耿军失落了处州后，拼命的向居仙逃窜。清军的副都统穆赫林等奉命统率满汉官兵分三路追击，于正月二十五日追到白水洋地方，与耿精忠部将“镇海都督”林冲部相遇。耿军扎营13座，约兵士1万多人，与清军展开了大战，从午后二时左右开战，到了下午四、五点钟，双方还未分胜负，清军的穆赫林等主要将领亲自上阵督战，攻入了耿军的第一营盘，打开了一个缺口，后队的清军奋不顾身勇猛插入，使耿军全线动摇，继而阵势大乱，向后败退，清军一直追到仙居城下，耿精忠的大将曾养性这时派来援军1000人，坚守城池，拒不纳降。穆赫林以署护军的参领额库纳率军埋伏在城西侧，而令署军参领禅拜等率大队人马各架云梯三面攻城，责成署护军参领齐林布等在后督战。清军的攻势猛烈，耿军支持不住，妄图开西门逃跑，被清军的伏兵截杀，结果没有一个漏网，生擒都督领事朱富等人，缴获大小火炮258门以及其它的军用物资不计其数。清军占据了仙居城后，分兵取黄岩。另一支清军在赞将王国祥等率领下，在天峰寺大败曾养性部总兵胡双奇。游击田万侯败耿兵于武义县夏阳地方，追到宣平县（武义县南，处州西北）大王岭，再次击败耿军数千人。
三月三日，在宣平县前坞地方，田万侯率清军同耿军的大将冯公辅展开激战，直抵宜平县城外，把耿军追到宣平的大旗口地方，冯公辅的伏兵杀出，耿军作殊死的拼斗，清军也以死里求生之望，全力抗击，这一战从早晨一直战斗到中午，清军才把耿军击败，耿军弃营逃走。这次战役双方的死伤都十分惨重。还是在三月间，耿军的大将马九玉部在衢州和清军将领副都统刺哈胡图、总兵官王廷梅等展开了激战，结果耿军被击溃，死伤1000多人。
清军在浙江的战略意图是，准备好舟船水兵、消灭台州的耿军，“再酌机宜，共图进取”。但是到了四、五月间，无论是在江西战场，还是浙江战场，双方争城夺地的战斗越来越激烈，得而复失，失而复得，呈现出反复拉锯的形势，特别是一些战略要地，成了清军和耿军反复争夺的主要目标。
清军攻占了处州后，使耿精忠失去这一战略要地而深感不安。四月，他命总兵官徐尚朝率领兵马由处州东南的温州，骑兵都尉连登云由处州西南的龙泉、松溪两路进兵，想把处州重新取占，但是因清军拼死力防守，击退了耿军的进攻，耿精忠的欲望未能实现。
浙江的衢州是浙江通往江西、福建的重要门户，与它东面的重镇金华甚近，仍被耿军占据。五月初，清军分兵东进，目的是攻取金华。清军在大埂余村，上路源（都在衢州附近）、峡口（衢州北）、汤溪（金华西侧）、周僚，黄塘等处奋力阻击，临时截住了耿军的攻势。
农历五月的江南，已经是炎热的夏季了，这种气候条件，对北军不利，耿军分守各处的要隘，实力仍然较强，以致使清军很难尽快地进入福建。康熙指示：时当炎热，安亲王岳乐酌量留兵固守江西建昌处要隘，率大军暂回南昌养马，等到秋凉，或取湘南．或攻福建，侯旨意再行动。将军额楚、副都统席布应速平定广信（江西上饶）叛军，临分水关（江西与福建交界处），佯为进兵，断仙霞后路，吸引住叛军的注意力，而康亲王杰书即命将军赖塔等攻取仙霞关，或者杰书与额楚等兵两路并进，夹攻浙江与江西交界的江山县叛军。互为声势，等待机会，进攻福建。仙霞关位于江西、浙江、福建三省的交界，隶属浙江地界，是进取福建的咽喉之地，康熙时时地关注这个地方，寻找时机，从这里突然进入福建，只要降服耿精忠，其它各处的叛军就可以不攻而破。所以康熙不把别的地方放在心上，而专心于尽快地进入福建。
由于清军暂时后撤南昌休整，耿军乘机发动了大规模的进攻。闰五月，耿军又攻陷了浙江的武义县，各路叛军相互应援，威胁金华。浙江总督李三芳与“平南将军”赖塔亲自指挥官兵，拼力的奋杀给叛军严励的打击。清国紧急增援，在宣平、武义两县的大王岭、东陇隘口、目套寨、下五塘等地屡攻叛军，招抚叛军头领130多人，兵士1万多人。耿军三路进攻处州，企图夺回该城，又被清军所攻，清军乘势收复了松阳县（处州西）。严重的是，乐平（位饶州东）等各地的耿军乘隙进取饶州，饶州再次被叛军攻占，以致直接威胁了南昌。康熙急令岳乐速回南昌固守，居中调度，分兵收复饶州。将军希尔根奉命夺饶州，希尔根率兵于闰五月二十六日到了余干，大败耿军，二十九日到饶州，耿军已于二十八日晚，撤离逃走，于是清军重新收回饶州。
