在建昌（江西南城），明益王朱由本在当地乡绅的资助下，募乡勇达七八千人，于顺治二年六月举起抗清义旗。起义军由明永宁王朱慈炎和罗川的王某（不知名）主持军事，并有明云南总兵赵印选部的助战，一时声威显赫、（赵印选本拟率兵救援江宁，但为时已晚，故转到建昌）。义军在建昌城防守严密，精军强攻不成，便使计诈降。来自河南的呀保宁王率部开至建昌，益茁投有防备，却不料保宁王已投靠清军，并与清将王体仁密谋里外夹击建昌。结果，保宁王乘益王率军与清军交战之时，？在明军阵后发射火炮、火箭，明军腹背受敌，死伤无数，益王逃往福建广永宁王则逃往广东、清军乘胜连克建昌、，抚州（江西临川）、进贤等地。罗川王不甘失败，又招募乡勇攻占了抚州，后因兵少力单，而诅往许湾（江西金溪县西），准备东山再起。罗川王在许湾一带招募了乡民2万，日夜训练，与清军周旋。永宁王朱慈炎逃往广东后，募集粤民数万，从粤北攻抚州、建昌、罗川王也率军前往事援助，约定分兵收复江西。可惜两军为争地盘而兵戎相见，罗川玉被流矢射中身亡，部众溃散。永宁王也因劳师北上，孤军深入而陷于粮饷不继的困境。当永宁王退守抚州后，清将王体仁重兵包围了抚州、结果城破，永宁王战败被杀。
顺治二年，原明陕西副总兵孙守清以及驻固原的付将贺珍。相约起义抗清。他们迅速聚众数万人，附近各路农民起义军也纷纷响应。原驻固原的旧将武大定在固原起事，募集当地士民组织义军以为配合。起义军初起时锐不可挡，起义军将领贺珍率军攻下风翔之后，又以迅雷不及掩耳之势连克渭南、蒲城、武功，（今陕西武功县西北）、同州（陕西大荔）等地，起义军迅速发展到7万多人，并积极备战准备攻打西安。清廷令肃亲王豪格派军援助兵力尚不足700名的西安清军。起义军们按计划行事。主将孙守清领兵围攻兴安（陕西安康），同时派贺珍南下攻打汉中。豪格亲王急调兵驰援汉中，于顺治三年五月（1646年）与贺珍的义军激战于鸡头关（汉中西北），起义军战败溃逃。清军解除汉中之围，然后豪格又分兵乘胜攻打兴安，起义军主将孙守清战败被杀。
顺治六年（1649年），山西大同发生了明降将姜壤的反清之战。“清廷为拢洛人心，将明降将姜壤封为驻大同总兵，二但姜壤却打算占据大同以为割剧之地。清廷于是派英亲王阿济格率满州兵前往安抚，姜壤唯恐势力受削，于是在大同起义反清，与阿济格所率的清军相对峙。姜壤在坚守大同的同时，又出兵攻打附近州县，以扩大地盘和影响，于是山西一带的明旧臣纷纷起事反清，响应姜瓖，山、陕震动。清廷摄政王多尔衮急令博洛和尼堪率军增援阿济格。清军入山西之后，一路攻城略地，先夺得代州，然后向大同方向进军。姜壤派大将马得胜率5000兵马在中途拦截，激战结果，清军博洛部与鳌拜部分兵夹击以得胜，结果马得胜军惨遭围歼，死伤过半，固守大同的姜壤闻讯后，下令紧闭城门不敢出战。清军前锋部队一路清剿，先后击败了姜瓖部将姜辉的抵抗，又招抚了姜壤的另一部将罗英坛，这样使困守大同的姜壤更加孤立无援。这样，当尼堪率清军围攻大同时，城内守军已是人心惶惶，姜壤的部将杨振威趁乱谋杀了姜瓖，然后出城投降，这样清军兵不血刃收复了大同。此后，清军又四处剿灭了随姜壤起义反清的各州县的武装力量，恢复了清朝对山、陕的统治。
在东南沿海，南明政权继续与清朝进行武装斗争。当清军在福建汀州（今福建长汀县）消灭了明唐王朱聿键的政权之后，南明政权受到毁灭性打击。但闽、浙等地的明朝旧臣，趁清军主力调往粤、赣等地，利用当地士民的反清情绪，在当地士民的拥戴下，纷纷聚众起义，他们不畏强暴，顽强地进行抗清斗争。其中以四明山区（浙江余姚县南）的王翊所率的义军力量最强。王翊于顺治五年春（1648年）聚众万余人，在四明山起事反清。义军以四明山为根据地。四处联络各地义军，并多次出兵攻打上虞，多次击败前来围剿的清军，在奉化，义军与清军发后激战，义军勇猛无畏，给清军造成了较大的伤亡。