从正月吴军撤出岳州后，湖南战场的形势发生巨大的变化，各地的吴军纷纷弃城不守，闻风就逃，其势如退潮，在不到两个月的时间内，自北向南，吴军毫不停歇的向后退却，而清军则马不停蹄地尾随紧紧追赶，几乎是兵不血刃，遭到一处，就占据一处。于是在湖南广阔的战场上，出现了一种战争的奇规景象：清军铁骑如云，玉轴相接，好似狂潮奔腾，疾风骤雨，盖天铺地地席卷而来；而吴军则是丢盔卸甲，溃不成军，急急如丧家之犬，狂奔逃命。造成这种局面，其根本的原因是吴军失去丁统一指挥，吴军的将帅已完全丧失了战斗意志、无心抵抗，于是清兵未到，率先逃跑。到了三月里，吴军的大将吴国贵、夏国相、马宝等自衡州弃城出逃，奔永州（零陵），被清军击败、又逃向新宁，再逃到湖南的西南部、靠近贵州的武冈，才得到了喘息，驻扎下来。清军继取永州，再南下取就永晚（江永）、道州（道县）、江华（永明东南侧）、东安（今东安南）等诸县城。
吴应期、胡国柱、王绪等经长沙一气逃到辰州、安营下寨，依险固守。这时吴军除占有辰州、武冈、新宁等地区外，其余湖南的绝大部分地区都被清军收复。
残留在辰州等地区的吴军余部处境十分狼狈，武器弹药缺乏，粮饷没有。据清军侦探报告说，逃到辰州的吴军约上万人马，大部分兵士无甲，仅有窝统四五千只，在此之前所备有的大炮、鸟枪、兴隆等炮都丢弃了。“军饷全无，新从云南发来的两船黄金，每名士兵应摊银五两，折合金子才四分几厘。差派城中的文武官员去乡下买粮，只能买到三五十石，每名士兵给粮二斗。他们的粮晌不足，特别是从云贵征来的苗瑶族士兵大为不满。每天晚上总有几十人，甚至上百人逃跑。吴国贵、马宝等诸将每天总是愁眉苦脸，叹息不已。军中将士都怨恨吴应期“将岳州大门打开”，致使清军势大难敌，吴军不断败逃。
吴应期等在辰州等诸城镇的驻兵，都结营在辰龙关到辰州之间，各据险要固守，陆续集结各处吴军溃散的兵马，巳达1．3万多人。吴应期等决意在这个地方固守，企图阻止清军进入云贵。辰州（沆陵）地接贵州和四川，位于沆江之畔，由陆路和水路可直通贵州。特别是辰龙关“乃通云贵的孔道”，此关一带，森林茂密，山高地险，人行不易，骑兵不能成列。辰龙关是辰州的门户，此关不破，就不能越过辰州。早在三月间，勒尔锦已经率部来到了辰龙关附近，但是看到群山林立，林深路险，不敢进兵，畏缩不前，又加上雨季的到来，便以此为藉口，“急行退还”，因而使吴军有了宽裕的时间从容部署，构筑防御工事，在这个地方稳定了局面。康熙对勒尔锦以及他派遣去攻取辰州的将领十非不满，下诏严历斥责。
到了康熙十八年七月，清兵仍旧没有攻取辰州。大将军简亲王喇布指挥属部，在辰州南的武冈，向据守在武冈的吴军发动了强大的攻势。吴军骁将吴国贵亲帅残部2万多人与清军抗争。喇布令穆占及其所部于八月一日先攻取新宁县，然后与大将军安亲王岳乐部合兵攻击武冈、枫木岭等处。他们知道吴国贵是一劲敌，不敢轻视，特集结优势的兵力；岳乐率每佐领各11人、绿旗兵1方人，约计1．5万人，简亲王喇布所部也不下2万人，总计近4万兵马。双方在枫木岭隘口展开了激烈的战斗，但吴军尚有战斗力，没能被击退，而是迎战向前，拼力厮杀。新降清的林兴珠和提督赵国祚等将领深知吴军的内情，他们亲率清兵奋力攻击，吴军终被击败。在枪炮相互轰击中，吴军统帅吴国贵误中冷炮，当即倒地身亡。吴军见主帅已死，无心恋战，弃武冈而逃。清军固山贝子“定远平寇将军”章泰（岳乐已调回京师，其职务由章泰接任）等率部追赶到木瓜桥，再次击败吴军。于是，武冈、枫木岭等地随之而被清军攻占。
接着武冈战役后，辰州的战斗也开始了，从辰龙关到辰州，再到辰溪（在辰州南），吴军沿着沆江分水陆两路固守。胡国柱原守辰州，不久又改调到辰溪驻守，吴应期仍驻守在辰州的来窑铺，其余的吴军将官杨有录、周祯、杨宝荫、祖述舜等各率所部兵马占据要地。为了迷惑清军，他们每天都变动驻守地，“迁移不定”。吴军逃亡情况严重，有的营寨的士兵都几乎逃光了。
清军占领了武冈，切断了辰龙关的后路，吴军非常惊慌。