已退据天台的曾养性已于三月间协同大将祖弘勋率总兵8人、骑兵6000多、步兵数万，进驻到台州附近，在南到长石岭，北到三江，延绵数10里的地带，连屯25营，深沟高垒，暗排大炮地雷，与清军隔江相对，另派大将朱飞熊、都督张恭万、许英率总兵4员、水师1万多、舟船300余艘、停泊在城东的小梁山下。清将傅喇塔组织了清兵1万多人马进击，由仙居凉棚地方抄山路背后突袭叛军，在茂头地方，把耿军大将朱飞熊斩杀于阵中。逼使曾养性退据茂平岭，据险阻止清国前进。清军在取得仙居地后，就决议进取黄岩。但是曾养性据守此岭，恰好挡住清军进黄岩的道路，使清军无法前进。后清军经过侦察，探明有土木岭可以通过，较北走茂平岭的路程更近。从台州到黄岩总计300里的路程，其中有不能骑马的道路，就有40里路之多，耿军认为这个地方险要，没有派军给予守卫。于是清将傅喇塔和杰书密商从这里进兵。到了八月初，清军副都统率福建提督段应举满汉官兵，从土木岭间道突袭，到了茂平岭的背后，耿军见势十分惊惧，无心恋战，纷纷逃窜，清军乘胜赶到了黄岩。曾养性被逼迫弃营放塞，退入城内拒守。清将傅喇塔指挥清军围住黄岩城，曾养性不敢只守此城，便在晚上冲出清军的包围，逃到温州去了。八月十日，城内剩余的耿军自知守不住，打开了城门投降清军。于是地处沿海要地的黄岩被清军占据。八月十二日，清军又向温州发动进攻，兵到太平县，城内的耿军献城向清军请降。
八月十三日，清军继续向耿军追击，恢复了大荆寨城。二十日清军到了乐清，城内的耿军早巳逃得无影无踪，清军安然地进入乐清城。原来是，曾养性都把叛军撤到了温州、青田两地固守。清军在乐清作了暂短的休息后，于三十日起兵，从山后的小路抄袭，于九月三日到永嘉上塘地区，与曾养性的3万多水军遭遇，展开了空前规模的大战，从清晨一直战斗到傍晚，双方都没有退兵之意，各个发挥出最大的战斗力，拼命地攻击对方。最终仍是清军占了上风，阵前杀了耿军的将官60多员，击毙兵士1万多人，击沉耿军船只9艘，俘虏副将以下的将官35人，兵卒500多人，缴获的其它军用物资堆积如山。十九日，清军直取清田县城。一个月之内，清军连占4城，创造了优异的战绩。
江西的局势在经过短期内的反复之后，从五月下旬，清军开始取得了进展。副都统朱喇禅在江西的北部、临近湖北武义县，打败了耿军；都统觉罗画特从江西东部重镇建昌出击，攻克了新城县（黎川）。将军额楚亲率官兵进攻广信，沿途不断地击溃耿军，收复万年县，继续东进到了弋阳，耿军将领蒋德弘率5万兵马坚守，耿军总兵柯升率5000兵马从广信赶来增援，另立6营，企图以重兵阻击清军，使清兵到不了广信，额楚率领的满州兵和土默特的蒙古兵奋战优势的耿军，歼灭耿军2万多人，迅速进军到了城下，这时耿军早已逃走，广信只剩空城一座，逐被清军占有。此后，清廷的“定南将军”希尔根等用招抚的策略，先后招降了泰和永薪、龙泉、庐陵等县的耿军头领270多员，士兵和家属6．56万多人，还东景德镇等地擒斩耿军参将以下将官10多员，歼灭兵卒8000多人。随即恢复了浮梁、乐平二县。但是，清军在个别战役中也有严重的失利。在清军攻占建昌后，想一举扫除盘踞在建昌附近的叛军，于六月二十五日攻取石峡（建昌东临福建省境）。因为天气炎热，兵马困乏，丧失警惕，误中耿军的埋伏，死伤惨重，副都统雅赖等将官战死在阵中，清军逼迫退回了新城。福建方面，清海澄公黄芳江仍坚守城池，受到郑军的猛烈的强攻，持续了一个多月，康熙十四年十一月二十日被郑军攻陷了城池，芳度和家属全部遇难、漳州也被郑军占领。
清军个别地方和战役的失利，并不影响整个战局的顺利发展。随着江浙两省各地战斗的不断进行，并逐渐向各大战略中心地区扩张，战争的结局也取决于双方在这些地区的最后胜负。
