清军入关，风云突变。各种政治力量处于生死存亡的危急关头，满清意在挥师南下，逐鹿中原；南明政权大势已去，福王、桂王试图东山再起；李自成、张献忠、李定国等豪杰力挽狂澜，不惜抛头颅洒热血；更有史可法、郑成功等民族英雄，深明大义，视死如归……
§§§第一节 黄河两岸反清之火燎原
清军人关后的社会矛盾清军入关使国内社会矛盾复杂尖锐起来。在复杂的矛盾中，阶级矛盾和民族矛盾之间主次关系的变化，决定着全国政治、军事形势的基本格局和阶级动向的不同趋势。清入关后的一段时间里，民族征服和压迫的威胁虽然开始突出，但阶级斗争仍处于主要的支配地位。农民军面临的强敌，不只是满洲贵族，而是满汉地主阶级的联合武装。清朝统抬者占领北京后，起初并没有明确的统一全国的计划，他们甚至说过“何言一统？但得寸则寸，得尺则尺耳”。多尔衮进一步拉拢汉族官僚地全阶级，宣称“义兵之来，为不等复君父仇，所谋者惟‘闯贼’”，“官来归者，复其官”。于是，在“复君父仇”这个冠冕堂皇的名义下，大批明朝的官僚包括曾向农民低头认罪的，纷纷调转头来，对满清贵族奴颜卑膝，将清军视为“仁义之师”。多尔衮趁机宣布：“今本朝定鼎燕京，天下罹难军民，皆吾赤子。”同时，清廷采取了一系列措施，例如为崇祯帝服丧，各衙门官员照旧录用，朱姓各王归顺不夺其王爵，自发归顺者，地方官各升一级等等，以此来调整满汉地主统治阶级之间的关系，扩大清朝统治的基础，集中力量镇压农民军。因此，李自成不是牺牲于满洲贵族的屠刀之下，而是被害于丧心疯狂的地主乡兵之手。张献忠在四川建立的大西政权，始终为汉族官僚、地主、乡绅所敌视，四川各处地主集团气焰嚣张，声称要“遂强寇，扫秽氛，报先帝（崇祯帝）之仇”。对在南京叹气的南明福王政权，清廷暂且与之遣使往来，劝其以“讨贼”为急务。清入关后的上述措施，都不过是一种姿态，一种斗争的策略，是服从于镇压和消灭农民起义军，是决定于社会的主要矛盾的。
清军进关镇压农民起义是在“吊民伐罪”，“为崇祯帝复仇”的旗号下进行的，自然使极度仇视农民起义的汉族地主阶级趋之若鹜。等到农民起义大军受到重创、清朝在北京的统治逐步稳定以后，清军开始南下并进行疯狂的民族征服时，就不能不遭到汉族各阶层的强烈反对，清王朝对农民军的血腥镇压，它在进军途中野蛮的烧杀劫掠，它在入关后不久所采取的一系列高压政策，使得满族贵族与广大汉族农民处于严重的冲突之中，也使满汉地主阶级处于矛盾之中，因此，随着清军的南下，国内的民族矛盾特别是满汉之间的矛盾迅速上升。清军在南下过程中对汉族人民的滥施屠戳并不是个别的现象，演出了一幕幕“扬州十日”、“嘉定屠城”等惨绝人寰的大悲剧。豫亲王多铎占领南京后，明朝生员戴君恩就抗议曰：“闯贼破我北京，若称为我报仇，贼未尝破南京，若来何为？我昔仇闯，今仇若矣。若谓天下无能复仇者耶？”
清廷在确立征服全国的野心之后，政策上也相应地发生了一系列变化。多尔衮等满洲贵族在占领西安和南京后，自以为兵强马壮，取天下易如反掌，征服者的凶残嘴脸立即暴露无遗。在他们看来，无论是农民军还是南方汉族地主政权都不堪一击，江南可以传檄而定了。南方各地农民军和地主阶级政权彼此间蕴积了10余年的仇恨，进行了10余年的战争，但在清军进一步南下时，双方都感受到有一种强大的威胁，它们被迫互相靠拢，从此开始了农民军联合南明诸政权共同抗清的新时期。抗清联合阵营的形成是国内民族矛盾上升，汉族地主阶级分化出抗清派的结果，继大顺军联明抗清之后，又出现了大西军的联明抗清。不可否认，小部分农民军将领在联明抗清之后，在地主阶级影响下滋长了忠君思想，甚至在某种程度上卷入了南明统治集团内部的派系斗争，但这种情况毕竟是有限的。就实质而言，农民军在抗清联合阵营中始终起着主导的作用，正是他们支撑并推动了南明朝廷的抗清斗争，在抗清联合阵营中，与其说是农民军禀承朝廷的旨意行动，不如说是南明朝廷看农民军的脸色行事。