（二）李鸿章坚持“扼地兜剿”方针
东捻军突入山东后，清廷令李鸿章从河荫移营山东，“择要驻扎，居中调度”。李鸿章根据刘铭传、潘鼎新等将捻军。挤入登（州）、莱（州）海隅，趁势围逼”的建议，立即奏称：“断不敢谓蹙贼海隅之议遂有把握，但与其任令长驱各省，流毒无穷，似不若诱令盘旋偏隅，得办且办”。6月20日，李鸿章抵达济宁，随即以刘铭传部由济宁、泰安、莱芜径趋青州（今益都）为中路，以潘鼎新部由潍县（今潍坊市）、昌邑赴莱州（今掖县）为北路，以总兵董凤高、沈宏富马步十五营由郯城，兰山进莒州为南路，“三路兜截而前，欲逼（捻军）入登、莱绝地，会合（山）东军相机扼堵”，“扼之于胶莱河一带，使其不能复出”。不久，李鸿章又声称：“欲灭此贼，计惟有觅地兜围之一法”，“与其驰逐终年”，“不如弃一隅以诱之”，“与其往复运东”，“不如专弃登、莱以扼之”。他决定“先固守局而后进兵”。其具体部署是：以运河为外圈，胶莱河为内圈，进行布防。决定调皖、豫，鄂、苏和直隶的清军，分段防守运河，在西岸修筑长墙，并以邮分兵力就东岸旧墙修缮炮台，“犄角护守”。鉴于胶莱河是扼捻军西突的咽喉，决定配以重兵，以一营守三里，在近三百里的地段上，共部署兵力近百营，由淮军主力刘铭传、潘鼎新、董凤高、沈宏富、王永胜等部及豫军宋庆等部和丁宝桢的山东军划段防守，并筑长墙壕沟于河西。同时，以黄河为北部防线，由崇厚和刘长佑负责防守；以江苏北部的六塘河为南部防线，由漕运总督张之万和由浙江北援的部队共同防守。此外，另派部队跟踪追剿。
（三）东捻军突破胶莱河防线
1867年7月中旬，东捻军正在福山、宁海（今牟平县）一带就粮，得知清军在胶莱河西岸修墙筑垒，分段扼守，才急忙回军西向。7月31日，赖文光、任化邦率军自即墨向胶莱河南部的麻湾口发起攻击，但未能突破，只得转兵北上。8月6日，又向淮军潘鼎新部驻防地段的新河突击，仍未成功。后侦知胶莱河北段入海处沙滩无兵驻守，而潍河北段自下营至海口一段只有已革山东军总兵王心安部二千余人驻防，且“营垒初成，河墙未筑”，便于8月19日集中兵力从这一地段的海神庙等处发动进攻，歼灭了王心安所部清军，进入潍县、昌乐，然后由安丘、临朐疾驰南走。李鸿章费尽心机策划的“扼守胶莱之策”，成为画饼。清廷大为震惊，将李鸿章、潘鼎新交部议处，丁宝桢革职留任。
胶莱河防线被捻军突破后，李鸿章将防守胶莱河的各部清军调至运河防线，并将大哲由济南（8月下旬由济宁抵济南）移至台庄（今台儿庄），居中调度。当时，多数清军将领对防守运河丧失信心，特别是丁宝桢表示坚决反对，他说：“今胶防隳守，运河之防非独无补于事，抑恐有碍大局”。曾国藩也悲观地说：“胶莱三百余里尚难堵御，沿运千有余里更觉毫无把握。”清廷则明确指出“河防不可恃”。李鸿章面临朝野的谴责和攻讦，仍然认为扼守运河虽没有十分把握，但舍此别无良策。他在9月19日的奏折中说：捻军“正急欲出运”，“若先撤运防，是示贼以弱也。守运各军早夜修防，尚无疲倦，较穷年追逐者劳逸饥饱略殊。忽令守，又忽令不守，是使军心惶惑也。”“今使罢运防而另有制贼之法，臣必速罢，若更无可制贼，似不若得守且守，能战即战，尽人力以待事机。”李鸿章继续加固河防，后来还组织了三支各拥有万人以上的“游击之师”，紧追捻军。
（四）东捻军的最后失败
