为了实现上述侵略目标，彼得一世组织了两支远征队：一种由近卫军陆军中尉贝柯维奇统率6600人，于1716年，横渡里海，于里海沿岸建立三座要塞；一路由陆军中校布赫戈利茨指挥的4000余侵略军，于1716年10月，侵入额尔齐斯河的中上游，偷偷地窜到我准噶尔管辖的亚梅什湖畔，修筑堡垒，设置工事，准备在那里过冬。
在布赫戈利茨出动之前，加加林根据彼得一世的指示，派人送信给准噶尔部的首领策妄阿拉布坦进行威胁和利诱，“希望他（系指策妄阿拉布坦）对这个远征队的目的不要担心”。并提出如果策妄阿拉布坦“不干涉这一军队，将来他（策妄阿拉布担）便可以得到帮助和声援”。
准噶尔人民与沙俄在长期“交往”中，早巳识破沙俄口密腹剑的伎俩，没有听信侵略者的谎言。1716年2月，准噶尔部军民同仇敌忾，集合约有万余人的队伍，在大策凌敦多布率领下开赴沙俄盘踞的亚梅什湖要塞，要求侵略者撤离军队。大策凌敦多布向侵略者发出警告：如果你们赖着不走，“我将围困城堡，不准你们的人外出……待你们粮尽挨饿时，我定将攻占此城”。然而布赫戈利茨非但不听劝告，反而威胁准噶尔军民，说什么“他有大量的供应品，同时援军很快就会从托波尔斯克到来”。
面对着侵略成性的沙俄匪帮，准噶尔军民在警告无效之后，为了维护祖国的神圣领土，不得不拿起武器同侵略者进行斗争。他们以大刀、长茅和弓箭等武器，不断地袭击侵略军，打得敌人丢盔卸甲，溃不成军。与此同时，沙俄从托波尔斯克派出的增援部队也被英勇的准噶尔军民所歼灭。1716年4月，布赫戈利茨不得不炸毁亚梅什湖要塞，率领残部乘船沿额尔齐斯河狼狈逃跑，退至鄂木河口，修筑鄂木斯克要塞。
亚梅什湖之战，是准噶尔人民为保卫自己的领土，反抗沙俄入侵的正义战争。这次战争沉重地打击了沙俄侵略势力，在中华民族史上，写下了辉煌的一页。
沙俄侵略者虽然在亚梅叶湖遭到可耻的失败，但仍不死心，1719年，彼得一世又派利哈列夫为首的一支440人组成的侵略军，从托波尔斯克出发入侵斋桑湖，于湖边修筑要塞。这支侵略军又遭到了准噶尔军民2万多人的截击，不得不退回托波尔斯克。
1721年至1722年，策妄阿拉布坦在西藏的势力被清军驱逐后，处境十分狠狈，为了摆脱困境，策妄愿意向沙俄让步，保持和平。沙俄政府认为有机可乘，立即把侵略魔爪伸向准噶尔部。彼得一世派翁科夫斯基来准噶尔活动，劝诱策妄臣属于俄国，沙皇“就可以下令象保护自己的臣民一样保护他免遭别人侵犯，并可首先发函说服中国皇帝不要欺凌珲台吉（指策妄），因为他已是皇上的臣民。假如中国皇帝不听，则要设法用强力迫使他同意”，还要“设法使策妄阿拉布坦让与领土，以便在这些领土上建筑堡垒要塞，修筑一条连续不断的堡垒线会使西伯利亚与前哨站连接起来，并且可以保护探矿队的全部旅程”。对俄国政府的这些要求，充分暴露了它觊觎中国领土，进行挑拨离间的丑恶面目。