农民军在抗清联合阵营中保持了自己相对的独立性，这是不容抹煞的事实。清军入关后，进行的是一场野蛮的掠夺战争，对中国社会的经济、文化造成了很大破坏，汉族地主阶级及其知识分子的抗清是从本阶级的利益出发，但他们与农民军一样，都是抗清力量的组成部分。只有在广大下层人民反对民族压迫的高潮中，才会出现象史可法、钱肃乐、张名振、张煌言、黄道周、何腾蛟、堵胤锡、瞿式耜、郑成功等比较英勇坚定的人物，他们是一批具有民族气节或本身利益受到威胁的坚定抗清的汉族地主阶级代表人物，在17世纪中期广阔的中华大地上，自北向南，从东到西，几乎到处都燃烧着反对满洲贵族残暴统治的烈火，斗争的时间长达20年之久，应当说这是满洲贵族竭力推行民族征服和民族压迫政策所带来的直接结果。
全国各地汹涌澎湃的抗清斗争使满洲贵族认识到汉族人民中蕴藏着的雄伟力量，迫使清朝统治者采取一些缓和民族矛盾，调整阶级关系及恢复生产的措施。清朝统治者还竭力拉拢汉族地主阶级以分化抗清阵线。这样，经过一系列的调整和改革，清王朝得以渡过全国此起彼伏的抗清斗争的高潮，逐个地击破了分散的抗清力量。这样，经过清初20多年触及社会方面的大动荡，中国终于建立起大清帝国的统一政权。从军事上讲，满洲贵族取得了胜利，而在社会生活的各个方面，比较落后的满族却逐渐被先进的汉民族文化所征服。满汉民族差异日趋缩小，民族矛盾日趋缓和。大致说来，在康熙帝当政的前期就基本上完成了满汉统治阶级的合流，民族矛盾不再成为社会的主要矛盾。
清军入关使国内社会矛盾复杂尖锐起来，清朝统治者打出了“吊民伐罪”兴天断绝的旗号，努力争取汉族地主阶级合作，把进攻的矛头集中于李自成的农民军。清军初入关时曾以“义师自命”，以“勿杀无辜，勿掠财物，勿焚庐舍”相号召，宣布“若动人一株草，一颗粒，定以军法处死”，借以换取汉族地主的支持，麻痹和涣散南明王朝的抗清意识，减少进军的阻力。但当清统治者占领了黄河流域的广大地区以后，自以为兵强马壮，取天下易如反掌，征服者凶恶本性立刻暴露无遗。因此，到了顾治二年（1645年）前后，黄河南北，大江两岸，抗清斗争形势迅速高涨，全国形势已经发生了重大变化：清军几乎控制了整个华北和中原地区，前锋已推进到四川、湖北、江西、江苏沿长江一线，吴三桂等地主武装由不足百万，增加到200万，民族征服的危险更突出了。因此，在京畿（北京周围）、天津、山东、苏甫，都连绵不断地爆发了轰轰烈烈的抗清斗争。
京畿一带的抗清斗争清军进入北京后，由于强行“薙发”、“圈地”，掠人为奴仆，京畿一带人民群起反抗。由李自成大顺农民军点燃起来的抗清烽火，首先在北方地区蔓延开来。
三河县的农民首先发难，接着北京的昌平，海子江门和天津一带农民，持刀枪而起，大有围困北京之势，使“京师采煤西山……两月不至”，直接威胁“辇毂近地”的安全。霸州起义，人民“白昼成群”，出没于丛林中，到处袭击清军。河北保定、真定、霸州等地农民武装，直接配合李自成农民作战，牵制清军兵力，出现“国初以来有积寇盘踞险要，赋税不供，招纳亡命……吏不敢问”的局面。大名、内黄一带农民，占据内黄县城，积极协同刘体纯率领的农民作战，“各称总督、大元帅，并联山东、河南，‘贼寇’势将燎原”。
顺治元年以来，天津沿海一带的贫苦农民和渔民，多次举行反清起义，斗争一浪高过一浪。最先是活动于天津沧（县）、静（海）、南（皮）、盐（山）一带的农民渔民起义军，以李联芳和张成轩等为领袖，坚持抗击清军的进剿，李、张失败之后，顺治五年（1648年）又有杨四海的抗清活动，他自称是明熹宗的太子；同时，在三河的女英雄张氏则自称是熹宗的皇后，率众反清。三月，起义军攻占了庆云县城（今县北），并多次击溃清军的围攻。起义军将士愈战愈勇，七月，进攻静海，八月又袭击津东，致使清军顾此失彼，穷于应付。到顺治六年（1649年），清廷派重兵由英亲王阿济格及吴喇禅统帅，满、汉大军进行水陆“会剿”，起义军被重创，死伤惨重，起义失败。
