康亲王等人面对实力雄厚的叛军，谋划破敌的策略，决定先截断叛军的饷道，以夺其优势，动摇其军心。八月十五日，赖塔等率领满汉大军乘夜进兵，直扑耿军储粮的地方大溪滩。耿军没有防备，仓促迎战。清军奋勇地进攻，击败了耿军，夺取了大溪滩，乘胜攻克了大溪滩附近的江山县城。马九玉得知饷道被截断，立时荒了手脚，不敢久留，急忙拔营而逃。康亲王杰书派遣副都统胡图等率兵追杀，大败耿军，一举收复了常山县。马九玉看出清军的意图，势必要夺取仙霞关进入福建。他率领残部绕道奔仙霞关，企图依靠险隘阻击清军。不料杰书已派遣赖塔、副都统马哈达疾驰仙霞关，于二十日赶到关前，堵住要路，分路夹攻，马九玉只身仅和30多骑兵逃跑了。守城的耿军参将金应虎势穷力谒，被迫献关迎降，清军长驱直入，涌进福建，从北向南，马不停蹄地疾行，于八月二十三日，进到浦城，挥军攻克。该县石塘地区是由浙江进入福建的要隘，耿精忠派都慰连登云用重兵固守。清军到达石塘，和耿军接连地战斗，连破叛军9营，将耿军杀败，打开了通往福建腹心的通道。
清军进入福建境内后，势如破竹，九月三日到达建阳县城下，击败了守军，占据了县城，再追溃兵到建宁，耿军不守，一哄而逃。耿军已成了惊弓之鸟，闻风即逃。
在这时期内，留守在江西的安亲王岳乐命将军希尔根攻击耿军的大将白显忠，白显忠兵败投顺了清军，恢复了建昌、饶州，“江宁将军”额楚收复了广信。至此耿精忠失去了白显忠一路兵马，势益孤立。加上清军在福建的进军势猛，而台湾的郑军又乘机侵扰他的大后方，这时耿精忠已深感自己到了穷途末路的时刻，他不再想顽抗到底，最后的出路，只有归降。
清军在东南战场节节胜利的大好形势下，康亲王杰书根据清廷的指示，再次写信对耿精忠进行招抚。精忠要求朝廷再下一道赦诏，才放心投降。康亲王不予理睬，催动大军直奔福州，路经建宁府，九月底到延平（今南平市），守关的大将耿继善献关投降。福州已遥遥在望。精忠听此消息，惊慌失措，急忙接受投降。
十月四日，耿精忠率文武官员出福州城外，迎接康亲王杰书与诸将进入福州城。
耿精忠投降归顺清朝，其它处的耿军将领也纷纷放弃抵抗。固守温州的大将曾养性“势迫无所归”，只好献城降清。广东原潮州总兵刘进忠、碣石总兵苗之秀也相继投降。散落在浙江、江西的残余叛军，失去了依靠，都放下了武器，纷纷前往清营缴械。江、浙两省的战事已停，局势很快地稳定下来。只有沿海一些城镇还被台湾的郑国占据，清兵对郑军发起进攻，于康熙十六年正月，收复了兴化城，二月初，攻克了泉州。郑军闻风丧胆，弃樟州、海澄等城镇，逃回台湾。清军没经过多少战斗，即恢复了漳州等10个县城。至此“闽地悉平”。
“时东西两巨寇（包括王辅臣）既降，乃得以全力办三桂。”康熙和他的议事王大臣对剿灭吴三桂，比任何时候，都充满了信心。
收复两广从康熙十六年初，战争的形势开始发生了战略性的转变，清军在经过暂短的退却和，防御后，很快进入了常态，在西北和东南两翼战场转入了进攻。首先降服了王辅臣，西北的叛军倾刻瓦解，四川的叛军被逐回老巢。康熙十六年十月，耿精忠被迫归降，福建底定，台湾的郑军被驱逐出大陆，浙江、江西的叛军亦告分崩离析。东南地区恢复了清廷的统治。
在解决了东南和西北的叛乱后，清廷对吴三桂展开了战略大包围，从东西两侧逼湖南，向两广进军，切断吴军的后路。同时从内线湖南战场，调兵遣将，准备发动总攻击。
为实现这个战略，必须先解决两广问题。在广东清军进展较顺利。广东的尚之信，虽投靠了吴三桂，实则自保。尚之信不为吴军出一兵一卒，也不和清军作战，而是静观形势变化等待时机，迎接清军进入广东。在耿藩投诚归降后，尚之倍看到清军形势好转，时机成熟，即刻派人携书到简亲王军前“乞降”。
康熙十六年四月二十四日，“镇南将军”莽依图从江西赣南统兵入粤，二十九日，到了江西与广东交界的南安（江西大余），叛将严自明献城降清，清军一帆风顺地进入广东，取南雄，直抵韶州（广东韶关），假降孙延岭傅弘烈“迎降”。尚之信于五月四日率省城的文武百官和兵民“归正”。
