刘进忠把耿兵引进了广东，直接危及到广东的安全。尚可喜派次子都统尚之孝统兵征讨刘进忠，屡挫叛军。康熙十三年七月，先后收复了程乡、邻近福建的镇平（蕉岭）和邻近江西远（今平远附近）等县。尚军副都统尚之节自程乡间道入福建，沿途恢复了大埔县（广东大埔北），抵达三河坝，迅速逼近潮州。十月尚藩属下总兵官王国栋在潮州城下同刘进忠部与耿郑军的联军激战三战三捷。十一月，尚之节进兵潮州府，攻下东津笔架山、洗马桥等地方。巡抚刘秉权、王国栋等攻破潮州城南凤凰州木城2座、击毙都督金河臣等．歼灭叛军5000余人。副将何九衢恢复了潮州府的澄海县。
在尚可喜的总指挥下，尚之孝、尚之节和诸将连战连捷，刘进忠、耿精忠及台湾的郑军连连受挫。为此受到了清廷的特殊嘉奖，特命尚可喜进爵亲王。以此鼓励尚氏父子继续效力清廷，这对平定吴三桂的叛乱具有重要意义。
尽管尚可喜父子得到了清廷的特殊礼遇，更加拼力征剿。但是他的努力，并没有从根本上改善广东日益严重的局势，以刘进忠为首，在广东掀起的武装叛乱，使广东全省人心惶惶不安，流言四起，隐藏在山中的“土寇”，乘机煽乱，其中也不乏反抗清廷及地方官吏残暴的起义。广东处于极大不稳定状态之中，且大有蔓延之势。尚可喜调兵遣将，剿不胜剿。
广东的形势在继续恶化。尚之孝统兵围潮州，刘进忠负城顽抗，连战连败，如果清军能及时破城，是对平复全省的形势有利的。但是惊慌失措的刘进忠求救于台湾的郑经，郑氏派大将刘国轩、赵得胜、总兵何祜率众万余来救援。尚之孝因双方的兵马悬殊太大，无力对抗，于是退到普宁（今普宁北）。接着六月又有高州总兵祖泽清叛清投靠了吴三桂。招引来了广西的叛将马雄、董仲民、李廷栋、王洪勋，郭义等将官，并拥有兵马数万，连续攻陷雷、廉、德庆、开建、电白诸郡县，尚军屡战失利，叛军直抵新会、潮州。郑氏将军刘国轩与刘进忠二部合兵一处，又于春节前夕，攻破尚可喜的普宁大营，乘胜追至惠州的博罗。新会和博罗是广州的外围地区，叛军一举占领，使省城广州受到严重的威胁。
广东叛乱的蔓延，正向广州逼近，而尚可喜恰在病中，尚之孝又远在潮州，广州空虚，他焦虑煎熬，计无所以，向清廷连章告急，要求援兵，康熙先下令从江西兵中抽调精锐，由副都统额赫纳统领赶赴广东救援。此后又加派援军，令驻在山东桂州的部分骑兵和蒙古兵700名调赴江宁（今南京市），而现驻扎在江宁的每佐领骁骑兵1名、蒙古兵600名、以及驻扎在徽州、池州的满州兵和蒙古兵700名，总计约3000余兵马，数量不多，却是精锐，由“平寇将军”哈尔齐统帅驰赴广东，康熙并加严令：“如有稽迟，坐以失误军机之罪。”
康熙的谕旨还没到达广东，援兵也正在调遣中，广东的形势却进一步恶化。吴三桂调遣兵马加紧对广东进攻，矛头直指肇庆而逼临广州。肇广离广州不过200里左右，骑兵急驰不要一天就可以到达。尤其严重的是，尚藩所辖的总兵苗文秀、副将吴启镇、游击李有才等相继叛变，更加剧了广州危在旦夕的局面。吴三桂的意图，无非是一逼尚可喜投诚归顺，二是如果不降，就以武力解决，占领广东全省。能否夺取广东对他至关重要。因为广东邻接广西、湖南、福建三省，而吴兵已进至湖南，广东足以构成对吴三桂北进的后顾之忧，因此他急于拿下广东，志在必得。
由于刘进忠、祖泽清等重要将领的先后叛变，引来台湾郑氏的兵马和广西的叛军，吴三桂从中配合督战，在很短的时间内“粤东十郡，竟失其四。”而广州“省会一区，亡在目前，人情汹汹，俱无固志”。
吴三桂对尚可喜加紧了进攻，一面施加军事压力，目的是继续逼迫尚可喜投降；一面利用尚氏家族父子、兄弟之间的矛盾，派人游说尚之信，千方百计地收买他，引诱他投降。吴三桂答应他事成之后，封尚之信为王，世守广东。尚之信作为长子没能袭爵，所以很恼怒他的父亲，嫉妒弟弟尚之孝，一肚子怒气。但他又不想变节而降，负于三朝的重恩。但是在广州濒临绝望之际，处于困境的尚藩家族，要么全家自杀，或抗后城破而死，要么投降吴三桂。尚之信并不想死，认为死而无益，名为报国，实无益于国。他内心充满了矛盾。但是谋求王爵的虚荣心，又促使想借吴三桂的势力，夺取平南亲王的承袭权。
