南明鲁王和唐王为争权而内讧，从而为清军提供了可乘之机。清军征南大将军博洛得知鲁王军西征，江防空虚之后，便于五月二十日在长江北岸调集各路大军，一面用火炮轰击南岸明军，一面伺机渡江。钱塘守军方国安见势不妙，加上营中的锅灶被清军火炮击中，十分恐惧，认为“此天夺我食也，我自归唐王耳尸便于二十七日夜挟鲁王逃往台州，明军江防阵地不攻自破。清军乘天旱水浅，抢渡钱塘江，一举攻破绍兴。方国安望风而降，鲁王则在张名振的保护下仓皇下海南逃。鲁王政权所属的温州、台州、金华等地相继落入清军之手，因此这个政权存在不过一年就跨台了，鲁王已经是有名无实的了。
鲁王逃离浙江前往福建。拥戴鲁王的钱肃乐、张名振、张煌言等，也招集旧部，重整军旅，继续战斗。1647年6月，钱肃乐、郑彩等联络福建各地义军围攻福州，并先后收复了建宁、邵武、兴化三府和福宁州，以及连江、长乐、莆田、闽清等27个县，一时声势大振，鲁王被拥戴进驻福州。清廷加紧了对福建的军事进攻，与此同进，鲁王的重臣郑彩擅权自恣，排斥异己，谋杀大臣，闹得四分五裂，致使所复州县很快又被清军尽数夺去，鲁王失去了在福建的根据地，无奈又移驻舟山，在张名振等支持下，占据舟山岛以为继续抗清的基地。
张名振、张煌言曾屡次兴师北伐，进军吴淞，给清军以很大的威胁和打击。顺治七年，浙闽督陈锦向清廷提出进攻舟山的建议，正巧这时鲁王政权发生危机，总统水陆两师的张名振突然袭杀统领陆师的王朝先，王的余部将张济明等1000余人降清，从而使“舟山虚实尽泄”，于是清军决定出兵舟山。顺治八年（1651年）八月，清军初袭舟山失利，清将陈锦利用明军的麻痹轻敌思想，决定由“定海，台区及苏松三路同时进师”。陈锦率清军主力利用海上的大雾作掩护。“扬帆誓师，齐出定关”。而守卫舟山的明军水师统领阮俊统水师防御在其它两路，定海一路防守最为薄弱，而清军恰恰选中了这一路作为突破口，结果阮俊率军苦战，兵败被俘，不屈而死。清军不等明军其它两路相会，便大举进攻，分兵登陆。明军顽强抵抗，双方战斗异常激烈，各有伤亡。清军调集火炮，猛轰城墙，城内守军防不胜防，加上火药告急，使清军破城而入。顽强抵抗到底的明军，以及城内百姓，与清军博斗，或英勇战死，或“发火自焚，阖城尽成灰烬”。鲁王因随张名振、张煌言率军袭击吴淞而离开了舟山，故侥幸逃脱。舟山一战，清军虽以优势兵力和突袭手段取得了攻占舟山的胜利，但却付出了伤亡千余名官兵的惨重代价。舟山之战让清朝统治者认识到江南各地人民的顽强抗战和不屈不挠的精神，他们承认，“我军南下所不易拔者，江阴、泾县合舟山而三耳”。
舟山被清军攻破后，张名振、张煌言等于1651年护鲁王漂海南下金门，投奔郑成功以寻求安身之地。1653年（顺治十年）鲁王除去监国名号，其部将张煌言等与郑成功联合起来，继续进行抗清斗争，但作为一个独立的抗清政权早已名存实亡。鲁王本人于康熙元年（1662年）死于台湾。
清灭隆武政权的战争以明唐王朱聿键为首的隆武政权在建立的时间上距南京弘光政权的覆灭不过一个月，与绍兴的鲁王政权几乎是同时建立起来的。但隆武政权却与其它两个政权在政策上有明显的不同。这不仅是因为朱聿键是位具有民族气节，励精图治的政治家，更重要的是，他出任监国时已是“清逼武林，人目无志。贼臣有屈膝之议，举国同蒙面之羞”，面临着严重的民族危机，可谓受命于危难之时。
唐王朱聿键是明太祖朱元璋的九世孙，在崇祯末年农民起义四起之时，朱聿键请求授权于己，在地方上招募乡勇，以效尊攘，却被奸臣污陷以谋叛罪而囚于南京。在高墙里几乎与世隔绝，朱聿键日夜读书，博古通令，才思敏捷。而且他性格稳重，与人坦诚相处。直到清军进占北京之后，朱聿键才脱离高墙之囚。1645年当弘光政权陷落后，唐王抱愤南下，在嘉禾遇苏观生及抗清义军，“观生说以大计，请称尊以收人心，图恢复”。于是在顺治二年闰六月七日，几乎与鲁王在绍兴监国的同时，朱聿键在福建军阀郑芝龙、郑鸿逵、明尚书黄道周、明故辅蒋德璟、黄景昉等拥戴下，在福州称监国，二十七日即帝位，改元隆武。设六部九卿。
