清总兵朱射斗迅立即赶来，用大炮轰击起义军。起义军冒着敌人密集的炮火，匍匐前进，一直杀到朱射斗的指挥帐前，把他们团团围住。朱射斗方知大事不好，慌忙准备逃命，早被起义军拿下，手起刀落，斩于帐下。他所率领的1000多名兵丁，也被起义军全歼。
高院场之战，是一场出色的歼灭战。它使清朝官兵胆颤心寒，威风扫地。充分显示了白莲教起义军的英勇无畏、勇敢善战和各部联合作战的巨大威力。
智渡潼河，猛插川西为了彻底粉碎清军对于四川东北部各支起义军的“围剿”，同时，也是为了接应由甘肃一带杀回四川的各支起义军。高院场战役之后，冉天元率部北上梓潼、江油一带，进击川西一带清军；而张子聪部则直逼成都而来。
当时，四川西部清军很少，只有川西总督魁伦所辖的少数清军。
1800年农历三月的一天深夜，张子聪率领部队已挺进到射洪县的潼河（今梓潼河）渡口太和镇的东岸了。当地的清朝守军比较麻痹，根本想不到白莲教起义军会插翅飞来，当他们还在兴致勃勃打牌的时候，起义军为了迷惑清军，以便乘机迅速过河，就先派了几名战士，打扮成过路商客同他们一起打牌。贪婪的清朝守军赢光了“客商”的铜钱还不过瘾，还要继续玩牌，想把“客商”身上所带的银钱也赢过来。他们越打越上劲。那里还想到什么防守的事。这时，大队的起义军乘机越来越多地大都渡过了河。等到1万多名起义军战士几乎全部渡过河去的时候，这些“客商”便立即拨出雪亮的战刀，对这些糊里糊涂的清军说：“就拿这家伙作赌注吧”！吓得清军目瞪口呆，只好举手投降，乖乖地当了俘虏。
起义队伍顺利地渡过了潼河，便以最快的速度插入中江、金堂一带展开活动。并同各路起义军一道，控制了川西大部分地区，从而在清朝当局认为最“完善”、最“安全无事”的大后方开辟了新的战场，直接威胁了清王朝在四川的统治中心——成都。清朝最高统治者嘉庆皇帝听到这一消息后，大发雷霆，立即迫令四川总督魁伦“自尽”。
白莲教起义军智渡潼河，猛插川西，对发展壮大起义界队伍，粉碎清军的“坚壁清野”的诡计都是很重要的举措。
马蹄岗之战苍溪战役之后，冉天元率领4000多起义军离开川东北，准备经川西北上与甘肃起义军会师。在此之前，王廷诏、杨开甲已率起义军2万多人经陕西城固进入甘肃。接着徐天德也率部进入湖北，起义军之所以都纷纷撤离四川东北部，其主要原因是因为清政府实行了“坚壁清野”，使起义军的困难越来越多。据清官书记载：“贼匪往来不但无人可掠，即一切粮食、牛马无不囤养寨内（地主的堡寨），当此严冬，饥寒交迫，贼数日渐灭亡。”同时清军镇压的重点是在川东地区，为了避开敌人，发展力量，就必须开辟新的战场。
起义军进入川西，不但打破了清政府“坚壁清野”的诡计，而且壮大了队伍。他们很快从4000多人发展到5万多人，其中包括许多刚加入的、战斗力很强的咽噜党，因此，起义军挺进川西，标志着起义又进入了一个新阶段。
嘉庆五年（1800年）二月，冉天元等部起义军由剑州（今剑阁）的元山场向江岫西进，企图接应甘肃的友军入川。乌龙寨的清军妄想阻挡起义军的去路，结果被起义军猛烈攻击，破乌龙寨，清军游击马元楷也被当场打死。起义军乘胜西进江岫以西的马蹄岗。二月下旬，清军德楞泰分兵五路来攻，与起义军在白家坝遭遇。冉天元立即命令起义军的3万步兵，3000骑兵，火速占领了9座制高的山峰，采取诱敌深入然后包围的战术。在新店子布设伏兵。战斗打得异常激烈，在这次战斗中起义军将领陈得俸不幸被俘遇害，冉天元也中了箭伤。但是敌人在新店子中了埋伏，被起义军重重包围，伤亡更为惨重，特别是清军左、右、前三营几乎全部被击溃。双方一直鏖战到黄昏，德楞泰率残部突围退却。
