尽管康熙屡令督战，但是董鄂诸将却迟迟不动，夺取平凉仍然看不到希望。而四川的叛军也正在向平凉方向迸发，有与王辅臣合兵之势。若如此，将给平定陕西带来极大的困难。另外这样旷日持久的拖下去，势必影响到进剿湖南乃至整个战局。康熙十五年（1676年）二月，康熙决定派遣都统、大学士图海尔为“抚远大将军”，授以全权，总辖陕西满汉大军，前赴平凉，剿灭王辅臣。图海离京时，率每佐领护军2名，组成一支数千人的大军，增援围攻平凉的清军。在此之前，新授宁夏提督的赵良栋至京陛见，康熙命他兼程速赴宁夏。同时又授都统毕力克图为“平逆将军”，负责统辖现驻宁夏的满州兵和蒙古兵，镇守地方。
康熙任命图海一事，向董鄂等陕西诸将作为说明，指出，我国家自创业以来，克敌攻城，必是主帅奋勇先登，军士效死苦战，方能建树大功。而你们凡遇敌，大都观望不前，只叫士卒前驱冲阵，其督抚也多坐失机宜，故劳师匮饷，不见成效。因此特命大学士图海为“抚远大将军”前往平凉，统帅诸军。你们要痛改前非，殚心图效，若仍蹈前辙，一经图海指示参颏，必置重典！康熙为了鼓舞清军的士气，又特别颁给诸军一道赦谕：你们年来各处征讨，为国效力，朕已悉知。今闻你们围平凉，屡次冲锋陷阵，奋勇杀敌，严冬掘壕，远道采木为柴，备尝难苦，朕甚为同情。虽然目前国用繁多，经济困难，但惦念你们勤劳已久，特发帑金5万两，由大学士图海带到军中，普增恩赐，以表朕优恤关怀之意。你们同心协力，隘励忠义，速灭贼寇，朕不吝再加优尝，你们勉之！
康熙十五年（1676年）二月二十六日，康熙接见了图海，尝赐了珍贵的御用之物。然后，又为他举行了隆重的仪式，郑重地送他率师离京出征。
图海离京前后，陕甘的形势又加深了危机。四川的叛军正向巩县、秦州逼近。其中，吴之茂所率川军已临秦州城，屯兵于北山，阻断临巩的通道。二月二十五日，陕西提督王进宝会同“振武将军”佛尼勒等向北山的川军发动进攻。吴之茂率师迎战，竟被清军击败，吴之茂的总兵徐大仁被俘，4名总兵在作战中被杀，还有200多名参将、游击也都死于激烈的战斗之中。
三月初，王辅臣命令总兵官陈甲率步骑兵马1.5万多人，进犯灵州，命令总兵官李国良率领叛军8000人由靖宁来增援秦州。四月十六日，叛军万余人直犯通渭县，守城的清军弃城逃跑。自宁夏提督陈福被害后，叛军进攻宁夏，堡镇多被陷落。虽然各处的叛军进攻屡次得逞，但又屡次被清军击退，双方相持不下。而叛军的顽抗，却往往又把清军置于困难的境地。局势仍然是严重的。
三月十七日，图海率部抵达平凉。他首先向广大士兵宣读康熙奖励的旨意，颁发赏银、明军令、申约束，军威大振。康熙前后增调的清军会攻平凉，已达10万人马，全部环绕城外围困。
王辅臣以骁勇善战闻名，清军的将领都惧怕他，不敢轻易进兵。同时王辅臣也不把清军放在眼里，对10万清军的围困毫无惧色。有一次，他登城巡视防务，停在一处，举起一只脚，加一马鬣，斜着眼睛，望着城外密集的清军营垒，轻蔑地说：“这是什么能耐？姑缓其死，稍迟些日子，叫他们都尽了！”目空一切以至于此。
图海到达平凉后，各将领的勇气顿时倍增，纷纷请命攻城。但图海不同意，他说：“仁义之师，先招怀后攻伐。我奉灭威讨兹凶竖，无虑不克，顾念城中数10万生灵，无非朝廷赤子，遭贼劫至此，覆剿之下，杀贼必多。俟其向化归诚，以体圣主好生之德，不更美乎！”于是他放弃攻城，仅是围困不战，实行攻心诱降的策略。
在乎凉城北，有一座山冈，叫做虎山墩，登临山冈上，可以俯视全城。这地方十分重要，它是平凉通往西北粮道的咽喉。王辅臣部署了1万多名精兵护守这个山冈，用来保障平凉的安全。
