明清之际，在赣、湘边界的广袤山区里，来自福建和广东的穷苦流浪者，“搭棚居住，种麻、种菁、开炉、煽铁、造纸、做茹为业。谓之棚民”。实际上在此之前的数百年中，赣、湘边界的绵延群山里就已经出现了棚民的足迹。棚民们流落异乡，政治上受压迫，经济上受剥削，文化上受歧视，过着一种“其居如鹿豕，其人即牛羊”的悲惨生活。早在明朝崇祯十五年（1642年），江西袁州府（今宜春县）就爆过天井窝棚民起义。因此，当清军进入江西境内以后，袁州、吉安、南安、赣州、广信等府的棚民再次揭竿而起，“兵至则深藏木谷，兵退则肆行攻劫”，机动灵活地打击清军。
顺治五年（1648年），朱益吾首次领导和发动了棚民起义，失利后，即率军进入棚民众多，地势险要的三关九图，在宜春县境内的石子塘一带安营扎寨，作为反清的根据地。因此朱溢吾又被清朝统治者称为“宜春棚寇”，朱益吾擅长拳术，他在种麻糊口之余，召集棚民练习拳术，进行反清的组织和宣传活动，朱益吾由此被推举为“棚民客长”。清军多次进攻棚民起义的根据地，而义军战士和棚民群众则“阳为归顺，阴伺伺隙，客匿奸灾，潜通消息”。棚民起义由公开的反清活动转入地下的秘密活动。顺治十六年（1657年），南明招讨大元帅郑成功亲率水陆大军北伐，攻打南京。江西棚民欢欣鼓舞，在朱益吾的带领下，棚民义军再次高举反清犬旗，举事于袁州府城，与郑军遥相呼应。然而当郑成功军北伐失败之后，棚军义军再次陷于孤立，很快被清军击溃。然而朱益吾仍不屈不挠，继续从事反清斗争。等到康熙初年清廷陷于三藩之乱的困扰之中，朱益吾认为时机有利，在三关九图重新组织了声势浩大的棚民武装起义。朱益吾亲率义军数万人“首先攻万（载），洗掳一月有余”。但义军在进军袁州府城的途中，受到清廷新任袁州镇总兵赵应全部的突袭，义军伤亡惨重，朱益吾只好带余部退回三关九图。清军穷追不舍，赵应全派守备陈素纶、干总金明俊统领马步兵数千人与朱益吾在山区展开激战，义军处处失利，朱益吾不幸阵亡。余部义军在朱永盛、黄乃忠等带领下继续与清军血战，接连取得了破浏阳，捣醴陵，三占万载，三陷新昌，攻破吉安等辉煌战绩。清廷调集重兵，疯狂镇压，成千上万的义军将士惨遭杀戮，千家万户的棚民被强行驱逐出袁州府山区。于是，到康熙十七年（1678年），朱益吾领导的棚民起义最终被清军镇压下去。朱益吾是清初棚民起义的重要首领，在席卷全国的反清斗争浪潮中，朱益吾多次发动和组织了赣西棚民的武装起义，坚持反清斗争20余年，沉重打击了清廷的高压政策，极大地鼓舞了其它地区人民的反清斗争。
清顺治十一年（1654年），湖南红头军的反清起义进入高潮。桂阳（湖南汝城县）人王宗早在顺治五年起，就聚众5000余名，头裹红头巾，号称“红头军”，占据了桂阳，开始反清斗争。红头军先后攻占了桂阳附近的光宁（湖南资兴县）、桂东等地，在浏阳地区灵活地打击清军的势力。红头军还与川、鄂的姚、黄十三家义军以及广东南明的抗清势力相呼应，多次挫败清军的进攻。武冈人王国桂也率众响应，出没于湘、粤间。红头军打击清军，保护乡民，逐渐发展到万余人，先后攻占了武冈、城步（湖南城步县）、宝庆（湖南邵阳市）等地，杀劫官吏，救济百姓，民众多归附红头军。顺治十一年春，红头军转战于兴宁四面山区（湖南桂东县西），因奸细的出卖，被清军围困于八面山的一个洞穴里，伤亡惨重，红头军将领王宗战死。但起义军余部又在赖龙的带领下继续抗击清军，并向江西撤退，结果被江西总督马国桂率领的湘、赣军合力围攻。起义军寡不敌众而陷入重围，赖龙牺牲，红巾军将士坚持战斗。最后被清军镇压。
两广云贵等地人民的抗清起义随着清军在江南和东南沿海地区的节节胜利，南方各族人民的抗清斗争迅速开展，赣、浙、闽、粤等地人民起义遥相呼应，此起彼伏，成为清朝对全国实行有效统治的最大障碍。
