清政府表现了极大的和平诚意，以礼接待俄国的信使。在雅克萨城唾手可得的情况下，同意了沙俄的请求，停止战斗，解除包围，并实现单方面的撤军。康熙派人向前线的清军将领宣谕：“萨布素等撤回雅克萨之兵，收集一所，近战舰立营，并晓谕城内的罗刹，听其出入，毋得妄行攘夺，俟俄罗斯后使至定议”。雅克萨围城5个月，俄军死亡殆尽，城内缺少粮食木柴，清军送去了粮食，还准备派医生入城为俄军治病。1687年，清军单方面撤离雅克萨返回瑷珲，等待俄国使团的到来。
由于中国方面倡议和平谈判并停火撤军，第二次雅克萨战争才得以结束。
中俄《尼布楚条约》中俄第二雅克萨战争俄军失利后，接受了清朝政府的谈判建议，派出了以戈洛文为首的谈判代表团。清政府方面则派出以领侍卫内大臣索额图和都统、皇舅佟国纲为首的谈判使团，谈判地点设在尼布楚。
1689年（康熙二十八年）7月底，中国使团首先到达了尼布楚。使团共有官兵不到3000人，还有水手、仆役、运夫，此外供食用和运输用的大批牛羊马匹。使团分两路行进，一路由索额图、佟国纲率领，自北京出古北口，经达尔泊，克鲁伦河、温都河，至尼布楚；一路由郎谈、萨布素率领，自瑗珲溯黑江龙而上，经雅克萨，至尼布楚。
这时俄国使团1900多人，停留在贝加尔湖东岸，迟迟不来尼布楚，戈洛文一方面还在征伐喀尔喀蒙古，强迫蒙古各部“归顺”俄国；一方面又在加强尼布楚的军事力量，令“伊扎（即尼布楚督军弗拉索夫），在湟尔琴斯克（尼布楚）及其附近尽可能构筑工事”，企图利用谈判现场的优势武力迫使中国使团就范。
中国使团到尼布楚已经19天，戈洛文还没有来到，却多次派遣信使到中国使团的驻地，进行指责和刁难。戈洛文指责中国使团没有谈判的诚意，违反国际法准则，说什么中国使团带来的人太多，“是不是要来打仗？”“如果真心要想讲和，恐怕不会带这么多的队伍同来”。又说中国的士兵行为粗暴，“杀人行凶之事也屡有发生”，在路经雅克萨时杀死了两个俄国人，还提出中国使团的驻地离开尼布楚城太近，要求退往额尔古纳河口。
很显然，戈洛文的指责是没有道理的。中国使团耐心地说明了自己的和平意愿，也严正地驳斥了俄方的谰言。索额图说呀，自己“仅带侍从以及派遣使用之官兵”，此外“我驻防东北将军萨布素等，系专为管辖黑龙江等处之人，勘界事宜完毕后，将交付伊管理。故伊等亦由水路从稚克萨前来尼布楚”，使团此行“不是为了打仗，而是抱着缔结永久和约的目的而来的”。故事实上，中国使团所带军队不到3000人，而尼布楚的俄军也有2600人，谈判现场的军事力量大体上相当，中国方面并无以兵多压人的意思。索额图还指出：“你前年来文内称：带官员500、兵丁5万人前来议事”，可见虚张声势，摆出一副打仗的架势，想以兵多压人的恰恰是俄国而不是中国。
中国使团向俄方指出：已严令官兵遵纪律，所谓雅克萨两名俄国人被杀之事，与中国无关。事实上，这完全是戈洛文捏造的。雅克萨俄国当局也承认：“中国人平静地驶过阿尔巴津（即雅克萨）．并没有寻衅”，中国军队路经雅克萨，“似乎是为了进行会谈，而对阿尔巴津及其附近所种的庄稼并未受命采取任何行动”。至于戈洛文要求中国使团撤到额尔古纳河口，更是十分荒谬的，因为额尔古纳河口距尼布楚城约有900里，中俄使团相距如此遥远，怎能进行谈判？中国使团指出：“既然你我以和好之礼相会议事，住于近处，也仅为便于行走议事，并无恶意”。在谈判前夕，对于俄国使团提出的种种指责和刁难都被中国使团一一地顶了回去。
8月19日，戈洛文使团姗姗来迟，到达尼布楚。接着双方就会谈的时间、地点和方式进行磋商，决定会谈从8月22日开始，在尼布城外200俄仗处搭设的帐蓬里举行。进入谈判现场的官兵各300人，除刀剑外不得携带火器，另外中国木船载500名士兵停泊于商谈会场200俄丈处，以和尼布楚城内的俄军力量取得平衡。
8月22日双方进入会场，俄方先声夺人，排场阔绰，行进时仪仗森严，鼓乐齐鸣，俄方帐篷内陈设豪华，三名使臣（戈洛文、弗拉索夫、科尔尼茨基）衣饰华丽，神态傲慢。俄方的卫队违反不带火器的协议，暗藏手雷。中国方面搭设了一座比较精致的黑帐篷，但没有什么陈设，也没有仪仗、乐队，七位使臣（索额图、佟图纲、郎谈、班达尔善、萨布素、马喇、温达）并坐在一起，显示朴素、自然和亲密一致的气氛。
