雍正年间实行改土归流，从对农民进行压迫和剥削这个意义上说，流官代替土司，也只是换汤不换药。农民受压迫、受剥削的地位，不可能有根本的改变，加上清政府多次在苗族地区用兵，镇压苗族人民的反抗。并且是联合邻近土司共同进行的。所以苗族地区的阶级矛盾和民族矛盾仍很尖锐，在此以前，统治者为加强对西南少数民族的统治，曾不断向这些地方派兵和移民，由于连年战乱，许多军户变成了农户，土地也变为私有。其中有依官仗势者不断侵占他人土地，占田越来越多，逐渐由垦荒自给，变成了出租土地，剥削他人劳动的封建地主。随着清王朝建立后的统治力量的加强，在大力推行所谓“开发苗疆”的同时，又有更多的汉族官使、农民和商人进入苗族地区，从而对当地地主经济的发展起了推波助澜的作用。与此同时，在社会经济得到发展和汉族地主经济的影响下，当地一些寨长、百户、头人等族大富有者，也依仗权势，霸占公共山林，侵占他人土地，并将土地租给贫苦农民耕种，从苗族内部分化出地主阶级。如松桃罗金寨的吴老夭，乾州重阿寨的吴廷梅、吴学仁，永绥厅紫儿寨的石季五等都是当地有名的苗族大地主。他们不仅剥削苗族农民，也剥削从内地去的汉族农民。湘黔邻近几个县，有不少汉族农民给吴老夭当雇工，甚至卖身给他为奴。据史书记载，当时地主阶级从农民手里夺取土地，其手段是多种多样的，除依官仗势，赤裸裸地公开霸占外，主要还有：（一）通过放高利贷剥削。高利贷有“客帐”、“营帐”和当地苗族地主放的债三种。“客帐”是汉族地主、商人放的债。“营帐”是清朝的驻防官兵放的债。债主以“制钱八百为一桂，月加息五，至三月不完，辄取息作本。计周岁息凡四转，息过本数倍矣。约包谷、杂粮熟时折取息钱，或乘其空乏催讨，将田地折算”。当地苗族地主放的债也是“其息甚大，钱一千，谷一石、一二年加息数倍，不能偿，折以山地……转求佃耕”。（二）通过不公平交易。使用这种手段的，主要是汉族地主商人。他们向苗民赊以布盐什物，秋后还谷并要苗民以土地作押。无力还谷者，土地就归了他们。（三）通过代办田赋。主要是苗寨的寨长百户勾结地方官府，包办田赋，要农民加倍交纳。农民交不出，就得抵以土地。
地主阶级通过上述各种手段，占有大量土地，如乾州厅重阿寨的吴廷梅、吴学仁田地遍布其家周围数10里。农民失去土地，依然要负担繁重的赋税、差役，违者就要遭到毒打、罚钱，甚至坐牢，不少贫苦苗民活活被关在牢狱里。在地主阶级如此压迫、剥削下，苗民实在无法生活下去，只有奋起反抗，这就是苗民起义的主要原因。
另外，苗民起义同时又带有民族斗争的色彩，清军入关，在全国建立统治以后，更把贵州东部、湖南西部的苗族地区视为“生界”，屡屡兴师动众，对苗族人民进行血腥镇压，在屠杀苗民后设置的各级官吏，骑在苗族人民头上，作威作福，以致苗民“畏隶如官，官如神”。清朝统治者为了维护其统治，采取各种手段，挑拨苗汉之间的关系，什么“戒苗条约”、“禁苗条约”、“防苗条约”等满天飞，甚至不许苗人和汉人通婚，造成了苗汉民族之间的严重隔阂。因此乾嘉苗民起义时，曾有“逐客民、复故地”的口号，就连清朝官员和乾隆帝不得不承认，“客民从前重利盘剥，占耕地亩”，“是以亩众转致失业，贫难无度日者多，”所以一场苗民起义又是不可避免的了。
据《清史稿》记载：“贵州松桃厅苗匪石柳邓等，湖南永绥苗匪石三保等作乱。戊午，湖南苗匪陷乾州厅，同知宋如椿等死之，命福康安往剿”，反清的潜流早已在千里苗寨的山山水水间涌动着。松桃厅北面大寨营的石柳邓，永绥厅西南黄瓜寨的石三保，乾州厅西南平陇寨（或作平隆、坪垅寨）的吴八月，还有凤凰厅西北苏麻寨的吴丰生，他们在酝酿起义时常常互要通气，此外还有大寨营的苗族妇女石乜妹也经常参加他们的活动。当时苗寨中纷纷传言“黄瓜寨出了苗王”，这是他们为号召起义而进行的一种宣传，也反映出群众迫切希望有个敢于造反的带头人。1795年农历年初，一批起义者在大寨营的石柳邓家里集合。附近一个苗族百户石老三察觉后，向松桃厅官府告密。一队清军立即赶往并包围了大寨营，指名要石柳邓把各地起义者交出来。