，农民军还修筑了营垒。博洛率军绕至鲜沟铺以北，渡过滹沱河，强攻东岸山区农民军的营地，农民军防不胜防，战退弃营而走。占据滹沱河两岸山地的农民军，在首领李茂兰的带领下，放弃忻口翻过西山退往宁化（静乐县北80里）。另一起义军在王显明等率领下，早在四月已经进入了晋祠（太原以南，清除县以北），并集中力量进攻太原县（今太原南），使省城太原告急。清廷急令博洛率部驰援，结果清军行至太原古城南（晋祠北10里）遭到了姜健雄所率农民军的伏击，清军的前锋数千人转眼之间就被农民军杀得人仰马翻，死伤无数。由于清军援军赶到，起义军退守晋祠，博洛兵分两路，以主力围攻晋祠，另抽出千余人在白云山下设伏，以防农民军撤退，双方相持数日，晋祠的起义军越战越勇。清军挖通了地道，试图以火药炸城，却不料火药突然爆炸，挖地道的数百名清兵顿时炸得血肉横飞。由于城墙被炸塌，清军随时都有可能涌城而入，农民军只好放弃晋祠，翻过西山而撤，却不料在白云山下遭清军伏击。清军围追堵截，致使起义军死伤万余人，农民军领袖龙玉、王显明等战死，起义军受到毁灭性打击，余部由钟明节等率领转入山区以求生存和发展。
由于山西一带的农民起义甚为活跃，清世祖调集陕西与山西清军合击各地的农民军，四月，吕梁农民在领袖虞印、张五等率领下一举攻占了晋县县城。八月，清山、陕总督孟乔芳率陕军东渡黄河向占据晋县的农民军发起进攻，由于清军人多势众且火力强大，农民军弃城而退。其中的一部在退至晋县东10里的泛狐村后，尚未安营扎寨，即遭到清军的突然袭击，农民军仓促应战，结果有800余人牺牲。
博洛见山西各地农民起义已转入低潮，便上书清廷请求发兵，一举攻克被农民占有的各州县。于是清廷准奏，并下令满达海从朔州移师汾州与英亲王部合兵攻占汾州。清廷派重兵连续进攻农民所占据的地区，直到1653年（清顺治十年），清廷的宣府总兵刚阿泰击败了高鼎所率的农民军之后，山西各府才陆续被清占有，而吕梁山区，由于山寨绵延至百里，仍是各路绿林英雄大显身手的好地方，直至康熙初年，农民起义时有发生，清廷一直无可奈何。
1671年（清康熙十年），吕梁山区的农民军势力又有所发展，清廷因山区地形复杂，不明虚实，不敢纵兵深入，于是采用了剿抚兼施、经济封锁和欺骗分化的伎俩。然而山区的各路起义军筑寨自卫，生活自给，抗清决心坚定。交城县令赵吉士为了讨好清军，一边加紧训练地方上的乡兵，一边派奸细混进山区，蛊惑人心，扬言清军只逮捕造反起事的数10个首领，这些奸细们还摸清了农民军的防御设施。结果，被清军紧紧围困在山区这里的起义军内部出现了一些混乱，人心惶惶。清军于康熙七年冬首先袭击了周洪山寨农民军李宗盛的队伍，各路农民军闻讯后更加慌乱。交城县令赵吉士见时机成熟，会同清守备姚顺率官军1000多人，分兵两路，一路进入独石河，一路直攻烂团山。烂团山告急，各路起义军冒冰雪严寒前往救援，永宁、静乐、临县等地的起义军分别在其首领冯养成、郭三法、张二等的带领下，与坚守烂团山寨的由钟斗领导的农民军共同抗击清军，经过激烈的战斗，终因众寡悬殊，起义军被迫放弃烂团山寨，向西南谷积山方向突围。清军则疯狂追击，在谷积山下，起义军与清军战成一团，由于矢弹皆尽，起义军边战边向山上撤退，以占领山头。但清军大军压境并控制了各山头，农民无处藏身，经过浴血奋战，任亮等起义军领袖和绝大部分起义军战士壮烈牺牲，另一重要将领付青山则被俘，宁死不屈。吕梁山区各地的起义军坚持抗清达28年之久，最后终于失败。山区的各峒寨先后被清军攻占。