沙俄对准噶尔人民和策妄阿拉布坦作了错误的估计，认为他们与清政府作战失败，必定会投靠俄国，这种估计就大错而特错了。准噶尔人民是热爱祖国的，策妄虽然割据了西北，和清朝大动干戈，但在准噶尔人民的推动下，他面对俄国的利诱威胁，仍保持了严正的立场。策妄阿拉布坦“拒绝转入俄罗斯国籍，并且没有接受翁科夫斯基所提出的关于在汗领土上修筑要塞并派俄军驻防其中的建议”。翁科夫斯基使团虽然在准噶尔活动2年之久，但这次出使“收获似乎既含糊，又贫乏的”。沙俄在我国东北和西北边疆的侵略阴谋都没有得逞。
§§§第二节 逆者兵临康熙三征准噶尔
准噶尔是我国西北厄鲁特蒙古四部之一，长期游牧于巴尔喀什湖以东，天山以北广大地区。康熙初年，准噶尔部以武力吞并了其它三部，又出兵征服了天山以南的回族（吾尔族），其势力一度扩展到青海和西藏。同时，准噶尔部又与沙俄势力相勾结，策动叛乱，企图统治蒙古各部，割据西北。准噶尔部的叛乱活动，给西北边疆各族人民带来了深重的灾难。清朝鼎定中原之后，为了维护边疆的统一和和平，及时出兵，平定了准噶尔叛乱。
清代康熙、雍正、乾隆三朝为统一西北地区与准噶尔贵族进行了多次战争，在清代文献中统称为“平定准噶尔”。
漠北噶尔丹败亡清朝初年，蒙古族分为漠南蒙（内蒙古），漠北喀尔喀蒙古（外蒙古）和漠西厄鲁特蒙古三大部分。漠北喀尔喀蒙古内部又分为工谢图、扎萨克和车臣三部，大致位于呼伦贝尔以西，阿尔泰以东，南临大漠。北与俄罗斯接壤。清军入关前，喀尔喀蒙古的三大封建主——土谢图汗、扎萨克图汗和车臣汗就与清朝政府建立了密切的联系。
厄鲁特蒙古是清代对西蒙古诸部的总称，明代称瓦刺。明末清初，瓦刺各部发展归并为准噶尔，杜尔伯特、和硕特和土尔扈特四大部。其中准噶尔部由于地处伊犁河流域和准噶尔盆地的大草原，水草肥美，牧畜业发达，并与俄罗斯人进行交易，结果强大起来。十七世纪七十年代（即康熙初年），噶尔丹代为准噶尔部首领，伊犁成为准噶尔的政治中心和各部会宗地。除统治天山南北外，其势力曾远及塔什干，费尔干纳和撤马尔罕等中亚各地。
我国三北地区形势的变化起于明朝末年。当时由于朝政腐败，阶级矛盾激化而爆发了大规模的农民起义，明朝统治者被中原地区的农民军弄得焦头烂额，自顾不暇，因而无力顾及边陲地区，于是西北厄鲁特蒙古的准噶尔部力量不断扩大，并恃强压迫其他各部，“恃其强盛，四出剽掠”土尔扈特部被迫迁往额济勒河流域，和硕特部则移居青海，而杜尔伯特部却沦为准噶尔部的附庸。噶尔丹进攻喀尔喀之战，噶尔丹自立为准噶尔汗时，正值喀尔喀蒙古三部之间发生纷争。在俄国政府的怂恿支持下，噶尔丹于1688年，率兵东攻喀尔喀诸部。噶尔丹的3万兵劲骑越过杭爱山，直入工谢图部境内，“有大批俄国军队并有大量火器大炮协同他作战”。土谢图汗等猝不及防，拒战失利，噶尔丹又剩胜击败车臣部和扎萨克图部。各部“南徙蔽地而来，前后相望60余里”，“遗弃牛马，死者相枕”。
