在起义地区的东部，清军更是屡受重创。刘君辅和福宁先后于2月22日、3月2日领兵进入凤凰厅城，经过几次较量，只能勉强挡住起义军对厅城的进攻。3月17日，福宁等出城作战，先在一场小型战斗中略占上风，再向前走，突然有几千名起义者从前面山后杀上来，直冲清军。福宁吓得回头就逃，但事后却谎报战动，据说曾遭乾隆皇帝下旨痛斥：大队官兵只杀“贼”10余名，算来几及官兵百名，杀“贼”1名，足见无能。
此后，刘君辅领兵一支，从东面经保靖县迂迴到了永绥厅的北部，攻占了花园，一度配合花连布进援永绥厅城，这时（被张坪马战败之后）就一直在花园一带活动。福宁一直在凤凰厅城附近打转转，不敢主动求战，6月中旬，福宁免强领兵北上，企图从东面进攻起义者占领的乾州厅城。途中在泸溪县境内的苟拜岩扎营时，起义军迅速起来迎击，18日和19日两天中，打得清兵溃不成军，还歼灭了不少跟随福宁作战的汉族地主武装。这一次，福宁情急生智，钻在一堆军需品里作为伪装，让士兵拼死命抬着他逃回凤凰。起义者乘胜追击，再度包围凤凰厅城。“吴八月在乾州狗拜岩战役中，歼灭福宁所率6000余人，福宁仅以身免。吴半生在凤凰厅大乌巢河一带，阻击福安康达半年之久。
在乾州、凤凰的东面，起义队伍发展到了沅江和辰水的西岸，曾攻入过浦市，围攻过泸溪县城，一再威胁自辰溪通往凤凰的清军粮道。福宁自顾不暇，就竭力扶植泸溪、麻阳一带汉族地主组织的“乡勇”武装。例如麻阳的高村是个“民村”，该村乡勇头子滕家瓒反对起义队伍最为卖力。经福宁奏请朝廷赏以六品官衔。滕家瓒在山势险峻、地居要冲的巴斗山（属泸溪县），设哨卡几十处，建筑了木栅、石城，用以保护清军的运粮道路，并阻挠起义势力向东南发展。高村乡勇还经常攻击起义军队，残杀起义苗民。6月间，吴半生的队伍暂时转移到了麻阳境内。这支队伍在6月底先出动千余人昼夜攻打巴斗山据点，以迷惑敌人。7月1日起义军队伍几千人猛击高村，捣毁了滕家瓒的老巢，给高村地主武装以摧毁性的打击；同时横扫了高村东面沿辰水一带的清军据点，击毙了守备、千总各1名。10月18日，在高村东北面板粟树的一次遭遇战中另一支起义队伍击毙滕家瓒。
在这年的夏秋之际，起义军形势酝酿着重大的变化。7月间，荆州（今湖北江陵）将军兴兆率领2000名满州旗兵进援凤凰，解救了龟缩城中的福宁；清朝政府还派四川将军观成宋胁助福宁指挥作战。凤凰城解围之后，福宁、兴兆和观成率领两湖的清兵向西，协同福康安、花连布（他于8月10日彭廷栋死于军中后升为贵州提督）所属云贵兵，两面夹攻乌草河。这时福康安又增派了7000名贵州兵，清军集中优势兵力，于8月16日攻过乌草河，逐步地向北面的鸭保、平陇方向推进；接着，穆克登阿分兵一支，配合刘君辅，在9月间援救了长期被围的永绥厅城。8月底开始，坐镇辰州的毕沅也派出一支清军，从泸溪出发，向西进犯乾州。这样，到了秋天，清军在湘西已由局部进攻转入全面进攻。进攻的重点是平陇及其周围地区。清朝政府为促使官兵卖力作战，10月间曾大事封赏，福康安由一等公晋封贝子，和琳一等伯；次年1月初，还派现任云贵总督勒保到福康安大营，“共筹军务”。
“大军自四月克黄瓜寨，五月、六月阻大乌草河不进。七月渡大乌草河抵古文坪。八日奏克乌龙崴、杨柳坪，而吴八月据平陇，遂称吴王。”“八月，聚集在平陇的起义军推吴八月为苗王，石柳邓、石三保为将军。”自从石柳邓和石三保的队伍撤退到平陇以后，平陇很自然地成了起义队伍集结的中心。清军主力从乌草河北犯，进展极为缓慢。因为这里是湘西苗民聚居区的中心地带，几乎所有的苗寨都投入起义，清军每前进一步都遭到起义者的有力抗击。8月以后，不仅在乌草河东，而且在乌草河西，都激战不已。9月中旬，在苏麻寨东南的杨柳坪一场鏖战，起义者击毙了清军副护军参领（京师护军营的中级军官）、游击、都司、守备各1名。农历八月（公历9月13日一10月12日）间，平陇一带的各起义队伍，为团结起来，抵抗到底，共同推奉吴八月为“吴王”，石柳邓和石三保各为开国将军和护国将军。这表明。原来极为分散的起义军队伍，在斗争实践中迫切感到有进一步组织起来的必要性。吴王这面旗帜，正是表明了他们同清朝统治者势不两立的意志和要把起义坚持到底的决心。
