清王朝对台湾人民在政治上的压迫、经济上的剥削十分惨酷。知府王珍横征暴敛，淫刑勒索，激起人民的反抗。朱一贵是福建漳州府人，于康熙五十二年到台湾，后与黄殿、李勇、吴外、郑宝瑞等来往密切，他们看到台湾地方官员只知道饮酒、赌博，民心和军心都不振，于是认为不如趁此起义。且朱一贵说：“我姓朱若以明朝后裔耸乡村，归者必众。”大家认为可以。夏4月19日，李勇、吴外、郑定瑞、王玉全、陈印等52人在黄殿处结盟，公推朱一贵为大元帅。招集群众近干人，首先乘夜攻占冈山讯。冈山距府城30多里，消息传到郡府，总兵欧阳凯立即召集带兵各将商议出兵，派清游击周应龙率兵800多人前往镇压，这一天，细雨蒙蒙，周应龙率领清兵和土番行5里，驻半路店。第二天又行15里，屯兵角带围，两天仅前进20里。起义军继续进攻糠椰林，汛防把总张文学迎战，被起义军击败。而周应龙率军仅一溪之隔不敢救援。待清军进到冈山时，起义军已转移到山里。周应龙不敢追击，只是纵兵焚掠附近村庄，更激起民众的反抗，各乡群众纷纷聚众反抗清军。风山人杜君英聚众起义，响应朱一贵并攻下淡水讯。他们又招集粤东种地佣工客民，与陈福寿、刘国基等商议掠台湾府库。又有郭国正、翕义在草潭起义，戴穆、江国沦在下埤头起义，林曹、林骞、林琏在新园起义，王忠在小琉球起义，都愿意和杜君英、朱一贵共同共事，他们联合作战在赤山击败周应龙，杀死干总陈元等。府城大震，台湾总兵欧阳凯、副将许云、游击刘得紫等率兵1500多人进攻起义军，5月1日在春牛埔被朱一贵、杜君英等联合抗击，清军忽然内乱，清军百总杨泰响应起义军，刺杀欧阳凯坠马；起义军勇猛杀敌，守备胡忠义、千总蒋子龙、把总林彦都战死。刘得紫率兵援救，也战败被俘。许云与水师游击崇功均被击毙。台厦道梁文煊、知府王珍乘舰出鹿耳门逃走，周应龙逃回大陆。义军当日攻占府城；北路义军在赖地、张岳率领下攻占诸罗，杀死参将罗万春。七日之内，起义军发展到30万人，除清军守备陈策仍守淡水外，台湾全岛都被起义军占领。朱一贵公推为中兴王，建元永和。
清王朝闻变后，大为震动，浙、闽总督觉罗满保进驻厦门，福建水师提督施世标率水师出港，满保又调南澳总兵兰廷珍率水师和陆军约1．2万人，船400艘开赴澎湖列岛与施世标会师进攻台湾。清军商议分三路进军，施世标认为南路打狗港在台湾正南，6月南风较大不宜停泊船舟；北路清风隙距府百余里，粮饷运输困难；决心直捣鹿耳门，进攻起义军的主力要害。施世标派游击张率兵增援，淡水陈策亲自统领水、陆军2万多人，战舰600艘于6月10日出澎湖，派澎湖守备林亮为前锋，率水兵570人，直趋鹿耳门。起义军将领苏天威利用炮台阻击，双方展开激烈的炮战，清军炮火集中火力向起义军占据的炮台火药库轰炸，引起爆炸，炮台失守。清军战舰400余艘，在林亮部的掩护下直抵一鲲身，这期间正值涨潮，所以清军得以迅速登陆，占领滩头，起义军退守平安，兰廷珍率清军攻占平安镇，起义军两次反攻都被清军击败。次日在七鲲身进行了激烈的海战，起义军战败后退守府城，施世标令林亮率兵2000人，兰廷珍率兵5500多人，于夜间分别乘战舰挺进到西港仔，拂晓登陆，袭击起义军侧背，令游击朱文率领部队经过七鲲身，从盐埕、大井头分道进攻府城，经过两面夹攻，起义军伤亡惨重。19日，清军攻占府城。这时，施世标击败了西、南两路起义军后，也在这一天到达府城。
朱一贵、杜君英等先后被俘牺牲，起义失败。余部退入山中继续坚持反清斗争。
清朝雍正十年（1732年），《清史稿》载“庚戌台湾北路西番滋事官兵讨伐平之。”
台湾彰化大甲溪人林武力起义反清，台湾北路各社番民多有响应。清朝台湾总兵吕瑞麟率兵镇压，台湾府治空虚。凤山人吴福生乘机于3月28日带兵起义，夜袭冈山汛，又烧毁社汛，又有虎头山、赤山各社也起义响应。4月3日，吴福生率起义军进攻陴头，又另外派遣一部分兵力攻占万丹巡检署，于是凤山全县引起震动。