1657年（清顺治十四年），在赣、浙、闽三省交界处爆发了以魏福贤为首的农民起义，他们依据仙霉、武夷山等天险，抗击清军的进一步南下，坚持抗清前后达10多年，有力地配合了南明郑成功的抗清斗争，被清军认为是“三省十年来之大患”，到1658年，由于魏福贤战死，起义队伍不久就溃败了。
清军进占福建后，抗清斗争立即遍攻福建的八闽地区：即福州、兴化、建宁、延平、汀州、邵武、泉州、漳州，尤其漳、泉、汀一带，人民起义与南明政权的抗清相互配合，清统治者大惊失色，认为“闽省遍地皆‘贼’”。
广东恩平县的农民王兴聚众抗清，与南明政权相联络，率义军迅速攻占了阳江、阳春、恩平、开平四县，声威大振。顺治十一年九月，王兴又率军与李定国军配合作战，攻克了广东新会。清将尚可喜率3万重兵前来围攻农民军，王兴与清军在顺抬十三年（1656年）春相持了三个月，誓死抗清。到了第二年夏，清将尚可喜乘广东一带灾荒严重，农民军陷入困境之时，再次纠集10万大军前往围剿，从水陆两路合攻王兴军的根据地文安寨。王兴率将士们不屈不挠，坚持抗战达13个月之久，多次击溃清军的进攻，最后因弹尽粮绝，王兴全家自杀，起义队伍随之溃败。
在福建长汀，出现了以女豪杰（姓名不详）为首的农民起义。1657年起义军以宗教相号召，占据左龙坊为根据地，武装抗清，最后被清军镇压。
在广西、湖南交界处，顺治十年（1653年）就活跃着瑶族、僮族等少数民族的抗清队伍。在王心的带领下，起义军以富川（广西富钟）为根据地，四处联络各地的抗清力量，并声援李定国的反清战争。这支农民军兴盛时曾发展到邻近山区的192寨，他们倚险为寨，灵活地抗击清军，到顺治十四年，清军大举围攻富川各寨，王心等农民军将领坚持抵抗，寨破后先后战死，起义失败。
广西人龙韬、龚瑞、龙旗等壮士在柳州、庆远等地，联络乡民，组成了一支以苗民为主的起义军，活动于黔、桂、湘边区，抗击清军，多次给予清军以沉重打击。他们在三省交界处的绵延山区不断发展反清力量，坚持抗清10年之久，直到顺治十六年九月才被清军镇压下去。
广东沿海的渔民在顺治年间就曾爆发过反清斗争。到了康熙二年，渔民们因不堪忍受清廷的内迁渔民，划界禁止渔民出海等苛刻政策，再次起义反清。番禺渔民周玉以反抗暴政、挽救乡梓、反清复明等口号劝说当地渔民，组织了一支以贫苦的农民和渔民为主的起义军。起义军先后攻占了番禺、新会、顺德、香山等县，并多次击败清军的进攻，力量迅速发展。石龙一战，起义军大获全胜，歼灭清军数干人，获船只数百艘。后清军调集重兵围攻，周玉麻痹轻敌，独率部分水师迎击清军，结果因力量悬殊，援军不继而遭惨败，周玉战死，起义军因而受到沉重打击。李荣率余众突围入海，占据沿海的岛屿，继续与清军作战。不久被清军三路围攻，起义军战死近2000人，起义失败。
清顺治十五年（1658年），云南土司那嵩，联合南明政权以及其它土司起兵反清，攻占了石屏，蒙自等县，并打算配合李定国军收复昆明。清将吴三桂率兵于十月进攻元江，那嵩因城破而全家自杀。在康熙年间，云南又柑继发生了土司王耀祖和司禄昌贤的反清之战。清康熙四年（1665年），云南迤东地区土司王耀祖趁清将吴三桂远征贵州水西（贵州黔西）之机，攻占了新兴（云南玉溪），并建元大庆，起兵反清。但好景不长，吴三桂军平定水西之后，迅速回师反击云南，攻破新兴城之后俘获了王耀祖。然后吴三桂又挥师攻禄昌贤。禄昌贤率苗民组成的军队在陇箐（云南文山境）与清军发生了激战，苗军不敌清军的猛攻，溃不成军，清军乘胜攻占了数10座苗寨，结果云南省城以东地区均为清军控制，清廷设永定州，派官治理，几乎与云南地方土司起事反清的同时，贵州一带的地方土司也相继起义抗清；清顺治十六年（1659年），贵州土司冯天裕以贵州东北山区为根据地号召当地乡民起义，与清军为敌。冯天裕先率义军攻克了湄潭，然后又攻打雍安，牵制了部分清军力量，客观上配合了云南李定国的抗清斗争。但不久冯天裕战死，这次起义因而失败。清康熙三年（1664年），贵州水西（黔西）的苗族土司安坤与皮熊联合举兵反清。苗民义军于三月中途拦截了前来镇压的吴三桂军队，把清军包围了约两个月之久。