此时吴三桂正在衡州，急命骁将马宝率部迎敌，他的兵马行至永兴以北60里，在盐沙岭设伏以待，清军毫无觉察，大队的兵马进入谷口，吴军伏兵四起，谷口被堵住，在岭上安设火器，猛烈地轰击。清兵进退不得，又不能驰驱，无法还击，听任吴军攻杀。吴军大获全胜。清军伤亡1万多人，都统宣理布、统领哈克三被击毙。吴军追到永兴，晚上渡过来水，在永兴城下扎营，虚张声势，仅以少量兵马立营，而以大队人马潜袭彬州。驻扎在彬州城外河南岸的清军大营被攻破，前锋将领硕岱、副都统托岱失利，退到彬州城，硕岱撤向永兴去了。吴军在一些战役中打了胜仗，暂时缓解了日益危机的局势，但是总的趋势不容乐观。吴三桂作为总指挥，以他的军事实践经验，比任何人都清楚目前的严峻形势。他不能高枕无忧，他愤于各将领争战不力，他或冒酷暑，或顶寒风，来往于各个战场，亲自调兵遣将，有时亲临战场，指挥对清军的战斗。在吴军失去吉安后，清顺永郡王勒尔锦率大军直逼长沙城下五里山扎营，吴三桂愤极，亲自临阵督战，没有成功，自家兵溃，往城里逃。幸亏在城下埋伏了6头大象，纵之出城，清军连同战马惊荒，不敢上前追击，慌忙退却。吴军的士气低落，连吴三桂也指挥不灵。在这二三年中，他北到松滋，窥视江北；回师长沙，率领兵马解围，“死守湖南”。康熙十六年四月，他率众去衡州，部署作战，九月他又到了湘潭，部署进攻广西；十一月又去了衡州。
吴三桂奔波于各个战略点之间，虽然一时奏效，却无回天之力。吴军的形势，如江河日下，不可能重振雄风了。
表面上看，岳州、长沙的防御坚固，似乎是无懈可击。然而大批大批的清军一天紧似一天的逼近，吴军在军事上一连窜的失败，给吴三桂广大将士的心灵上笼罩一层阴影，他们各怀心腹事，情绪异常低落。这些都是产生猜疑的土壤，猜忌一旦产生，就势必引为内江，加快了瓦解自身的组织。吴军守岳州的大将吴应期，妄自尊大，贪婪无比，克扣军饷，饱入私囊，引起部众和岳州城中的百姓无比的愤慨。吴军水师大将林兴珠，精通水上作战，因吴应期对其傲慢无礼，投顺了清军。安亲王岳乐等又针对吴军内部相互猜忌，屡设反间计，吴应期不变真假，抓住假证即杀，更引起部属惶惶不安，人人自危。清兵围长沙，断其饷道后，岳州失去了粮食供应，粮食一断，饥饿立即来临，挨饿的兵士想法逃出，没逃出的，也奄奄得毙。岳州危在旦夕。
清军对岳州在实行军事进攻的同时，又不断展开了政治攻势，向吴三桂的将士和被占地区的百姓发出告示，陈述形势，公布清廷的招降政策，指明出路。对吴军的广大官兵产生了极大的影响，增大了吴军内部的离心力。岳州吴军的总兵官陈华、李超等先后向清军投诚，其后，“陆续投诚”的络绎不绝。清廷克取岳州的条件与时机已趋成熟。
林兴珠于康熙十七年三月降清后，立即献出破岳州的策略。他根据清军的船舰较多，提出分一半战船停泊君山，用以切断常德的道路，其余的船只停泊香炉峡、偏山、布口袋诸处，沿九贡山陆路立营，截断长沙、衡州的通道，可阻塞岳州吴军陆上的交通。即使城中有粮食，而薪刍器用必致缺乏，可以不战而使吴军毙命。安亲王岳乐将此水陆布署向康熙报告，当即批准，特别嘱咐：水陆大军进攻岳州，既克之日，乘虚速取常德、醴州等城，“勿令贼得为备”。
清军即按上述方略布置，并于五月十八日由“安运清寇大将军”尚善、湖南总督蔡毓荣、提督桑格统帅水师，浩浩荡荡地驶入洞庭湖，发起对岳州的总进攻。数日来与吴军水师对抗，经过大小战斗10多次，屡次挫败了吴军。六月三日黎明，吴军的水师乘风而来，攻击柳林嘴、居山两处清军水师。清军各路战船一齐出动，分头给予迎击，火炮不断地击沉吴船，擒杀吴军的将领和士兵，终于将进攻的吴水师击退。
在对岳州发起总攻击的前夕，清军统师部加紧做瓦解岳州吴军的工作，争取更多的吴军将官兵士投诚，以减少清兵进攻的对抗力量。他们“大出告示，广布皇仁，更屡次密书悬置高脚庙地方”，向据守此地的吴军水师将官陈碧等人“晓以大义”。他们还请陈华、李起等已降清的吴军将领直接到城下，“高声传喻”清廷对他们的政策。陈碧认真考虑后，决定投诚。同时又有吴军的兵士及家属1000余口背吴投清。