沙俄趁喀尔喀战败，威逼利诱各部，要求他们投靠俄国以求保护。但喀尔喀三部人民清醒地认识到沙俄是噶尔丹的同盟者，是不共戴天的仇敌。在这一重要关头，哲布尊肥。呼图克图挺身而出，向蒙古的上层人物晓示民族团结的大义，他说“俄罗斯素不奉佛，俗尚不同我辈，异言异服，殊非久安之计。莫若全部内徙，投诚大皇帝（指康熙）可激万年之福”。于是数10万人逃入漠南蒙古，请求清朝保护。清朝政府立刻妥善安置了喀尔喀各部，但噶尔丹以追击土谢图汗部余众为由率兵南下攻入内蒙乌朱穆沁地区，与清政府发生了直接的军事冲突，康熙帝命清廷理藩院尚书阿尔尼率蒙古兵截击，结果被噶尔丹的军队杀得溃不成军。此后，噶尔丹占踞着喀尔喀王庭，募兵数10万，气焰十分嚣张。噶尔丹的叛乱活动，不仅严重地威胁着祖国的统一，同时也给西北各族人民带来了深重的灾难。
乌兰布通之战清朝前期的历代帝王对边疆少数民族地区相当重视。清朝统治者认为，边疆是他们统治内地的“屏藩”，如果“摇撼我外藩”，就是“坏我屏垣”，就会使、“疆圉不靖”，而“边境一日不宁”，“内地人民一日不得休息”，这就必定要危及到对内地的统治。还在清军入关前，努尔哈赤和皇太极就曾以极大的努力，不仅争取了漠南蒙古的归顺，而且与厄鲁特蒙古和西藏达赖喇嘛建立了十分密切的关系。对边疆各族，努尔哈赤的方针是“顺者以德服，逆者以兵临”，当漠南蒙古试图反抗时，科尔沁贝勒明安被打得马被陷，弃鞍赤身，体无片衣，骑骣马脱出”。皇太极继位后，对漠南蒙古各部仍执行“慑之以兵，怀之以德”的政策。因此到1643年已基本上臣服了漠南蒙古各部，有鉴于此，康熙帝为了维护国家的统一和巩固的统治，决定按既定方针行事，即“逆者以兵临”。
1690年（康熙二十九年）夏，康熙帝议定亲征。康熙帝先命裕亲王福全（康熙之兄）为抚远大将军，率同皇子允提，出长城左北口；又派恭亲王常宁（康熙之弟），率同简亲王雅布，出长城喜峰口。同时，又命阿尔尼率旧部听从裕亲王调遣。此外，康熙帝还调集了分别来自盛京（今沈阳）、吉林和科尔沁的军队前往助战。康熙帝御驾亲征，调度各路大军。
这年7月，康熙帝启銮出巡，方出长城，忽得前方来报，恭亲王所率军队在喜峰口900里外，被噶尔丹杀得一败涂地，康熙帝闻听不免焦急万分，急令各路人马全速前进。行军途中，又得消息说，噶尔丹的前锋部队已经占据乌兰布通（今昭乌达盟克什克腾旗境内）。乌兰布通距北京仅700里，北京震动，人心惊慌，中原也受到了战火威胁，“京师戒严，每牛录下枪手派至8名，几乎倾国矣。曲廨尽闭，米价至三两余”。
噶尔丹以追击喀尔喀余部为名，率精锐骑兵20余万抵达乌尔会河。清军前锋受挫，于是噶尔丹军深入至乌兰布通。康熙帝玄烨镇定自若，急令康亲王杰书屯军归化城（呼和浩特），截断噶尔丹退路。同时遣内大臣阿密达、尚书阿尔尼、都统阿南达等和康亲王杰书的部队与福全会师；令内大臣索额图、都统苏努进驻巴林，并调大同镇骑兵600人，步兵1400人从福全出征。康熙帝来至博洛和屯（河北省隆化县境内）视师，双方展开激烈战斗。