康熙十九年（1680年）初，大将军察尼挥军向辰州发起了进攻。他指挥清兵从间道突袭辰龙关，关破为清军占有，清兵于三月十三日到了辰州城下，吴军争先弃城逃窜。知府傅祖录献关投诚，守辰州地区的吴军将帅都放下武器，各帅所部归降。计有：
“援剿右将军”杨宝荫标下将官28员，士兵1531人；
“定北将军”杨有录标下副将许龙、石恩2员，士兵1961人；
“亲军后将军”祖述舜标下5营总兵官肖伏成、尹宗仔、何可量、库大有、柳应春等5员、“援剿总兵官”候登甲、“戎旗”副将石虎等所部士兵计2146人，还有游击、守备官舒明申等44员、千总和把总计17人；
“水师在将军”周珍标下“戎旗右营”参将陈长、中营领兵官都司陈贵、左营游击郑防、右营游击等“食俸领兵官”39人、“食全俸随征官”96员、侯被文职兵备道周其泽等8人，总计军官143员、士兵3600人、家属1254人；
水师“右将军”标下中副将吕贵原带随行政都司、守备陈灿等3员、士兵627人；
辰州总兵张敬先标下参将郭海龙带兵950人；辰州水师副将刘顺等带兵400名。
以上，各级军官294员，士兵1．1201万人。辰州不战而降，吴军损失之重，于此可见一斑。
清军得了辰州后，大军继续南下，攻破了沆州（芷江），吴应期、胡国柱等败走贵阳。“枫木岭、辰尤关一经开辟，则滇黔势同破竹。”道路已经打通，清军就势不可挡地直取云贵了。
湖南全境收复，吴军的余部都已经逃到云贵去了，于是清军下一步的战略目标，立即就指向云南、贵州。
在扫荡湖南残余的吴军，追逐吴应期、胡国柱同时，康熙料到四川的叛军必然震惊，因而使不失时机的对四川的叛军发动了总攻击。
对四川总攻是从兴安、汉中开始的。康熙十八年（1679年）六月二十五日，康熙诏令清军大将速取兴安，平定四川。八月图海分兵四路：图海与将军佛尼勒由兴安出击，总兵官陈福亮为后援，驻守旧县关等地；将军必力克图、提督孙思克由略阳进攻，西宁总兵官朱衣客为后援，驻守西河等处；将军王进宝、汉中总兵官费雅达等由栈道进兵，延绥总兵官高孟为后援、驻守宝鸡；宁夏提督赵良栋等由徽州经巴都山出击。图海请定于九月四日四路兵马齐进，后改为十月初二日，先取汉中，康熙命令将军噶尔汉等自郧阳进取兴安。
张勇、王进宝、赵良栋这三员汉将，已威镇西北地区，他们所部的绿旗兵都是精锐。因而康熙就把最难征剿的四川叛军交给他们去攻取，且让其打头阵，而满兵随其后前进。康熙给张勇的敕书中说得很明白：“自古汉人逆乱，亦惟以汉人剿平，彼时定有满兵助战哉！”他所使用的政策还是入关前清太宗制定的“以汉攻汉”的策略、让英勇善战的陕西汉将及其所部去平定四川，而满兵则是“助战”。
早在攻取武冈、辰州和进剿四川之前，康熙就已经给吴三桂的核心人物王屏藩、马宝、夏国相、胡国柱、吴应期、郭壮图等人各写了招抚谕旨，强调：背恩反叛之罪在吴三桂，你们都是“附和之人”，朝廷愿意赦免和保全你们，同已降清的臭将一样“论功录用”，条件是必须归顺，接受清朝的名号。但康熙的如意算盘打错了，王屏藩等人非同其他人可比，他们都是和吴三桂结成了密不可分的联盟，在反对清廷的根本立场上完全一致，采取毫不妥协的态度。即使吴三桂已死，他们始终要坚持到底，直到他们彻底失败而罢休！他们既不投降，那么满廷只有把他们全部灭除掉。
在大将军图海的统帅下，清兵冒着严寒，四路齐发，王屏藩拥兵数万于兴安、汉中等地，实力较为雄厚，叛军吴之茂盘踞在松藩地区。十月下旬，王进宝率部攻克武关，二十七日追逐叛军，直到汉中。王屏藩引兵从青石关撤往广元。清军收复了汉中府。赵良栋率部收复了徽州，又在巴都山击溃了叛军，收复了略阳。康熙催令湖广提督徐治都率水师溯江而上，直取重庆，又增派总督杨茂勋与徐部会师，同力进剿。不久，清兵统帅图海奏报，兴安已被清军收复，吴军总兵王永世率部献关投降。
兴安、汉中收复后，康熙即刻发出命令，各路兵马速进入四川围剿，特授提督赵良栋为“勇略将军”，以重事权。