为了长期与清军对抗，王朝率众迁往大兰山区（浙江余姚县南），安营扎寨，训练起义军，且耕且战，王翊自称为大兰洞主，下设五营、五司，起义军军令严明，训练艰苦，颇得周围百姓的拥护，因而成为四明山区独立的反清政权，清军常常被打得晕头转向。附近各地的清军城门昼闭，不敢下乡，起义军威震浙东。1650年，起义军与活动于浙、闽一带的张名振军联络，互相配合，迫使清军不敢轻易进攻驻舟山的张名振。如果清军进攻舟山，则王翊立即出兵策应，而清军围剿大兰山区时，张名振又出兵袭击其后、这样清军首尾不能相顾，每战则必陷于腹背受敌的困境，清军因此不敢轻举妄动。直到1651年秋（顺治八年），清军预先作了周密的布署，决定先攻四明山，解除内忧之后再平舟山。清军于9月间调集大军自奉化、余姚兵分两路合围大兰山，在山下30里的范围内设下重兵，然后在当地山民的帮助下，围剿山区。起义军陷入重重包围，而舟山的张名振军又与郑成功联合出兵攻打吴淞（江苏宝山县东南），难以出兵相救援，因此，王翊只有率众苦战，以死相拚，结果起义军损失惨重。王翊带余部打算冲出重围前往天台，募兵再战，不料中途被俘遇害。这样坚持4年反清斗争酌四明山区起义以失败告终。
皖赣湘鄂人民的抗清起义顺治二年（1645年）李自成在湖北通山牺牲之后，一部分起义军将士根据形势发展的需要，分散于湖北蕲、黄山区，结寨筑营，号召农民起义抗清。这支义军“居民多居险，结砦以守，合黄冈、蕲水、罗田、麻成共48砦”起义军与周围各省的起义军相配合，如与安徽英霍山区的农民军以及河南一带的义军都有联络，组成了以大顺军余部与当地农民为主的反清武装力量。此后又有当地士绅聚众起兵，各据一寨，反清形势高涨。其中实力较强的有：以王为首拥戴明宗室朱蕴为号召的义军，据罗田20余寨；以麻城余山的原明兵部尚书周损为首的武装力量；黄冈白石寨的是以王光淑为首的义军。还有蕲水斗方寨的周从助义军，舒城山寨的黄梅诸生黄景松的武装，东山的李有实的义军等等。各寨义军在组织上各不相属，但在军事行动上却互相配合，一致抗清。南明唐王朱聿键封各寨主以明朝官职，并授以复一县即为知县的条款。于是各寨涌跃出击，转战于蕲、黄、罗、麻地区，攻取州县，打击清军。清军调集兵力，在占有了荆、襄之后，派总兵徐勇坐镇黄州（今湖北黄冈县），指挥来自江西、湖北、四川各省的驻军，分别围剿起义军。顺治四年以后，各路义军由于各自为战而受到清军沉重打击，反清斗争转入抵潮。到顺治五年（1648年），江西金声桓反清起事之后，蕲黄各寨的义军纷纷响应。罗田义军在王燥率领下与安徽英、霍山区的农民联合，转战于蕲、黄、下英山一带，杀清朝的地主官吏，攻占了罗田。顺治七年，潜山三尖寨的义军首领张福寰主动与蕲、黄各寨皋军联络，共奉南明永历帝，重新把各寨义军联合到一起。各寨共推王为文官之首，李有实为武将之首，湖北的蕲，黄山区各寨义军以及安徽的宁国、桐城等地共300多寨义军纷纷响应，一时间，军容甚盛，清军对蓬勃发展的义军束手无策。到顺治七年冬，随着清军的疯狂镇压和围剿，在安徽的英、霍山农民军起义失败之后，湖北各寨的义军再次陷于困境之中。王率军转战于潜山、太湖，不幸战败，被俘牺牲，从而使各路义军遭到沉重打击。李有实率部分义军转战到山东，力量大衰。蕲、黄各寨的义军失去了统一的领导，结果相继被清军各个击破。只有李有实的一支在山东坚持抗清，然后李有实的儿子李森继续领导反清斗争，直到康熙年间才最后被清兵镇压。蕲、黄各寨义军坚持抗清，前后持续了近20年，极大地鼓舞了附近各地人民的反清斗争。