顺治二年，宣传、大同等地农民义军蜂起，统治者惊呼。“但见满山遍野，俱是‘贼兵’，多持枪刀弓矢，其中又拿椽标者。妇女，腰系红裙，亦各持椽木双刀，飞舞跳跃，各各前来。……我兵对敌，从辰至未，……不能敌众，遂收兵回城”。此外，在河北的绕阳、交河、曲阳、保定、定兴、南宫、平山、承德等地，农民相继自发抗清，攻打县城。怀来县农民，“乘闯‘贼’肆乱已后，负隅啸聚，西‘劫’蔚州，北攻怀来，攻斋塘、杀守备、破马水口，‘抢’保安州，屡败官军，势大炽”。可见，河北及“京畿”要地一带的农民抗清斗争，有力地打击了清军，使清统治者“惶惶靡有宁宇”。
山东各地的抗清斗争山东的农民起义早在明末就已经蓬勃发展起来。1644年8、9月间大顺军西撤以后，闯王的旗帜仍招展于山东各地兖、沂、邹、膝一带的农民军，转入了截击和阻止清军南下的斗争之中，抗清斗争如火如荼。
著名的如满家洞农民军，在嘉祥农民宫文彩率领下占领满家洞（山东嘉祥县境，地连嘉祥、济宁、金乡、巨野四县界）山区为根据地，“聚集数万”，“界连四县，穴有干余，周回二三百里”。农民军尊奉大顺军永昌年号，宫文彩自号“擎天大王”，与附近各地的农民军领袖冲天大王李文盛，扫地大王宋二烟，混世大王杨洪升等联合抗清。满家洞山地绵延，形势险要，多天然洞穴，易守难攻，是农民军绝妙的根据地。他们“建营立寨”，“攻城掠地”，杀官拒捕，附近州县人民相继归附，一呼百应。“五兵火器，件件俱全”，“旗帜上大书闯‘贼’年号”。清廷多次派兵搜捕，进山围剿，都被农民军击败。为此山东巡抚方大猷向清廷献计“招抚”，但被拒绝，清廷已对这支农民军恨之入骨。总兵杨方兴施用了残酷的镇压，对附近村镇人畜、财物洗尽杀绝，以断农民军粮草。农民军坚持斗争，直到顺治二年正月，清廷派肃亲主豪格率满洲军队前往剿灭，清军采用了压缩包围、重兵围困的办法，并绝其水道，将大小250多个洞口都用土石堵塞，一直围困了5个月。农民军宁死不屈，全部壮烈牺牲。
山东邹、滕一带农民有数10支之多。著名的有滕峄农民军，团结其它农民队伍，以苍山、花盘山、抱犊岗一带为抗清基地，与清军坚持战斗达八九年之久。
鲁东地区的农民于1644年秋在青州杀死清朝的招抚吏，举行抗清起义。登、菜、青三府农民群起响应，“结聚数万，延蔓东海”。有的自称威振山东提调总镇，有的称总兵大元帅等，声势浩大。清命山东侍郎王鳘永进兵青山（山东益都），攻击胶东一带的抗清武装。李自成旧部裨将赵应元，佯称受抚，率农民军从长山周村偷袭进兵青州的王鳘永，举起反清义旗，招兵聚众，编训军队，打富济贫，周围百姓群起响应，义军发展到数千人，并攻占了索镇（山东桓台）、乐安（山东益都县北）等地。清山东抚、镇诸将束手无策。赵应元自顺治元年九月起义入据青州，相持到十月以后，清廷纠集力量，派和托会同山东巡抚陈锦、总兵柯永盛，都统李率泰等围剿。和托又以招抚慰劳等欺骗手段，诱使赵应元出青州城，结果赵应元被清军俘获而牺牲，起义被清军镇压。
高密的张舆也聚众响应赵应元起义，自称总兵大元帅，但赵应元牺牲后，张舆部因势单力弱，寡不敌众，于十一月间被清军胶州永总柯永盛率兵击败，张舆牺牲。
在顺治元年秋，青州还有以秦尚行、葛东方等领导的数万农民反清起义，活动于昌乐、寿兴等地。这支起义军响应赵应元起义，准备联络占据登州的明朝旧将杨威共同抗清，反清复明，建立帝号。起义军深得人心，势力逐渐扩展到东部海滨各县。秦尚行等领袖将部众编为总镇，协镇各营，于九月分兵三路进攻昌乐。一路直攻昌乐县城，一路列阵城南以阻截清军的援兵，叶路北渡潍河断绝清军骑兵退路。起义军各路按照作战计划，顺利攻占昌乐。但由于清军援兵不断，城内的义军只好退出城外继续抵抗，战斗到十二月，由于内部少数人的动摇叛降致使起义失败，秦尚行等被俘牺牲。