清政府忙派兵镇压，这时已调福建水师提督、尚未到任的原台湾总兵王郡，急忙率兵星夜兼程，与参将候元勋，守备张玉三路会攻，经过激烈决战，吴福生战败，越日被俘，于是台湾南路起义失败。
吕瑞麟在北路镇压起义军遭遇不利，被起义军包围，王郡又率兵至鹿仔港，派遣参将李随越、游击黄贵等合兵攻阿束社，参将靳光瀚、游击林黄彩各自把守要隘，然后渡过大甲溪进攻起义军。结果林武力败走南日山，该山地势险要，仅有羊肠小道可上山，王郡用炮火掩护，亲自督阵进攻，起义军抵挡不住，内乱，缚林武力向清军乞求投降，因此台湾北路起义军也告失败。
乾隆三十五年（1770年），台湾省府大穆降人黄教，多结交流民。因不堪清朝官吏的剥削和压迫，10月间聚众起义。陈宗宝、郑纯等率众响应。夜袭冈山，杀汛兵据守。清朝台湾知府邹应元会同当地镇兵联合进攻，围战数日，双方互有杀伤，经过5个多月的战斗，起义军战败，黄教带领残余部队退入山区，而清军则谎报黄教死于乱军之中。
乾隆五十一年（1786年），清台湾知府孙景燧，副将赫生额为镇压天地会，带领400多名清兵到彰化大墩。挨村搜捕天地会信徒，焚烧了附近的村庄，因而激起这一带人民的愤怒，奋起反抗。天地会首领林爽文以安民心、保农业、顺天行道为号召，以大理代（yì亦）为根据地率众起义。11月27日夜，首先袭击大墩，杀死副将赫生额，知县余峻。起义军乘胜又于29日攻克彰化县城，杀死台湾知府孙景燧。起义军把得到的钱米分给广大群众，并且严明纪律，不许有私人有丝毫妄取，因此受到广大人民的拥护。起义军队伍很快发展壮大起来。清台湾总兵柴大纪正在彰化，当时知县俞峻请求他留下帮助镇压，而柴大纪却推托说回府城调兵。过了半个月，则彰化已被起义军攻下。12月6日，起义军又攻克了诸罗（台湾嘉义），连克淡水（台湾新竹）等地。
凤山（台湾高雄）天地会首领庄大田与其族弟庄大韭、庄大麦等领导农民数千人起义响应，并一举攻克凤山。两路义军会合，起义军壮大到10多万人。他们分四路围攻府城。台湾省沙土浮流，经常发生地震，“故城无砖石，皆掘濠树竹为城”。所以府城也是树城而已。总兵柴大纪、兵备道永福等守城。起义军攻城，柴大纪拒战于盐埕桥。起义军进攻失利，牺牲了1000多人，还损失了船只数10艘，桥距府城50里，是水陆交叉点，柴大纪固守，起义军仍继续围攻府城。
清朝浙江、福建总督常青闻讯后，急调水陆各军支援。命水师提督黄士简到鹿耳门（台湾台南市），陆路提都任承恩至鹿港（台湾漳化西），总兵郝壮猷及副将丁朝雄到淡水。各路兵渡海到台湾后，黄士简命柴大纪攻诸罗，郝壮猷攻凤山，一北一南各率兵2000人。柴大纪在当地地主武装配合下，迅速攻克诸罗。而郝壮猷南进仅20里即遭起义军坚强阻击。经过50多天战斗，起义军主力撤离，清军才进入风山。凤山城已空，招民复业，起义军战士混入其中，也没被察觉。内外配合，3月10日，凤山又被义军占领，游击郑嵩战死，郝壮猷又回府城。又任承恩至鹿港，距大里杙代起义军营地仅40里，也不敢进攻。中路起义军庄大田部万余人，以南谭为中心，先后攻占盐水港、笨港，切断诸罗粮道，诸罗告急。
清朝皇帝弘历以两提督久战无功，乃命常青亲自赴台指挥。4月，常清至台后，派总兵魏大斌率兵增援，但被起义军击退。常青屯兵桶盘线，距南潭仅5里亦不敢出战。
乾隆以常青“调度失当”，命福康安为将军，代理常青总统台湾军务，以海兰察为参赞大臣。分别由鹿仔港、笨港登陆，时值起义军围攻诸罗而数月不下。清朝提督蔡攀龙增援，也未能解围。福康安部经新埤，海兰察自笨港分五路向诸罗进军，但沿途屡遭起义军阻击，进展迟缓。
11月柴大纪奏言：“诸罗为府城北障。诸罗失，则‘贼’尾而至府城，府城亦危。且半载以来，深濠坛壘，守御甚固。一朝弃去，克复甚难。而城箱内外，义民不下4万，实不忍委之于‘贼’，惟有竭力固守待援。”上览奏堕泪。诏曰：“大纪当粮尽势急之时，惟以国事民生为重，虽古名将何以加兹。其改诸罗县为嘉义县，大纪封义勇伯，世袭罔替，并令浙江巡抚以万金赏其家，俟大兵克后，与福康安同来瞻观。”福康安中途听说起义军声势很大，也求援兵而后进。