在清军事上逐步取得优势，频频地击败耿军的有利形势下，康熙想尽快解决福建问题、以便集中全力对付吴三桂。他抓住时机，直接向耿精忠发出了招抚的信息。康熙十四年八月二十三日，兵部向康熙报告：安亲王岳乐已遵圣旨，曾派陈廉前往福建再次劝告耿精忠接受朝廷招抚。这次精忠没有扣留使者，还给与银两、衣服，放他回来，传话说：“我承王（指岳乐）差人来，意欲投顺，但属下人心不一，将我属下人安顿，我差人往王爷处去。我已及王位，反欲何为！我所反者，俱系范（承漠）总督逼反，今仍将范总督留存，俟我何日投顺，面见皇上之肘，将范总督作一对头”。从耿精忠回话中，看出他的态度比前所软化，且有悔改投顺之意，所以康熙又对耿精忠下了一道敕谕，交给精忠的弟弟聚忠，前往浙江，执行招抚任务。不料聚忠到了衢州，耿精忠拒不接纳。耿精忠自己知道所犯罪过重大，不能相信康熙在诏书中说的话算数，种种疑惧，使他不能马上接受投降。
耿精忠既拒绝了招抚，康熙也只能从军事上彻底解决福建问题了，他指派援军继续增加清军的实力。在江西的清军中，除了八旗兵，还在南昌、饶州、吉安、广信等要地增添了绿旗兵，“已足调遣”。到康熙十四年冬，清军先后在浮梁、贵溪等县境内击溃耿军，收复了县城，并招抚了大批的叛军纳降。清军又在浙江温州地区连败耿军，招抚了温州、台州等地叛军总兵官200多人，士兵4000多人，难民11万人。
到了康熙十四年底，耿精忠部的军饷普遍缺乏，大肆的掠夺，充作军饷仍不能满足供应。由于耿军缺乏食粮，兵卒不断的逃亡，百姓怒恨，内部已出现了分裂的迹象：如总兵张存有兵8000，屯兵顺昌，不听耿精忠的调遣，总兵罗元生统兵固守，邵武总兵彭世勋等按兵不动，他们已暗通清军，愿作内应，协助清军进攻福建。
康熙命令清军速进福建。康熙十五年二月，傅喇塔誓师黄岩，向温州进军，所经过的地方，连挫耿军，但到了温州地区时，遭到了曾养性顽强抵抗，耿军凭江固守，双方激战累月，清军也未到了温州城下。清浙江总督李之芳献策：直捣仙霞关，实为摧坚制胜之策。他说：“进取之路，不在温、处，而在三衢，今“悍贼”悉萃于此，此处叛军破，诸处叛军必然惊散。虽然敌将马九玉、朱怀德等抗拒河西，而江、常之间有间道可袭，清军进击，使叛军首尾不相顾，从此处入闽，可奏荡平矣”。康熙对这个谋略非常赞赏，当即批准按照此计进行。他命李之芳伤兵固守衢州、金华；命傅喇塔继续进攻温州、处州地区的耿军，命康亲杰书从金华移师衢州，进征福建。
朝廷的圣旨虽下，何时进兵福建，仍无日期。领兵的皇室贵胄迟迟不肯进兵，拖延时日。此时在湖南已发起长、岳之战，突然，吴三桂派大将高大节出醴陵，进江西，经萍乡，一举攻陷了吉安。吉安是通向湖南的咽喉，也是通南康，赣州的水路孔道。吉安一失，对进兵福建受到极大的影响。简亲王逼迫撤离广信，专力攻击吉安。康熙得报，十分震怒，严厉斥责江西方面清军的各路统军将帅，说：江西离京师4000里，朕知之甚悉。简亲王喇布以宋室懿亲，不实心于国家，料理军务，恢复地方，只坐守省城南昌，“日事骑射，经图安逸”，殊负委任之意。今“逆贼”高大节窃踞吉安，朕旨到日即宜刻期攻取。副将希尔根，“不思报国，日驻省城，安逸自便，性尤偏执”，只偏坦右翼军，今后宜痛改前非，力图报效。还有将军觉罗舒恕、莽依图、穆承格驻赣州、西安。康熙命令他们协助攻取吉安。
康熙十五年六月六日，耿精忠的叔父耿继善突然焚毁营盘，急忙从建昌、新城撤走。康熙认为，耿精忠被“海寇”（指郑经）所逼无疑，我军宜乘机前进。他命令大将军杰书，贝子傅喇塔、赖塔，浙江总督李之芳等“速剿闽寇”，酌量招抚，勿坐失事机”。
七月，康亲王杰书、总督李之芳、赖塔等清国统帅率师到达衢州，各路合军，商议进取福建。
耿军的大将马九玉等统率数万兵马据守衢州府江西岸，扎营在九龙山，另外分兵1万兵马由大将林福等统率，扎营在衢州南，衢江（今港山江）右岸的大溪滩，为马九玉部属保护和押运粮饷的地方。
衢州位衢江右岸，顺流而下可通金华；溯流而上可通仙霞关。此为通福建的孔道，而且从衢州到仙霞关很近，实在是通往福建的一条捷道。耿军集结这个地方，全力阻挡清军入闽，并企图夺取衢州。于是，衢州就成了双方必争的战略要地。