康熙十五年二月二十一日，尚之信在广州发动了兵变，炮击清兵的大营，派兵看守父亲的府第，外外封锁，接管了平南王的权利。并接受了吴三桂“招讨大将军”的伪号。两广总督金光祖、巡抚佟养钜、陈洪明也随着尚之信的“叛变”而投降了吴三桂。尚之信虽然叛清降吴，但是始终没有出兵对清军作战，吴三桂屡次催令甚至胁逼他出兵瘐岭，开辟新战场，同清军作战，可是他就是按兵不动，实在没法应付的时候，便出库金10万两佐叛军，以塞三桂口。他表面上天天饮酒，不问政事，藉以麻痹吴三桂“以安贼志”，吴三桂也认为尚之信酗酒无度，无大志而不以为意。
陕甘王辅臣激变吴三桂在云南发动叛乱的时候，迅速遣使各地，带着他的信和讨清檄文，约会他的旧部故交，同他一起行动。这中间还有平凉的王辅臣和甘肃的张勇。因为他俩都曾是他的部下，同时王辅臣、张勇都以骁勇善战称著。他们为人正直，忠于职守，为吴三桂所器重。吴三桂非常希望他们起兵，在西北开避新战场，可造成南北夹击清廷之势。这一形势对他将具有深远的政治和军事意义。因为王张实握西北地区的兵权，手下有强兵猛将，是二支特别能战斗的队伍，无疑将给吴三桂的叛军增添不可多得的生力军。不仅如此，王与张驻防的地方，都是战略要地和边防重镇。如果王、张二将在平凉、甘州起兵，一举可以控制西北，而出平凉，举足可以进入陕西和山西两省，迅速逼近清廷的心脏——北京，从而构成巨大的威胁，同时王、张的兵力足以牵制住清廷的大批兵力，吴三桂就可以在湖南从容攻城，而在东南沿海又有耿藩的兵马，这样一来就造成东西、南北夹攻清廷的有利态势，置清廷于不能自拔的绝境。
吴三桂满以为，凭自己往日对王、张的恩情，特别是对王辅臣的特殊礼遇，他们一定会闻风而动，听命于他。可以，他万没想到是，王、张无意从叛，而且予以坚决的拒绝。当王辅臣接到吴三桂派去的特使汪士荣递交的书信和任命扎时，没有犹豫，一刀切断他与吴三桂的个人感情的联系，立即命令属下拿住汪士荣，连同信扎，派他的儿子王继贞押解，星夜驰往北京。
王辅臣父子举发吴三桂的“逆书”，促使康熙对陕西方面警觉起来，十分重视这一地区的防务，他感到有必要派一位得力的大臣前去总揽一切事权，应付可能发生的紧急事变，他选中了刑部莫洛，授以全权，经略陕西。为了提高莫洛的地位，有利于统辖各个方面，号令专一，特加莫洛武莫殿大学士，仍以刑部尚书管兵部尚书事，兼都察院右副都御史，兼任陕西经略，赐以赦印。
陕西本来就有封疆大员，康熙却又置一经略，位在总督之上。实际上康熙是把莫洛当作他个人的代表派到陕西，行使着朝廷所赋予的最大权力。这表明康熙是多么重视陕西的防务。
尽管王辅臣父子向清廷表明态度，同吴三桂划清界限，却未能赢得康熙的完全信任。因为他知道王辅臣与吴三桂有过密的关系，他确信这种关系不会一下子断绝。康熙对王辅臣的不那么放心，这从他的军事部署和具体任命可以反映出来。
同年七月初，康熙单独给甘肃提督张勇发了一道指示：“秦省边陲重地，恐奸宄窃发，尔乃封疆大臣，朕所简任，可率所部总兵等官，固守地方，有为乱者，严行辑治，以副朕倚任股肱之意”。张勇任甘肃提督，却要让他关注陕西方面的情势，密授以方略，严防逆乱发生。尤其强调张勇是他亲自选任的，以示恩于他，表明皇帝对他的特殊信任。
对张勇如此，相反，对王辅臣却想法把他调离陕西。在对张勇发出上述密旨之前，康熙已命令辅导同将军席卜臣等赴荆州增援。后因情况有变，指示辅导不必再去荆州，或者随将军赫叶等进取四川保宁，或仍驻平凉，具体由莫洛酌遣。莫洛回奏，说四川“逆贼”正固守保宁，而广元所属百丈关诸处，有“贼众盘踞”，前往增援的兵力不足，拟将增擐的副都统吴国正和马一保的军队发往广元。