新店子战役使清军大为震恐。使重庆、成都的清军也都为之震动，嘉庆皇帝急令各路清军严守川西、川北等地，防止川陕两路义军会合。三月初，冉天元在梓潼附近游击，先后在洛阳桥、黄连垭、得胜山等处粉碎了敌人的进攻，随即又折回马蹄岗。又在火石垭的山谷中埋伏3万名战士，准备聚歼追击之敌，同德楞泰血战一场。三月六日，德楞泰兵分四路，追踪而来：以赛冲阿部攻包家沟；阿哈保攻火石垭；温春部攻龙子观；德楞泰亲督主力直逼马蹄岗。冉天元以少量兵力诱敌深入，待敌人进入设伏地区后，下令反击，他一声令下，自己带着箭伤指挥八路大军迎敌。起义军弃马步伐，用浸湿的棉絮裹在成捆的竹子上为盾，挡住清军火器的射击，轮番向前冲击，马蹄岗前杀声动地，烟尘漫天，双方激战了三天三夜。清军伤亡惨重，各路清军均都遗退，守备杨春和也被当场击毙。德楞泰慌忙下马亲自督战，这时，他身边只剩几十名亲兵忙于护卫。在这种情况下，冉天元带领义军战士奋勇直前，准备活捉德楞泰。这时，地主武装头子罗思举带领4000名乡勇起来增援，他们用乱石掷击，不幸冉天元连人带马跌入山涧，冉天元中箭被俘遇害。起义军失去统帅，士气和战斗力大为削弱。余部万余人在剑州石门寨又被德楞泰打败。随后起抢渡潼河，占领太和镇，在川西地区流动作战。
马蹄岗大战，是川陕楚白莲教起义中一次最激烈的大战役，也是一次带有影响全局意义的重要战役。尽管此次战役后，起义军由发展壮大逐惭转为失利以致失败，但是，在这次战役中起义军战士五日四战的勇猛作风和誓死无退的顽强精神，使清军不寒而栗。
马家营之战徐天德部起义军于嘉庆四年挺近湖北，又折回四川，在极度艰苦条件下，与王登廷部出没于东乡、太平地区。五年，在湖北南漳县马家营遭到清总兵王凯部围攻，起义军英勇冲杀，击毙清总兵王凯。这时，尽管条件已经非常难苦，形势也极为不利，但他们仍然活跃在川、楚边界，牵制了大量清军。嘉庆六年（1801），徐天德率军攻打竹溪县城，击毙清军的千总吴瑜恩。嘉庆七年，在向陕西进军途中，徐天德在西乡县渡河时不幸被淹死，他的弟弟徐天寿、徐天培又率领起义军继续坚持斗争。这时，余下的起义军已退入川、楚、陕边区的深山老林中去。
清朝统治者宣布白莲教业已戡定，实际上直到嘉庆十年，白莲教起义军才被镇压下去。
南巴老林地区数千里崇山峻岭、层峦叠嶂处处有险可守，有路可通；这里地处三省边界，犬牙交错，各地官府鞭长莫及，所以是历代封建王朝统治中比较薄弱的地区。历代农民起义军也多活动于此地区，所以这里的贫苦农民有着反抗压迫的斗争传统。这些，都给白莲教起义军在这里开展斗争提供了有利条件。再者，还在于白莲教起义军的群众性和正义性，使它能得到广大人民群众的拥护和支持，因此，南巴老林才会成为白莲教起义军的根据地。
从1800年夏天开始，马蹄岗大战之后，战争形势发生了重大变化，起义军力量在逐渐削弱。白莲教起义转入低潮，其主要原因是清朝政府采取了“坚壁清野”的政策。一些地主也开始“筑堡团守”，妄图分割起义军与广大人民的联系，断绝起义军的粮草、兵源，进而围困起义军。清朝政府又针对清军的腐败无能，起义军的锐不可挡，就把小村的居民强行集中到大村，把平原地区的居民强行迁徙到有险可守的地区，再在这些寨堡的四周，挖上深沟，垒起高墙，用以集中粮食、牲畜和武器。还分派官吏组织团丁清查户口，严防人们逃跑，并要村民抗击前来进攻的起义军。当时四川、湖北、陕西、甘肃等省被迫实行了“寨堡政策”。这就使起义军的处境更为艰难。
嘉庆五年七月刘之协在河南叶县被俘，嘉庆六年二月，王廷诏战死，接着徐添德、冷天禄、高均德、李全、张汉潮、樊人杰等也都相继被俘或牺牲。到嘉庆六年底，起义军只剩下苟朝九、苟文润、王国贤、王世贵、冯天保、余佐斌等小股队伍，在南巴老林中坚持斗争。
为了消灭出没于老林的小股起义军队伍，清军作了周密的部署。从嘉庆八年正月开始额勒登保、德楞泰、穆克登布，杨遇春等先后带兵搜索老林数次。这时，起义军化整为零，利用熟悉地形的优势，经常出其不意地打击清军。
1800年，襄阳起义军的余部在高二、马五的领导下，在竹子山大败清军，杀死清朝总兵施缙。以后，他们又同张士龙部合兵于甘肃秦州（今天水）在徽县伏家镇夜袭清军，杀死清军将领17名，歼灭清军1000多人，前四川将军富成也被击毙。接着又转向陕西西乡县，在清宝山大败清军，杀死了提督王文雄及副将鲍贵等。
