孙延岭的思想转变，又想归顺清廷，这事很快的就被吴三桂侦知，他密令从孙吴世琮赶赴桂林，将孙延岭除掉。吴世琮明里是来调解孙延岭与马雄之间矛盾的，使之讲和。吴世琮到了桂林后，没有进城，把所带官兵都安置在城外，派人进城请孙延皊前来议事。孙延岭不知是计，所以接到邀清后，就出城面见吴世琮。世琮敷衍了一阵，孙延岭也未疑心，他刚上马，吴世琮早已安排好的人，一使眼色，杀手趁孙延皊不注意，从背后一剑刺去，穿透前胸，延岭当即扑倒在地身亡。孔四贞善骑射，吴世琮对他很客气，不准部下伤害她，并把她和有关亲属都护送到昆明。吴世琮派他的属下将官李成栋留守桂林，而孙延皊的部众仍由孔有德旧部将领统辖。吴世琮又召见了被监禁的原广西巡抚马雄镇，转述吴三桂的旨意，好言劝他投降。马雄镇大骂反贼，宁死勿降，结果全家被吴世琮杀害。
吴三桂除掉了孙延岭，杀害了马雄镇一家，从而把广西全省置于他的直接控制之下，他解除了后顾之忧，便专力于湖南战场，同清军展开了战略争夺战。
靖南王东南易帜吴三桂发动叛乱时，康熙的注意力都集中在湖南、四川、陕西、江西诸省，他频频调兵遣将，意在加强这些地区的防御，而对福建方面还未注意，未发过一道指令。很显然，他未估计到福建方面可能出现不测事件。他大概认为，长期住在北京城的耿精忠，一来年轻，二来清廷给予他的恩蕙不少，料他还不至于挑起事端。事情确实出乎他的意料，正当他正在忙于上述地区的防御。康熙十三年三月，杭州将军图喇传来惊人的消息，耿精忠占据福建反叛。福建总督范承冀被幽禁、福建巡抚刘秉政从叛……
耿精忠是耿藩的第三代王，康熙十二年，他听清平南王尚可喜将撤藩回辽东，也被迫请求撤藩。吴三桂起后，康熙停撤平南和靖南两藩，仍命他镇守福建。吴三桂起兵，立了旗号，马上派人飞驰福建，呈上他的信，诱耿精忠共同起兵反清。本来，要求撤藩不是他的本意，福建是他利益的根本所在，关外对他来说，是完全陌生的异域之地，撤藩北返，无疑对他是一个严重的伤害。在撤藩问题上，他跟吴三桂有着共同的利。而吴三桂首先采取行动，向清廷撤藩表示坚决的抗争，这对耿精忠是一个极大的鼓舞，也就是说，吴三桂的行动，充分反映了耿精忠内心的情绪和愿望，代表了他的利益。所以说，吴三桂起兵，至少说耿精忠是同情者、支持者。更何况吴又约他起兵，更是一根导火线，点燃了他内心的不满之火。也可能是他准备不够，或者是看一看形势的变化再说。总之，他没有立即起兵，而是在吴三桂起兵四个月后，才采取行动。
耿精忠接受了吴三桂密约后，进行一番秘密的筹划。参与决策的有他的左翼总兵曾养性、右冀总兵江元勋、参领白显忠、徐万耀、蒋得、王振邦、王世瑜等人。耿精忠的母亲周氏知道了儿子的谋划，很是生气，多次责骂他，力图阻止他的胆大妄为。但是精忠根本听不进去，周氏气愤之极，绝食而亡。
康熙十三年三月十五日，耿精忠在福建宣布同清廷脱离关系，势不两立。
耿精忠属下诸将官都随他叛清，地方的大员也多投降，他把不愿和他从叛的福建的总督范承漠囚禁起来，就再无人敢反对他，若有不从的，马上就被处死。耿精忠大权在握，自称“总统天下兵马上将军”，比吴三桂自称“元帅”自低一格。他效法三桂，蓄发易衣冠，改穿明朝的服饰。自己铸钱，叫做“裕民通宝”。
耿精忠大封从叛的将领，以曾养性、白显忠、江元勋为将军；所属佐领黄国瑞、林芳孙、李似桂、廖廷云、护卫吕应计、夏季旺、陈斌、长史陈羲等一大批人，都加给新的职务，分授都督，总兵官等职。耿部的叛变，进一步加深了清政机的危机，康熙对此当机立断，迅速作出反映。一面削其王位，发通告致讨；一面派“定南将军”希尔根统领大兵由江西、“平南将军”赖塔由浙江、“平寇将军”根特巴图鲁由广乐等三路进剿福建。“耿精忠歼灭，在于旦夕”。另外又用力招抚，使他悔罪顺，他指示兵部，尽速“传谕耿精忠，果能追念累朝恩德及伊父忠荩遗言，革心悔祸，投诚自归，将侵犯内地海贼（指郑氏兵）速剿图功，即敕免前罪，视之如初”。
