4月25日，清军傅振邦部四千余人和伊兴额马队千余人，从宿州向永城东四十里的茴村发动进攻（步队从两翼包抄，马队从正面进攻），捻军六千余人迎战。激战数小时，捻军损失二千余人，向南败退。初战失利后，张乐行命韩奇峰，苏添福等部三四万人进至宿州西北的濉溪口（今滩溪）和永城苗村桥一线阻击清军。4月30日，清军以傅振邦，伊兴额郎奔袭濉溪口北面的丁家楼，捻军损失二千余人。接着，苗村桥方向的捻军也被清军击溃。其后，清军又乘胜占领了宿州的铁佛寺，临涣集等捻军据点。
当宿州方向的清军向南推进时，英桂命亳北方向的清军同时发起进攻。5月13日，邱联恩等部与捻军战于亳北之界沟获胜；22日再战于界沟南面的小柰集，又获胜；接着于5月31日与驻亳州的袁甲三等部会合，然后沿涡河向东南进攻。6月8日，捻军二三万人在亳州东南的翟村寺地区阻击袁甲三、邱联恩等部清军。激战半日，被清军击败。其后，捻军主力又在翟村寺东南四十里的白龙王庙一带沿涡河两岸列阵阻敌。张乐行，韩奇峰率黄，蓝两旗在涡河北岸，龚得树、王贯三率白、黑两旗在涡河南岸，掘壕立栅，用车辆树木堵塞路口，冀图阻止清军的进攻。袁甲三派出马队抄袭捻军后路。捻军腹背受敌，不得不再次撤退。清军乘胜推进，于6月19日攻占雉河集。
雉河集失守后，张乐行、龚得树，苏添福等捻军首领，为了调动敌人，毅然率部南下，于7月16日乘虚袭占了淮河流域的商业重镇三河尖（颍上西），获得了大量物资，补充了大批人员，士气复振。英桂害怕捻军西占河南的固始、光山，即移营陈州，就近调度，并令邱联恩部由雉河集移驻固始，袁甲三移驻颍州。河南的一些地方武装也纷纷向豫东南集中，准备拦截捻军西进。张乐行等乘清军南调，蒙亳一带守备空虚之际，便以船只满载大批胜利品沿准河东行，在汪家集登岸后，经蒙城向雉河集挺进，于8月24日重返雉河集，处决了当地反动地主豪绅与乡团头目，为死难的将士和群众报仇雪恨。
捻军北返后，袁甲三、邱联恩等随即率部尾追，再次向雉河集进攻。9月10日，在亳州西面的十八里铺作战中，捻军黑旗首领王贯三不幸牺牲，部众伤亡二千余人，余部退往雉河集。张乐行等仍然冀图用外线出击的办法调动敌人，解雉河集之围。于是将捻军分为两路，一路东攻江苏的萧县、徐州，一路西攻太和等地。由于没有攻克要地和痛歼敌人，未能达到调动敌人的目的。11月28日，雉河集再次为清军攻占。张乐行等率捻军主力东撤，经曹市集退守监涣集。清军崇安等部追及，与捻军隔浍河对峙。崇安以连日进展顺利，疏于戒备。11月30日夜，龚得树率勇敢善战的敢死队，分四路袭击崇安军营。清军仓促应战，慌乱溃逃，西窜二百余里，退往亳州城。但是，捻军后来在庙集、尹家沟、赵旗屯等地的作战中接连失利，无法扭转被动局面。有鉴于此，张乐行，龚得树、苏添福等除留部分捻军在皖北坚持斗争外，率领主力再次南下淮河流域，于1857年2月中旬重占三河尖等地。此后，捻军开始了与太平军联合作战的新时期。
捻军从雉河集会盟到再次南下淮河流域，在一年半的时间内，随着参战清军的兵力由少变多，经历了由进攻作战转入防御作战的变化。在进攻作战期间，由于清军兵力薄弱，捻军“进退绰如，纵横跌宕；所向无前”，处于主劫有利的地位，部队也迅速发展到十余万人。但这一时期的作战，除给少数清军和地主武装以歼灭性打击外，多数打的是击溃战，清军的有生力量没有受到重大损失，团练乡勇反而有所发展。在整个淮北地区，出现了捻军占领区与地主武装所控制的圩寨犬牙交错的局面，一些实力不大的捻军圩寨，不断遭到清军和地主武装的围攻。捻军的数量虽然迅速扩大，但组织程度和战斗力基本上没有多大改变和提高，战术上也没有多大改进，只注意击溃敌人而不注意追歼溃敌。这些，都给后来雉河集的防御作战带来了困难。在防御作战中，只有张乐行、龚得树、苏添福等几支捻军主力从正面阻击清军，其余分散的各支捻军只顾据寨自保，极少配合作战。当时，在永城、夏邑、亳州、蒙城、宿州地区有许多旗色不同，人数不等的捻军，如果他们积极主动地从侧后袭击和牵制清军，势必使敌分散兵力，顾此失彼，即使集中了兵力，也因有后顾之忧，不敢放开手脚向雉河集推进。张乐行、龚得树、苏添福等在未能阻止清军进攻的情况下，没有与清军死拚硬打，而是跳出包围圈，进攻三河尖等清军必救之地，从而调动了敌人，保存了有生力量。这是捻军初期作战中的成功之处。
