中国是多民族的大家庭，我国的少数民族历来多居住在边远山区，那里土地瘠薄，交通闭塞，经济相对比较落后，特别是高原地区，深山老林，生活在那里的各族人民，大都过着十分悲惨的生活。清王朝中期，由于实行“改土归流”，加强了对少数民族地区的直接统治。实际上形成了“土流并存”的局面，各族人民遭受流官和土司、汉族地主和本民族地主的双重压迫。残酷的封建统治和剥削，已使各族人民难以生活下去了，因此少数民族人民不断举起反清斗争的义旗，进行武装起义，真是“野火烧不尽，春风吹又生”。
苗、瑶、侗族反清之战乾隆五年（1740年）湖南绥宁龙家溪瑶民栗贤宇自称能识别窖银，号召苗民挖掘，于是苗民聚众日渐壮大。清朝地主官吏便派兵拘捕，栗贤宇投奔广西义宁（桂林西北）小江寨。当时小江寨的苗民正酝酿反清斗争，栗贤宇便乘机组织苗、瑶族各寨联合起来，起兵反清。
4月28日，清晨，沅道杨辅臣，靖州副将姜瑞曾派绥宁把总欧国障等率军进剿，中伏而大败，清朝官员多被俘虏。次日，瑶各族义军乘胜反击，把清军游击许天良包围在湖南城步新寨。莫宜峒苗民起杨清保自称太子，与栗贤宇部联合。于是湖南、广西两省边界地区的苗、瑶、侗各族民众起来响应，他们攻击烧毁营讯，反清声势越来越大。清军集中湖南、广西省兵力向绥宁、义宁中间地区进攻。苗、瑶、侗族军民采取“官有万兵，我有万山，其来我去，其去我来”的战术，利用自己熟悉有利的地形英勇抗击清军。清军分三路进攻：一路清军由界溪向白水洞；一路由绥宁向竹岔；一路向长塘。由于苗、瑶、侗各族军队奋力抵抗，所以清军三路均被阻截，数月不能前进。
清王朝立命张广泗统一指挥五省军事。“丁卯，张广泗奏获苗匪栗贤宇等及附瑶匪之戴名扬等，克平溪等寨”。张广泗率兵1．5万多人进到湖南绥宁的六马，就遭到岩款苗军的袭击，又因为山区地形复杂险要无法继续前进。“遍询响导无有应者。”一时找不到向导，张广泗便采取分化瓦解的政策，在当地群众引导下，由高坪抚过三郎田到达长安坪，然后分兵进攻地灵、长塘、五川隘、岩款等地。苗、瑶、侗军遭到突然袭击，失守后退据十八里兰山。张广泗沿山筑长围，分兵进山搜剿，栗贤宇、杨清保被俘后遭杀害。十二月，清军大部人马撤退，而留兵在城步、长安坪筑营驻守。
苗、瑶、侗族反清失败以后，还有一部分武装在竹岔山一带时聚时散，坚持反清。清王朝为了彻底镇压少数民族的反抗，便着手在各地招募乡勇。乾隆六年二月，教谕吴中孚率乡勇陈兵于竹岔山下，用以牵制反清各少数民族的军兵，瑶族首领兰某带领他招募的“侗勇”自后山向反清军民进攻，经过激烈战斗，苗、瑶、侗族的武装抗清人员全部战死。为了防止这一地区少数民族起事造反，清王朝便在苗、瑶、侗族聚居地区编立保甲，加强对这一带少数民族的统治。
到了1832年（清朝道光十二年）湖南瑶民赵金龙起义反清。道光十年十二月，湖南江华（湖南江华瑶族自治县）锦田寨瑶民赵金龙聚众起义，攻占了两河口，很快就发展到二三千人。12月2日，江华县知县林先梁、永州镇左营游击王俊率兵镇压，被起义军击攻。起义军乘胜进军宁远地区。两广总督李鸿宾派提督海凌阿率军进攻。在池塘墟（兰山县境内）中了起义军的埋伏，海凌阿被战死，清军溃退。起义军声势更大，引起强烈震动。