一夜顺风，清兵6000多人，还有乡勇千余人，11月8日，与起义军遭遇于仑仔顶。海兰察率巴图鲁侍卫数十，冲入起义军营地杀伤义军甚多，接着又怒马杀人。起义军埋伏于竹蔗林，清军五路分战，起义军在牛稠山战败。清军解诸罗之围。即日海兰察抵达嘉义城，次日福康安亦至。海兰察跟踪追击，连续攻占大埔林、大埔尾、斗六门等地及起义军根据地大里代。林文爽带领家属走集集埔，退入山区。
12月，清兵伐箐腾险而上，林文爽在老衢崎被俘，4月在北京就义。
乾隆五十三年二月，清军在攻占凤山，肃清中路义军后，转攻南路，与庄大田部在琅桥进行了激烈的战斗，庄大田战败被俘后牺牲，起义失败。
蔡牵反清之战福建同安人蔡牵，因不满清政府对渔民的剥削与压榨，以浙江、福建沿海为根据地，号召渔民起来反抗，他带领沿海渔民，聚众起事，起义者拥有海船100多艘，在沿海一带不断打击清军。清朝浙江提督李长庚与浙抚阮元建造巨船30艘，名为霆船，配备大炮400门，准备进歼海上义军蔡牵之部。
嘉庆六年正月，李长庚所率舰队在定海海面与蔡牵船队遭遇，清军舰队恰乘上风之势，于是发炮攻击，而蔡牵船小失利，只得向福建方向退却。蔡牵便制造了比霆船更大的舰船数10艘，又与朱溃等部联合起来。增强了实力，拥有巨舰已达80多艘，小船还有数百条，军威空前。于是便进攻温州。温州总兵胡振声慌忙率水师截击，两军在海上展开战斗，蔡牵义军击沉清军舰船许多艘，胡振声中炮沉入大海。嘉庆八年（1803年），清提督李长庚率领舰队向马迹洋无名岛蔡牵义军舰船停泊处发起进攻，展开了马迹洋之战。清军用炮火猛烈轰击。一面又用巨舰冲击蔡牵的舰队，起义军船舰多艘中弹，队形紊乱，蔡牵所坐舰船也遭炮击，船篷起火损坏，清军又击沉起义军大舰2艘，蔡牵见形势不利，不宜恋战，为保存实力急令舰队撤出战斗。清舰追赶不及，便返航回港。
嘉庆十一年（1806年）正月，蔡牵重整旗鼓率战舰100多艘，一举进攻台湾，先由鹿耳门登陆，并在鹿耳门布置防御工事，以便阻止清军在此登陆，蔡牵登台湾岛后，得到了台湾反清各部吴老四、洪淮四等的响应，联合起来的起义军壮大到2万多人，声威颇大。于是便进击凤山、淡水等地，仅府城尚未攻下。蔡牵在台湾坚持斗争达1年多，此时他已被推举为镇海王。
嘉庆皇帝急命成都将军德楞泰率四川兵3000多人赴台增援。李长庚经过较长时间准备后，率领浙、闽水师及部分陆军赴台，在鹿耳门登陆，被义军阻击，又改为平安港登陆，直接用陆军支援府城。蔡牵率起义军兵分几路抵挡，陆战五次起义军终未取胜，这时蔡牵只好放弃台湾，带领舰队回师浙江海城。
到了嘉庆十二年十二月，在黑水外洋，起义军舰队与浙、闽水兵遭遇，展开一场海战即黑水洋之战。清军在李长庚指挥下用舰艇冲击蔡牵舰船，起义军舰队散乱，恰在这时，蔡牵的坐舰舷篷中炮起火，情况十分危急，幸好蔡牵后船发炮，清提督李长庚中炮身亡。清军水师提都张见陛见统帅阵亡，顿时紧张起来，立即指挥清舰队撤退。蔡牵于是得胜返航。
1809年（嘉庆十四年）9月，清朝浙江、福建水师由提督邱良功、王德禄率领，联合进攻蔡牵，于是在定海渔山洋面展开海战，交战整整一天，不分胜负。第二天邱良功改变战术，采取“分船隔攻”的方法，先分割起义军的舰队令他们首尾不能相互支援，然后用自己的坐舰靠近蔡牵的坐舰，进行激烈的接舷战。邱良功和王得禄都负伤，但仍坚持指挥不退却。可是蔡牵的坐舰得不到其他舰船的支援，弧立作战，铅丸又用尽了，用银元当炮子，继续发炮射击，船上战士已死亡30多人，船尾又起火，这时清军蜂拥而上，蔡牵拉响舰船首尾巨炮，将船炸裂而沉入大海，余部在浙江向清军投降，起义最后失败。
天地会、天理教、先天教的反清起义清朝康熙四十七年（1708年），天地会首领张念一聚众起义，声称尊奉朱三太子，以浙江大岚山为根据地，曾一度攻占慈豁、上虞、嵊（shèng胜）县等地。浙江巡抚王然派兵镇压，张念一被俘。山东巡抚赵世显在山东拿获明宗室朱三父子解往浙江，与张念一同时被害，起义失败。