接受太平天国领导，与太平军并肩战斗（1857年3月～1864年11月）
一、主力南下淮南与太平军联合作战
张乐行、龚得树等捻军首领鉴于在淮北屡战失利，南下三河尖后仍然受到清军的沉重压力，迫切希望取得太平军的支持和帮助。而太平天国继1856年内讧之后，石达开又率部出走，太平军的力量受到很大削弱，也迫切需要团结友军，共同对敌，因此，洪秀全决定实行联合捻军的方针，使其“能掌北门锁钥”，成为“南国之屏藩”。正是这种共同需要，促成了两支农民起义军的联合。
在捻军第一次占领三河尖时，双方曾商谈过联合作战问题，因敌人进逼，捻军很快回师北上，故未能实现。1857年3月初，捻军自三河尖南围霍丘。在击败道员金光箸所率八百清军后，即由龚得树、苏添福率部南下迎接太平军。这时，太平军陈玉成、李秀成部在解桐城之围后，乘胜占领了舒城、霍山、六安，便北上会合捻军。两军在霍丘、六安交界处胜利会师。经过协商，捻军以“听封而不能听调用”为条件，接受太平天国的领导。张乐行被封为征北主将，其他捻军将领也各有封号，部队蓄发易帜，但仍然保持原有的领导系统和制度。为适应联合作战的需要，双方互派代表，随时联络会商。
（一）转战三河尖、正阳关
两军会师后，太平军和捻军各有十万左右，士气旺盛，军威大振，立即在淮河沿岸发起攻城作战。太平军薛之元等部和捻军张乐行部围攻河南固始城，太平军陈玉成部和捻军韩奇峰等部于3月11日攻占霍丘东北的正阳关，13日东进包围寿州城，太平军李秀成，李昭寿部和捻军龚得树、苏添福部于3月18日占领霍丘城，后又北渡淮河，围攻颍上城。
清廷得悉捻军南下后，曾多次谕令豫、皖清军扼要堵截，防止其与太平军会合。在此前后，清廷还调整了攻捻前线的统兵将领，加强进攻起义军的力量：察哈尔都统西凌阿被召回北京；崇安被革去总兵职务；因围攻北伐太平军不力而被革职的胜保，又被授予副都统街，并署理河北镇总兵，帮办攻捻事宜。此外，还命山西汾州营参将保衡，直隶密云都司马翰忠率部开赴安徽亳州，听候调遣；命徐州副都统德勒格尔率领马队南下怀远；命英桂将在湖北遗撤的陕甘官兵截留河南，参加攻捻。胜保抵达亳州后，即与英桂、袁甲三等会商，确定了首先防止捻军主力重返雉河集，“再行相机节节进剿”的作战方针。据此，由责甲三督饬总兵朱连泰部约三千人及亳州地方团练于亳州一带，透剿留驻淮北的捻军；胜保以颍州为基地，率马步三千余人进攻南下的捻军，另有王庭兰，金光箸等部约二千人其统辖，在淮河流域配合作战，负责三省剿捻事宜的英桂率河南清军千余人驻太和等地，策应胜保部，并保护清军后方粮道。
胜保因兵力过单，一再奏请清廷调兵支援。清廷责备他“由亳至颖，尚未与贼见仗，而调将请兵纷纷不已，驻守颍州，不思急挫贼锋”，命令他“赶紧进兵，不得再有耽延”。胜保只得硬着头皮率部南下。当时，太平军和捻军正三路出击，强攻坚城，以致力量分散，绐了胜保以可乘之机。胜保于3月中旬南下后，首先集中兵力解固始之围。张乐行、薛之元等部因连日围攻固始不下，又见清军援兵赶至，便于3月下旬撤回三河尖。围攻寿州的陈玉成、韩奇峰部遭到金光箸部清军顽抗，也主动撤围（韩奇峰部退守正阳关，陈玉成部回守六安）。李秀成、龚得树等部于22日包围颍上后，虽几次轰塌城墙，但始终未能攻进城内。而胜保在解固始之围后，便率部回救颍上。在此情况下，李、龚所部也于5月3日撤至淮河南岸。至此，捻军和太平军第一次联合作战，未能取得理想的战果，即告结束。