战斗从8月1日开始，两军隔河相对。叛军噶尔丹诡计多端，将骆驼缚足偃卧，背加箱垛，蒙以湿毡，环列在阵前作为蒙蔽，美其名日”驼城”。“驼城”刀枪不入，清军一时难以攻破，而判军则从驼城的缝阵向外发射矢铳。清军隔河布阵，调集火炮，进行猛轰。一时间，河两岸炮声呼啸，喊杀声不绝于耳。自午至暮，清军一直遥轰驼城中坚，只见骆驼死伤过半，“驼城”终于被推毁。于是，清军发起猛烈攻击，兵分两路越河陷阵，杀入敌群。
噶尔丹叛军的军心大乱，溃不成军，而清军则在强大火炮的掩护下奋力追杀，叛军死伤无数“大战以大炮火枪互轰开始，继而两军士卒肉博”，噶尔丹抱头鼠窜，乘着夜幕越过大碛山而逃，同时遣使向清王朝求和。
噶尔丹叛军落荒而逃，沿途丢盔弃甲，溃不成军，为求生路，噶尔丹派喇嘛向清军求和谢罪，发誓不再进犯。逃回科布多时，噶尔丹的残兵败将仅剩数千人。
清政府为了进一步平定沙俄支持下的噶尔丹叛乱，巩固北部的边防，一面在木兰竹围习武，秣马砺兵，教营伍，练攻战，激励将士，申明赏罚，一面对“纷纷溃散，来求归附的”喀尔喀蒙古人民及时采取安抚措施。
1691年5月（康熙三十年四月），康熙帝亲率三旗官兵，自北京出发，出左北口，溯滦河而上；下五旗官兵出独石口，会师于多伦。康熙帝宣布保留喀尔喀三部首领的汗号，其行政编制，如内蒙49旗，分为34旗，从而结束了喀尔喀各部长期以来，“并无法度，不能约束，以强凌弱，自相劫夺”的混乱局而，以喇嘛教作为统治蒙古的手段。
在沙俄入侵和噶尔丹判乱的形势下，清廷采取的措施是有积极作用的。
昭莫多之战乌兰布通战败后，噶尔丹用缓兵之计逃脱了全军覆灭的命运，在科布多（今蒙古吉尔格朗图）重整旗鼓，积蓄力量，以图东山再起。
康熙三十四年（1695年），噶尔丹率领东拼西凑组成的3万骑沿土拉河、克鲁伦河东进至巴颜乌兰（位于蒙古达尔汗以北，温都尔汗以西）一带活动，频繁骚扰和掠夺，使清军防不胜防，并且借故挑起事端。噶尔丹多次致函给科尔沁亲王沙津，“保证将派给他6万名俄国生力军。简言之，若他们能打败满洲人，他们得直接进军北京，若他们征服了皇朝，他们将伙分地盘”。噶尔丹又派人诱惑喀尔喀车汗乌默客、赛音诺颜部扎萨克一等台吉阿哩雅，赛音诺颜郡王善巴起兵反清，康熙三十一年，清朝派员外郎马迪赴伊犁回报策妄阿拉布坦，护送官兵及向导一行共35人，行至哈密城郊，8月11日，噶尔丹派军500余人，劫杀了马迪等7人，其余则被囚禁于哈密。这些有碍于清朝统一的倒行逆施，进一步恶化了清朝政府与噶尔丹的关系。
更有甚者，噶尔丹里通外国，勾结沙俄，与沙俄狼狈为奸。康熙三十年（1691年）以后，噶尔丹多次派遣使节去沙俄活动。1692年11月，噶尔丹的使者阿钦哈什哈在戈洛文（中俄边界谈判的俄方首席代表）的疏通下到达莫斯科，向沙皇呈递了噶尔丹的信件。在这前后，俄国托博尔斯克行政长官曾派马特维？尤金于1692年赴噶尔丹处活动，1692年、1695年、1696年，俄国又三次遣使会见噶尔丹。因此，噶尔丹凭借沙俄的支持，决心与清朝对抗到底。噶尔丹扬言将领“俄罗斯炮手、鸟枪兵6万，再俟俄罗斯兵6万至，即顺克鲁伦河下”，入侵漠南蒙古和中原。