（四）曾国藩“聚兵防河”计划的完全破产
“以静制动”的方略破产后，曾国藩于1866年夏又提出了“聚兵队河”的方略，企图以此遏阻捻军的流动，经与直隶总督刘长佑、山东巡抚阎敬铭面商，确定了运河、黄河的设防部署：在运河防线上，从济宁长沟到山东、江苏之交的韩庄，由潘鼎新部防守，韩庄以下山场鼎勋部驻防；长沟以上至黄河由山东军防守。在黄河防线上，范县豆腐店以西至东明、长垣由直隶军防守，豆腐店以东的张秋、东阿一带由山东军防守。捻军渡过沙河进入豫西南后，曾国藩又设沙河、贾鲁河防线。沙河地段：从周家口到槐店（今沈丘）由刘铭传部防守，槐店到正阳关申乔松年部皖军防守，正阳关以下系淮河，曾国藩派水师和皖军防守。贾鲁河地段：从周家口到朱仙镇由潘鼎新、张树珊部防守；从朱仙镇北四十里到开封，又北三十里到黄河南岸，没有河流，由李鹤年的豫军构筑堤墙防守。这样，就形成了一个跨鲁、豫、皖三省的三角形防线。此外，为了攻守结合，又命鲍超、刘秉璋、杨鼎勋、刘松山、张诗日所部为“游击之师”，跟踪追击捻军。
曾国藩“聚兵防河”的主要目的，先则企图阻止捻军进入山东、江苏，在捻军渡过沙河以后，则企图将其局限于豫西南的多山地区，使之不能发挥骑兵的优势，然后集中兵力聚而歼之。显然，这种设防漏洞仍然很多。首先，由于清军内部存在着派系矛盾，曾国藩难于做到统一指挥，特别是经常受到淮军头目李鸿章的掣肘。其次，曾国藩的“防河”战线太长，势必造成兵力分散，处处防守薄弱。此外，还有不少人对曾国藩的防捻计划持反对意见，认为“宜于速剿，不必为防河之谋”。
就在曾国藩紧张地部署河防时，捻军发觉了清军的诡计。9月中旬，赖、张两支捻军在河南禹州、许州一带会师，侦知朱仙镇以北堤墙尚未筑成，随即经尉氏、中牟北上，决定跳出河防圈。9月24日，捻军先示形于开封以北的黑埋，佯作抢渡黄河的态势，然后急速南下进至开封南的芦花冈，乘皮击溃豫军，再次突入山东境内。
沙河、贾鲁河防线被捻军突破后，曾国藩自称“闻信之余，实深焦愤”，不得不承认防线太长，兵力不足，称“防守沙河、贾鲁河，本系策之至拙者”，但又声称“无奈马队远不如贼，……专恃步队追剿，断不能制流寇，不得已乃出于防河之下策”。不管曾国藩如何巧于言词，事实是由他主持攻剿捻军一年零五个月，“毫无成效”。为此，清廷决定换马，12月7日，改任李鸿章为钦差大臣，节制湘淮各军，专办剿捻军务。曾国藩则回任两江总督。
三、东捻军转战湖北
（一）捻军分为东西两支
捻军冲破沙河、贾鲁河防线，进入山东菏泽、曹县、巨野、金乡一带地区后，于10月上旬抢渡运河未成。这时，淮军潘鼎新部已进抵济宁，刘铭传部进入城武、巨野，刘秉璋、刘松山、张树珊等部也先后到达山东，进入运河防区，对捻军实施包围，捻军随即回军西向，于10月13日进入豫东地区。
两年以来，捻军纵横驰骋于苏、鲁、豫、皖、鄂数省，取得了歼灭僧格林沁和粉碎曾国藩“以静制动”的攻捻方略等一系列胜利。但是，由于长期不停顿地流动作战，没有一个可以立脚的基地，部队得不到休整，粮食、弹药的补充十分困难，同时又得不到任何友军的支援，战略上的被动态势日益明显。捻军领袖赖文光等深感“独立难支，孤军难立”，试图改变这一不利态势，遂决定将捻军一分为二，由张宗禹、张禹爵、邱远才等率部分捻军西进陕甘，联络那里的回民起义军，“以为犄角之势”，是为西捻军；由赖文光、任化邦、李允等率部分捻军留在中原地区，与敌周旋，是为东捻军。
（二）东捻军转至湖北与李鸿章的攻捻方略
1866年10月下旬，东捻军三万余人在赖文光，任化邦，李允等率领下，由河南中牟返回山东，拟攻破运河防线，进入较为富庶的运河东部地区，以扩充兵员和筹集粮垧，后因在郓城东北的袁家口、开河、安山等处几次抢渡均未成功，而淮军刘铭传、潘鼎新等部又已跟踪返回山东，为避免遭敌围攻，便南下江苏丰县、沛县等地。不久，复入山东，再次进攻运河防线，又没有成功。其后，赖文光、任化邦等遂放弃进入运河东部地区的计划，决定向湖北转移，拟渡过汉水，进占荆州、宜昌，然后主力入川，并留一支部队于湖北以为声援，以一支部队入陕西与西捻军取得联络。“倘各路皆不得手，……则共档案中”，联合回民起义军，在陕西建立基地。这一计划，得到东捻军广大将士的拥护。1866年12月初，东捻军由山东进入河南，下旬进入湖北。