“清政府为摆脱困境，采用剿抚并用的措施。九月吴半生被奸细俘获。十二月，吴八月因叛徒出卖被俘。嘉庆元年（1796年）元月，石三保又被叛徒诱至坳溪被俘。由于起义军领袖相继遇害，起义开始失利。”1795年夏秋之际起义形势迅速恶化，其重要原因之一，是一度卷入起义的苗族上层分子，在清军进攻面前纷纷投敌，充当了清政府镇压起义的帮凶。乾隆皇帝在3月5日的谕旨中就说，对苗民起义要“剿抚兼施，以为离散党与之计”。所以，清政府一方面残酷地屠杀起义人民，一方面又宣扬“招抚”，企图以金银财物来诱使起义者放下武器，尤其着力于赏赐官爵的手段来收买苗寨首领。这年春天，在苗族人民“事杀百户起事”的情况下，不少苗寨首领慑于起义风暴的威力，被迫表示拥护起义。清军攻入起义地区后，驻辰州的湖广总督毕沅就积极展开“招抚”活动。于是出现了一股苗族上层分子叛变投敌的逆流。乾州厅西北伟者寨头人石上进带上42个苗寨投降清政府。石大贵等乾州68个苗寨头人在七、八月间到辰州向毕沅投城。永顺境内一个苗寨首领张廷仲父子，曾混入起义阵营领兵几千，有一定的声势。乾隆皇帝下令地方官“设法离间张廷仲，令立功自效”。“可收以苗攻苗之用”，并决定可赏张父子以六、七品官衔。张廷仲父子果然投降，在永顺、保靖境内帮助清军进攻起义队伍，致使这两县境内“抚定”的苗寨达370余处。
起义队伍中投降与反投降的斗争十分激烈，其中最大的一次斗争是吴陇登的叛变引起的。乾隆帝获悉：鸭保寨百户吴陇登，曾在1787年为镇压勾朴寨起义“出力”，他在1795年参加起义，则是由于“怂恿附从”。于是乾隆皇帝在给福康安的谕旨中定计：以吴陇登为主要诱降对象，在他和石柳邓、石三保三人之间进行挑拨离间，“使之互相擒献”。其实吴陇登在清兵攻下大寨营、黄瓜寨后就极度动摇，图谋投降，只是没有可乘之机。11月1日清军大举围攻鸭保东面由吴半生防守的高斗寨。吴半生所领这支队伍一向作战勇敢、出色。而吴半生本人在高斗寨遭受围攻的紧急关头却动摇起来，当天，高斗寨陷落，吴半生在被服后虽有屈服的表示，却仍把他解往京师“献俘”，加以杀害了。
11月22日，清军进攻鸭保寨。这时吴八月已经觉察到吴陇登形迹可疑，于是亲率队伍赶往鸭保寨，一面抗击清军，一面监视吴陇登，但是吴陇登早已暗中向清政府乞降，正在策划吕场叛卖阴谋。在吴八月指挥下，鸭保寨保卫战整整打了10天，直到12月2日起义队伍未能粉碎清军的四路围攻，鸭保寨失守，吴八月撤退到鸭保寨与平陇之间的卧盘寨。13日，吴陇登用欺骗手段，诱擒了吴八月，公开叛变。次年3月25日，苗民起义的重要领袖吴八月在清军大营中就义。吴八月遇难是起义军的重大损失。他的儿子吴廷礼、吴廷义接过父亲的战旗跟石柳邓、石三保等继续领导起义队伍，在更困难的情况下勇猛地战斗着。
1796年初（嘉庆元年），湘西黔东苗民起义一周年之际，四川、陕西、湖北三省爆发了更大规模的白莲教农民起义，两地起义虽没有直接联系，但客观上起了配合作用。致使清政府顾此失彼，所以在3月间又从四川、云南、广东、广西续派官兵2万多人，开赴湘西。
1796年春，湘西的武水以西以南，包括乾州厅城和平陇一带以及相连的永绥厅东南部，还控制在起义者的手中，起义者曾在鸭保以东的壁多山、高吉山、贵道岭、七星岭、长吉山、茶山、茨岩及结石岗等地，进行了阻击战，清军主力只能缓缓而进，用了半年时间，才攻入乾州境内；另一支清军则在永绥厅南部进行“扫荡”。6月17日，起义领袖之一石三保，在永绥南部的哄哄寨不幸被俘，解经京师后遇害，为苗族起义献出了生命。他们把起义旗帜插在乾州城头达一年零五个月之久。最后起义者在弧立无援、难以久守的情况下，于7月21日主动撤离了乾州城。