由于尚之信率先归正，广东的文武大吏纷纷投诚。在省内其他地方已叛的将官不再抵抗，立即准备投降。因而清军在广东几乎没遇到任何抵抗，就平定了叛乱。
清军进驻广东，尚之信降清，深深地震动了吴三桂，他感到后路有被切断的危险，处于腹背受敌的境地。为了巩固后方，他派出7员大将，统帅3万兵马进至湖南与广东交界的宜章企图分兵进攻乐昌、南安（江西大余），夺占两城，进而夺取韶州，控制交通线。韶州位居五岭之春，是江西与广东的咽喉之地，为兵家必争之地。吴军的大将马宝、胡国柱等率领劲旅数万，于七月五日向韶州发起了大规模进攻。攻势之猛，志在必得。清军统帅“安南将军”舒恕急速派遣副都统赫勒布率满汉官兵增援。康熙指令尚之信和“镇南将军”莽依图等速率兵赶赴韶州，舒恕亦相应应援，必保韶州，不得丢失。
莽依图接今后，不敢怠慢，自广州统领清军翻越大庚岭急趋韶州，两广总督金光祖也派遣标下官兵2000增援。莽依，图到韶州后，观察地形，以地北为冲要，筑土墙，每夜从城上悄悄缒卒出城、浚壕通水，并派一军据守白土村，以护卫广州饷道。从七月到九月，吴军日夜攻城，都未攻破。胡国柱等提心清军的援兵四集，于九月二十四日夜率领1万多兵马渡江，到江西岸，切断清军的水运，列营莲花山，居高临下，向城内发炮轰击，女墙都被轰毁，清军退保土城固守。正在危机的时候，江宁将军额楚率援军赶到，与莲花山的叛军对垒。额楚率援兵向吴军发起进攻，城内莽依图乘机杀出，内外夹攻，横冲吴军的营寨，速破4营。九月二十八日，马宝等弃帽峰山，大败而逃，江西岸的吴军也被迫弃营潜逃。清军乘胜追击，到了乐昌的风门澳，三路攻杀，把吴军杀得大败，清军收复了仁化县，而马宝等迁到衡州去了。韶州一战，驱除了吴军在广东的势力，于是广东得到了进一步的稳定。莽依图奉命率属部8000人马，同新任命广西巡抚傅弘烈平定广西，令尚之信出藩兵3000助战。傅弘烈独率所部1万多人马展开军事行动，先后攻占了广西重镇梧州、浔州（桂平）等地，所向奏凯。
吴三桂不能得志于广东，便“悉其骁锐，俱向广西”。康熙十六年十一月六日，吴三桂来到衡州，亲派马宝取道宜章，进入广西富川，派其孙吴世踪占领了桂林。其意图，在于巩固湖南后方，此为保守湖南战略的一部分。
清军统帅部认为，“平定广西，扫荡云贵，关系重要。”因此决定进兵，迎战叛军。此时傅弘烈尚在梧州，奉命和莽依图部联合取平乐、桂林，正面迎敌；尚之信、将军额楚、都统勒贝等进攻宜章、彬州（湖南郴县），从后夹攻，使吴军首尾受敌，不能兼顾。十二月十八日，傅弘烈从梧州出发，莽依图率师于二十日，由封川进兵，两路会师于贺县（广西贺东侧），进取平乐。
康熙十七年初，莽依图、傅弘烈等进抵平乐，将城团团围住。吴世踪率兵5000，分水陆两路赶来增援平乐，与清军夹江扎下营寨，迅即渡桂江，先攻绿营兵。傅弘烈与都统王国栋率军接战，寡不敌众，被吴军击败。适值江水泛涨，莽依图所部满州八旗兵不能渡江，眼看绿旗兵溃败。吴军又占据河道，清军粮饷接济不上，自己感到孤军不能久留，撤到中山镇，再退到贺县、梧州，就饷于德庆。康熙得报，速令尚之信，急发万人精锐增援，同时又调将军舒恕自江西赣州，额楚自肇庆兼程向广西进兵。
正当康熙调兵遣将增援广西时，吴军和广西的叛军趁平乐得胜，大举反攻，把清军已收复的浔州等郡邑先后夺回，到三月，清军仅存梧州一府了。二十二日已投诚的高雷总兵官祖泽清又在高州复叛，广东又为之震动。康熙命尚之信亲征，授权除掉他。尚之信得令，与副都统额赫纳等于四月十一日抵电白，大败叛军，城被攻陷，祖泽清闻讯，乘夜逃跑，十九日，收复了高州，招降了雷州。