清军方面，李鸿章鉴于曾国藩所确定扼守的“贾鲁河、沙河地段太长，人力难齐，终办不成”的教训，提出了将捻军“蹙之于山深水复之处，齐地以诱其入，然后各省之军合力三四面围困”的“扼地兜剿”方略，并准备采用“离间”、“招抚”等伎俩，妄图从内郎瓦解捻军。
1867年1月，李鸿章调集共部不下十万部队，分“堵击之师”和“兜击之师”，在河南、湖北集中。共部署是：在北部，命李昭庆部二十余营驻河南信阳，扼捻军北上的通道；在西部，命鲍超三十二营由南阳移驻襄阳，豫军总兵宋庆十营、副将蒋东才六营扼守枣阳，荆州将军巴扬阿统领提督蓝斯明、水师总兵左光培扼守汉水沿线；在东部，命新任安徽巡抚英翰、总兵张得胜等率皖军分扎六安、霍山一带；在南部，由湖广总督官文驻守武昌，彭玉麟统领水师驻守黄州。上述各部清军均为“堵击之师”。李鸿章又命刘铭传、刘秉璋、周盛波、张树珊等部淮军共三十余营，由豫东南分道入鄂，和新任湖北巡抚曾国荃统领的郭松林、彭毓橘、伍维寿、熊登武等部湘军共三十余营，组成“兜击之师”。李鸿章等妄图一举治灭捻军于鄂东地区。
（三）罗家集、杨家河两败敌军主力
东捻军进入鄂东北不久，即由麻城南下黄陂，接着进至滠口，威胁武昌。随后，折而向西，连克云梦、应城，进攻德安府（今安陆），旋又经宋河镇入京山，南占天门县。提督郭松林率领九营湘军尾追而来，捻军采取兜圈子的战术疲惫敌军。郭松林不顾士卒疲劳，紧迫不舍。1867年1月11日，郭松林分兵三路向钟祥东面的罗家集进攻，捻军的步马队早已设伏以待。待敌发起攻击时，捻军首领任化邦率部正面接战，李允统领马队从两侧包抄，赖文光率部袭敌后路，将清军四面包围。激战半日，歼灭清军二千余人。郭松林身中七枪，被捻军生擒，因伤重不能行走，被弃掷路旁，幸免于死。
罗家集胜利后，东捻军在钟祥与旧口之间结筏抢渡汉水未遂，便东走应城、云梦。淮军周盛波、张树珊等部在后尾追，捻军仍采用打圈战术，伺机歼敌。1月26日，捻军在德安府杨家河东岸屯扎，淮军总兵张树珊所部六营孤军追来，渡河进击。捻军佯装败退，张树珊恃勇轻进，被捻军分割包围。激战至深夜，捻军阵斩张树珊及副将刘登朝、郭有容等数百人，使李鸿章的淮军受到一次沉重的打击。
（四）尹漋河先胜后败
东捻军两败敌军之后，士气高昂，声威大振。为了实现西进川陕的战略目标，先后在旧口、丰乐河、流水沟及王家集、霸王山等处抢渡汉水，但均为清军所阻，被迫回到旧口地区。
就在东捻军抢渡汉水的半个月中，清军各部已分别向旧口方向集中，准备围歼东捻军于旧口地区。其部署是：湘军彭毓橘、谭仁芳、熊登武、刘维桢等部驻九里冈、永兴、皂市、天门一带，屏蔽东路，豫军蒋东才等部驻茅茨畈，扼守北路；淮军刘秉璋、周盛波等部扼守京山，李昭庆部由信阳移驻宋河镇；以淮军主力刘铭传部万余人由北而南，湘军主力鲍超部二万六千余人自西向东，夹击捻军。赖文光等见清军米势迅猛，便率军逗守尹漋河（今永隆河）一带，准备与清军决战。
2月19日拂晓，刘铭传为了争功，自行改变与鲍超军共同进攻的计划，提前由下洋港向尹渡河抢先发动进攻。他见捻军扎营于司马河（今天门河）对岸，便留二三营兵力护卫后路辎重，以十七营兵力渡河攻击。捻军以步队正面阻击敌军，以千余马队向北绕袭敌军后路。刘铭传恐后路兵单，辎重难保，便抽出步队三营、马队二营加强后路，自率十二营兵力分三路进攻。捻军亦分三路迎击：任化邦敌左路，牛喜敌右路，赖文光、李允敌中路。任化邦率部全力围攻刘盛藻的左路军，“刘盛藻鏖战多时，渐不能支”。刘铭传恐左路有失，忙从中路抽出黄桂兰、张士元、李锡增三营兵力往援。在捻军的锐利攻势下，刘盛藻部过河溃逃，李锡增则中枪丧命。接着，任化邦率部转援牛喜部，将右路淮军一举消灭，击毙总兵唐殿魁、记名总兵田履安、副将吴维章等。捻军左右两路取胜后，任化邦、牛喜便率部与赖文光、李允部一起围攻刘铭传亲自督率的中路军。捻军将士挥刀斩杀，淮军一败涂地，退至司马河彼岸。刘铭传失魂落魄，与其部将、幕僚“俱脱冠服坐地待死”。