于是，兵部奏遣工部郎中周襄绪、原耿精忠属下一等护卫陈嘉猷携带康熙的诏书到福建，去招抚耿精忠；康熙又指示进剿福建的赖塔等将领，不要因为派人去招抚而延缓进兵，直至耿投降为止，如不降，就坚决消灭。耿精忠既然反叛了清廷，岂肯轻易投降！康熙派遣的周、陈二人到达福建后，就被耿精忠扣留，对清廷的招抚置之不理。
康熙对耿精忠采取了招抚与镇压的两手策略，他在派使臣去福建招抚的同时，已布置三路兵马进征福建，命浙江将军图喇驻杭州，兼防海疆。到耿属叛乱，全国的形势，已经是叛乱四起，清政府的兵力已是不够用，不得不调动北部边疆的宣府、山海关等处的兵马，以加强进剿福建的兵力。
正在康熙调集兵马征讨时，耿精忠已经开始了军事行动。他与吴三桂约定，双方配合作战，他主攻邻近的浙江、江西两省；跟广东潮州的总兵官刘进忠联络，命令他煸乱广东、广西；遣使渡海，约台湾的郑锦政权进攻大陆，许以福建两部沿海各郡邑割归郑氏政权；又向南取系琉球王国，索取军需，以为外援。耿精忠的这个战略方针，点燃了东南沿海的熊熊战火。他的兵马还没动，已向所属府州县和其它省份发出起兵的檄文，使福建全省顿时陷入混乱，且迅速的波及到邻近省浙江、江西、广东等省。地方守土的军政官员纷纷响应。从康熙十三年五月到年终，沿海各处叛变的消息不绝于清廷官方的报道。
五月，浙扛平阳兵变，总兵军蔡朝佐被擒；六月，浙江温州所属罗清营相继降精忠，黄岩（即黄岩，今属浙江）总兵官所属太平营亦变；七月，浙江嘉兴、湖州两府“土贼猖獗”；八月，江西饶州（鄱阳）营兵变，“贼势猖獗”；宁海、象山、新昌、余杭（均属浙江）四县“贼众蜂起”。
耿精忠叛清，为吴三桂开辟了东线的第二战场，形势变得对吴三桂更加有利。耿精忠的军事行动，首先是从福建省开始。他派曾养性、白显忠、江元勋等人为将，分别占据福建的中部和偏西北的延平（今南平）、邵武、福宁（今霞浦）、建宁、长州（今长汀）各战略要地。未进兵的地区凡檄文所到的地方，纷纷响应。在很短的时间内，福建全省都背叛了清廷，投降了耿精忠。
接着耿精忠出兵江西、浙江。他以白显忠为将出西路，政江西。白显忠派出部将李连、李太等进犯建昌（江西南城）、广信（江西上饶）等地。以马九玉为将，出仙霞岭中路，进攻浙江金华、衢州（今衢县）等地。又以藩下的都统曾养性率部万余人为东路，攻入浙江，专攻沿海地区。曾养性沈阳人，他是耿精忠叛清的主要参与和策划者之一。此人十分骁勇善战，深为耿精忠所依重。起兵时，封分为都督。他奉命攻入浙江，先至平阳，该城游击司定猷献城投诚，两处兵马合在一起渡飞云江，围攻瑞安。久攻不下，又转赴温州。温州守城的总兵官祖宏勋开城迎降。于是耿兵势大振，聚合兵丁10万，挥师北上直奔台州（今临海）地区，攻战了乐清，长驱直入到了天台、仙居，又北上攻取了绍兴府属嵊县。他联络了宁海、象山、新昌、余姚“土寇”，授于其首领鲁朝全、褚楚白等为总兵官、郝督，指使他们骚扰绍兴、宁波。他又分遣部众攻金华，自率一部攻取黄岩，该城守土的总兵官阿尔泰投降。他又西进到了常山，率兵2万，第二次进攻衢州。到康熙十四年初，曾养性横行浙江，攻势达到了顶点！清军不惜一切代价，与耿藩的叛军展开了激烈的争夺。
联郑联盟台湾的郑氏政权，从郑成功到他儿子郑经，一直坚持奉明朝年号，力图反攻大陆，恢复明朝政权，但是由于兵弱将微力不从心。正巧耿精忠起兵，很想借助郑氏政权的力量来壮大自己的势力，约他重返大陆，共同攻击清政府。郑经和他的谋臣非常高兴，把它看成是千载难逢的大好时机，便毫不迟疑地委派大臣冯国轩率领1万人马，渡海从福建沿海登陆，占据了漳州、海澄（海龙）、同安、绍安、泉州及建宁等处，有大小船100余只，驻守洛阳桥附近，招兵买马，号召当地的壮士入伍反清。