清朝皇帝曼宁急忙调兵遣将，派总督卢坤、湖北提督罗思举率兵进击。而赵金龙在罗思举领清兵还未到达之前，先发制人，亲自率领八排散瑶军及江华、锦田各寨为一路，赵福才率常宁、桂阳瑶军为一路，赵义凤率新田、宁远、兰山谷瑶军为又一路，每路有二三千兵一举攻下新田县城，杀死知县王鼎铭。这时清军主力到达起义军所据守的常宁洋泉镇，清军知道理峒天险而不敢深入进攻。皇帝曼宁命清军把起义军引诱到山外再各个击破，并抽调驻贵州镇篁苗疆清军增援。罗思举集合各路清军进行围攻，而起义军凭借地势险要，墙垣坚厚固守。经过激烈战斗。清军没能攻下洋泉镇，而后清军改用火攻，清军向起义军投掷火弹，围内起火，起义军死伤数千人。赵金龙率部突围，不幸中弹牺牲。余部2000多人由赵子青率领，在锦田濠江中（江华瑶族自治县东北）也被清军打败。起义终于失败。
同年，广东连川黄瓜寨瑶民，因为清朝官府的吏役劫夺财物，摇民非常愤怒，于是聚众响应赵金龙，举行起义。清朝广东提督刘荣庆派兵进行围剿，但是却中了起义军的埋伏，所以清军大败，死都司以下清朝军官数10人，于是清朝两广总督禧恩又改用招抚政策，令按察使杨振麟用银、米、盐、布等生活急用品散发山区瑶民。8月间，起义群众归降。
道光十六年（1836年）湖南新宁瑶族生员兰正樽，以传教授徒，聚众数千人，进攻武冈州城，被清军击败。兰正樽率领余部退走，而与乡勇遭遇，经过激战，起义军失败，兰正樽在作战中牺牲。
回民反清起事清朝乾隆三十年（1765年），新疆乌什回民发生暴动。清军占领了新疆以后，以哈密伯克阿布都拉为阿奇木伯克与清副都统驻乌什办事大臣素诚同驻乌什。阿布都拉极为暴虐，素诚也荒淫惨暴。当地人民不堪压迫，公众一致推选小伯克赖黑木图拉为首领发起暴动。回民攻杀官吏，烧毁衙署，杀死阿布都拉，素诚自杀。清朝驻阿克苏办事大臣弁塔哈率兵500多人赴乌什镇压，暴动群众开城门出迎，而弁塔哈竟下令向群众射击，于是群众又反把城门关闭。弁塔哈围攻乌什不克，暴动群众2000多人出击。弁塔哈敌不过暴动群众，于是败走。清朝皇帝弘历派明瑞办理乌什回民暴动事件，明瑞继续围攻乌什，回民群众对清营发动夜袭，但因清军已有防备，所以把回民群众击退，并射死其首领赖黑木图拉。群众又推其父额色木图拉为首领继续领导回民抗击清军。明瑞亲自督阵，派600多名清兵乘夜携云梯攻城，但也未能破城。并且从3月到8月多次攻城都未成功。明瑞知回民固守乌什城坚不可摧，于是改变战术，采取了长期围困的办法，作长围断其水道。乌什被困达半年之久，城内暴动群众因缺粮、缺水而无援助，所以内部开始分裂，沙布勒擒额色木图拉等42人出城向清军投降，暴动失败。