到康熙十七年七月，清军水陆围困了岳州，而九贡山尚未立营，吴军仍然往来这个地方，以采柴木。康熙派到清军营下督察军事的詹事宜昌阿报告说：“如岳州不下，长沙无船可用，而荆州的清兵也不能渡江。应固守长沙、荆州，调余兵困岳州，使之内外不得通，断其樵采，吴军困穷，约十月内外，似可克复”。康熙指示：“岳州为湖南咽喉要地，必恢复此地，围攻长沙及荆州的兵始能前进。大将军顺承郡王所部兵数不少，攻取岳州，“事关紧要”，再增助围，原调江西的陕西兵攻赴岳州，河南巡抚董国兴可遣标下兵1500人、安徽巡抚徐国相遣标下兵500人，令贤能官统领，都赴岳州，还有原军4000人也同往岳州。此诸路兵抵达，可于九贡山设一营，只要有机可乘，即进兵攻取”。
尽管康熙在岳州集结兵力达到六七万人马，战船准备数百只，军需山积、粮饷充足，可是岳州还是迟迟攻不下。到了八月，康熙看到各将军“破贼无期”，又担心满旗士兵不耐水土，因而挫伤士气，再也按奈不住，说：“今日之事，岳州最要。不可可速行攻取”。提出他要亲自统率六师，“躬行伐罪”。但是议政王大臣不赞成康熙亲征，极力阻止。这反映了康熙对他所遣将领不用力攻战的不满情绪，不久吴三桂病死的消息传来。康熙立即指示前线各将军：吴三桂已死，“贼必内变”，各路大军要时分路进剿。
清军从五月进入洞庭湖，到九月初，已有三月有余，虽小战多次，吴军并没受到多大的挫折，但不敢倾巢出战，而清军仍没有把城紧紧围住。问题是，清军将领临阵怯弱，不敢迎战。九月初，一队吴军乘船反20多只。赴湘阴取粮食和火药，经过清军副都统德业立和提督周卜世的防区，有战船130只，竟不敢击，任其出人。
十月二十二日，吴军水师将军巴养元、姜义等人率战船250艘，进攻陆石口，被清军击败；二十九日，清军进攻岳州，击破吴军1万多人。吴军出击的目的，是想打通道路，取得粮饷的支援。九月初吴军虽取粮成功，但据投清的吴军兵士说，取得的粮食也只能支持到十一月。在康熙的严督下，清军水陆两面加紧了对岳州的围困，断绝岳州的粮饷。湖广总督预先购买了数千根木头，打桩做牌，拦截上流，御防吴军水兵的出入。岳州城内粮食的来源已绝。十一月份，岳州吴军水师倾巢出动，意在疏通粮道，进攻柳林咀，双方激战不休。另有一支5000吴军从陆上进攻，从高家庙渡口进攻陆石口清兵的营寨，清军奋力阻击。由于清军在湖上频繁地出战，火炮损失颇多。“安运清寇大将军”贝勒察尼要求增拨江南子母等炮1000门。在高家庙、君山陆地设营，应调荆州水师营总兵张忠及其标下兵赴岳州。清廷一概应允。洞庭湖每年到冬季水量减少、干涸，部分湖殷露出陆地，不能行船。清兵以水陆相接，因湖水干涸，清军的营寨彼此隔绝，兵力又感不足。察民又要求增兵支援，议政王大臣不同意增派兵马，而康熙为了攻取岳州，仍然同意了察尼的要求。指令将岳乐增援永兴的兵马每佐领出2名可撤到岳州，长沙方面的战事稍缓，可发每佐领兵二三人增岳州，江西总督董卫国标下官兵可选调2500人，就进由铜鼓入武昌，赶赴岳州，立营于要地，都归察尼指挥。江西总督董卫国回奏，自己原率标兵5000，再调江西各营的兵马数千增援岳州。康熙嘉许。这次陆续调清兵总计1．8万人，看来康熙是不惜一切代价，把各地的兵马倾注于岳州一地，以求全胜，至此，岳州已集结清兵达10万左右。
康熙十七年十二月，吴军援兵救岳，“势甚猖獗”，但因清军水陆封锁严密，“不能飞渡”，于是败回，“而岳逆在城饥饿日甚”。根据随军的官员宜阿昌的报告，清军已截获的吴应期和各处往来的文书，内容却是呼叫救援，运送粮饷。都足以说明岳州城中的粮食已经断绝。从岳州“相继归诚”的吴军将士也证实岳州城中绝粮的悲惨境况。吴军将士继续潜逃投诚清军，到年底，岳州城内吴军的游击刘鹏等文武官员75人接受招抚，投奔了清廷。