这时，突然发生了新的情况：叛军从三路来犯，已经包围了宁羌州（今陕西的宁强）。这个地方属陕西管辖，是清军入川的后路，康熙命令莫洛“速行救援”。正在保宁的莫洛得到命令，急速传令有关将领速援，先在宁羌州城外击败叛军，迫使他们撤围而逃。考虑到宁羌地关重要，康熙及时改变对王辅臣的命令，通知莫洛调遣副将雷继宗与王辅臣部固守宁羌诸处。就这样王辅臣没有去平凉，而到宁羌州驻守下来。
经略莫洛率师进征四川，在陕西的汉中与四川保宁交界的地区受阻。四川的叛军又攻占了七盘关与朝天关（两关在广元和宁羌州之间），切断了清军的饷道，驻广元的清廷援兵已缺饷二个月，屯聚略阳嘉陵江上的粮船被叛军夺去。粮饷不继，清军无法向前推进。而且处于很危险的境地。康熙急令：“定西大将军”贝勒额、经略莫洛、四川总督固有德、巡抚张德地速撤保宁的清兵，回师广元。要莫洛等人亲自殿后，以利原驻广元的清军安全的回汉中，固守阳平（宁羌西北略阳南）等处，歼除宁羌地区的叛军，“整顿士马，再图恢复”。
康熙十三年十二月初，莫洛率部至宁羌州，驻守南教场，与王辅臣兵营相距2里多路。初四日，王辅臣的标兵突然向莫洛的军营发起进攻，愤怒的呼喊，要粮饷，要好马，蜂拥而来。莫洛猝不及防，他的亲随满兵拼力抵抗，以雨点般的箭矢将乱兵射退。于是王辅臣亲自督战，再次猛冲，砲矢齐发，莫洛也出跑，挥兵反击，一颗鸟枪流弹飞来，正好命中莫洛，当即身死。莫洛所部章京、笔巾式和兵士多死于乱阵之中。
战斗结束后，莫洛的标和运粮兵仍有2000多人，均被王辅臣劝降。十二月七日王辅臣率叛兵自安羌州撤至沔县（今陕西勉县西侧）。又从沔县北上略阳驻守。定西大将军董额随莫洛之后，撤至沔县，得知王辅臣叛变，急忙退保汉中，迅速向清廷奏报。
康熙对王辅臣的叛变，十分震惊，急忙召见王辅臣在京的儿子王继贞，从容地对他说：“你不要害怕，朕知你父忠贞，决不至于做出谋反的事。大概是经略莫洛不善于调解和抚慰，才有平凉兵哗变，胁迫你父不得不从叛。你马上就回去，宣布朕的命令，你父无罪，杀经略莫洛，罪在众人。你父应竭力约束部下，破贼立功，朕赦免一切罪过，决不食言！”
康熙把王继贞放回，赦免其父的罪行，即已确定了对王辅臣的基本方针，力争招抚，和平解决。康熙深知，王辅臣的兵变，已对时局产生了重大影响，他甚至打算亲临荆州，指挥作战。可见这一事件的严重性，已直接危及了他的整个战略部署，事件很明显，陕西一乱，与四川叛军会合，北进中原，长驱北京，而清廷的兵马云集荆州，北方空虚，从而进一步地加剧了清廷的危机。
康熙在放走王继贞之后，又派遣科臣苏拜携带他的招抚谕旨前往陕西，会同总督哈占商酌，选择干练人员，或亲去辅臣处，或派他人代替，向王辅臣宣布朝廷旨意，招其归顺，并尽快“安抚乱兵”。与此同时康熙又在军事上严加防备。首先加强省会西安的兵力，“以保固秦省”。他把调往兴安等处的兵马改调到西安，令他们“星夜奔赴”，不得迟误。他犹感兵力不足，但“京师禁旅，遣发颇多”，已没有兵马可调，他决定再调蒙古兵。他指示兵部：“秦省重要”，令理藩院员外郎拉笃祜等3名官员速往鄂尔多斯调蒙古兵3500人，调归化城土默特兵700人皆赴西安驻守备征。至康熙十四年正月，归化城土默特二部、四子部落、毛（茂明安）、吴喇忒三部计七旗兵已放行，鄂尔多斯因天寒马瘦，先行备装，等候调拨。康熙很担心驻守广元（四川广元）、保宁的清军遭到王辅臣叛军的攻灭。为保证这支生力军安全地撤离，顺利撤至汉中，特遣派北京的八旗兵（每佐领3名），“速催起程”，赴西安协守。进驻西安的各支大军，酌置留兵守西安，其余全部赴定西大将军董鄂军前，接应广元、保宁的清军撤回汉中。
继上述指令发出之后，康熙发现陕西的兴安州（今安康）实为一战略要地，便对议政大臣等人说：“此地“西进汉中，北接潼关，东南直逼郧阳（湖北郧县），最为要地”。他迅速命令副都统穆舒浑、已任命为云贵的总督鄂善、副都统希福等率兵，包括增援的蒙兵，“驰赴兴安”，共同防守汉中各处的战略据点。