弘光政权的腐败与偷安李自成攻克北京和崇祯皇帝吊死煤山的消息传到南京，因北方农民军强大而南逃的明宗室以及明朝的文武官员惊恐万状。为保住江南半壁江山，继续与农民军对抗，南京的明朝残余势力聚集在一起，商议择君以定南都，然后誓师北上。结果出现了拥潞王和拥福王之争。最后马士英恃势逼史可法等人同意立福王朱由崧为帝。1644年6月（清顺治元年，明崇祯十七年），由马士英、史可法等奉明福王朱由崧监国于南京，不久即皇帝位，年号弘光。弘光政权是明末大官僚军阀派系斗争的产物。以“讨贼”复仇”为宗旨。弘光王朝当时拥有相当庞大的兵力，总兵左良立、左梦庚父子率领二三十万大军驻扎武汉；总兵刘泽清、刘良佐、高杰、黄得功等四镇，拥有兵力三四十万，驻扎在江淮一带。在河北、山东、河南、四川等地还有一些明朝的残余势力，一边继续与农民起义军为敌，一面打起了弘光年号，有的则编入了南明朝廷军队系统，拜官封爵。这近百万的南明弘光军队，矛头首先是对准农民的，并没有把清军入关作为主要威胁，因为当时清统治者打着“为尔等复君父仇”的旗号，进驻北京后，把全部兵力投入镇压农民军的战争之中，而对南明王朝则暂作妥协姿态，从而麻痹了南明王朝，并减少了来自汉族官僚的反对。弘光政权是明朝大军阀大官僚派系斗争妥协的产物，它本身依靠着几个对立的军事集团而存在。一边是以镇压农民起义起家的左良玉集团，盘踞在长江中游的武汉一带，另一边是江北四镇的高、黄、二刘横行于江淮之间。每个军阀各有地盘，各有军权，相互争夺，鱼肉百姓。如扛北四镇“所在兵民相角，……民以兵为贼，兵以民为叛”。弘光政权的各个军阀集团存在着不可调和的矛盾，他们争权夺利，互相攻击，势如水火。各派都主张用全力扑灭农民军，而寄希望于和清朝实行妥协。唯有兵部尚书史可法提出大政措施，“迅即召用天下名流，以救国人之心”，不以偏安江南一席之地为满足，而必须“养成气力，恢复神京，澄清关陕，以归全盛”。就是要驱逐占领北京的清兵，收复中原故土，剿灭退守山西、陕西的李自成领导的农民军，以报“君父之仇”。这是史可法力图复兴明王朝的两条方针大计。史可法要求驱逐清兵，是符合当时南北广大人民群众要求的，而且从史可法执政时的实际情况看，“复故土以光祖业”也是有可能的。就当时南明的国土来说，还拥有黄河以南广大地区，黄河以北也未被清兵全部占领，而且还有一二百万的兵力，而清兵满汉八旗最初也只有数10万人。况且弘光政权以南京为都，战既可战，守更可守。因此史可法根据“从古守江者必先守淮，守淮者必先守河”的经验，敦促弘光政权在军事上进行了一系列的部署，提出“江北与‘贼’接垠，遂为冲区，议设四镇，分辖其地”。于是甫明政权在江北设立了四镇：“刘泽清镇淮、海，驻淮安，所属十一州县，经理山东一带招讨事；高杰镇徐、泗，驻泅水（按：或泗州，今安徽泗县），所属十一州县，经理河南、河北、开（封）、归（法）一带招讨事；刘良佐镇凤（阳）、寿（县），驻寿州或临睢，所属九州县，经理河南陈、许一带招讨事；黄得功镇滁（州）、和（州），驻滁（州）、庐（州）或池（州）、和（州），所属十州县，经理各镇援剿事”。每镇驻兵二三万，各设监军1员，各地州县有司和军民皆听节制和统摄，兵马钱粮自行征取。史可法以督师地位坐镇扬州，居中调遣。此外，又令宁南侯左良玉驻武昌，防守长江中游。总兵郑鸿逵、吴志葵守江、吴淞，并照北京旧例，改定南京营制，加强留都防御力量。弘光政权以四镇作军事据点，以屏障南京。确定如果农民军“在河北，则各镇合力协防淮徐”，“在河南，则各镇协守泗、凤”；“在河北、河南并犯，则各镇严严固守”的战略，然后整装北伐，以期完成扑灭农民起义的“中兴大业”。这一战略布署如果能顺利执行，各镇相互配合，或许能使弘光政权多延续些时间。然而四镇总兵骄横虐民，名义上归史可法节制，实则是马士英的羽翼，对吏可法的军令阳奉阴违。四总兵闻听扬州繁华多美女，虽各有驻地却不甘寂寞，争入扬州，彼此兵戎相见，史可法多方劝解才避免了一场内战。史可法原为弘光政权中的东阁大学士兼兵部尚书，主持朝政。但他目睹福王的无能和腐败以及权臣之间的尔虞我诈，自请前往江北督师，退出朝政（实际上是被马士英之流排挤出朝），顾全大局，另谋救亡图存的出路。史可法从就任首辅到被挤出国都，还不到半个月的功夫。这十多天只是弘光王朝的回光返照。弘光政权奸臣当道，注定了它灭亡的命运。