可是，正当捻军追过司马河，即将歼灭刘铭传所部淮军时，鲍超率所部湘军从旧口由西向东侧击杨家洚捻军侧背。杨家洚与尹漋河同在司马河东岸，相隔十余里。赖文光在鲍军进入杨家洚后，没有仔细侦察敌情，便仓促率领中军步队向的军冲锋。但鲍军阵势严整，左、中、右三路，每路八九营兵力，分主攻和策应，稳扎稳打，步步前进。激战两小时，捻军中军步队受挫，虽有马队驰前接应，但后路又为的军马队截断，于是军心动摇，阵势大乱，由胜转败。又因连日下雨，河港水深，道路泥泞，捻军慌不择路，阵亡和溺死者近万人。杨家洚、尹漋河等处数百村庄据点，全被鲍军占领。
尹漋河之战，虽然歼灭了刘铭传所部淮军半数以上，但东捻军自己也遭到惨重损失，伤亡万余人，被俘近万人，损失马匹数千和辎重无数，不但元气大伤，而且使西进的计划受挫。尹漋河之战最后遭到失败，首先是由于东捻军在取得罗家集、杨家河两次胜利后，产生了骄傲轻敌情绪，对于在武器装备上占很大优势的敌军没有予以足够重视，以致在与刘铭传部作战时，竟没有派出相当数量的部队，对近在旧口的鲍超部进行警戒，特别是当鲍部来袭时，赖文光等不作周密部署，仓促反击，结果受挫。其次，捻军在作战不利的情况下，缺乏坚韧顽强的意志，稍遇挫折，就撤离战场。此外，尹漋河一带河汊纵横，使捻军骑兵的活动受到限制。鲍超说：这次“擒斩溺毙之多，则由彼之先失地利耳”。
（五）被迫放弃入川计划
东捻军在尹漋河战败后，余部即北上河南，从唐县、桐柏东走信阳、罗山、光山，然后经湖北麻城，黄冈、蕲水、蕲州、广济，进入安徽西南边境，因遇淮军刘秉璋、周盛波部阻击，又折回湖北蕲州一带。这时，湘军彭毓橘部驻扎于蕲水。3月23日，东捻军由兰溪、董家河一带沿浠水河北上时，彭毓橘亲率湘军十三营由六神港至溪潭坳堵截，捻军将其击败，阵毙总兵彭光友，并乘胜包围六神港，取得了击毙彭毓橘以下营哨各宫三十余名和歼敌三千余人的胜利。
之后，东捻军又西经孝感、应城、京山等地抵达汉水东岸，在旧口至岳口一带筹船结筏，希图西渡汉水，为清军炮船所阻，未获成功。后经钟祥北上枣阳、随州（今随县），5月初进入河南桐柏、信阳境，因遭淮军周盛波、刘铭传部截击，由平靖关折回湖北应山，旋又东走黄安。5月14日，捻军在黄安的王家冈设伏，大败刚从河南光州赶到麻城的淮军杨鼎勋部，杀总兵张遵道。接着，捻军再次进至汉水东岸，由于刘铭传和鲍超部相继追来，不得不放弃西渡仅水进入四川的计划，经枣阳北上，拟从河南西进入陕，与西捻军会合。
四、东捻军在山东被围及其最后失败
（一）进军山东半岛
1867年5月下旬，东捻军进入河南新野、邓州、镇平、内乡一带，还来不及休整补充，淮军刘铭传等部就从枣阳、襄阳跟踪追来，豫军宋庆部和淮军周盛波等部也分别由南阳、唐县前来堵截。而当时捻军内部对于行动方向问题意见不一。赖文光、任化邦等本主张进军西北，但从山东郓城、梁山地区参军的将士认为山东连年丰收，粮食充裕，而陕西连年战乱，粮食缺乏，极力主张东进山东。赖文光、任化邦等为了尽快摆脱敌人的包围，同时，“恐西路山多，难于翻越”，也就改变主意，采纳了东进山东半岛的意见。
6月上旬，东捻军由考城进入山东曹县，疾趋郓城，甩掉尾追之敌，于6月12日晚直逼运河，以一部强攻沈口，吸引附近各段守河清军驰援；以另一部袭击由山东军防守的此较薄弱的戴家庙一带防线，于坎日黎明突破。当时天旱水浅，捻军全部三四万人涉水过河，进入运河东部地区。
东捻军进入山东腹地后，日行百余里，忽尔忽西。新任山东巡抚丁宝桢虽僭军尾迫，只能望尘兴叹。6月19日，东捻华东走章丘，后经邹平、寿光等地进入胶东半岛，6月底兵锋直指烟台。道员潘霨勾结英法侵略者联合防守烟台，通商大臣崇厚则从天津派出洋枪队渡海增援。
胶东半岛虽然比较富庶，但捻军进入这三面濒海的地区，易被清军包围，而东捻军首领们虑不及此，最终招致失败。