谈判一开始，索额图和戈洛文之间就展开了针锋相对的激烈辩论。戈洛文一口咬定黑龙江流域“自古以来即为沙皇陛下所领有”，可是拿不出任何证据来，其实他所说的“自古以来”不过是指40年以前波雅科夫和哈巴罗夫的入侵活动。戈洛文还倒打一耙，指责中国“突然派兵侵犯沙皇陛下国界……制造流血事件”，“由于这样一些小小纷争而挑起战端”，要求中国政府赔偿俄国的损失，惩办有关人员。
索额图严正驳斥了戈洛文的无稽谰言，指出，“黑龙江一带，沙皇陛下的人从未领有过，贝加尔海这面的所有土地都隶属于中国皇帝方面”。他列举了很多确凿的事实，说明“鄂嫩、尼布楚皆为我茂明安等诸部落原来居住之地，雅克萨为我虞人阿尔巴西等居住之地”，又是“我达斡尔总管倍勒几故墟”，这些土地上的人民一直向中国政府交税，他们的首领和子孙至今健在，由于俄国哥萨克的侵扰而逃到中国内地。
索额图简单回顾了俄国侵略黑龙江的历史，指出当地的中国各族人民“多年以来遭受到不堪忍受的蹂躏，财产被劫走，妻孥被抢去，本人则被打死”。戈洛文把俄军在中国领土上杀人放火的罪行轻描淡写成“小小纷争”，真是荒唐已极。中国政府再三的劝说、警告，俄方置若罔闻，索额图说：“数年以来，等待尔等醒悟”，我圣祖屡次行文宣谕，惟不得回音，反而犯边不息，故于黑龙江等地屯兵驻守”。中国政府忍无可忍，进行自卫还击，逐驱侵略者，这是正义的行动。挑起战端的责任在于俄国的侵略，如果要说“惩凶”、“赔偿”，那么就谈由俄国惩办自己方面的凶手并赔偿中国受害者的损失。索额图表示：中国争取和俄国实现和平，只谈边界的划分，力求达成协议，而不向俄国提出“惩凶”和“赔偿”的要求。
这场争辩涉及到黑龙江流域的归属以及谁是侵略者，谁挑起战争等重大的原则问题，戈洛文在事实和证据面前理屈词穷，哑口无言。
接着戈洛文提出第一个划界方案，即以黑龙江为中俄两国的边界线。索额图断然拒绝了这个荒谬的方案，提出以勒拿河和贝尔加湖为中俄国界线，双方再次的交锋，没有结果。
8月23日举行第二次会议。会上戈洛文坚持以黑龙江划界，并施展了种种手段，时而声势汹汹，时而甜言蜜语，但中国使团不为所动。最后戈洛文故作姿态，假装让步，提出以牛满河为界，这个方案仍把黑龙江上游和中游的北岸划归俄国，中国使团当然不会同意。可是索额图等误以为俄国使团已在让步，立即提出了以尼布楚为界的新方案。一下子就把康熙指示的最后方案摊了出来，把尼布楚让给了俄国，殊不知这就上了戈洛文的当，失去了回施的余地。戈洛文听到中国政府肯于让出尼布楚，心里十分高兴，因为俄国政府予定的目的已可达到，但是在谈判桌上为了勒索更多的利益，他故意地和中国使团继续纠缠，拒绝中国的划界方案。
中国使团不懂得戈洛文的假表演，看到自己最后的方案被拒绝，以为谈判已经破裂，自己已无话可谈，极为失望，准备返回北京。这时，戈洛文买通了在中国使团内充当翻译的两名外国传教士——徐日升（葡萄牙人）和张诚（法国人），劝说中国使团继续留在尼布楚谈下去。徐日升断言“缔结和约仍有很大希望”，张诚则说“俄国人将放弃雅克萨”。从八月二十四日至九月六日，两个传教士奔走往来于中俄使团的驻地，进行会外活动。戈洛文在徐日升和张诚的帮助下，把中国使团拴在尼布楚，一方面使谈判不致于破裂，另一方面又迟迟不肯达成协议，在一切问题上讨价还价，极尽哄骗讹诈之能事。中国使团急切希望谈判成功，除了让出尼布楚以外，又作如下的许多让步：第一，中国使团已提出中俄中段边界，即中国喀尔喀蒙古地区和俄国的划界线问题，戈洛文害怕在中段划界会影响俄国正在向南扩张的势头，因此极力反对。中国使团为了迅速划定东段边界，同意了戈洛文的要求，暂时搁置了中段边界的划分。据索额8个多月以后追述尼布楚条约谈判时的情形，“我曾声明欲议定额尔喀事宜，明确地方。你声称喀尔喀尚未定，我察罕汗（指沙皇）又无旨意，暂且不议，以后再议”。第二，中国使团将黑龙江上游北岸的分界线退让至尼布楚以东约四五百的格和齐河，这已超过了康熙的指示。据传教士说，“钦差大臣奉有中国皇帝最后谕旨，即沿绰尔纳河空界线，而钦差大臣已越过其君主的谕旨，把边界划到了以绰尔纳河后面的格尔必齐河”。第三，中国使团又将黑龙江南岸的分界线让到额尔古纳河，额尔古纳河口距尼布楚几百里，这一广大地区有银矿、盐湖以及大片的耕地、牧场，是俄国沙皇政府最垂涎的富钱地区。
