清军从天长、六合长驱而来，其先头部队于四月十五日左右到达扬州西北的竹园，大部清军则于四月十八日前后陆续到达城外，在城北20里处扎营布阵，并夺得300多只民船顺水直逼扬州城下，只因红衣大炮未至，多铎派泗州降将李遇春入城劝降，史可法站在西门城门上怒斥叛贼，守城官兵众箭齐发，吓得李遇春抱头鼠窜，多铎后来数次招降史可法，均遭拒绝。多铎在诱降失败之后，命令加紧围城，把史可法在城外的驻军全部逼入城内，缩入了包围圈。史可法急令总兵李栖凤监军，令副使高岐凤扎营城外，作为援应，自率刘肇基登城阅兵以鼓土气。只见城外清兵如汪洋大海般将孤城扬州围在中间。史可法一声号令，守城官兵炮弹石矢，飞向城下乌压压的清兵。清兵仗着人多，前边的被打死打伤，后面的又往上涌来。这样相持了两昼夜。刘肇基献策，建议利用城内高地之优势，决淮河之水灌入敌营，然后背城一战。史可法认为“民为贵，社稷次之。敌军未必丧亡，准扬先成鱼鳖，于心何忍？”他不忍决堤害及百姓，也不同意开城出击，因为敌强我弱，野战必败，只有固守城池等待后援才是上策。
多铎清军接连攻城已达数日，清军伤亡无数，而扬州城依然傲立。多锋恼羞成怒，到四月二十二日，已把扬州新旧两城围得水泄不通。加上从六合、仪真方向赶来的清兵铁骑5万，围城清军已达15万人之多。南京城的弘光帝惶惶不可终日，召见群臣，有大臣提出“准扬最急”，应立即调兵增援，并加强南京的防御，不应该再撤去二镇江防兵去对付左良玉。然而抱定“宁可君臣皆死于清，不可死于良玉之手”的马士英，狂妄之极，对着满朝文武嗔目大呼：“有议守淮者斩”，吓得连傀儡皇帝也不敢吭声，于是史可法的“血疏告急”被冷落在一边，无人过问。真是“朋党势成，门户大起，清兵之事，置之蔑闻”。在这种生死关头，一些怯懦的将领临阵叛变降清。就在二十二日，进城才一天的总兵李栖凤和高岐凤二将试图以武力挟持史可法出降，被史可法严辞拒绝之后，这两个叛将于夜半时分带本部4000余人马并掠走了川将胡尚友和卦尚良的部分兵马，投降清营。当时，李、高握有扬州城中近半数的兵力，如果史可法以其叛变之名加以镇乱，势必造成内乱，导致清军趁乱而入城。所以史可法只得“听之不禁”，眼睁睁地看着叛军出城投敌而奈何不得。
李、高的哗变，一度使城中军心有所动摇。从二十四日夜开始，清军开始用火炮猛攻扬州城，史可法指挥守军顽强紧守，双方死伤众多。史可法料知城孤援绝，终难持久，于是又以血书力劝弘光帝去谗远色，勉力图存，又写信寄与父母妻儿，不谈家事，只嘱咐死后最好能葬在高祖皇帝（朱元璋）陵之一侧，否则就葬于扬州梅花岭！其精忠报国之心，感天动地，可歌可泣！到了第七天，城内的炮弹矢石已所剩无几。史可法集合全体守城官兵，做最后的战前动员。要求全体守军一致努力，严密防守，挠乱人心者军法治罪！然而中军官两次传渝，士兵们都一声不响。士兵们已陷于绝望之地，史可法痛心疾首，失声痛哭，据说中军官取火照明，只见史可法双眼滴血，战袍上已是血泪斑斑，士兵们终于被感动，于是史可法下令把所剩不多的守军分成三部分：一部分迎敌，一部分守城，一部分巡查，并且宣布了临阵军令：“上阵不利，守城！守城不利，巷战！巷战不利，短接！短接不利，自尽！”士兵们齐声应和，喊声震天，决心要与清军奋战到底。
扬州城的百姓也自觉组织参战守城，男女老幼四处搜集砖石、石灰，赶制刀箭，甚至拆掉了家中的木捧、门板用以加固城墙。全城军民同仇敌慨，团结一心，决心与扬州城共存亡。