乾隆四十六年（1781年），兰州回民苏四十三起事。甘肃安定（甘肃宝西）伊斯兰教教长马明心创立新教，新老教徒之间时常发生冲突。清王朝支持老教。乾隆四十六年三月，苏四十三及韩二等率新教教徒进攻老教各村，杀死老教户长韩三十八及老教徒100多人。清朝陕西、甘肃总督勒尔锦派兰州知府杨世机会同河州协副将新柱带兵200多人前往查办。苏四十三等袭杀杨世机和新柱，夺取军械后进攻河州（甘肃临夏），攻克河州后，率领新教教徒2000多人，夜攻渡洮河后直逼兰州。陕西、甘肃总督勒尔锦率兵增援河州，忽闻回军进攻兰州，便急忙回军守兰州城，并派人飞驰清朝当局，请求援助。
3月30日，清朝皇帝弘历命阿桂赴甘肃督统清军。甘肃布政吏王廷赞逮捕马明心，命令他说服回民起事民众投降，马明心不从，被杀害。因首领被杀，所以回民攻城更急。4月1日，清政府又命尚书和珅、额附拉旺多尔济、领侍卫内大臣海兰察以及额森特等赴甘肃进攻回军。并命令明亮率四川军从巩昌入甘助战。海兰察等到达兰州后，即督后兵进攻龙尾山并武装老教徒，让他们作为先导。阿桂到达军营后，命海兰察统一指挥各路清军。回军扼守“崖深陡深数十丈，斜经仅通一人”之华林山，并挖掘堑壕，截断小路，坚守要隘。清军多次进攻，都未奏效。作战中总兵图钦保阵亡。
“壬寅甘肃循化厅撒拉尔回匪苏四十三等作乱陷河州命西安提督马彪同勒尔谨剿之癸卯回匪犯兰州命阿桂往甘肃调度剿贼机宜夏四月甲申朔命尚书和珅额驸拉旺多尔济领侍卫内大臣海兰察并巴图鲁侍等赴甘肃剿贼”。
5月，海兰察指挥明亮、额森特等各路清军1万多人，分左右两翼，猛攻华林山。回军因水被截，多次突围匀未成功，6月，华林山失守，苏四十三战死。回民余部死守华林寺，清军放火焚寺，回军全部战死。清军击败回民义军主力之后，又攻占河州。对洮河以西安定、河州、循化等地新教徒进行镇压，残酷地杀死许多人。事后移陕西提督于固原，移固原总督于河州，加强了对回族居住地区的控制。
清朝乾隆四十九年（1784年），甘肃回民田五、马四圭起事。据《清史稿》，《高宗纪》记载：“丙午甘肃新教回人田五等作乱，命李侍尧、刚塔剿之”，“已巳命福康安海兰察赴甘肃剿捕回匪”。
苏四十三起事失败后，马明心的信徒新教阿訇（hōng轰）田五，在通渭县石峰保修筑工事，作为根据地，于乾隆四十九年四月起事，攻克通渭，进尔围攻伏羌（甘肃甘谷）。陕西、甘肃总督李特兴命固原提督刚塔率军进攻。回军看清军来势很猛，又众寡悬殊，所以便自动撤退。清军追击到浪山时，田五中弹阵亡。马四圭率领余部退到沼泽地带，诱使清军追击，因清军不熟悉地形，故淹死1000多人。回军转攻靖远，这时总督李侍尧驻军在靖远，急调刚塔救援。回军撤走。清军追击到马家堡时被回军击败，刚塔中箭。清皇弘历以甘肃清军久战无功而龙颜大怒，5月革去李侍尧总督职务，又派大学士阿桂赴甘肃督师，以福康安为陕西、甘肃总督，海兰察为参赞大臣。这时回军主力已退守石峰堡，用一部分兵力驻守靖宁的底店山。海兰察于6月11日率领4000多清兵进攻底店山，经过激烈战斗，回军败阵，死伤数百人。清军又乘胜紧逼，围攻石峰堡。经过20多天的激烈战斗，回军伤亡惨重。马四圭带兵突围中伏，伤亡1000多人。石峰堡又被清军占领，马四圭、张文庆等2000多人统统战死，起事告以失败。