捻军和太平军联合后出现的一个新情况，就是捻军在淮河流域的作战常常受到太平军长江中游战场形势的影响。由于安徽战场上的太平军既要抵御从湖北东进的湘军，又要牵制天京外围的清军，经常流动作战，而捻军基本上战斗在淮河流域一带，因而出现了捻军与太平军时而联合作战，时而单独作战的情况。为了阻击从湖北东进的湘军和鄂军，陈玉成于5月12日率数万太平军和部分捻军进入鄂东地区作战（9月中旬才折回皖境，驻太湖、潜山一带）。李秀成部则驻六安、霍山一带，随时准备东进，对付天京外围之敌。于是，在淮河沿岸独立作战的捻军，便采取守势，收缩兵力，挖壕筑垒，集中力量防守三河尖、正阳关、霍丘等据点。
太平军离开淮河沿岸后，胜保乘机向捻军发动进攻，第一个目标就是三河尖。三河尖周围河渠纵横，捻军跨河而阵，清军步骑兵不易展开，难于强攻。胜保便实行围困战法，控制通向三河尖的水陆通道，强令居民提前割麦，并在出产硝磺的地区设卡稽查，严禁出境，以断绝捻军的粮弹接济，同时，实行政治攻势，瓦解捻军士气。捻军坚守了六十余日，终因粮弹不济，于6月16日撤出三河尖，沿淮河东下正阳关。其后，由韩奇峰率部驻守正阳关，张乐行、龚得树则率部转移至霍丘。
胜保占领三河尖后，决定集中兵力先攻正阳关，得手后再攻霍丘。为防止正阳关，霍丘捻军西进固始，他命总兵邱联恩等会同王庭兰和固始知县张曜等扼守固始东部地区，自率步马数千人进攻正阳关，并令金光箸由寿州率炮船西进，配合进攻。金光箸见清军云集，有恃无恐，竟于6月25日首先攻关，结果遭到捻军伏击，兵败溃散。金光箸因坐船被捻军炮火击中，落水淹毙。这一仗打击了清军的气焰，使胜保所部不敢接近正阳关。8月，连降骤雨，河水猛涨，关外的捻军据点先后被清军攻占，关内粮食缺乏，形势危急，韩奇峰派人向霍丘求援。张乐行，龚得树率部往援正阳关，胜保趁霍丘城内捻军兵力空虚，派人收买了守城头目张金桂，旋于8月29日将该城占领。这时，扼守正阳关的捻军粮食已尽，只得杀马充饥，加之瘟疫流行，军民饥病而死者日增，处境异常困难。后李秀成从六安派出的援军五六千人赶到，击败关外清军，于10月12日接应关内捻军冲出重围，沿淠河南下，撤至六安。
（二）控制淮河中游
由于驻守镇江的太平军遭到围攻，天京外围形势吃紧，李秀成部于1857年10月中旬由六安，舒城一带东进救援。张乐行等率捻军一部配合太平军打通进军道路，待太平军绕过庐州（今安徽合肥市）以后，便又返回六安。11月，龚得树率部击败安徽布政使李孟群部清军，占领独山镇。李孟群率部反扑，占领霍山。后驻潜山、太湖的陈玉成部太平军前来支援，李部慌忙退走。
这时，捻军中的地域观念和宗派观念抬头，领导集团内部发生了意见分歧。蓝旗旗主刘永敬、刘天台等主张返回淮北家乡；张乐行、龚得树等则主张继续留在淮南，配合太平军作战。前一补意见对于联合抗清的人局显然是不利的。但张乐行、龚得树在处理内部分歧时，采取了错娱的做法，竟于12月间将刘永敬、刘天台杀害，致使矛盾激化。不久，蓝旗首领刘天福、刘天祥、刘天月等率部由六安返回淮北，其他旗首如任乾，陆连科等也率部陆续北返宿州地区。从此，捻军便分别在淮南淮北两个战场作战。
1858年2月，太平军陈玉成部联合捻军韩奇峰等部约五万人再次围攻固始。守城团练顽强抵抗，胜保和李孟群也分别率部前往解围。捻军和太平军依托土垒，一面挖地道炸城，一面阻击援军。但战斗持续了两个多月，未能破城和击退援军。不久，湖北的清军又开始向东进攻，太平军和捻军遂于4月6日从固始撤围，返回六安。胜保和袁甲三分别率部由固始、正阳关向六安方向集中，伙同李孟群部围攻六安。这时，陈玉成部已向湖北进军，无力东顾，李秀成部正在皖东一带与清军鏖战，也无法西援。5月24日夜，六安捻军正同清军激战时，早被胜保收买的捻军头目许原如、杨邦本等伦开城门，清军蜂拥而入，张乐行、龚得树等率守军勇猛拚杀，突围出城。
六安失守后，张乐行、龚得树等乘淮河沿岸清军兵力空虚，沿淠河北上，渡过淮河。6月2日，在先行到达淮北的捻军配合下，一举攻占淮河北岸要地怀远城，全歼守军数百名。这时，集结在徐州以南，怀远以北的捻军有苏添福、李允、李大喜、张隆、任乾、陆连科等部约八万余人。他们以怀远为基地，沿淮河东进，在当地捻军张隆等部配合下，于6月14日攻克临淮关，道员黄元吉所部清军千余人突围西逃。15日，捻军攻占凤阳府县两墟，三千余名团练作鸟兽散。