东捻军虽然突破了胶莱河防线，但仍局处于运河与胶莱河之间，由于地域狭小，无从发挥流动作战的长处，粮食也日益缺乏。赖文光、任化邦等为摆脱遭十余万清军拦阻追击的不利局面，决心跳出敌人的包围圈，但缺乏明确的方向，行动慌乱。先是由莒州、日照南下江苏赣榆、沭阳等地，企图抢渡运河和六塘河。由于清兵防守严密，进军受挫，遂于10月初复入山东，并派人由间道入陕，向西捻军求援。11月初，东捻军突至章丘，准备北渡战河，又被清军水师所阻。在寒冷缺粮的情况下，东捻军只得东走乐安（今广饶）、寿光、潍县就粮，刘铭传部淮军尾随其后。11月12日，东捻军在潍县松树山仓促应战，结果大败，损失惨重。赖文光、任化邦等只得率军南下江苏，拟再次抢渡运河和六塘河。11月19日，当刘铭传部尾追至赣榆时，捻军再坎进行反击。由于淮军绕袭后路，捻军复大败。鲁王任化邦被叛徒潘贵升枪杀，使东捻军元气大伤。任化邦是捻军重要首领之一，英勇善战，尤其擅长指挥骑兵作战，他与赖文光一起，勇谋结合，带领捻军屡败湘淮军，为敌人所畏惧。他的牺牲，是东捻军的重大损失。
赖文光在任化邦牺牲后，率部折回山东，继续战斗，企图突破清军的围困，但因连遭失利，力量大减，加上饥寒交迫，人困马乏，士气日益低落。12月，当赖文光率军北上，徘徊于寿光、昌邑、潍县避敌就粮时，刘铭传、郭松林、潘鼎新等部又相继追来，东捻军屡战屡败。12月24日，东捻军在寿光的北洋河与弥河之间的滨海地带与清军背水决战，结果惨败，伤亡近二万人，被俘近万人，精锐丧失殆尽，首王范汝增等壮烈牺牲。之后，赖文光率余部四五千人由昌乐南下诸城，日照，走江苏赣橡、宿迁。12月31门，在抢渡运河失败后，即转兵东向，前队于次日皮由沭阳城南张家湾突破了六塘河防线，进入清江浦境内，但后队未及渡河即被清军歼灭。渡过六塘河的捻军由于不断遭到清军堵击，减员愈来愈多。1868年1月5日，余部千余人在扬州东北的瓦窑铺被道员吴毓兰部淮军击败，赖文光不幸被俘。至此，东捻军最后失败。赖文光在太平天国失败后，领导捻军继续坚持反清战争，作出了重大贡献。被俘后，他严词拒绝敌人的劝降，英勇不屈，就义于扬州城外，表现出崇高的革命气节，不愧为农民革命军的一个杰出领袖。
五、西捻军转战陕西
（一）灞桥大捷
1866年10月捻军分为东、西两军后，西捻军约有三万余人（一说五六万人），以“前进甘陕，连结回众”，建立新基地为目标，在张宗禹、邱远才、张禹爵等率领下，由豫东经许州、洛阳，陕州（今三门峡市西）、阌乡（今灵宝西北），于11月9日进入陕西华阴县境。
自1862年西北太平军和滇川农民起义军入陕后，有力地支援了当地回族人民的大起义。之后，由于西北太平军援救天京离陕，而清廷又抽调多隆阿、刘蓉等部入陕，回民起义军遂遭到镇压，余部退入甘肃，与当地回民起义军一起坚持反清战争。西捻军的入陕，大大鼓舞了陕甘回民起义军，他们纷纷在甘肃的宁州（今宁县）、泾州（今泾川）等东部地区袭击清军，配合西捻军在陕西的作战。这时，署理陕西巡抚刘蓉正率一万四千余名湘军在陕甘交界处堵击回民起义军。当他得悉捻军入陕后，感到形势严重，忙向清廷告急说：“西回东捻，两路同窜，欲防则无迎击之旅，欲剿则无守隘之兵”，请求速派援兵。
清廷在西捻军入陕前，已改命左宗棠为陕甘总督、乔松年为陕西巡抚，西捻军入陕后，又命鲍超率所部湘军人关追击。可是，左宗棠借口筹备粮饷，停兵湖北，踌躇不前；鲍超则通过曾国藩转奏清廷，沥陈入陕有“米粮之难办”、“饷银之难解”等等困难，要求“俟马队练成，陕省米粮转运等事布置周妥，再行入关”。鲍超所部湘军虽然战斗力较强，但抢掠成性，西北地瘠民贫，自然难于满足其掳掠的欲望。清延只得改令提督刘松山部湘军替代。清军援兵不能很快入陕，为西捻军的作战提供了有利条件。