彝民反清之战清朝嘉庆二十二年（1817年），云南彝民高罗衣聚众反清。云南临安（府治云南建水）边区彝民高罗衣自称窝泥王，设官分职，并用汉人为官，聚众1万多人，袭扰瓦渣（云南元阳东南）、溪处（元阳西北）两土司地盘，并渡过元江向内地进军。清朝云南、贵州总督伯麟带领清军镇压，击败高罗衣以后，便议定了一些善后条规，使各土司各自安民，不得互相讨伐、攻击。
次年高罗衣从侄高老五等在藤条江一带又聚众攻扰郡城，也被伯麟俘虏。
清道光元年（1821年），云南永北厅彝族人民起义反清。云南永北厅（云南永胜）大姚彝族、拉枯族人民因不堪忍受清王朝的官吏的压迫，在唐老大率领下发动起义，清朝皇帝曼宁命令云南、贵州总督庆保派兵镇压；并派呢玛善为钦差大臣督办云南军务。清军先把拉枯族各寨洗劫一空。然后进剿彝各寨，起义军经过2个多月的奋战，终因寡不敌众，首领被俘，起义失败。
道光十三年（1833年），四川彝民起兵反清。彝民首领桑树格起兵反清，占据越嶲、清溪、峨边等地。四川提都桂涵率兵进剿，到越嶲时病死；扬芳代领涵军继续进攻清溪彝军，经过激战，彝军败走；进攻峨边时，十二姓熟彝全部投降，清军放火烧毁山内彝民所居栅寨，首领数人俘虏后被杀。桑树格也被俘斩首。余部皆降。
山东王伦起义清朝乾隆三十九年（1774年），寿张县（山东阳谷南）人王伦宣传清水教（白莲教别支），以运气治病，教授拳术，组织群众，提出反对额外加征等口号在寿张起义。
王伦发动起义后，清朝寿张知县沈济义派兵拘捕。9月4日，王伦率领起义军攻入县城；教徒王经隆在堂邑也起义响应。两部分起义军会合后，王伦命其义女乌三娘为先锋，带兵出击，接连攻下了寿张、堂邑、阳谷、临清等城。每到一处，开仓济贫，得到贫苦民众支持。清朝山东巡抚徐绩率兵镇压，清军开至临清南梁家浅，被起义军包围。于是清朝山东德州城守尉格图肯，兖州镇总兵唯一，先后派兵增援，但是各路清军都被起义军打败。清帝弘历闻讯大怒，责其无能，俱都处以死刑。而后乾隆又派左督御史阿思哈，率键锐、火器二营兵增援徐绩，同时命大学士舒赫德以钦差大臣之身份，由天津飞驰山东，督师清军。王伦以为清朝派大部援军会集，是为了给梁家浅解围，于是王伦率军直趋运河，想阻止清军，不料被清直隶总兵万朝兴所率清兵阻击，经过激战王伦所率义军被清军击败，退守临清。这期间舒赫德领兵到来，王伦派义军1000多人北出牵制清军，自己又亲自率领精锐五六百人在归城东门列队迎战。而舒赫德派侍卫音济图等率领禁旅300多人控制北门，自己率军去进攻东门，两军相遭遇，义军英勇作战，但必竟清军人多势众，武器精良，起义军战败，王伦退守城内，清军猛烈攻城，巷战尤为激烈，短兵相接，血肉横飞，乌三娘在屋顶上指挥巷战，不幸中弹牺牲，义军伤亡甚是惨重，王伦自焚而死，起义告以失败。
台湾朱一贵、林爽文等起义清康熙六十年（1721年）台湾朱一贵起义。据《清史稿》记载“丙寅，台湾奸民朱一贵作乱，戕总兵官欧阳凯。”“福建水师提督施世骠平台湾朱一贵，解京诏奖，淡水营守备陈策固守功超攉台湾总兵。”