弘光政权虽然统治着全国最富裕的地区，并拥有近百万的军队，而且据有江河天堑，但由于坚持维护明朝的腐朽统治，在清军入关定都北京后，庸懦无能，苟且偷安，仍然把农民军当成主要敌人，阴谋勾结清兵消灭农民军后，再向清朝割地求和，偏安江左，故而始终没把清军当作主要威胁而加以防范。
清兵占领北京之后，起初并没有统一全国的战略计划。以摄政王多尔衮等为首的满州贵族的最高统治者对于汉族居住的广大地区还知之不多，因此他们只是从眼前出发，想在华北地区尽可能地多占领一些地方。据记载，多尔衮刚入北京，就下令为崇祯举哀三日。然后薙发改制，“薙发令下，有言其不便者曰：‘南人薙发，不得归。远近闻风惊畏，非一统之策也’。九王曰：‘何言一统？但得寸则寸，得尺则尺耳”。多尔衮颁诏江南，摆出一付吊民伐罪的架势，大骂李自成起义军，自夸功德，对新建于南京的弘光政权也是未置可否。诏书中说：“深痛尔明朝嫡胤无遗，势孤难立，用移我大清宅此北土。厉兵秣马，必歼丑类，以清万邦。非有富天下之心，实为救中国之计。咨尔河北、河南、江淮诸勋旧大臣，节铖将吏及布衣豪杰之怀忠慕义者，或世受国恩，或新膺主眷，或自矢从王，皆怀故国之悲，孰无雪耻之愿。予皆不吝封爵，特予旌扬。其有不忘明室，辅立贤藩，戳力同心，共保江左者，理亦宜然，予不汝禁。但当通和讲好，不负本朝，彼怀继绝之恩，以惊睦邻之谊。”然后多尔衮又强调说：“若国无成主，人怀二心，或假立愚弱，实肆跋扈之邪谋；或阳附本朝，阴行草窃之奸宄。斯皆民之蟊贼，国之寇仇。俟予克定三秦，即移师南讨，殪彼鲸鲵，必无遗种。于戏，顺逆易判，勉忠臣义士之心；南北何殊，同皇天后土之养。布告天下，咸使闻知。”诏书的措辞具有很大的伸缩性，清统治者一方面统治暂限于河北、河南以及长江以北的扛淮地区，示意“不忘明室”的南方汉族地主可以“辅立贤藩”，“共保江左”。另一方面又设下种种借口，以便一旦条件成熟时，就可以宣布江左政权并非明朝的“贤藩”，而是“民之蟊贼，国之寇仇”，则“移师南讨”就师出有名了。
由于黄河流域饱受农民起义打击的汉族地主纷纷投靠清朝，并为满清贵族出谋划策，所以以多尔衮为主的满清贵族野心急剧澎胀。原明朝的顺天巡抚宋权颇受清廷赏识，首献治平三策，说“四海可传檄而定”。原明朝御史柳寅乐也在甲申六月上言，“时已届秋，庙堂宜早定大计。今日事势莫急于西贼，欲图西贼，必调蒙古以入三边，举大兵以收晋豫，使贼腹背受敌。又须先扼蜀汉之路，决策定东南之局”。这样，满清贵族开始窥测江南。清朝统治者看到南明王朝的腐败无能，更坚定了消灭南明王朝的决心。但从当时的局势出发，清统治者对南明暂作妥协姿态，在策略上随机应变，制造和谈与偏安的幻想以麻痹南明统治者，这样南明王朝更寄希望与清朝政府实行妥协，以便携手剿杀农民起义军。1644年7月初，当吴三桂勾结清军入关并击败李自成农民的消息传到南京时，南明统治者急忙晋封已经降清的吴三桂为蓟国公，甚至还准备从海运输米10万石，酬劳他“借”清军之力击败农民军的“功劳”。七月间，当听说占据北京的多尔衮扬言“且天下者，非一人之天下”，宣示清朝要夺取全国统治权的野心时，弘光政权不敢分辩，仅向河北、山东颁发“诏书”，以示南明小朝廷的存在，“以安中外臣民之心”，根本不敢与清朝公开对抗。最初因形势不明朗，力量有限，而且民族矛盾比较尖锐突出，所以清王朝对南明政权“不忘明室、辅立贤藩”的政治野心采取了暂时容忍的态度，甚至打着“为尔等复君父仇”的旗号，愿意与南明“通好讲和”。但同时又发明警告，如胆敢与清对抗，清兵将在“克定三秦”之后移师南讨。8月间，弘光政权派出和谈使臣赴京，携带黄金1000两，白银10万两，并以割地、岁纳白银10万两等为条件，乞求清军不要南下，并建议采取联合行动进攻农民军。