石柳邓组织大家进行武装抵抗，冲破清军的包围，向东到了永绥境内。几天之后，石柳邓回到黔东，以大寨营为中心带领发动起来的武装群众，于2月2日（正月十三日）攻占了附近的大塘汎等若干清军据点，著名的乾嘉年间的苗民起义正式拉开序幕。黔东大寨营首先起义的消息迅速传到湘西后，2月8日（农历正月十九日），吴八月在平陇寨，石王保在黄瓜寨，吴半生在苏麻寨，吴陇登在鸭保寨，都率领当地群众，起义响应。石柳邓在起义时提出了“驱逐客民，夺还苗地”的口号，它集中地表达了广大苗族人民反对汉族地主兼并土地，要求夺还田地的强烈愿望。这个口号对动员群众起了极大的作用，“穷苗闻风，无不攘臂相从”，“群寨响应，事杀百户起事”。武装起义的烈火，迅速而又猛烈地在千里营寨燃烧起来。
与此同时，当地清政府官员则纠集兵丁，妄图扑灭起义烈火。镇箪镇总兵明安图接到石柳邓攻占大塘汎等据点的紧急报告后，于2月9日，带了800名官兵进行镇压，半路上遇到了从黄瓜寨南下的石三保为首的起义队伍，双方即交战。这时，驻永绥的副将伊萨纳和永绥厅同知彭凤尧，正领兵600多人，朴向黄瓜寨，他们在途中获悉明安图被起义队伍围困，就移兵相救援。这两股清军于2月10日在鸭酉巩会合。当天夜里，从鸭酉东望，“火光数10里不绝”。原来是凤凰和乾州两厅境内许多苗民打着火把，扛起刀矛长枪，起来造反了。鸭酉周围的造反群众，一群一群地向扎营的清军围来，约有上万人．明安图等惊恐万状，于次日向永绥厅城方向撤退。一路上，进行拦截的起义群众，漫山遍野，向清军压了过来。明安图等人一时狼狈不堪，一扫昔日威风，向起义者“求和”，要求让清军返回永绥城。起义者勒令清军官兵一律放下武器，但清兵又不肯完全服从。苗民起义者识破清军求和是搞缓兵之计，于是坚决加以围歼。苗民起义者善于施放鸟枪，他们猛烈地攻击，伊萨纳中枪身亡。明安图仓皇逃脱，起义军紧迫不舍，由于坐骑中枪，被摔下马来击毙，彭凤尧也被义军用石头打死。这是发生在鸭酉巩北面不远的一场歼灭战。1400多名清朝官兵大部分被消灭，起义军取得了辉煌的胜利。
2月12日，起义队伍又分别包围了永绥厅城和凤凰厅城，而在11日，乾州起义军也开始围攻厅城，该厅同知宋如椿在腿部受伤后逃回衙门，他已走头无路，只好自杀身亡。巡检（负责所谓“掌捕盗贼”的地方官吏）江瑶抱着官印逃到城外，被起义军队截获后处死。13日起义军的旗帜又胜利地插上了乾州城头。
起义如火如荼地发展着。在贵州东部，石柳邓的队伍在攻占了大塘汎之后，又包围了松桃厅和铜仁的重要据点石营、正大营。刚刚带近进驻正大营的贵州提督彭廷栋被困守营内，束手无策。正在营西面的八十四溪，远到思南府的印江县，也有起义者活动。而在湖南西北部，起义队伍活跃于酉水两岸，还攻占了永绥北部的大据点花园堡。永顺境内，一度形成了一支近万人的起义大军，进入保靖境内，“扑城夺卡”，声势很大。在沅江以西，起义军攻占了泸溪县的浦市，又北攻泸溪县城和辰州府治所在地沅陵。湘西南部的麻阳县，也出现了起义队伍。湘西和黔东的起义军，还向西北挺进，活动在四川秀山县的大部分农村，如石隄、龙图、梨木场、贵图等地。其中有一支队伍打着写有“统兵元帅”字样的红旗。上述起义地区，包括湖南省沅州府的乾州厅、凤凰厅、永绥厅、麻阳县，辰州府的沅陵县、泸溪县，永顺府的永顺县、保靖县；贵州省铜仁府的松桃厅、铜仁县，思南府的印江县；四川省酉阳直隶州的秀山县：总计为三省六府（直隶州）所属的13个厅县（内四厅后来升为直隶厅）。1795年春天，千里苗寨到处响起了战斗的号角，起义人民狠狠地打击了当地的文武官吏、汉族地主以及依附于清政府的苗族上层分子。以吴八月为首的起义军的口号是：“穷苦兄弟跟我走，大户官吏我不饶”，很好地表达了这次起义的打击锋芒，起了很大的号召作用。山区苗民的反抗性强，打仗勇敢顽强。因为平时苗族男子习惯于佩刀携枪，就连少年儿童也多学会用鸟枪，男子打仗，妇女就帮助装填火药。他们虽然比较分散，但是人数极多，据清方记载，1795年时，“苗倾巢为变，众数10万”，也就是说差不多所有苗寨群众都投入了斗争，在清政府重兵到来之前当地几千名官兵完全陷入武装群众的汪洋大海之中，起义进入了高潮。
