明、清统治者为了加强中央集权，实行直接统治，清王朝在康熙后期，特别是在雍正时期（1723—1735），用武力强治手段，大规模地推动“改土归流”政策。很自然地又导致了这一地区阶级压迫和民族压迫的加强。再加上土地兼并的盛行，千里苗寨苦难重重，所以在这一时期频频发生苗民起义。
雍正时期苗民起义早在康熙四十三年（1704年）清王朝为了加强对少数民族的统治，派礼部尚书席尔达、副都统图恩海、徐九如等率荆州驻防满兵1000人，并调广西、贵州、湖南三省部分兵力进逼镇箪苗寨，大部分苗寨被归诚，而天星（湖南凤凰境）、马鞍、山毛、都塘、七兜树、打郎湄、亮老家、两头羊、糯塘山、老旺山等寨苗民、不肯屈服，武装反抗。席尔达都三省满、汉各军并征集保靖、水顺两土司兵分两路进攻，经过清军11天的疯狂镇压，天星等苗寨相继失陷，苗民被杀5000余人，303个苗寨4563户8418人被迫缴械投降。清王朝在辰州（湖南辰溪）府内增乾州、凤凰二厅，分别统治投诚各寨苗民，同时保留土司的原有权利，实行了流官（州、县官）与土司共同统治苗寨民的政策，为尔后实行“改土归流”作了必要的准备。
清康熙四十六年（1707年），贵州普安州三江苗民黄柱汉聚众进攻菴章寨（贵州普安境）。云、贵总督贝和诺派兵镇压，起义失败。
雍正四年（1726年），云南苗族禄万钟发动起义。雍正初年，清王朝对少数民族地区准备实行“改土归流”。因为云贵等地少数民族地区的首领世袭制，对人民的剥削、压迫异常严重，如乌蒙土官禄鼎乾，对他统治管辖地区的人民所摊派的税款超过清王朝规定数额近百倍。一年四小派，三年一大派，小派计钱，大派计两，更有甚者，土司一家娶媳妇，则土民三年不敢结婚；土民被杀害，其亲族还要为其出垫刀钱数10两。所以清王朝决定实行“改土归流”政策。
雍正四年（1726年）先把东川土目革职，令总兵刘起元进驻东川，并准备在乌蒙（云南昭通）苗族地区继续施行。刘起元招降了掌握当地兵权的禄鼎坤，以加强自己在这一地区的实力。禄万钟联合镇雄（云南镇雄）土知府陇庆候出兵3000多人进攻驻守鲁甸的禄鼎坤。云南巡抚鄂尔泰遣派游击哈元生合同四川援兵去帮助禄鼎坤。禄万钟撤退到乌蒙。哈元生指挥各路清军向乌蒙发起进攻，苗军占据有利的地势，据险阻击，经过激烈战斗，终因清军来势凶猛，禄万钟败退到镇雄。这时鄂尔泰又招降陇联星（陇庆候之叔）继续追击苗军，禄鼎坤带领3000人马进攻镇雄侧背，苗军奋力抗击，终因寡不敌众而败，于是镇雄被清军占领。禄万钟、陕庆候战败后逃往四川。因此乌蒙、镇雄都被清军收复，清王朝在乌蒙设府，镇雄设州，并派总兵驻守。
雍正四年，贵州苗族也发生了抗清之战。广顺长寨（贵州长顺）地处仲、苗各寨之要冲，清朝云南、广西、贵州三省总督鄂尔泰为了进一步推动“改土归流”的进行，向长寨的仲家各寨进兵，遭到仲家、苗家军民的反抗。清军凶残地焚毁了仲家7寨，占据了长寨，但是仲、苗军民不断出兵袭击，清军被迫退出长寨。这时鄂尔泰又改派总兵石礼督兵反攻，攻破36寨，迫使21寨“投城”，招抚苗民500余户3000余口，解除苗民武装，并在长寨设参将，且派兵分别驻守各要隘地带，向贵州边界进军。广顺（贵州长顺西北）、定番（贵州惠水）、镇宁（贵州镇宁布依族苗族自治县）苗民680寨及永宁（贵州关岭西）、永丰、安顺（贵州安顺）苗民1398寨的苗族首领，被迫纳土投降清王朝设流官治县。
清朝雍正六年（1728年），发生了清军进攻贵州苗民大小丹江之战。贵州巡抚张广泗为开辟古州（贵州榕江）地区及沟通湖广与广西之间的交通，向清政府倡议置镇诸葛营（榕江境内），以便更好地控制周边地区。这年夏天，派兵先攻八寨（贵州丹寨），以打通运送要道，然后分兵进攻大、小丹江（贵州雷山北）沿岸苗族村寨。鸡讲等五寨苗民奋起反抗，皆被清军焚毁，其他各苗寨纷纷请降。雍正七年，清军乘胜沿九股河进攻抵达清水江。当地苗族首领因为农忙，假装接受安抚，被清军巡抚张广泗识破，于是他也将计就计，假装答应。但是他却作了另外的布置，偷偷地利用夜晚乘船渡江，切断苗民退路，而后突然向各苗寨发起袭击，而苗军也想利用夜晚偷袭清军营房，两军相遇，展开战斗，结果苗军吃了败仗，于是清水河及九股河地区各寨都被清军收复。张广泗在清水江、丹江设营驻军，控制水路。令清军士兵到湖南运来盐、布等生活急需品，供应当地苗民，在一定程度上促进了这一地区的商运、经济的发展。