到嘉庆七年十月，起义军队伍逐渐缩小，只剩下1万多人了，但他们仍然坚持战斗。这年二月“襄阳黄号”的老将樊人杰率部进入湖北竹溪县境，并穿越老林，直逼汉水。巡抚全保带领总兵王懋赏等急忙带兵堵截。起义军勇猛杀敌，围攻松柏塞，夺得大批军粮，随即迁往山峻路险的马鬃岭。敌人又跟踪而来，分三路围剿，用“劈山炮”猛攻，形势非常紧急。樊人杰临危不惧，振臂一呼，全军上下殊死苦战，终于把清军杀得大败，王懋赏等14名将领也全部丧命。
到了1803年，起义军只剩下1000多人，他们仍利用老林的有利地形，忽川忽陕，忽聚忽散。利用奇袭、埋伏、化装为清军等方法继续打击敌人。仅嘉庆八年就打死清朝军官几十人。六月，额勒登保驻开县，督二十路清军大规模“搜剿”老林。七月，宣布“彻底肃清”，并大量裁减乡勇。但乡勇也大多是贫苦的流民组成，一经解散，无家可归，便纷纷投入起义军的队伍，活跃在陕南洋县、平利一带，起义军声势又壮大起来．他们有丰富的作战经验，又很勇敢，使清朝统治下的“三省不得解严”。又因为乡勇不愿与往日的同事交战，所以清朝统治者再用乡勇时已经失灵，在这种情况下额勒登保、德楞泰、杨遇春等毫无办法。在一次突袭中，起义军熊老八等还将额勒登保的得力干将、血债累累的提督穆克登布杀死了！
最后，清政府又采取了收买、分化起义军的诡计，起义军内叛徒赵洪周杀死其领袖苟文润投降清军。九月，起义军领袖苟朝九在南郑被俘就义，不久王作经也在四川白岩湾跳崖牺牲。十一月，除个别小股起义军外，其他全部遭到了残酷镇压，直到嘉庆十年五月，起义军最后一个元帅王世贵壮烈牺牲，标志着这场轰轰烈烈的白莲教大起义最终被清朝统治者镇压下去了。
回顾清代中叶川、陕、楚白莲教起义的历史，证明了“在中国封建社会里，只有这种农民的阶级斗争、农民的起义和农民的战争，才是历史发展的真正动力”。川、陕、楚白莲教大起义推动了历史的进程。广大人民反对剥削和压迫的斗争精神是值得肯定的，广大起义者认识到，不打倒贪官污吏，人民就永远没有好日子过。他们的战旗上大书“官逼民反”，说明了劳动人民的觉醒。他们在斗争中的英勇顽强，宁死不降的精神，反映了劳动人民的纯朴、胆略、气概。
这次起义的主要战场是湖北战区和四川战区。从整个起义过程来看，起义的第一年湖北起义军是主力，第二年则是湖北起义军和四川起义军两支主力，从第三年的二月起，四川起义军则成了支撑整个战局的中坚和核心。主要战场也是在四川地区，一直到起义最后失败。
这次起义中，四川起义军在作战方式上有两个比较显著的阶段，即前期多是长期坚守于一地，后期多是大规模流动作战。这两种形式各有利弊。长期固守于一地的战斗方式，既丧失了发展革命力量的大好时机，又使起义军损失严重，这是失败的一个重要原因。对于流动作战，在四川战区内的一段时间内起了相当大的作用。正是流动作战，粉碎了清军企图把起义军困囿一地，围而聚歼的阴谋，并使起义军在嘉庆三年受到重大挫折后，得以坚持和发展。当然这种流动作战如果和巩固的根据地结合，就更能发挥威力，坚持战斗。然而起义军却是单纯的流动作战，因此在敌人的团练、堡寨兴起，实行坚壁清野之后，起义军就又陷入新的困境，虽然奋力战斗，最终不免失败。
整个说来，这次白莲教农民大起义，没有严密的组织和统一的计划。各部起义之后往往分散活动，各自为战。以后随着斗争形势的发展，各支起义军也曾多次会合在一起，但也未能联合起来。直到嘉庆五年，四川的起义军才因感到力量单薄而有联合作战的趋势，但也仅是一时，终究没有统一起来。
这次起义最后失败了。失败的原因是多方面的，而清王朝利用新的地主武装——乡勇和团练镇压起义，也是一个重要原因。
§§§第四节 苗民反清硝烟又起
苗族是中华民族的一个重要成员。十八世纪，苗族在湖南、贵州、云南、四川、广东和广西等省，形成了若干聚居区。这些聚居区内有几千个苗民村寨，还有不少土家族村寨，边缘地区则苗汉杂居。
元、明、清三朝统治者，对西南边远地区的少数民族实行土司制度，即各族原来的统治者封以世袭官职，利用他们来统治本族人民，这就叫做“以土官治土民”。