吴应期所属的将士大量叛逃，致使岳州吴军的军事力量正在迅速的土崩瓦解。他已感到不能再支撑下去，但也不愿束手就擒，唯一的办法，只有逃跑。康熙十八年正月十八日，天还没亮，已经约降的吴军将士及家属约数千人，分乘乌船10余只，小船30多只，在前去接引的清军将士的引导下，开到高脚庙一带登岸，众多的清兵事先已在岸上站队迎接。同一天归顺的吴军，还有总兵官王度冲、将军陈珀等，各率舟师来降。当日夜晚，只见岳州城中火光四起，“贼众沸腾”。原来吴应期，在下午四、五时率领余部约数万兵马出城，丢弃了岳州城，向东南方向逃遁。清军急忙追赶200多里，因没有携带炊具而还军。正月十九日早，蔡毓荣、桑格等率领清兵浩浩荡荡地开进了岳州古城。
岳州这座坚城，在吴军固守下，历时五年，终被清军收复。岳州的收复，虽说是件喜事，但是康熙并不那么高兴。因为他数年来都一直在关注岳州城的收复，而他的将领们却迟迟地不敢进兵，致使这个胜利来得太迟了。他很清楚，为了岳州，他投入了这么多兵力、财力，竟没把城攻下，而是叛军主动的撤离，竟让吴应期率余部逃跑了，不过是得了座吴军“所弃之空城”罢了。为此康熙极为恼火，斥责贝勒察尼失计，竟让吴应期率数万人马，在清军的眼皮底下逃跑了！使这支有生力量没有被歼灭，势必加强了其它战略据点的防御，将给清军下一步的行动造成很大困难。但是岳州的收复，毕竟使清廷得到了一个战略要地，对全局的影响却具有重大的意义。
收复湖南、四川吴三桂死后，吴军的众将公推吴国贵总理军务，其方略是专力保固云贵，但也不能轻易丢弃湖南，还在尽一切力量力图保住湖南。这对保固云贵仍然是一大关键。原望虽好，但却不能左右形势急剧的逆转。自吴三桂一死，吴军军心进一步涣散，愈发不可收拾。吴应期丢弃岳州，湖南的门户调开，时刻待命渡江的荆州清军于康熙十八年正月二十七日蜂涌渡江，千帆竞发，漫江而来。康熙下令展开总进攻，遂成破竹之势，吴军全线溃退。
吴应期自撤出岳州城后，率残部投向辰州，于此同时胡国柱也撤出长沙。率部退屯展龙关，与吴应期相犄角，企图力守。
吴军一撤出长沙，清军随之进城，清廷收复长沙。康熙指示：“贼失岳州、长沙诸要地，正当惊惶骚动之时，乘机进攻衡州，击灭逆贼，殊为要务！”他命令大将军察尼，发出水师营总后官等率绿旗兵3800、沙船100、快艇80只赶赴长沙。除外速发满州兵，多带船炮，尽快至长沙。他又给广东的尚之信发布进军命令：“乘此各路贼寇涣散之际，平定广西”。他要求尚之信、将军莽依图、舒恕、额楚、傅弘烈、总督金光祖等“勿失事机，速定广西”。下诏给江西省总督董卫国，率领所部兵马速赴大将军岳乐处，协力攻取衡州等地。
驻守荆州的清军一路由署都统多漠克图等率领度江，据守在大江对岸的太平街、虎渡口等处的吴军放弃抵抗，全都逃走。另一路清军由顺承王勒尔锦率领，较第一路清军晚二日，于二十九日渡扛，驻守之始，前队官兵分路追剿枝江、松滋、宜都（都在湖北境内，荆州上游，长江南岸），还有石门、慈利诸县与澧州的吴军，闻风逃跑，都被清军恢复，固守百里州（松滋附近），吴军水兵将官洪福率舟师投诚。二月十四日，清将勒尔锦到了澧州，遣派固山贝子准达等率兵进取常德。吴军弃城，在清军还未到之前，就纵火焚烧城中的房舍和船只，然后逃遁。十八日，清军进驻常德城。大将军简亲王喇布先后攻占华容、安乡、湘潭，二月七日收复衡山县，命令前锋统领希福等进攻衡州。守城的吴军闻风丧胆，吴将吴国贵、夏国相等自度难守，弃城而逃。十三日，喇布率领清军进入衡州城。这座曾被吴三桂即位时更名为“定天府”的行在，吴军固守了多年而一朝失去，没来得及逃脱的官员100多投降。清军占据衡州后，马不停蹄地由衡州继续攻占了来阳、祁阳，三月五日，再克宝庆（今邵阳市）。