这一年，米贴（云南永善北）苗族妇女陆氏联合雷波土司聚众反清，劫夺军粮，鄂尔泰派哈元生带兵进行围剿，哈元生首先攻破苗军所占据的险要山口，而后又在苗营附近设伏，结果苗军战败，清军直捣其寨，陆氏被俘。接着哈元生又乘胜进攻阿驴（寨名，雷波境内），击败雷波（四川雷波）土司。阿驴寨一土目投降后又反戈，围攻哈元生。哈元生率游击卜万年等与苗军激战了两天两夜，苗军败退，哈元生又亲自督兵攻占了赤衣台。鹤丽总兵张耀祖这时又派兵增援哈元生，所以哈元生兵力更足，所以他便派小溜带部队搜杀苗民，阿驴一带苗寨居民弃寨逃走，于是这次参加反清的拉金者呢各寨都被清军平定。
清朝雍正八年（1730年）云南乌蒙又爆发了苗民反清之战。清军在雍正六年平定了苗族禄万钟的起义后，便把禄鼎坤提升为河南参将。可是禄鼎坤不愿意离开苗疆到河南去上任，所以内心有些不满。禄鼎坤的儿子禄万福便请求回鲁旬治产。又以总兵刘起元贪污害民为借口，联络归部，一齐反清。禄万福首先进攻乌蒙（云南昭通）。这时期，乌蒙有经商者、居民1万多人，并且地势险要，有险可守，可是刘起元虽然拥有数千名兵丁，但由于他贪污腐化，不注重防守，所以苗兵便很快攻破城垣，杀了不少城内军民。禄成福又鼓动、联络东川（云南惠泽），镇雄以及四川凉山等地少数民族数万人起来反清。他们杀塘兵、劫运粮、堵要隘、毁桥梁，屯兵聚守，以抗清军。
鄂尔泰调动清军一万零好几千人，再加上土司兵5000多人，分三路进攻苗寨。参将韩勋率兵400人由镇雄进攻奎乡（云南彝良东南），和苗军激战了三天，清军得胜，连破4寨，又杀死苗民2000多人，哈元生率兵1000多人由威宁（贵州威宁彝族回族苗族自治县）进攻乌蒙，清军到达得胜坡正与苗军2万人遭遇，哈元生率兵猛攻，苗军奋力抗击，不幸军首领黑寡、募末等被清军射杀，于是苗军败退。清军进占倚那冈。这时苗军数万人安营扎寨达10余里。哈元生又打伏击战，命清兵3000人再加上土司兵1000多人，趁夜埋伏在苗军营垒左右。拂晓苗军向清兵发起进攻，而这时清军按兵不动隐蔽待机，当大部分苗军进到了清军的炮火威力圈之内时，清军发炮，猛烈轰击，接着伏兵四起，左右夹攻，苗军防不胜防，终于不敌清军，苗兵大败。清军乘胜追击，连破苗寨80余个，打败苗族军民数万人。清军又连克三关，占领乌蒙，缴获了苗军军械武器许多，禄万福兄弟均被俘遇害。
也是雍正八年，贵州古州地区苗族上层分子叛变，准备偷袭清军。贵州巡抚张广泗大量征集苗船，派兵架设俘桥，半夜悄悄渡江，乘苗兵没有准备的情况，突然向古州地区苗军发动进攻，苗军措手不及，刀枪、弓箭等1万多件作战武器尽被清军缴获。张广泗又向上江地区的来牛、定旦等苗寨进攻，结果有4000多苗族军民被杀害，并缴获了大量大炮等作战武器。
雍正十年（1732年），贵州苗族包利在台拱起兵反清，清王朝贵州巡抚元展成在台拱（贵州台江）筑城，增兵驻守。十月间，包利举兵反清，首先杀死台拱通事郭英、欧玉胜等，然后进攻清军大营，又杀死清外委张壁等人，接着分兵包围了排略（台拱北）。排略距离台拱约15里，是台拱通往清江都匀的咽喉要隘，经过三天的激烈战斗，苗军勇猛顽强，结果清军守备高本畅战死，排略被苗军攻占。
元展成派督标及黔西、遵义、平越等地游击马世龙、罗资衮等各领所属清军星夜增援台拱，马世龙率部在前，罗资衮保护军需、武器弹药紧跟其后。十一月十四日，清军在排略附近中伏，游击罗资衮以下6名军官均被击毙，清朝兵丁溃不成军。吓得后面清军迟疑观望不敢前进。元展成无奈又增兵，派副将杨馥、宋朝相率部增援。杨馥在进攻排略时战死，清军又败退下来。
