康熙十四年十一月，安亲王岳乐为了进取长沙，巳进入准备阶段。他请求康熙调拨绿旗兵，非汉兵不能攻破吴三桂的险阻，又非红衣炮不能击破吴军的营垒。康熙满足了他的要求，把熟使火器的提督赵国诈兼统绿旗兵3000，和屯垦都督陈平率部2000，迅赴岳乐军前，准备参加长沙的攻城战。南怀仁监造的火炮轻便，易于运送，也同意他的要求，调拨20门火炮，护送到江西岳乐的军营中。康熙指示：不必等火炮运到，速由吉安，或袁州进兵长沙。康熙把进攻的矛头，首先指向了长沙，作为夺取湖南的第一大战役。为了保证这次战斗的胜利，他命令驻守在荆州和岳州地区的各军将领，要紧密配合，夹击长沙。同时要摆出进入岳州的架势，移兵逼近。如有机会可乘，亦并攻取岳州。他告诫诸将领，这次行动不得有误。他提醒他们，驻荆、岳将近二年，“粮费师老，并未得尺寸之地，坐失事机，罪不胜数”，如再不发兵和岳乐配合夹击，你们的罪过就更大了。
正当清军大举进攻长沙之时，顺承郡王勒尔锦又请增兵，再发禁旅每佐领5名，“便可渡江剿贼”。康熙十分生气，下诏斥责：勒尔一到荆州便屯兵不进，使吴兵从容得湖南。等清军齐聚，又不按期渡江，使吴军得以固守要害，进犯宜昌。究其根源，实由勒尔锦、参赞巴尔布、伊尔度齐、硕贷等耽误时日，不急于讨贼，以致叛乱蔓延。在此之前，勒尔锦要渡江击贼，已按请求增添了满州、蒙古兵数千，绿旗兵1万，仍“未得湖南尺寸之地”。现在又请增兵，是果真欲速灭贼寇吗？不过是希图开脱自己逗留不进的罪责罢了。最后，康熙解除了巴尔布、伊尔度齐、硕岱等人的对先职务，留任效力赎罪。
勒尔锦拜读此诏，惶惶不安。他已被康熙批评了数次，逼迫向康熙请求处分。转眼之间到了康熙十五年正月，康熙联想二年来屡次催勒尔锦各军渡江进兵，可就是不进。他看了勒尔锦的奏疏，不由得一阵气愤，再次严厉批评：“勒尔锦统领大军，进剿逆贼，二载有余，未获寸土，以致师老饷匮，坐失良机，今不直陈其罪，又巧饰具奏，殊为不合，应即处分。但见（现）在进兵，候旋师之日，严治其罪。”
战争一开始，康熙就派出大军迅速赶至荆州，扼吴军渡江。此后不厌其烦地指授方略，一再催促勒尔锦统率大军渡江，攻进岳州，夺据长江之险。康熙整整地喊了二年，勒尔锦等将领却以各种借口，按兵不动，致使吴军在湖南坚固了阵地，并能从容联络各方，掀起了更大范围的动乱，因而出现了清军和吴军夹江对峙的局面，这就延长了清军胜利到来的时间，吴三桂得以继续顽抗下去。
西北告捷正当荆州、岳州相对峙的时候，东西两个战场上的清军和叛军正在进行着激烈的战斗中。
在耿精忠、王辅臣先后发生叛变起兵后，吴三桂曾经试图应援，打通和耿、王的通道，使叛乱地区联成一片，迅速压缩对清军的包围圈。但是，康熙已看出吴三桂的战略意图，毫不迟缓地派出大军，分别在江西、浙江、陕西、甘肃等地阻击吴军，围剿耿、王叛军，最终使他们无法互相靠陇，分别把他们困在各自的独立战场，各个击破。
就东西两个战场来说，西部战场——陕甘地区，为西北边防的重地，又接近京城，对清政府安危尤为重要。因此对清廷构成严重威胁的道是王辅臣的叛军。所以在一定时间，康熙把注意力放在西部战场上，且以恩威并用、剿抚结合的方针，力图尽快扑灭王辅臣的叛乱。这对剪除吴三桂的羽翼、消除近在京城门户的威胁都具有重要的意义。
康熙十四年底，宁夏兵变，提督陈福被害后，陕西和甘肃的形势更趋严重。康熙认为，陕甘不能平定，主要是因为叛军占据的平凉未破，王辅臣未被灭除的缘故。故而当前最为要紧的是，攻取平凉，“断贼饷道”。早在七月里，康熙就已经明确指出：“底定全陕，惟在速取平凉，逆王辅臣一日不灭，则秦省百姓一日不安”。王辅臣是陕甘事乱的关键人物，实为“乱首”。康熙的策略是“擒贼先擒王，射人先射马”。只要把王辅臣灭除掉，其余的叛军就可以迎刃而解了。因此，陕甘的叛乱一发生，康熙就把抚剿的重点放平凉一地和王辅臣的身上，的确是抓住了解决西北战事的关键。