西捻军进人陕西华阴后，立即西进华州（今华县）、渭南。刘蓉不得将清军东调，对付捻军。11月14日，提督刘厚基率兵三千余人由渭南东进，在赤水镇与捻军遭遇，一触即溃，败退渭南。25日，知府唐炯指挥湘军各营，分兵三路再次发动进攻。捻军设伏于华州敷水东面的树林里，又大败湘军，斩杀七八百人。
西捻军初战获胜后，便于12月中旬乘胜西进，14日前锋进抵西安东面的灞桥镇。清军回顾省城，捻军却又折向东南，接连占领蓝田县属的泄湖、蓝桥等地。为了调动西安清军，后又佯趋商州（今商县）、雒南（今洛南）。清军果然东向追击，西捻军遂又北走渭南，并处造东攻潼关的声势。当湘军北上堵截时，捻军又迅速西进，摆出攻打西安的架势，并在灞桥十里坡左右村庄设下伏兵，布好口袋，等待敌军的到来。
1867年1月23日，当疲惫不堪的湘军追至临潼东北的新丰镇时，捻军派少数部队与敌接触，且战且退，把敌军诱至十里坡。待记名提督杨得胜、总兵萧德扬、提督刘厚基、道员黄鼎等部敌军相继闯进伏击圈后，捻军诱敌部队立即回马反击，埋伏在十里坡左右的马队同时出击，左右包抄，将湘军四面包围。时值风雪交加，湘军士卒冻饿，无心作战，枪炮又被雨雪沾湿，影响点放。捻军勇猛冲杀，展开白刃格斗，不到半天时间，阵斩总兵萧德扬，提督杨得胜、萧集山、萧长清、布政使街候补道萧德纲等湘军将领，歼灭敌军三千余人，收降数千人，取得了入陕以来的一次大胜仗。这是捻军运用流动战术，先诱敌眼追，拖垮敌人，然后设下埋伏，出敌不意地围歼敌人的又一成功战例。
（二）捻军、回军联合作战
灞桥之战后，清廷将刘蓉“革职回籍”，命新任陕甘总督左宗棠督办陕甘军务，并催促总兵刘松山部湘军和郭宝昌部皖军兼程入陕。当时，西捻军已乘胜进入西安东门外的三府洼、西门外的火神庙、南门外的小雁塔、北门外的红庙，包围了陕西省城。与此同时，甘肃东部的陕甘回民起义军亦东进陕西，与西捻军声势联络。巡抚乔松年依托西安高厚的城墙固守待援。2月初，湘军刘松山，李祥和部及淮军张锡嵘等部到达西安郊外。2月10日，西捻军向敌发起进攻，激战数小时，阵斩张锡嵘，但最后为刘松山部湘军所败，退守秦渡镇、花园铺、梁家桥一带据点。西捻军围攻西安月余，未能攻克，打援又遭失利，遂撤离西安，沿渭河南岸西走，3月24日在郧县以西渡过渭河，进入扶风、岐山交界处的益店，与由凤翔东来的回民军取得联系。
西捻军和回民军共同拟定了作战计划：捻军东攻同州（今大荔）、朝邑，回民军进攻西安。但正当捻、回军准备分路东进之际，总兵郭宝昌部皖军已从三原向咸阳西进，刘松山等部亦已渡过渭河，向捻军、回军逼近。4月19日，临平镇（今乾县西南）一战，捻、回军失利，被迫改变原定作战计划，一同经三原、富平向蒲城、同州前进。5月初，两军扎营于同州北的许庄一带，横亘二十余里。刘松山率部赶来，捻、回两军将其包围，杀死副将胡理明等多人，毙伤清兵甚众。5月下旬，捻、回军又挥师西进，从兴平南渡渭河，再次进攻西安。清军紧闭城门，固守待援。5月27日，刘松山、郭宝昌等部援兵赶到，捻军在西安城南的山门口、木塔寨等处作战失利，损失较大。张宗禹遂率军东走蓝田，继又转战于临潼、渭南、华州一带。
西捻军与回民军取得联系后，由于有着共同的反清目标，因此能够互相配合作战，对于清王朝在陕西的统治造成了严重的威胁。但是，由于阶级的局限性，尤其是民族、宗教信仰等不同，在政治上未能建立起巩固的联盟，在军事上也没有统一的指挥机构，处于时离时合的状态，没有达到捻军与太平军那种程度的联合。