台拱被苗军包围，清军粮饷断绝。当马世龙部在排略被围攻时，台拱清军出击接应，把总兵王朝杰战死，于是又退回营中，清王朝为解救危机，派广西左江总兵霍升暂时代理贵州提督急忙赶到贵州增援。霍升率领副将康世显以下汉、土官兵2万多人进入贵州。十二月间，布兵分两路进攻排略，苗兵经过顽强战斗结果败走，台拱被清军攻占。苗兵便转移到丹江高坡一带，在番招（台江东）莲花皇利用险要地形筑城防守，继续斗争。
雍正十一年（1733年），清军为了撤底消灭包利等反清苗军，便增派湖南兵2000人、广西兵1000人开赴贵州，由贵州提督哈元生统一指挥贵州、湖北、广东、湖南、广西五省兵力向苗军大举进攻。哈元生命康世显、仇龙、霍升等兵分三路向苗寨进军，首先攻下高坡，然后全力以赴向莲花苗军猛攻。由于苗军早已筑城防御，他们凭借有利地形坚强抗击，所以清军第一进攻受挫。哈元生于是亲自指挥，分兵六路强攻莲花城堡。经过三天激战，清军用大兵压城，苗军抵挡不住，莲花终被清军占领。尔后清便在台拱筑城设防，并派兵4000多人驻守。
同年，思茅（云南普洱复兴镇）苗族首领土把总刁兴国与苦聪、元江等地兄弟民族共同聚众反清，进攻普洱；通关（云南墨江与普尔之间）大寨之摆夷（傣族）也与苦聪人联合渡阿墨河进攻他郎（云南墨江）。清朝云南、贵州、广西总督高其卓派提督蔡成贵、总兵董芳等率兵分道镇压。战场上，清军阵斩苗兵3600多人，又迫降4．26万余人，苗军头领刁兴国战死，这次反清斗争，又遭失败。
雍乾年间古州台拱苗民起义雍正十三年至乾隆元年（1735—1736），由于实行改土归流，清王朝对苗族人民，由间接统治换成了直接统治。苗民的负担没有减轻，土司对农民的剥削极为残酷，而且他们在封建王朝历次镇压苗族人民的反抗时充当帮凶。所以，长期以来，苗族人民一直处在阶级压迫和民族压迫之下，这期间，贵州古州（今榕江）九股河地区苗族农民，不堪清朝官吏和土司的剥削压迫，在苗民包利等人领导下，为反抗征粮、派佚发动起义。包利等人于雍正十三年二月，以“苗王出世”为号召，在古州的八妹、高表、寨蒿等苗寨商讨起义事项，到处传播鸡毛火炭信，联合清江（今剑河）、台拱（今台江）等地苗民，一起围攻厅城，捣毁营汛。暴动很快发展扩大到贵州的东部和东南各地，丹江（今雷山）、八寨（今丹寨）、黄平、凯里等地苗民纷纷响应，起义农民迅速增加到40多万，陆续攻克凯里、重安江（今属黄平）、岩门司、黄平、余庆县以及台拱、清扛营讯。据《清史稿》记载：“丁已以贵州、古州、台拱逆苗滋事命哈元生为扬威将军统领四省官兵讨之。”同年六月，清政府调集两湖、两广及云贵川七省兵力数万人，由哈元生、董芳率领，进行镇压。七月，又任命刑部尚书张照为抚定苗疆大臣，并调河北、河南、浙江等省官兵作后援。由于苗民所聚居的地区多是山地，起义军凭借着有利的地理条件，对清军进行不断的打击，苗族人民的反抗情绪不断增长，男的放枪，女的就帮着装填火药，反抗的激流在千里苗寨的山山水水间涌动着，苗民起义军英勇抗击清军进攻，一再重创敌人，清军虽从多方出兵攻击，围剿起义军队，但起义军的“敌有万兵，我有万山，其来我去，其去我来”的战术，四处出击，使清军陷入困境。乾隆皇帝即位后为加强对苗民起义的镇压，任命张广泗为七省经略兼贵州巡抚，总管镇压苗民起义事宜。于是清政府多方调兵遗将，大举进攻。残酷的清军一路滥肆烧杀，对起义军采取重点攻击、分路包剿和各个击破的措施，乾隆元年起义军被围困于牛皮大箐（今雷公山），再加上起义军队伍比较分散，大都各自为战，缺乏有效的配合，且军事素养和作战指挥水平等方面都有很大弱点，终因起义领袖先后被俘或牺牲，起义失败。
乾嘉时期苗民起义清朝乾隆、嘉庆年间（1795—1806），在贵州的松桃，湖南的永绥（今花垣）、凤凰、乾州（今吉首）等地苗族农民在白莲教反清宣传的影响下，为反抗官府、地主、高利贷者的剥削与压迫，由石柳邓、石三保、吴八月、吴半生（本名吴天半）等人领导，发动了起义。