顺治三年（1646年）秋，安徽池州爆发了以了悟和尚为首的农民起义。了悟和尚和自称为“赤脚黑先锋”的起义军首领拥立居住在永丰（安徽旌德县南）的明王府后裔四王子，号召乡民起义抗清，一时间响应者达数万之众。起义军迅速占领了皖南的池州府属地东流、建德（今安徽东至县境）等地，力量迅速壮大，并联合了江西澎泽、鄱阳、都鲁等地的农民起义队伍，在建德山区建立了抗清基地。“众至数万，弥漫彭都”，并曾西进到江西的饶州、鄱阳、永丰一带。起义军自上而下建立了颇为严谨的军事机构，分设元帅、军师、都督、总兵、付将守备等官职，并拥有枪、炮、车马、弓箭、旗帜、印信、关防、器械等，成为一支有组织、有纪律的战斗力量。起义军凭借皖南、赣北一带绵延的山区，与清军进行较量，在池州和都阳一带多次击溃清军的进攻。农民军“构结招集，一线串合，举动甚大”，吓得江南的清朝官吏惊呼：“皖庐地方千里，皆起乱萌，可骇右虞”。九月，永丰一战，被起义军拥戴的四王子不幸于清军的火炮之中丧生。十月，起义军在澎泽又遭到清军的几路围攻，伤亡惨重，士气大衰。了悟和尚和赤脚黑先锋先后负伤，起义军被迫向饶州（江西鄱阳县）败逃，结果被清军拦截，起义军将领大部被俘牺牲，起义失败。
在安徽江北一带，抗清斗争主要以英山、霍山为中心。顺治二年，王六姐占据太湖司空山（安徽太湖西北）聚众反清。随后又有李时嘉在太湖一带组织抗清义军，赵义正在宿松反清，刘和尚则在英山起事。由于这些义军缺乏联系，与情军相持到顺治五年（1648年）之后，大都以失败告终。到了顺治六年初，江西金声桓等原明将叛清，给皖、赣一带受挫的起义军将士以极大鼓舞。庐州（安徽合肥）冯宏图借抗清名将史可法的大名，号召乡民，组织义军，占领天为、巢县之后，又屡败清军，先后攻下于庐江、英山、霍山、六安等县，数十日之内攻占了6城，声威大震。于是英、霍山区农民起义力量蜂起，“内抚有24寨，外联络蕲黄48寨”。这些抗清武装，既有农民起义军，也有地方乡绅官僚拥立的明宗室武装。他们时而各自为战，时而联合进攻。冯宏图牺牲之后，又有天堂24寨群雄并起：英山张福寰以三尖山（六安县西）为中心，侯应龙率众万余名据守将军寨，潜山余尚鉴聚千余人占英窠寨，盐生胡经文招集乡勇占据横山寨，陈伯绍聚众攻占了霍邱县城，余高临则率军攻占了宿松县城……各寨的活动中心大致在潜山山脉四周，掀起了反清高潮。清廷调兵前往围剿，顺治七年（1650年）春，清总督马国柱的军队被各路义军击溃，各路起义军纷纷归附于由张福寰所拥至的明宗室石城王朱统绮。石城王坐镇潜山飞旗寨以为中枢，奉永历帝年号，举起反清复明大旗，定法制，铸印信，设官置将，于是英、霍、潜、太各地义军纷纷归附。石城王派原明安庆知府傅梦鼎（弼）、原明潜山典史傅谦等人坐镇皖涧寨，掌部院要职；又派胡经文率军守卫从龙寨、胡胜进守西关寨，作为飞旗寨的声援和犄角。因此，这支反清武装声威显赫，内有潜山24寨的各路豪杰，外有蕲黄48寨的配合以及金声桓，李成栋等原明将的相呼应，多次给予清军以沉重的打击。在顺治七年冬，由于奸细的出卖，清军绕道进入起义军活动的潜山山区，加上一些乡绅的降清，起义军蒙受了较大损失。清军援军源源不断，四路围攻潜山各山寨，并坚壁清野，断绝水道，纵火烧山，用尽了各种残酷而野蛮的措施，逼得各山寨义军无路可走，军心大乱。顺治八年春，起义军主将之一的胡径文叛投清军并诱俘了石城王朱铳绮，于是各路义军迅速瓦解。唯独张福寰率领的一支农民起义军顽强地在潜山山区与清军周旋，相持10多年，直到顺治十六年（1659年）才被清军镇压。
在赣、鄂交界地区居住的柯、陈二姓广大贫苦群众，为反抗清军的暴行，继承了自元末以来就反抗暴政的传统，于顺治三年暴发了反清起义。柯抱冲以兴国山区为基地，依山结寨，招集柯姓的强悍者以及其它乡勇，袭夺郡县，并自立为王，陈珩玉为帅，号称10余万。起义军东征西讨，并与湖南的农民起义军何腾蚊部联系，攻占了兴国州城，又进逼武昌，给清军造成了很大威胁。这支义军以柯姓为主，内部联系密切，且勇士们个个勇猛善战，面对清军的残酷杀戳，起义军将士更加团结一心，不屈不挠。他们凭借天险，屡败清军，附近的其它乡民们也涌跃参加义军，清军一时无可奈何。当顺治四年正月，清军先后镇压了苏、皖、鄂、赣等地大规模的明军抗清势力之后，才抽出兵力，围剿兴国柯家军，而这时柯家军已是孤立无援了。清湖广总兵柯永盛调集重兵猛攻兴国，起义军顽强抵抗。终因力量悬殊，加上奸细的出卖，使清军深入到起义军的腹地，攻破了起义军据守的山寨和洞穴。柯抱冲被俘牺牲，起义失败。