扬州新旧两城共有13座城门，其中旧城西门的城墙比较低矮，容易被清军突破。西城门之外是一块长满树林的土丘，为明朝阁臣李春芳之墓。此前守军曾力主砍除树木以防敌隐蔽，然而史可法拘守礼法没有答应，自己率兵亲守西门。果然，清军的红衣大炮（按：原称“红夷大炮”，最初由红头发的荷兰人传到中国，故称“红夷”，清统治者忌讳“夷”字改称为“红衣大炮”）就架在树林之中。四月二十五日，多铎下令发起总攻，从四面向城内环攻，而西门的攻势最猛，清军人数也最多。史可法下令开炮还击，多铎大怒，命用红衣大炮连续猛轰，炮声如雷，隆隆不绝，硝烟滚滚，遮天蔽日，西门城楼不一会儿就陷入火海之中。清军趁机架起云梯爬城。城内军民向清军投掷砖石，如同飞蝗骤雨。城墙西北角终于被轰开，城外清军一拥而上，于是两方人马短兵相接。守城农民奔向缺口，挺身相迎，与清军展开内博战，只见刀光剑影一片，地上则血流成河。两下激战许久，城内外尸如山积，清军践尸入城，西门终于被攻破。其它各门，军民仍在浴血奋战。刘肇基率余部400勇士与清军展开激烈的巷战，在杀死数千名清军之后，全都英勇牺牲。
史可法见清兵已入城，肇基阵亡，大势已去，迅即拔剑自刎，他要实践自己定的军令。众人夺去利剑将史可法紧紧抱住，一起簇拥着他转向小东门，后又向南门突围，不幸被清军俘获。面对清军的威逼利诱，史可法誓死不屈。多铎说“君不见洪承畴乎，降则富贵”，史可法大义凛然回答说“城存与存，城亡与亡，我头可断，而志不可屈”！多铎不死心，又令清将宜尔顿继续诱降达三天之久，史可法始终不屈不挠，最后惨遭杀害，清将宜尔顿以薄棺收殓。史可法壮烈殉国时，年仅44岁。
史可法被杀后，他的部属仍在苦战之中。庄子固部下700人，以“赤心报国”为旗号，无不格斗而死。副将马应魁，每战披白甲，书“尽忠报国”于背，以巷战死。还有将官乙邦才、楼挺、江云龙等都战死在沙场。总督淮扬的卫胤文，城破投水而死。史可法部下文武官吏壮烈殉难的在200人以上。多铎攻破扬州，死了数千人，付出了惨重代价。清军进城后，又时时刻刻遭到城中军民的伏击，清军在扬州遇到了自入关以来最顽强的抵抗！为此，清军十分痛恨扬州军民的反抗，多铎为了对扬州人民进行报复，下令屠城，剑子手们在10天内屠杀了几十万无辜的百姓！清军的这一暴行就是历史上有名的“扬州十日”大屠杀惨案。
清军血洗扬州之后，多铎令士兵搜集民间竹木家俱赶制木筏火把，“昏夜乘风放入江中，顺流而下，火光彻天。南兵见之，谓清师济江，遂大发炮击之。然风顺水急，愈击愈下，久之，炮几尽，王乃从七里港渡江”，占领南京的门户镇江。弘光帝连夜逃出南京，夺路奔往芜湖，投总兵黄得功庇护。当时，南明政权尚有20余万兵力，但由于朝廷的腐败，各路将士都无心防守，有意降清。当清军进攻时，明军一触即溃，纷纷逃窜如鸟兽散，南明守将郑鸿逵、郑采率水师经海路逃回福建，监军御史杨文和巡抚霍达逃往苏州。南明武装的基本力量，如左良玉（已死）的儿子左梦庚、刘泽清、刘良佐和高杰（已死）的余部，这时都已投靠清朝。顺治二年五月十五日（1645年6月8日），清军兵不血刃开进南京城，以忻城伯赵之龙为首的南明文武官员向清军投降。清军继续追捕福王朱由崧，已降清的刘良佐乘机抓住弘光帝，押回南京，成立仅一年的弘光政权就此宣告灭亡。明朝遗民张岱曾说过：“弘光痴如刘禅，淫过隋炀，更有马士英为之颠覆典型，阮大铖为之锨翻铁案。一年之内，贪财好杀，殢酒宣淫，诸凡亡国之事，真能集其大成。”清军攻占南京之后，接着由常州、无锡直取苏州。不久兵临杭州城下，逃避在杭州的明潞王常涝（崇祯帝的叔父）开城投降，然后在绍兴的瑞王、惠王等明朝宗室，也纷纷举表投降。清廷内外则一片欢呼之声：“金陵归顺，福王就擒，统之业已成！”清廷改南京为江南省，应天府为扛宁府，派八旗重兵驻守南京，降清的一大批明朝遗老遗少，“文武百官，争趋朝贺，职名红揭，堆至五尺者十数堆”。清廷于是任命江宁、安庆巡抚以下降官373人，作为其在江南统治的基础，然后继续挥兵南下，扫荡南方各地的抗清武装和明朝残余势力。
§§§第五节 昙花一现南明诸朝无力回天