康熙在第一次对王辅臣招抚失败后，就决心以武力解决问题。他从陕甘全局出发，抓住几个战略地点，先后展开了用兵。康熙认为“欲平陕西诸寇，必先取秦州”，从而确定秦州为第一个战略攻击点。秦州（今甘肃的天水）位于兰州、巩昌（今甘肃陇西）、平凉、汉中等重要的战略要地之间，界近陕西。夺取秦州，从叛军中间突破，切断叛军的声息，在军事进攻上可以左右逢源，进退有据，使清军操有主动权。
秦州的城池坚固，要想攻破这座城，必须得用威力强大的红衣炮，康熙命都统海尔图等率兵护送红衣炮到秦州。康熙十四年三月四日，“定西大将军”多罗贝勒董（洞）鄂奉命率大军抵至秦州城下，并将此城包围。围困了半个月后，即四月二十日，从四川、平凉来援救的叛军1万多人，从包围圈外向清军展开攻击，而城内的叛军8000余人从城内向外蜂拥冲出，企图里应外合，夹攻围城的清军。清军分道迎战，击败叛军的进攻。稍后，双方又数次激战，叛军始终未能得逞。这时清总兵官孙思克奉命率部从巩昌来援，使清军的实力大增，本来已被打得惊慌不安的叛军，便陷入绝望而无心再战的混乱之中。城中的叛军总兵陈万策只好率兵民出城投降，叛将巴三纲等人逃走。来增援秦州的四川和平凉的叛军也急忙逃走。迟至闰五月三十日，清军收复了秦州。董鄂又遣“振武将军”佛尼勒、内大臣坤巴图鲁，总兵官孙思克追剿叛军，一直追到礼县（属甘肃）、西和（礼县东）等处，几经交锋，叛军都被击败，一举收复了秦州附近的孔县、清水、优羌（今革甘谷）、西和等诸县城。
秦州的收复，实现了康熙平定王辅臣叛乱的第一个战略目标，然后，他令一部分兵马开赴栈道，增缓汉中；一部分开赴平凉南的陇州（陕西的陇县）守卫；都统海尔图等护卫红衣炮，向平凉运送。
叛军失去了秦州，军心动荡不安，王辅臣深感恐惧，急忙率领其精锐和秦州溃败的部队收缩到平凉固守。除此之外，叛军还占据庆阳、定边、固原、延安、兰州等几个孤立据点。
在清军围困秦州的同时，别部的清军已向兰州、巩昌的叛军发动进攻。西宁总兵王进宝率部已于康熙十四年五月包围了兰州。兰州是“河西五郡咽喉”，叛军拼命地死守。一个月来，清军连营环攻，屡次将冲围的叛军打回城内，清军也遭受了重大损失。因粮道被切断，城内的叛军无粮可守，只好造木筏百余只，企图渡黄河逃跑。王进宝沿城外黄河岸设置了伏兵，击退了妄图逃跑的叛军。致此叛军已无力发动反攻。王进宝与布政按察使伊图乘机差官到城下，宣谕朝廷的招抚政策，许诺如果投降就可以赦免一切罪过，叛军走投无路，被逼放弃抵抗。六月二十七日，叛军的总兵官赵士升和原任布政按察使成额率城内的文武各官和兵士5000余人献城投降。
张勇所率的一部分清兵在王进宝攻取兰州的同时包围了巩昌。王辅臣认为巩昌地理位置极为重要，急速派遣副将任国治等率部3000人，由巩昌东门潜入城内援守。守城的叛军总兵陈科、郑元经等得到了增援，便率部6000人，分四门而出，直冲清军的大营。清军给予分头痛击，城上城下炮声隆隆，双方死伤惨重。叛军被俘近500人。清军游击张大选追至城下，被叛军的炮火击中死去。六月二十五日，“安西将军”穆占、总兵官孙思克抵达巩昌增援。清军聚集在巩昌城下，使用了招抚的策略，派遣已降清的陈万策、谢辉等人进入城内宣谕康熙的赦免诏书。叛军的总兵陈科等愿意接受招抚，率领部众出城投降，总计马步兵4900余人、民兵5600余人，安插城中的居民13．5万余人。清又收复了巩昌城。
继收复秦州、兰州、巩昌以后，清军的捷报频传：六月二十九日，“平逆将军”都统毕力克图进入延安，叛军溃逃。接着，恢复了延安府所属的肤施、保安、安塞、宜川、延长、安定等县。陕甘边境的重镇定边也于六月初收复。
康熙虽一再的严令西北各路将军加紧对叛军的军事进攻，但仍不放弃对王辅臣的招抚工作。他抓住了王辅臣畏罪不敢投降的心理，于七月又给王辅臣发去一道赦谕。分析了西北战场的形势，劝他归降。但王辅臣这时内心很矛盾，如果接受了招抚，又怕清廷事后变卦，心怀疑惧，迟迟的不敢投降。康熙督令：张勇、董鄂诸将乘胜连攻平凉，同时，尽快攻破固原，以便夹击平凉。