中国使团步步退让，实已无可再让，而戈洛文仍在玩弄外交手腕，勒索不已。在这时候受尽俄国压迫，被俄国驻赶到山林里去的中国各族人民，听到中国使团到达的消息，纷纷前来寻找从祖国来的亲人，他们扶老携幼，带着帐篷，赶着驼羊，突破俄军的封锁，来到了尼布楚附近。中国使团“遇到了大批的喀尔喀人，至少有六七千人，他们已起义反抗俄国人”。戈洛文害怕中国人民抗俄斗争的发展，将会谈自己的一切殖民地利益化为灰烬，赶紧改变策略，拿出沙皇予定的方案划界，迅速与中国使团达成协议，以免事态进一步扩大。这样，他才在深夜里急忙派使者到中国使团的驻地，同意撤出雅克萨。
尼布楚和雅克萨的归属是这次谈判中争论的焦点，中国早已同意让出尼布楚，现在俄国也同意撤出雅克萨，问题已经解决。此后在其他问题和细节方面又经过一系列艰难曲折的谈判，终于达成了协议。1689年9月7日（康熙二十八年七月二十四日）中俄双方正式签订了尼布楚条约。
《中俄尼布楚条约》是中国和俄国签订的第一条约。正式的文本是拉丁文本，由双方代表签字盖章，另有满文本和俄文本，都不是正是式本。条约共六条，实质性部份包括：中俄东段边界的划分，越界侵略和逃人的处理，中俄往来贸易的规定等。
中俄边界东段的划分是条约中最重要的部分。条约明确规定以格尔必齐河，石大兴安岭（即外兴安岭）和额尔古纳河为两国的分界线。又规定外兴安岭和乌第河之间的地区暂行存放，留待后议。清政府在领土方面作了重大的让步，将尼布楚及其以西直至贝尔加湖原属中国的领土让给了俄国，以换取俄国撤出雅克萨。所以条约中又规定了俄国在雅克萨和额尔古纳河南岸的据点全部拆毁、迁移。
《尼布楚条约》严禁彼此越界入侵，双方不得收留逃亡者，以减少边境的争执。又规定：中俄两国人民持有护照者，可以过界来往，贸易互市，这是俄方长期以来的要求。
《中俄尼布楚条约》是一个平等的条约。双方代表都在各自政府事先指定的范围之内进行谈判交涉，没有也不可能用武力把自己的意志强加给对方，最后达成的协议并没有越出中俄两国政府愿意接受的范围之外。条约明确地划分了中俄两国的东段边界，从法律上肯定了黑龙江流域和乌苏里江流域广大地区都是中国的领土。条约在领土和贸易方面也满足了俄国的要求，二些苏联的书籍中说“一六八九订立的尼布楚条约实质上是莫斯科外交极大的胜利，尼布楚谈判是正式的、平等的谈判”，“该条约巩固并扩大了两国人民的和睦关系”。在尼布楚条约签订后的一段时间内，中国和俄国东段边界稳定了下来，边境比较相对的严静，两国人民之间的和平友好往来和贸易也有所发展。
亚梅什湖之战当时，俄国正是彼得一世（1682—1725）沙皇。彼得一世是个“深谋远虑的、向自己继承者指示种种侵略方针的帝王”，从他在位期间开始（1682—1725年）沙皇俄国便走上了争夺世界霸权的道路。彼得一世及其继承者对其欧洲邻国发动了一系列的侵略战争的同时，也在东方积极推行扩张政策。
1713年，一个名叫和卓奈甫斯的土克曼族人，经由阿斯特拉罕来到俄国京城彼得堡，说阿姆河注入里海，可复兴如古代地理学者所说印度洋与里海之间的水路，并传说阿姆河流域有大量的沙金，而这一传说也被当时在彼得堡的基瓦王国使臣阿苏尔伯克所证实。与此同时，彼得一世又接到西伯利亚总督加加林递交的一份报告，报告中说：中国南疆叶尔羌地区盛产黄金。他建议“由额尔齐斯河起修筑一些碉堡”，直到叶尔羌。得到上述消息后，彼得一世欢喜若狂，为实现“复兴通往印度的通道与得到沙金的野心”，决定对中亚的基瓦王国和中国西北边疆采取侵略行动。