耿、郑联盟，时间只有几个月，就破裂了。原因是耿精忠以盟主自居，向郑经发号施令，封郑经为大将军，派人送去敕印。但郑经很不服气，说：“靖南王乃食清朝的俸禄，且系明朝的叛逆，为何封我郑经！”心中甚是恼怒。郑经以实力和领有的地盘，自然不肯屈足于耿精忠之下，何况耿为明朝的“叛逆”，而自己是堂堂正正的明朝的海中孤忠，岂肯受他的敕封，他自感受辱。他们之间又在是否尊奉明朝的问题上加剧了矛盾，以致闹到公开指责的地步。进据漳浦，海澄郑经的守将出示布告，在声讨清廷窃据中原的一段文字后，先赞吴三桂“隐忍滇黔，生聚训练，三十余年如一日，合千万姓为一家，静候天时，暗奉嗣立（指朱氏后裔），孤忠可鉴，大义不磨”。接着布告就指责耿精忠“建旗之后，”颁发命令，“俱称敕旨”，皆用皇家专用的黄绫，“从不遵大明正统”。他“妄自尊大”把我等视为“附唐”，“僭称尊号”，已可见其人之心！布告中还说，他们只“遵照吴王原檄布，中兴大义，惟郑王为监主，复我大明300余年之基业，澄清东南之半壁”。布告要求他们所占领的各邑郡文武官员士绅百姓要“同恩水木本源，共作王家柱石”。
布告反映了台湾郑氏的政权的基本立场，声明不再与耿精忠合作，只愿与吴三桂联合，共扶明后，恢复明朝的基业。可能限于当时的交通不便，郑氏政权还不知吴三桂已无意复明的确切消息。耿精忠很提心郑兵和清军的夹攻，便求吴三桂的帮助。吴三桂从他的利益考虑，当然不希他们之间互相攻击，就派孔曾钱点到福建做两家的和解工作。但在这时，郑氏已经知道了吴三桂的政治意图，已开始对吴不满，郑氏大将刘国轩说：“吾家在海外数十年，称奉明号，今吴号‘周’，耿称‘甲寅’。所以我带兵来是要攻你们俩家的。如你们归正奉明号，我不难进镇江，上南京，否则你们两家都我的敌国。”因吴、郑、耿各持一端，各有企图，政治目标不统一，这就在反清的阵营中出现了不可调和的原则分歧，这个分歧，最终导致了他们的彻底失败。
正当叛乱集团内部矛盾日益尖锐的时候，清廷方面都加紧了对耿藩的军事进攻。从康熙十三年七月后，清军在江西、浙江战场开始取得进展，不仅顶住了耿军韵进攻，连连取得了胜利，而且还收复了一些失地。虽如此清军还没有从根本上扭转战局。
从双方的战斗中，可以看出耿军的战斗力也很强，它借助于军队数量上的优势和各地的响应，使它还能和强大的八旗兵周旋，败而复来，清国剿不胜剿，故而短期内不能有明显的收效。为此，康熙指示康亲王杰书说：“浙江贼寇，在在窃发，骚扰地方，皆由耿逆未天之故，若剿除耿逆，则小丑自灭。”他要杰书等将领，“或固守金华诸处，由仙霞岭、分水关入闵；或固守杭州、衢州，从金华进克温（州）、处（州）。平定浙江，剿天闵贼，听大将军酌量速行。
由于耿军在同清军的反复争夺中，实力有所消耗，军需物资供应不足。而清廷对耿精忠又采取了一面不放松军事上的进攻，一面又加紧做招抚工作，所以耿军和清军在江西、浙江战场处于拉剧的形势。
尚之信广东叛清三藩中，已有吴、耿两藩先后叛乱，唯有平南王尚可喜镇守广东按兵不动。在吴三桂起兵的时候，就分别遣使到福建、广东，策动两藩同反。吴三桂非常需要他们的支持，有了他们的参加，他将如虎添翼，就可以横行天下。他知道，清廷撤藩，伤害了他们的共同利益，所以他相信，在这个问题上，他们三家的想法是一致的。他万万没有料到，尚可喜断然拒绝参加叛乱。康熙十三年四月，他把吴三桂的来使和约他起兵的“逆书”一并解往北京，报告给清廷。在广西孙延岭、福建的耿精忠公开叛乱后，尚可喜再次向朝廷表明态度，跟他们划清界限。
广东位于广西和福建之间，北与湖南江西相邻。孙延岭、耿精忠已叛，而吴三桂的兵马又集结湖南境内，这就使尚藩处于叛乱势力的包围之中。当他得知吴三桂派遣2万人马屯扎黄沙河时，立即向清廷报告，如果“孙吴二逆合兵一处，则势益猖獗”，他请求就近调援兵，速来广东会同他一起剿灭“孙逆”。
在尚可喜的支持下，广东的局势还维持着稳定。可是，事隔不久，广东潮州（今潮安）总兵官刘进忠于康熙十三年四月二十日公开举兵叛清。刘进忠跟耿精忠早已建立了密切的关系，一听说耿藩有变，就先派心腹杨峁震赴福州，与耿精忠联络，以献潮州土地为条件，给他将军的名号。精忠大喜，立即答应。于是，刘进忠就在潮州城内密谋发动叛乱。密谋被驻在城内续顺公沈端侦道，就与游击李成功、张善继密商对付刘进忠的办法。四月二十日双方爆发了武装冲突，在城内展开了巷战，沈端兵败被浮，李成功等被杀，耿精忠已派漳浦总兵刘炎统兵应援，二十三日刘进忠把福建的兵马引进了潮州城，兵势大振，精忠授刘进忠为“宁粤将军”。