隆武政权在建立之初，对抗清事业做过统筹安排，俨若有一番作为。这个政权诉宗旨是抵御满洲贵族的进犯，恢复汉族地主阶级的政权，这一点从唐王在所封勋臣名号上就可见一斑：如郑芝龙进封为平夷侯，郑鸿逵进封为定清侯，方国安为靖夷伯，黄蜚为靖虏伯，黄斌卿为肃虏伯，等等。不久，唐王下令斩杀了前来招抚的清使马徐厂，以示与满清水火不容。然后唐王政权敕谕文武臣民曰：“朕今痛念祖陵，痛惜百姓，狂彝汗我宗庙，害我子孙，淫掠薙头，如在水火。朕今诛清使旌忠臣外，誓择于八月十八日午时朕亲统御营中军平夷侯郑芝龙、御营左先锋定清侯郑鸿逵统帅6师，御驾亲征”。“时内外文武济济，然后饷战守机宜，俱郑芝龙为政”。芝龙与诸将议定：以建宁（府治在今福建瓯）、天兴（福建福州）、延平（府治在今福建南平）、兴化（府治在今福建莆田）为上游，以汀州（府治在今福建长汀）、邵武、漳州、泉州为下游，各设巡抚，分区布防，而以仙霞关（位于今浙江汇山县南，是浙、闽交界处的要隘）为防御重点，派兵10万分别把守于关内外170处要道。另外加紧训练10万精兵于明春出关，北上伐清，一出浙江，一出江西。隆武皇帝树起的抗清大旗，固然是为民恢复朱明王朝为代表的汉族地主阶级政权，但这种誓死抗清的政策客观上与当时广大汉族人民的愿望相符合，尽管唐王在其发布的诏谕里对农民军仍不会诬蔑之辞，但形势已迫使他由弘光朝廷所奉行的联合清兵镇压农民起义的政策改为争取农民共同抗清的政策。当大顺军将领李过、郝摇旗等与隆武的将领何腾蛟、瞿式耜达成合营抗清协议之时，唐王大喜，一再加以奖谕，并给李过、郝摇旗等封爵授官。李自成的妻子高氏由于支持李过联明抗清，隆武帝、后也大加赞赏。同时唐王还敕谕正在四川的阁部王应熊“善视摇黄诸寇”，“俾为我用”，力图把农民军纳入他重建汉族地主阶级统治的轨道。唐王的政策得到了江南各地义军的欢迎，他们纷纷表示拥护唐王抗清。
当唐王政权建立之初，除领有福建、两广、云贵之外、还兼有安徽、江西、湖广的一部分土地。但唐王政府的军政大权完全掌握在郑芝龙之手，郑芝龙本无意抗清，他之所以拥立唐王，只不过是借其旗号为己争权夺利。郑芝龙又名一官，福建泉州南安县人，原是海盗头子，以后接受明朝招抗，官至都督总兵官，拥兵达二三十万之多，又把持着海外贸易，往来于日本和南洋的商船必须经过他的许可，交纳一定的税款方可通行，郑芝龙因此成为福建最大的地方实力派，“一门声势，煊赫南天”。郑芝龙借筹措军饷为名，大肆搜刮公私钱粮，“令抚按以下皆捐俸助饷，官助之外有绅助，绅助之外有大户助。又借征次年钱粮，又察括府县库存银未解者，厘毫皆解。不足，又大鬻官爵”。当大江南北义军开展艰苦的抗清斗争之时，郑芝龙精兵利器，马肥粮足，却按兵不发，“坐山观虎斗”。因此隆武政权内部同样十分腐朽，实际上无所作为，纵然有黄道周、张家玉这样一意想恢复明朝天下的谋臣，也无济于事。大学士黄道周“素与郑芝龙不协，每事抵牾”，见芝龙把持朝政，每以缺饷为由拒不发兵，气愤不过，身为隆武政权的首辅，首请募义勇出征，督师北伐。“隆武命芝龙助之资，芝龙不与一钱，隆武准给空札百函而已”。黄道周随行时仅有四五个秀才，离福州经延平、建宁至崇安，沿途募得义兵4600余人，皆为流民乡勇，毫无战争经验，其间黄道周又数次上疏请助军饷，均遭芝龙拒绝。十月初一，黄道周率军出闽入江西，分兵三路与清军激战，因为孤军深入而危急万分，请求救援，但郑芝龙仍按兵不救。最后，黄道周义愤填膺，铤而走险，孤军深入婺源，途中中了清军的诱敌之计，兵败被俘，解至南京，不屈而死。