康熙十九年正月初，赵良栋率兵马1.1万人，直逼成都，而王进宝部已于年前十二月分兵三路，进逼保宁。两位汉将一路势如破竹，迅速前进。赵良栋的兵马八日到达绵竹，叛军“劲武将军”汪文元献城投降。十一日到了成都郊区，叛军巡抚张文德率领文武诸官200多人迎降，清军进入城内。王进宝军却一路遇到了叛军的顽强抵抗。卫屏藩、吴之茂、陈君极等将领都坐镇保宁。王进宝兵马到了距保宁城20里的地方，占据孔道安下营寨。正月十三日，王屏藩出动兵马2万多人向清军进攻。王进宝分兵迎战，大败叛军，一直追到锦屏山，攻破了叛军的营寨4座。叛军追到宝桥，王进宝率兵再次发起进攻，夺桥斩关，一涌而进入城中。王屏藩和他的将军陈君极走投无路，自缢身亡。其余的叛军将官吴之茂等3人及总兵郭天春等17名将官被清兵活捉。康熙命把王屏藩、陈君极的头颅割下，并同被俘虏的叛将吴之茂、韩晋卿、张起龙等首要人物立即解送北京。
三月，这一行囚犯押解到了北京，康熙立即作了处理：将吴之茂、韩晋卿立即凌迟处死，割下首级，与王屏藩、陈君极的首级一起悬挂城门示众。张起龙原为吴三桂旗下属员，赦免一死，命他去云贵招抚，以赎其死罪。
再说四川的战事，继攻克保宁城之后，王进宝率部于同年正月十八日抵达顺庆（南充），叛军知府彭天寿率部出城迎降。于是，蓬州、合州、广安州、岳池、西充、邻水、营山、遂宁、渠县、蓬溪、仪陇诸州县相继而定。
湖广提督张治都的兵马也取得了重大的胜利。康熙十九年二月一日，徐部兵马到了夔州，守将刘之卫，总后瞿洪升等献关投诚。十三日，据守云阳的谭洪以及、“左将军”谭天秘率部属到徐治都军营前请降。十六日，另一支清军到了重庆。叛军没抵抗，守城的文武大员出城迎降，接着达州、太平、南江、东乡、安岳、新宁等州县，的叛军也随之降清。叛军将领杨来嘉、彭时亨等人各派员到清兵营寨缴印投诚。
四川古称天险之国。山险谷深，道路险阻，进兵不易，出兵亦难。因此康熙在先置四川的叛军而不问，首先解决陕西和江西、福建的东西两翼，然后再倾全力而突击湖南主战场，待湖南全境即将收复，就即命将率师入川。乘清军大胜，吴军节节败退的有利形势，一举收复了兴安、汉中，再深入四川内境，除个别的地方遇到抵抗外，其余所到之地皆降。于是四川全境，重新回到了清廷的手中，这给清军兵进云贵，提供了一大方便条件。
清军乘胜入云贵云贵之战，康熙十九年（1680年）三月，清军大将赵良栋奏请以湖广、广西、四川满汉大军分三路进攻云贵，约期八月底，各路兵马并进，直捣云南。清廷接受了他的建议，立即按此议命官选将，调遣军队。
夺取云贵，是清廷平叛的也是最后的关键性的一战，此次战役势必会遭到吴世藩集团的拼命抵抗，如仍然依靠皇室贵胄来统帅清军，很难完成这一战略任务。鉴于以住一些将帅征战不力，为夺取这场战争的最后胜利，必须对原将帅进行调整，重新选择新的将帅，因此康熙经慎重挑选后，任命担当三路大军统帅的是：
第一路即中路，大军统帅是“定远平寇大将军”贝子章泰。章泰曾随大将军贝勒尚善，参赞军务，以敢战善计谋屡立战功，康熙十八年十一月，清廷命安亲王岳乐解印回京，即以章泰接替岳乐，命为“定远平寇大将军”，由他接任岳乐的职务。其次是湖广总督蔡毓荣，于康熙十八年十二月被任命为“绥远将军”，总辖常德、武冈等地所有各省调拔的官兵及湖广全省绿旗兵马。总督董卫国、固有德、提督桑额、赵赖、周卜世，俱听其节制。湖南现有的文武百官听其遴选，携赴军前听用。有功者，可“具疏奏闻”，论功行尝；如有临阵退缩、运粮违误者，副将、知府以下各官“即以军法从事”，副将以上各官，“可指名飞章参颏”。此路大军都到湖南的沆州集结，由镇远一路，取贵州。总计兵数，“每佐领20人有奇”，再加上蔡毓荣和董卫国等总督及提督所部，兵数“甚多”。
第二路统帅为赖塔。吴三桂叛变时，他以都统被援为“平南将军”，先到浙江平叛，后又到福建、广东等沿海地区驻防，屡次立下战功，为清廷所赏识，康熙十九年（1680年）九月被援为“征南大将军”，统领广西满汉大军和选取驻广州清军的精锐，原属平南王藩下的部分官兵，由广南宁出师，速取云南。