“同年二三月间，清政府调遣云贵总督福康安、四川总督和琳、湖广总督福宁率领七省兵力10余万人，分路镇压”。湖南、贵州、四川三省交界地区苗民起义的烈火越烧越旺，这三省的总督、巡抚、提督等军政大员连连接到告急文书，他们一面飞奏朝庭，一面立即领兵前往镇压。乾隆皇帝谕旨，声称要“痛加剿除”。在湖南西部，湖南巡抚姜晨（音成）先赶到辰州，在泸溪、保靖一带组织防御；新任湖广总督毕沅随后也来到辰州主持军饷供应。贵州东部，提督彭廷栋带兵进驻正大营；贵州巡抚冯兴熊坐镇铜仁，兼督办军需。川东南地区，才卸任的四川总督孙士毅留驻秀山，防守后路并督办粮运。第二步，分三路进攻起义地区：云贵总督福康安（7月间）改任闽浙总督率云贵兵由铜仁北进；四川总督和琳和四川提督穆先登阿率四川兵从秀山东进；已宣布调离的湖广总督福宁留了下来，他和湖广提督刘君辅率湖南、湖北兵从凤凰进兵。清军官员中，以封为一等功的福康安地位最高，乾隆皇帝命他督办军务，充当三路军的统帅。
三路清军，初期到位的只有三四万人，兵力并不十分充足。但是起义者人数虽多，却都各自为战者多。乾隆皇帝看到起义队伍势分力单的弱兵，就命令福康安等在进攻时，“宜肃清一路，再行围剿一路”，采取各个击破方针。起义队伍由于过渡分散而不能形成优势兵力，逐步丧失了作战的主动权；不过他们打的英勇顽强，而且也利用清军兵力暂时不足的形势一再进行反击。在清军进攻的第一阶段。在1795年3月至9、10月间，总的情况是：在起义地区的西部，清军占了上风；中部：起义者反复作战，长期围困永绥厅城；东部，起义者仍居优势，一再重创清军。主要战争的具体经过如下：
清军主帅福康安于3月4日率部到达铜仁，由此向北进攻。10日在盘塘坳打了第一仗：清军在五更时袭击苗寨，连抛火弹（火球），凶残地活活烧死了不少寨内的居民。天明后周围起义群众鸣锣吹号，从四面八方起来，冒着敌人的枪箭，奋勇冲杀，清兵惊呼起义者是“铜筋铁骨”。这路清军在得到援军后，好不容易于当天赶到了正大营，解救了被围在营内的彭廷栋；此后继续北进，于4月3日进入松桃厅城。和琳方面，于3月17日领兵到达香山后，首先在这一带对零星的起义队伍进行一番“扫荡”，接着也向东进入松桃境内。福康安与和琳的两路清军会合后，利用他们相对处于优势的兵力，对起义军处于分散的各个据点各个击破。4月17日左右，石柳邓的队伍在大寨营，5月27日至29日，石三保的队伍在黄瓜寨，6月5日至6日，吴半生的队伍在苏麻寨，都分别进行了英勇顽强的抗击战，然后杀出一条血路，冲出重围，向外转移，石柳邓和石三保的队伍，边战边进，向乾州平陇吴八月的队伍靠拢；吴半生的队伍曾一度打到麻阳境内，后来又防守在乌草河（也叫乌巢河）两岸。
清朝军队伍一路打来，肆意烧杀。在作战的头两个月内，就连续发生清军焚毁苗寨26处、100多处、40余处、56处、再40余处等情况。乾隆皇帝为此一再下旨嘉奖说“竟能将沿途苗寨尽行烧毁，甚属可嘉”；“悉行焚烧痛剿，尽数歼除，实属可嘉”。
苗族起义人民没有被清朝军队的气势所吓倒，而是顽强抵抗，寻机反击敌人。清军在攻下大寨营以后，福康安趾高气扬，乾隆皇帝也认为“势如破竹”。于5月初命令总兵花连布率部队去援救被起义军包围的永绥厅城；而在攻下苏麻寨之后，又亲自领兵东犯乌草河，企图过河进攻起义势力的腹心地区——吴八月等起义军所在地。起义者在乌草河“拼命拒守”，曾多次打败清军，这时乾隆皇帝认为形势不妙要福康安考虑绕过乌草河，“另寻别路”进攻。与此同时，起义军在北面又发动了攻势，于7月初曾反攻过黄瓜寨，在永绥北部的张坪马大败刘君辅；并在花连布暂解永绥之围后，再度包围了永绥厅城，城中官兵全部断粮，只好“拆屋为薪，煮糠为粥”。此外，松桃和永绥境内撤离了自己据点的一部分起义队伍，则插向清军后方的四川秀山。致使乾隆皇帝惊呼：“现经三省大兵会剿，尚敢潜至川境，屡肆滋扰，希图抄截后路，并牵制大兵，奸计可恨”。