郑芝龙首鼠两端，一面暗中与清军勾结，一面又密表于鲁王，表示“唐非吾愿，唯鲁东西”，因而当唐王与鲁王为争正统而兵戎相见时，郑芝龙又拒绝出兵讨伐鲁王。当清兵攻占了绍兴，鲁王政权跨台之后，唐王政权便暴露在清军面前。清军进入浙江和江西后，逐渐向福建进逼。郑氏兄弟迫于内外形势的压力，虽派兵驻守在仙霞岭各个关口，但却采取了消极的防御措施，或中途停兵候饷，或不战而逃。唐王朱聿键如梦初醒，看到郑芝龙难以依靠，决定以亲征为名，入湖广依靠总兵何腾蛟及抗清义军，力图重新打开抗清局面，于是唐王从福州移驻延平。清廷早知郑芝龙对隆武政权怀有二心，于是派驻南京负责招抚江南明降将的洪承畴，以同乡关系写信诱降郑芝成，许以王爵，总督两广。郑芝龙喜出望外，与洪承畴暗通声息，有“遇官兵撤官兵，遇水师撤水师，倾心贵朝”的许诺。果然，顾治三年八月，当清征南大将军博洛指挥清军由衢州（今浙江衢县）、广信（今江西上饶县），进入福建时，郑芝龙卖主求荣，“阴受洪承畴约款，托言海寇，驰还安平，尽撤关隘水陆诸防，仙霞岭虚无人”，致使清军如入无人之境，清军兵不血刃直入建宁，并迅速攻占福州。唐王狼狈逃至汀州（长汀），被清军俘杀。隆武政权的文官武将，或逃或降，未作有效的抵抗。郑芝龙不听从儿子郑成功的苦心劝告，剃发降清，被押往北京。福建很快落入清军之手，隆武政权宣告灭亡。郑芝龙以款附清朝，邀功求赏，得到的回答是：“兵未至而先附，我何所取重于将军？”在治顺十八年（1661年）郑芝龙被处死，落得可怜又可耻的下场。
1646年底（顺治三年）。由明官僚苏观生等拥立隆武聿键之弟聿，在广州称帝，年号绍武。苏观生奉唐王朱聿键之命率军前往江西，当黄道周部战败之后，苏观生率兵返回广州，开始与原明兵部侍郎陈子壮、汤来贺以及当地乡绅王应华、关捷先等会议，拟请唐王从福州迁往广州，却未料福州很快就被清军占领，唐王被杀。然而这个绍武政权不仅从未抗击过清军，反而为了争夺帝统，和永历政权火并撕杀。驻于肇庆的永历政权派给事中彭耀前来广州，与绍武政权疏通关系，聿却派人杀死了彭耀，并派兵部侍郎汤来贺致书肇庆诸臣，警告说“让为上，和次之，战最下矣”，不久派兵攻打肇庆，永历政权猝不急防被打败，绍武政权由此而得意洋洋，放松了对广州的防守。1647年1月清军以迅雷不及掩耳之势攻陷了广州，清将李成栋率17骑过关斩将，杀死绍武帝，苏观生自缢而死。存在不到40天的绍武政权只是昙花一现。
清灭永历政权的战争清军占领江南和东南沿海的广大地区以后，1646年（清顺治三年）9月，又以优势兵力向广东西南腹地发动进攻，马不停蹄，企图一举消灭西南的抗清武装。
隆武政权灭亡之后，南明诸臣不甘失败，经过仓猝筹划，在广东很快又出现两个均以正统自居的南明政权，它们都成立于1646年12月，一个是隆武帝的四弟唐王朱聿在广州的绍武政权，一个是明神宗万历的嫡孙桂王朱由榔在肇庆（今广东高要）的永历政权。在强敌面前，两个弱小的南明政权本身就不堪一击，它们却仍与当年的鲁王与唐王的政权一样，为争帝统而同室操戈，互相削弱，结果清军乘机而入，先占广州，灭亡了仅存在40余天的绍武政权。清军随即由总督佟养甲、总兵李成栋统领向肇庆方向前进。
永历政权由明两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜、湖广总督何腾蛟等拥立，准备坚持抗清斗争。桂王政权虽然内部矛盾重重，腐败不堪，但由于先后得到了大顺军和大西军的支持，所以在所有南明政权中，坚持的时间最长，抗清的力量也最强，然而这个政权却始终没有固定的根据地，颠沛流离，四处转移，既反映了抗清斗争的日益艰难，又说明了明朝遗老遗少“反清复明”的愿望正归于破灭。
其时，虽然已处于清军的四面包围之中，但永历政权仍保有两广、湖南和云、贵、川西南腹地，北有大顺、大西两支农民军为屏障，“兵力人情俱有可为”，“中兴”还是有一线希望的。但这个政权从一开始就存在着诸多问题，清军的步步紧逼又使得它没有喘息之机。桂王朱由榔懦弱寡断，贪生怕死，苟且偷安，昏庸腐朽，实非拔乱之才，而是一个闻警即逃的皇帝。由于南明疆域日益缩小，明廷大批旧臣，如宦官头子王珅、锦衣卫头子马吉翔和流泯军阀刘承胤、官僚刘仙客等均相继麇集于朝，永历帝大权旁落，毫无作为。宦官权臣，相互倾轧，矛盾重重。因此，党争、混乱、因循苟安的特点比闽浙政权尤为突出，只是在抗清较为坚决的何腾蛟、瞿式癞、堵胤锡、郑成功等的拥护和支持下，特别是在大顺农民军和大西农民军的支持下，永历政权得以苟延残喘，维持了十五六年之久。