清军打通了乾州东路，然后以主力进攻西路。这时，清军统帅有了变化。福康安因染病在6月17日死于军中，由和琳继任统帅。9月30日和琳病死，由领侍卫内大臣额勒登保和湖南巡抚姜晟在贵州提督花莲布协助下主持大营。10月1日，清军扑向平陇。11月初，清廷又命广州将军明亮和新任湖广提督鄂辉到大营，以加强指挥。当时吴廷礼已病故，石柳邓和吴廷义等带领起义武装奋起抵抗。还派队伍扰攻清军后路，作为牵制。一度打到乾州厅城西南的马鞍山。清军因进展极微，所以尽量从各地哨卡抽调兵力，最大限度地增加了进攻兵力，清军分五路围攻平陇，平陇失守，石柳邓等退守西面的石隆寨。
石隆塞是湘黔川三省交界苗民起义的最后的一个重要据点。退到这里的起义者人数已不多，但他们意志坚决，仍斗志昂扬，决心战斗到底。平陇和石隆相距不过10余里，在起义队伍的步步抗击下，清军自平陇西犯，一个半月之后才逼近石隆。1797年（嘉庆二年）1月3日，清军分四路总攻石隆寨，石柳邓率起义战士“抵死守御”，当场击毙清军守备、干总、把总等4名。清军付击了很大的代价后占领了石隆。石柳邓头部受伤，旋遭敌人杀害。他们的口号是“官兵打到哪里，我们抵到哪里”。他们用自己的生命和鲜血谱写了石隆保卫战这历史的光辉一页。
接着，由于被出卖，吴廷义和一批骨干分子，以及吴八月、石柳邓和石三保等义军领袖家属，也都惨遭杀害。起义的首倡人之一，苗族女英雄石乜妹，在石隆保卫战后还在永绥境内继续战斗，最终不幸被俘遇害。还有成千上万的苗族妇女们，也在这场起义中献出了自己的生命。
从1795年春起义爆发到石隆保卫战，湖南、贵州、四川三省交界处的苗民起义总的来说是连成一气的，这是起义和大规模斗争的高潮时期。
1797年初起义军的大规模斗争结束，转入低潮。但是保存下来的一些起义武装仍坚持斗争，新的起义一再发生，苗族人民的武装斗争又持续了10年之久。这一时期。由于白莲教起义不断扩大，清政府。把大部分兵力调往湖北去抵挡白莲教起义军。只留下2万多兵力，企图把剩下来的苗族起义力量完全镇压下去。同时清政府为防止新的起义，对苗族人民加强统治，采取了不少新的措施：在行政方面把府属厅升为直隶厅，以加强政治上的管辖；在军事方面，对于一些哨卡据点，进行裁撤合并，又大修碉堡等工事，对湘西、黔东苗民聚居区实行严密的包围。还在苗寨内收缴武器，禁止自制或贩卖火药；又增派兵丁，采取“以苗制苗”的措施；同时还在土地问题上进行反攻倒算。
清政府以“善后”为名，加紧对苗民的压迫，所以处于低潮的苗民起义，规模虽然较小，每次起义时间较短，但是斗争此落彼起，从1797年至1806年的十年间，从未中断，其中主要起义事迹有：（一）1797—1801年，凤凰、永绥、乾州三厅苗族人民的反夺地斗争；（二）1801年，4—5月铜仁石岘等14寨起义，（三）1803年初永绥厅陇六生起义。（四）1805年1一3月永绥石宗四、石贵银起义。（五）1805年（嘉庆十年）冬至1806年春两头羊和高都寨的反缴械斗争。随之，整个乾嘉年间的苗民起义最后结束了。
乾隆年间的苗族起义是苗族人民斗争史上最著名的起义之一，也是中国封建社会末期有名的农民起义之一。起义开始时声势很大，参加群众极多。可是起义队伍极其分散，大都各自为战，缺乏有效配合和统一领导。起义者打仗勇敢，不怕牺牲，然而就进行一场有一定规模和时间较长的战争来说，在军事素养和作战指挥水平方面，都不能同有训练、有经验的清军相比，更不要说在武器装备方面了，至于每一支起义队伍，则未能持久作战，这又同起义的自发性有关。起义军队不仅分散，而且缺乏严格的组织纪律；在政治上除了“驱逐客民，夺还苗地”的口号外，也提不出更具体的政治纲领。
这次苗民起义，既反对封建压迫，也反封民族压迫。毛泽东同志指出：“中华民族不但以刻苦耐劳著称于世，同时又是酷爱自由、富于革命传统的民族。……他们赞成平等的联合，而不赞成互相压迫。”这次苗民起义前后持续了12年，苗族人民在起义中所表现出来的不屈不挠、前仆后继的英雄气概，敢于拿起武器来反抗压迫者、剥削者的革命斗争精神，将永远载入史册，激励着后世人民。
§§§第五节 各族反清方兴未艾