由于清援军的来到，苗民义军撤退往阿作峒、红崖洞等山区，然而清军跟踪追击，与苗军展开激战。结果，带头起事的2名土司安坤和皮熊先后战死，清军顺利地平定了苗民起义，在水西地区设置了平元、大定、黔西、咸宁四府进行治理。但时隔不久，郎岱（贵州安顺境）的苗族土司陇藩联合安坤余部再次起兵反清，起义军迅速攻占了关岑，并猛攻永宁，大定、威宁等府，搅得清军日夜不宁，吴三桂调军镇压，苗民受挫退回郎岱，继续坚持抗清。到康熙四年（1665年）六月。这支苗民武装被清军消灭。云贵地区此后虽为清廷所控制，但实际上是被吴三桂所镇守，为了拥兵自重，吴三桂又在云贵惹起了战乱。
江南和东南沿海各族人民的抗清斗争风起云涌，持续不断，沉重打击于满清统治者入关后的嚣张气焰，迫使清廷迅速改变对中原各族人民的统治政策以缓和民族矛盾。总之，涉及全国范围的此起彼伏的抗清斗争，虽然没有形成统一、联合的强大政治军事力量，均以失败告终，但这些起义打击和牵制了大量清军，有力支援了在湖南、四川转战的大西军和大顺军的抗清斗争，也使漂泊不定的南明永历政权得以延续下去。
§§§第三节 轰轰烈烈惊世英雄起四方
李自成和张献忠的失败大顺军李自成退守西安后，制订了南取汉中，西征甘肃，攻克兰州，确保关中，以关中作为抗清基地的战略计划。并下令命将军刘体纯率领10万大顺军过黄河北上。8、9月间，清军沿太行山南下，并从大同入代州，直逼太原，占领偏关，威胁陕西边境。大顾军由府谷向大同进攻，又在畿南联合义军阻击，切断清军归路，从而抑制了清军的进攻，同时在井陉、宣化、蔚州等地，多次挫败清军。
农民军虽然在军事上做了很大努力，但已不能够挽救全局，由于对原占领区内建立的农民政权没有大力进行巩固，被清军相继摧毁，大顺军失去了可靠的后方。
清顺治二年（一六四四年）十月，李自成为了夺回山西，令大颐军2万余人由山西向河南怀庆府（治所在河内县，今河南沁阳）地区展开反攻。当时，清军正准备兵分两路，一路由靖远大将军英亲王阿济格率领，经山西进入陕北，再南下攻西安，消灭大颐政权；一路由定国大将军豫亲王多铎率领，经山东入江苏，攻南京（今属江苏），消灭南明弘光政权。多尔衮在得知怀庆地区军情紧急的消息后，临时改变作战计划，令多铎先去救援河南，如将农民军就地消灭，则继续南下进攻南京；如农民军退回陕西，则跟踪追击，与北路清军形成夹攻西安的态势。
多铎依计而行，在河南击败农民军后，便渡过黄河，于12月22日逼近潼关立营。李自成当时正率领主力军北上延安准备抵御北路清军，不料行至洛川县时得知东路清军向潼关进军的消息，颇感意外，中途犹豫不决，最后才决定先南下增援潼关。从29日开始，李自成指挥农民军主动出关与清军展开激战，企图在北路清军南下之前击退清军的进攻。但大将刘宗敏、刘芳亮等相继出击失败，李自成亲自出战也未获成功。顺治二年（1645年）正月十一日，多铎开始用刚调来的红衣大炮猛攻潼关，农民军坚决抵抗，英勇反击，但未能扭转战局。李自成只得率领主力迅速撤回西安。十二日，清军入关，直逼西安。
李自成回到西安后，深知在两路清军的夹击下，陕西已难立足，被迫于正月十三日带领13万军队进行战略转移。他们从陕西东南部进入河南后，在邓州（今河南邓县）、武昌、九江（今属江西）等地，与尾追而来的阿济格率领的清军接战八次，均告失败。李自成到达湖北后，曾计划水陆并进，夺取南京，击败南明弘光政权，以人口众多，资源丰富的东南各省为基地，坚持抗清。但一路上连遭失败，军心不稳，多铎率领的清军又直趋南京，东进的道路已被截断，李自成只得改变计划，从江西西北进入湖南。5月初，行至湖北与江西交界的通山县（今属湖北）九宫山时，李自成仅率少数卫士观察地形，突然遭到当地地主武装的袭击，不幸壮烈牺牲。李自成牺牲后，余部坚持斗争，不久即与刚从陕北转移过来的大顺军李过，高一功部会师，并根据形势发展的需要，改变战略方针，与南明何腾蛟部联合抗清。