清军入关，在1年多时间里，打败了李自成的农民起义军，摧毁了南明弘光政权，席卷了半个中国，随着清军向前推进，国内的民族矛盾特别是满汉之间的矛盾迅速上升，从而在江南各地出现了大大小小的抗清武装，也使濒于覆灭的明王朝残余势力得到了复苏。南明弘光政权由于腐败和内部纷争，理所当然地迅速灭亡了。接着清军的进攻矛头指向浙、赣、闽、粤东南地区，江南各地抗清武装斗争风起云涌。汉族地主阶级及其知识分子标榜“君亲之尊”、“华夷之防”，打着恢复“大明江山”的旗号，披发跌足，奔走呼号，激扬民族感情，一度成为满清贵族统一中国的障碍。但满清贵族建立大一统的帝国已是大势所趋，所以南明政权的抵抗是注定要失败的。
清灭鲁王政权的战争鲁王朱以海是明太祖朱元璋的第十世孙。崇祯十七年（1644年）春嗣鲁王位。清军占领北京之后，明宗室落魄南逃，四月在南京建立的弘光政权令鲁王从山东移驻台州（今浙江临海）。顺治二年六月，弘光政权灭亡之后，潞王朱常涝在杭州称监国仅三天就开城降清。这样在七月，在抗清义军、故明官吏、缙绅钱肃乐等的扶持下，鲁王朱以海在绍兴称监国，重新建立起反清复明的政权。
当时，鲁王政权以浙东为基地，以钱塘江为天然防线，分兵驻守。唐王政权控制着浙东绍兴、宁波、温州、台州等地，拥有浙中抗清义师和驻守浙江的明总兵方安国、王之仁的部队。然而妨碍鲁王政权积极抗清的主要原因是它的政治腐败。当时，军阀专横，外戚宦官当权，把持有限的兵饷财源。因鲁王辖地地侠兵众，饷制不一，各不统属，难以一致抗清，真正抗清出力的士兵和“义师”得不到粮饷。正如钱肃乐所说：“竭小民之膏血，不足供藩镇之一吸，合藩镇之兵马，不足卫小民之一发。”同时，鲁王政权又与随后在福建建立的唐王政权争夺皇位继承权，内外矛盾重重，更无心抗清。
聚集在鲁王政权旗下的各路力量大致有：兵部尚书张国维起兵于东阳，刑部员外郎钱肃乐起兵于鄞（县），总兵王之仁起兵于定海，黄斌遣将自舟山，张名振兵自石浦，沈荃、冯无飗则在慈溪起兵响应，一时，鲁王政权声势颇大，兵部尚书张国维提出“克期会战，则彼出此入，我有休番之逸，而攻坚捣虚，人无接应之暇，此为胜算。必连诸帅之心化为一心，然后使人人之功罪，视为一人之功罪”。鲁王采纳了他的主张，于是张国维联合方国安、王之仁、钱肃乐、熊汝霖等诸营官兵和义军，“为持久计”，划钱塘江而防御。但总兵王之仁对此举颇为不满，他认为张国维胸无大志，上疏说：“事起日，人人有直取黄龙之志，乃一败后遽欲以钱塘为鸿沟，天下事何忍言！”王之仁的话有一定的道理。由于清军南下，凶残成性，一反当初以“义师”自诩，以“勿杀无辜，勿掠财物，勿焚庐舍”的诺言，不分青红皂白地屠戮汉族人民，演出了一幕幕“扬州十日”等惨绝人寰的大悲剧，征服者的凶残嘴脸暴露无遗，由此激起了江南人民对满清统治者的切齿痛恨。浙江人民怒不可遏，依凭着钱塘江天险，坚持抗击并打退了清军的进攻。当时，一个住在附近的外国传教士说：“如果他们追过江去，也许会收复省城和其它城镇，但他们没有继续发展胜利，只满足于……，在南岸设置防线同鞑靼军队（清军）对垒，鞑靼远征军就这样被阻挡了整整一年”。但是清军此时已是今非昔比的了，鲁王政权连隔江自保都难以保证，又哪会有出兵江北，收复失地的打算呢？
顺治三年三月初一日，清军大举进犯，水师驱船开入钱塘江水域，张国维急令王之仁率水师在江上迎敌。时值江面上东南风大起，清兵逆水缓慢而来，王之仁率水师乘风扬帆迎战，清军抵挡不住，船翻人亡，乱作一团，只好收兵退回杭州。鲁王政权刚抵御了清兵来犯，又与福建的唐王政权为争帝统而互为水火，互争真伪，唐、鲁两个政权，本是叔侄关系，又大敌当前，同样面临强敌压境的危急关头，本应联合抗清，以图生存。但由于两个政权都操纵在各自地方军阀手中，全然不顾大局，他们都力图以拥立明王政权而揽权和借抗清之名而中饱私囊，所以反对闽浙联合，甚至兵戎相见。张国维甚至说过：“今日复有以和闽为言者，臣立剑斩之”。结果，“鲁王既斩闽使，恐闽发兵，又见清兵困守杭州，坚不可破，遂定议抽兵属国维西征”。