清军在西线战场，短期内取得了重大进展，攻取平凉，灭除王辅臣亦是指日可待的事了。不料情况又突然发生变化；兴安游击王可成等重又叛变，总兵官党塞与道臣兴永朝奔赴西安，将军席卜臣率部离汉中，不知去向。不久就得到了席卜臣的报告：因军粮告匮，被迫离汉中，于八月六日至西安。而且兴安的叛军已经和四川的叛军会合，攻陷了旧县关，即将逼至西安，南山“群盗”又分出各口。刚刚有了好转的形势，又逆转直下。
形势的突变，给清军进取平凉带来了不利的影响；康熙很是生气，下诏严厉的斥责陕西的总督哈占和各将领，他说：“辅臣被叛时，朕以兰州要地，关系“三边”，令哈占发兵镇守。哈占称：西安要地，不便分兵，致使兰州诸地沦陷，“三边”动摇。哈占又以西安重要，屡次请援兵，因而把荆州大军陆续调至西安，致使荆州、彝陵兵力单簿。朕以延安为诸路要冲，曾令鄂善、四川巡抚周有德等驻守，哈占又撒谎说鄂善等兵少，留之西安，致使延安陷落。哈占为封疆大臣，每当议事，不从全局一体筹划，但只顾自所在之地，常欲置之重兵以自卫，不求速定地方，贻误非小。今又称叛军与川寇联合，欲分诸将率部都开赴西安。哈占但知有西安，竟置其它于度外！
康熙在严厉批驳了哈占后，命令“诸将当益急攻平凉，勿得少缓”。为了保证攻取平凉，他令驻守在榆林的土默特、鄂尔多斯兵，“速赴西安”。
在康熙的严督下，董鄂、毕力克图，阿密达等部已于八月十五日抵达平凉。因兵力不足，围城不严。这时，王辅臣给董鄂去一封信，称：他曾派官员王起凤赴西安，谈判受降，已过两月，不见回来，因此士卒都很疑惧不敢降，董鄂为辅臣请命，请求朝廷再颁赦免诏书，遣还王起风，他就会倾心来降。康熙批评了董鄂不速率兵围攻平凉，专主招降，替辅臣求情。他指出了王辅臣的目的“诱我缓师”，诸将不要中其奸计。他要求各将“速行围城，务期剿灭”。至于王起风。可以遣还平凉。
董鄂等率清军到了平凉后，既未围城，也未进攻，而是离城远驻，静现形势而已。王辅臣见此情况，并未过于惊慌，相反，还派出部分兵马分别增援固原、庆阳等地的叛军。这两处的叛军兵力都很强，例如固原叛军就多达1万余人。王辅臣的增援，无疑的又加强了它的实力。特别是庆阳的叛军已接受清廷的招降，却又被王辅臣派遣增援的周养民部包围，重新夺了回来。
清军向平凉地区集结的消息，使吴三桂震惊，他先后派遣云贵少数民族士兵“猓猓数万到平凉助王辅臣”，命令四川的叛军应援平凉。于是王屏藩亲统大军进犯秦州，吴之芪率部出川，进屯平家和等处，谭弘以所部向平凉增援。还有兴安的叛军也进犯商州大峪口。
本来对清军很有利的形势，又陷入了被动的局面，这正象康熙所分析的情况，因为王辅臣未消灭，大军云集平凉，故而各路叛军乘机发动进攻，意在分散清军的兵力，来支缓王辅臣。从主观上看，康熙认为，董鄂到平凉日久，兵力不少，却“高坐不即攻取”，致使王辅臣敢于分兵援盈其他地方的叛军；由于清军集结平凉，又招致四川的叛军前来会战。如果及早地攻占了平凉，那么各路叛军也不会来增援，窥伺商州之计也不得施展，“陕西可无虑矣！”他质问董鄂：你们拥大军于平凉，“所司何事”？现在不敢攻取，“更待何时”？他又下了一道命令：赶快策划，“速取乎凉，剿除逆贼”。都统海尔图又节外生枝，声称：运炮的屯夫都逃路了，请求从京师调发熟悉火炮的满州军前来平凉。康熙接到报告后不胜恼怒，下旨斥责：董鄂对此事不置可否，只知照传他人请求，拖延时日，他下令解除海尔图的赞军职务，令董鄂仍遵前旨，速攻平凉。
康熙十四年九月二十三日，清军和平凉的叛军发生了一次战斗，王辅臣命令叛军出城，双方刚一接战，不料清军副将贾从哲、游击张以经忽然退缩，清军阵势惊乱，战斗失利，提督陈福等于二十八日退到灵州（今甘肃灵武）。康熙看了战报，提笔批示将贾、张二人就地斩首处死，并指示清军或攻取固原、或会合大军取平凉，视具体情况而定。十二月清军再次攻取平凉，攻克了第一关厢，距平凉城3里多，在南山屯营，想前进攻城，奈因沟深地险，难以下营，故平凉城未能攻克。康熙指示，叛军长据平凉，皆因有粮有恃无恐，如断其粮道：叛军自困。城西北通固原要路，你们要速断粮道以困之。