图海严格的执行康熙的战略方针，先夺取虎山墩。他说：“此平凉咽喉，得此则饷道绝，城不攻自下矣。”随即率领大队人马攻虎山墩。叛军前面是步兵，后面为骑兵，布列火器换牌迎战，向清军冲来。战斗逐渐向墩上发展，叛军利用地形的优势，居高临下，清军逼迫往上仰攻。死伤累累。战斗相当激烈，清军不顾伤亡，步步进逼，从上午一直激战到中午，击杀叛军的总兵2人，兵士被杀的，跳崖死亡的，不计其数。图海命令军兵更替轮番进攻，终于以惨重的代价攻占了虎山墩。站在山墩上向下观望城中，一切都在掌握之中。清军把夺取的大炮和自带的重炮搬运到山冈上，向城中发射，城内的军民一片惊慌。图海趁城内的兵民惶惶不安之际，特派幕客周昌进城劝降。周昌自告奋勇冒死进城劝降，临进城之先，提出了一个要求：母亲孙氏以父死殉节，他愿以身许国，为母请旌。图海感其壮烈，当即同意，特授以参议道名义前去执行任务。王辅臣迫于势穷粮尽，听从了周昌的劝告，便派手下一员副将随周昌出城，面见图海，表示投降。图海派人驰报京师请示，康熙批准，颁发大赦令。六月六日，图海命周昌携带朝廷的赦诏，再次进城抚慰。六月七日，王辅臣派龚荣遇率领士民代表出城，向图海献出平凉城的军民名册，他的儿子王继贞和总兵等上缴吴三桂的扎付二纸、“平远大将军印”、“陕西东路总管将军印”各一颗及各扎文件。
王辅臣虽然已经降清，但是心里仍旧疑惧，不肯去面见图海。六月十三日，图海再次派周昌和他的侄子前锋侍卫保定一起进城，极力地安慰王辅臣，百般地劝说，清除他的疑惧，王辅臣为图海的诚意所感动，便于十五日出平凉城，亲自到图海的营帐，“叩头谢恩”，图海与辅臣“钻刀设誓，保其无它”。辅臣心悦诚服。王辅臣回到城中就剃了头发，表示彻底归降。图海命副都统吴丹入城招抚安定，秋毫无犯。平凉城围困日久，城中粮尽，兵民死亡累累，图海请命赈济。云南土司总兵陆道清等率所属兵士相继来降。
平凉归降的捷音飞报北京，康熙非常满意，对图海仅以半个月时间解决了平凉，消除了西北的战乱，倍加称赞。他对王辅臣父子仍旧采取了宽宏大量的态度，履行已许下的诺言，恢复了王辅臣的原来官职，加太子太保，提升为“靖寇将军”，命其“立功赎罪”，他的部下将吏也一律赦免。吴三桂派来助的同时投降的苗兵，康熙命他们回原籍，给予赏钱，与家人团聚，官员各加一级，从优升赏土司总兵陆道清为左都督兼太子太保，投诚的黄发寿，临时委任的参议道周昌升为布政使，“发往湖南招抚”。周昌的母亲也得到了旌表，遣官至祭，给银建场。
平凉归降，王辅臣接受招抚，使得陕甘的局势急转直下，所有的叛乱都迎刃而解。奉命前来与王辅臣会合的吴之茂闻讯平凉已破，就在六月二十六日夜晚，率部从秦州退却。“振武将军”佛尼勒、张勇、王进宝等统率满汉大军随后追剿，追到牲园大败吴军，再败叛军于西和山，给叛军毁灭性的打击，吴之茂仅有10余骑越山而逃。将军穆占也于六月二十七日进兵乐门，吴三桂的征西大将王屏藩逃跑，追到红崖，把他击败，恢复了礼县。王辅臣原任命的固原巡抚陈彭、庆阳总兵周养民、嘉峪关总兵王好问、关山副将孔萌雄等共率文武伪官900余员，兵丁4．8万余人相继降清。八月三日，张勇等攻取了阶州，叛军总兵陈友功等献城投降，四川的叛军被赶出省境，于是关陇平定，陕西只有汉中和兴安两地仍被叛军占据。清廷的西北威胁基本解除。康熙最关注的仍是湖南战场上的吴三桂，陕西剩下汉中、兴安两地的叛军不足为忧，他顾虑到攻取汉中、兴安运转粮饷艰难，因此命令暂停进攻。由图海率部去湖南征讨吴三桂。图海上疏，建议说，平凉等地，才刚刚平定，而人心未必都能安宁无事，若带精锐赴湖南，陕西空虚，惟恐人心再变。康熙回谕表示同意，将图海和王辅臣留镇陕西、严守各要隘，以前锋都统穆占佩带“征南将军印”率领陕西和河南两省的满汉各军前往荆州，助剿吴三桂。
平定王辅臣陕甘的叛乱，可以说，全赖张勇、王进宝、赵良栋三位汉将和广大的汉兵的力量。他们在西北战场上发挥了关键的作用。图海是满族将帅中难得的人才，他坚决执行康熙的作战方略，从实际情况出发，灵活的运用策略，跟汉将紧密地配合，保证了各战役的顺利进行。
清军在西北战场上取得完全胜利，它不仅解除了对清政府的重大威胁，而且更具有战略意义的是，它剪除了吴三桂在西北的羽翼，使他失去了一臂，顿时气势大挫。清政府很快地从西北战场脱身，调出西北的劲旅，开赴湖南战场，进一步加强了清军在湖南的军事进攻能力，从而加速了吴三桂的灭亡。