清军由于在平乐的失利，在广西的进攻暂时转为防御，固守梧州，待机反攻。吴世踪率兵数万继续追击清军，渡左江，近逼梧州地区。傅弘烈孤军奋战，先后在梧州附近的贺县（今贺县东南）、藤县展开激战，清军又接连失利。吴军以水陆三路进逼梧州。适时尚之信奉命率军赴援，于康西十八年正月，会同莽依图、傅弘烈各部，在梧州城下，三路夹攻，吴军大败。清军乘锐奋进，长驱直入桂林。吴军转而围攻南宁。此据原为叛将马雄所据，马病死后，他儿子马承荫降清，仍守南宁。吴世踪围攻数月，城池即将被攻陷，清将莽依图等及时赶来增援，才使南宁城免遭攻陷。吴世踪挥军与清军的援兵展开大战。莽依图以额楚部为前锋兵冲击，他和舒恕自后指挥大军继进，事先埋伏了精兵在山后，断吴军的归路。因莽依图指挥得宜，加上满汉兵士的奋力攻占，终将吴军彻底击溃，吴世踪身负重伤逃走，南宁解围，清收复了广西全境。
§§§第四节 南北夹击主攻湖南
夺取茶陵进逼衡州在短短的一年多的时间里，清军从战略上实现了对吴三桂的外线大包围。这就是从浙江、福建、江西、广东、广西等省的东南沿海到南部，形成了半圆形的包围圈，西北陕甘地区叛军的归降，与南部各省又形成了南北进逼的局面。至于四川的叛军，已被清军切断了它与吴军大本营的联系，陕西汉中，兴安的叛军局限一偶。处于清军的严密监视之中，束手待毙。
在基本完成对吴军的外线包围后，清军在内线开始向湖南推进，仍就采取了南北夹攻的战略：北以岳州、长沙为攻击的重点，南则从广东、江西进兵，目标取衡阳。康熙十六年十一月三日，“征南将军”穆占率部进至江西的永新，矛头直指接近江西省前湖，南的茶陵。茶陵是江西门户重地，“江西通省，所系维在茶陵”。
夺取了茶陵，就可以扩通去湖南的道路。吴三桂于十一月六日进驻衡州（湖南衡阳）。茶陵在衡州的东面，两城相距较近，有水路通往甚为方便，从茶陵乘船，顺流而下，经攸县，进入湘江，转向南行，便可以直入湘江之畔的衡州。故而先取茶陵，就直接地威胁到吴三桂的重镇衡州。十一月十四日，穆占领兵从永新县进兵茶陵，守城的吴军已经弃城逃走，清军不战而占据了茶陵。穆占得此城后，立刻命令都统宜理布等马不停蹄地进兵追剿，这时吴军已跑到了茶陵北，洣水岸边的攸县城，据河岸迎战清军。宜理布挥军奋力猛冲，夺取了城门，吴军又弃城而逃。这次战役歼灭吴军4000多人。吴三桂失去了茶陵、攸县后，很快地陷入了困境，“馈饷不给，军士胥怨，民多远避”。十二月十四日，都统觉罗画特等率部攻克了湖南北部、邻近江西的平江。平江地处岳州和长沙之间，清军可南可北，从中可以截断吴军南北联系的通道。
清军从茶陵、攸县打开了从湖南的东南部进兵的缺口，为迅速扩大战果，加大进兵的缺口。穆占据茶陵、攸县后，又进兵攻克了茶陵南面的酃县，斩获吴军的总兵、副将等10多员。到康熙十七年（1678年）四月前后，穆占连续攻克湖南的彬州（彬县）、桂阳州、兴宁（今资兴）、宜章等城镇，招抚了吴将总兵官王育民等人，收复了临武、蓝山、喜乐、桂阳（前一桂阳为州，后一桂阳为县，今汝城），桂东等五县，再进兵到永兴。茶陵等十几个州县都在湖南东部、东南部到南部地区，已联成一片，与江西、广东、广西各省接近，道路已经打通，清兵可以畅通无阻地由这些省境源源不断地进入湖南。清军对已占领的这十几个城镇，决心固守，统帅部不惜派驻重兵，这对即将发起向湖南的总进攻是非常重要的。考虑到茶陵为军事重地，将军穆占特派驻满汉官兵，“有满兵每佐领4人”和总兵官赵应奎与穆占新率领的湖广绿旗兵，还留下简亲王喇布兵的一半，为数不少，约计1万多兵马。对其余的地方也都拨出强兵劲旅据守。
清兵已在湖南东和南部开辟战场，建立了稳固的据点，正在衡州的吴三桂已自在清军的进逼之中，吴三桂的危亡正日益逼近。
吴军动摇清军招降吴三桂在军事上的接连失利，导致了内部军心动摇，士气低落，内部核心不和，互相倾轧。吴三桂的心腹大将高大节，跟韩大任之间的矛盾，最终导致兵败，或死或降。
高大节十分骁勇善战，通晓军事，所率部卒都是精兵，临战向来是以少胜多，是吴三桂的一支劲旅。康熙十五年二月，他奉吴三桂的命令，率数万兵马进攻江西重镇吉安，仅数日便将吉安攻陷。因吉安对清军“关系最重”，康熙严令夺回。清重兵攻吉安，高大节“死守”，到六日，清军“尚未克复”。一次高大节仅率百余骑出战，竟把清军杀败。