9月初，正当史可法大体做好调停四镇纷争的工作，并着手筹建河防时，收到了清朝摄政王多尔衮写来的警告信，信中称清朝“国家之抚定燕京，乃得之于闯贼，非取之于明国也。贼毁明朝之庙主，辱及先人，我国家不惮征缮之劳，悉索敝赋，代为雪耻”，“闯贼李自成称兵犯阙，荼毒君亲，中国臣民不闻加一矢；平西王吴三桂界在东陲，独效包胥之哭。朝廷感其忠义，念累世之夙好，弃近日之小嫌，妥整貔貅，驱除枭境。入京之日，首崇怀宗帝后谥号，卜葬山陵，悉如典礼，亲郡王将军以下一仍故封，不加改削，勋戚文武诸臣咸在朝列，恩礼有加。耕市不惊，秋毫无扰。方拟秋高气爽，遣将西征，传檄江南，连兵河朔，陈师鞠旅，戮力同心，报乃君国之仇，彰我朝廷之德。”“兹乃逆贼稽诛，王师暂息，遂欲雄据江南，坐享渔人之利，揆诸情理，岂可谓平！……今若拥号称尊，便是天有二日，俨为敌国”，清兵将暂停对农民军的追剿，“简西行之锐，转旆东征”，“兵行在即，可西可东，南国安危，在此一举”。多尔衮的信无异于是最后通谍，明确提出要福王“削号归藩”，从根本上否定弘光政权的合法存在。然而信中的“同以讨贼为心”对南明王朝又充满了巨大的诱惑，是史可法等梦寐以求的。于是史可法复信多尔衮，开具全衔，“大明督师兵部尚书兼东阁大学士史可法顿首谨启大清国摄政卫殿下”，郑重代表弘光政权表态，“本朝传世十六，正统相承，自治冠带之族，继绝存亡，仁风遐被，”“今上非他，神宗子孙，光宗犹子，而大行皇帝之兄也。名正言顺，天与人归”。贵国“若乘我国运中微，一旦视同割据，转欲移师东下……亦甚违殿下仗义扶危之初志矣，”今逆贼未伏天诛，“伏乞坚同仇之谊，全始经之德，合师进讨，问罪秦中，共枭贼逆之头，以泄敷天之忿。”史可法的拒降信态度鲜明，义正辞严，既没有妥协也没有后退，表现了民族正气。但此时史可法对清王朝还存在着一丝幻想，公开向清朝提出联合灭“寇”，表现出他对农民军的仇视，希望历史上的“回纥助唐、平安史之乱、契丹和守”消四世兵患的故事重演。然而多尔衮灭明之心已定，拒而不见南明使团，并于10月25日，以江南“擅立福王”为由，命多铎率兵南征。11月下旬，史可法得知与清朝议和破裂的消息，对清的态度才有了清醒的认识和彻底的转变。
史可法是南明弘光的政权中最有声望的人，但是战略眼光有限。直到顺治元年十月（1644年）确信议和失败，清朝已调兵南征之后，才被迫放弃与清朝“连兵西讨”农民军的幻想，意识到清军乃南明王朝最危险的敌人，于是重新提出了“讨贼御敌。以图恢复”的战略方针。史可法坚持“安内乃攘外之本”的立场，认为“贼一日不灭，敌一日不退”，“两者必转而相合，先向东南，宗社安危，决于此日”。所以，他虽有“西征北御”的思想，但实际上仍把“专力讨贼”放在首位，而丧失了进攻清军的机会。因为当清军主力西征李自成之时，其内兵力空虚，明军若能乘虚而入，出兵袭击山东、河北，威胁北京，将使清军陷于两面作战的困境。但是南明王朝按兵不动，希望借清军之屠刀剿杀李自成的农民军，以坐收渔人之利。这样就给清军提供了先西后东，从容不迫，各个击破的机会。
弘光政权建立之初，似乎还有些朝气，但史可法等正直官员被排斥出南京之后，朝廷大权落在阉党马士英、阮大铖等人之手，“兵骄饷绌，文恬武嬉，顿成暮气”，史可法“受命督师，无日不以国事为念”。比起四镇的不听节制、清摄政王多尔衮的咄咄逼人宋，南京小朝廷的日益腐败更让史可法忧心忡忡，他一次次地上疏苦谏。据不完全统计，在不到一年的时间里，他上疏达20次之多，每次提笔上疏时，都忍不住因忧国忧民而“呜咽不自胜，幕下士皆为饮泣”。然而史可法面对日益腐败的南明小朝廷和日益逼进的南下清军，已无回天之力。马阮一伙祸国殃民，结成死党，注定了南明必然灭亡的命运，给史可法抗清造成无法摆脱的困难。