东南归降同其它战场一样，清军在东南战场也是进攻不力，跟耿精忠叛军的激战反复进行，呈现出相持不下的拉锯状态。在平定王辅臣陕甘叛乱后，这里的战斗仍在交替的继续进行，一时胜负难分，争夺十分激烈。
耿精忠叛清后，把整个福建据为已有，进而兵分三路出击：以总兵曾养性出东路，攻击浙江、陷温州、台州、处州等地；以总兵白显忠出西路，进攻江西、陷广信、建昌、饶州等地；以藩属都统马九玉出仙霞岭（在今福建、浙江、江西三省交界处）进攻浙江金华、衢州，并联络严州、微州“土寇”以壮声势。耿精忠的战略意图是，占领江西，跟湖南的吴三桂叛军连成一片；占领浙江，领有东南沿海地带，据长江下游地区，跟吴三桂所据长江中游地区成椅角之势。
康熙最为担心的是耿兵占据浙江、江西，与吴三桂合军，若此则难以剿除。但由于清军进攻不足，他先采取守势，派遣重兵严守各战略要地，堵截耿军，使之不能进入江、浙。他急命“平南将军”都统贝子赖塔赴浙江；“定南将军”希尔根赴江西，另以杭州、镇江的水师分防海口，阻断耿军北进与西进的道路。随后又命康亲王杰书为“奉命大将军”、贝子傅喇塔为“宁海将军”，赴浙江，共同防剿耿军。
从耿精忠康熙十三年三月叛清，到同年年底，连续攻占了江浙的20多个县城。清廷的援兵先后赶来，分占了南昌、杭州、衢州、吉安、袁州、九江、金华、广信、饶州、建昌、萍乡等各战略要地。双方就在这些据点以及附附近地区展开了激烈的争夺战，次数之多，规模之大，远远的超出西北战场。双方互有胜负，损失相当。清军没有能阻止住耿军进入江、浙，但却有效地挡住了它的猛烈进攻，致使耿军最终未能进入湖南省境。吴军东进占领了连接江西与湖南的江西省境的萍乡、吉安等要地，也未能达到与耿军会合的目的。
进入了康熙十四年，清军与耿军的交战有增无减，更激烈的战斗则集中在几个具有战略意义的据点附近反复进行。还在年前康熙已命令大将军康亲王杰书、将军希尔根分别由浙江、江西“作速进剿闽境”，命平南王尚可喜部队克复潮州后，即发兵救援固守在漳浦的海澄公黄芳度。黄芳度正受到台湾郑经的侍卫赵得胜的攻击。康熙为了防止郑氏在大陆立足，决定必须尽快平定福建。
清军摆出了直捣福建的姿势，除了坚守要地，已开始主动出击，目标是收复江浙失地。
在江西，吉安是一战略要地，耿军一直没有放弃对它的进攻，该郡的万安县，是“赣南水陆咽喉之地，贼寇出没靡常”，康熙十四年正月清军在西塘击败了叛军，又在诏口罗塘湾大败叛军。
二月间，清廷赣南总兵官刘进宝在黄土关，横岭两处击溃了耿军，收复了龙泉县（遂川）；这个郡的赣州，仍为耿军固守，清廷游击李天柱等分兵，在黄谭地方夹剿，斩杀2000余人，头领20多名。
四月间，招抚奉新、都昌、冷口、南湖、西湖等地的耿军头领91人，兵卒1．98万多人；招抚赣南的宝石塞叛军1．79万多人；又在铜鼓营、强山、余干、奉新、东乡等地招抚叛军头领97人，兵卒3．33万多人。
四月二十五日，安亲王岳乐率师进攻建昌县，路遇耿军在长兴县，双方展开了战斗。这次战争规模很大，以邵连登为统领的耿军有8万多兵马，分水陆迎战。岳乐与将军希尔根分别率领官兵和耿激战，最终耿军被击败，弃城逃跑；于是清军占据了建昌县，与此同时清军又收复了宁州。
这个期间，在浙江战场上，清军与耿军的争夺战也特别激烈。正月，驻守在龙游、蓝溪、寿昌三县交界的深山之中的耿军，在白马、黄塘源等处，被清军击败。同时清军又在下盛村、大堰头、仙洞源击败了耿军。清军的副都统马哈达，总兵李荣、陈世凯等大败耿属总兵徐尚朝，击毙耿军1000多人，乘机收复了永康、缙云两县。
差不多同时，清军在处州附近的桃花岭打了一个大胜仗。这个地方与缙云县逼近，是通往处州的要路，地势险要，易守难攻。耿精忠派属下总兵沙有祥驻守处州，据桃花岭险要设防，阻止清军前进。清军副都统马哈达、总兵官李荣等奉命前往攻取。战斗从上午一直进行到傍晚，清军奋勇剿杀，毁其栅木而入，当即招抚了耿军的游击张汉皋等将领，击杀耿军500多人，越过了桃花岭，乘胜攻克了处州。