1861年1月5日，黄文金、李远继率军二万余人自饶州分数路东攻景德镇。由于左宗棠督军力拒，未能得手。7日再攻浮梁，又为左部击退。2月18日，湘军鲍超郎（1月8日自皖南休宁经祁门来援）和左宗棠部与黄、李两军战于景德镇西北的洋塘谢家滩。湘军分三路进攻，太平军也分三路抗击，双方鏖战四小时之久。由于平分兵力，太平军伤亡甚众，黄文金等只得率余部退回建德境内，一部占据县城，大部据守金家村、黄麦铺一带。3月7日，鲍超商请皖南镇总兵陈大富率部列阵于建德城外，牵制城内太平军，自率所部湘军及左宗棠军一部，分三路向黄麦铺发起进攻。太平军再次失利，建德县城也于当日失守，遂被迫继续东撤，迟到芜湖休整。
黄文金等率军进入赣北，“连陷数城，意在断祁门之粮路，解安庆之重围”。由于进攻景德镇和浮梁受挫，复有洋塘及黄麦铺之败，以致计划落空。
（三）击破曾国藩祁门大营良机的丧失
1860年9月下旬，李世贤郎协助杨辅清部攻下皖南宁国府，随即南下，于10月6日攻占绩溪。10月8日，李世贤等督率四万余人进攻徽州，大败新任皖南道李元度所统湘军三千人及来自祁门的湘军援兵三千余人，于次日占领该城，12日又占休宁。10月16日，李世贤突然率部由徽州折回浙江，似欲牵制浙江清军，掩护刘官芳等部的行动。10月20日，李部占淅江严州府（今建德东）。11月下旬，又北占临安、富阳，一度进逼杭州，旋又北攻湖州。12月7日，因攻湖州不克，又西进皖南徽州，后与刘官芳部联络，作战乎祁门附近地区。12月底，李世贤部自休宁逼近曾国藩祁门大营。刘官芳部则自北路破禾戍岭、羊栈岭，入黟县卢村，向祁门进逼，后为湘军鲍超部所败，退出羊栈岭外。1861年1月4日，李世贤部也被湘军张运兰部击败，退守黟县东面的兰田。6日，李世贤又分兵两路猛攻黟县东南的渔亭，仍未得手。
刘官芳部退出羊栈岭后，屯于石埭一带。2月15日，探知鲍超部自大营援景德镇，便分兵二路，攻破祁门北面的大洪岭（距祁门六十里）和西北的大赤岭（匝祁门八十里），次日，西路进至距祁门四十里的历口，给曾国藩以极大震动。17日，太平军继续向祁门进逼，前锋进至离祁门仅十八里的石门桥，但遭到湘军副将唐义训部的伏击，败退至大赤岭外。
李世贤由于进攻祁门未果，乃于3月8日进占婺源，准备绕道江西，切断皖南湘军粮道，伺机回攻祁门。22日，败左宗棠军王开琳等部于婺源甲路，4月9日攻占景德镇，阵毙总兵陈大富等多人。左宗棠率部退走乐平，李世贤即传令东攻祁门。4月15日，李世贤在东进途中闻留驻江西的部队遭到左部反击，便不分主次，立即回军进攻乐平。在此以前，左宗棠“饬各营傍乐平县城东南，加修外壕，周十余里，令南乡团练入城固守，以作疑兵”，湘军则分守外壕。4月22日午刻，当李世贤部逼近外壕时，湘军“排枪轰击”。太平军“屡却屡前”，奋勇环攻，与敌相持至夜，并利用城外烧毁来尽的民房“穴墙开炮”，但终未攻克。23日，李世贤拟集中兵力攻敌一隅，乃调主力由城东北绕攻城西，予敌以大量杀伤。不意湘军以攻为守，分三路越壕出击，拚死力战，太平军不支撤退，于高桥阻于小溪，人马“自相滔藉”，伤亡甚众。由于进攻受挫，李世贤随即率军东返浙江。于是，李世贤部和刘官芳部所担负的进军赣东和攻击曾国藩祁门大营的任务都未能完成。
本来，1860年底至1861年初，曾国藩祁门大营已陷于太平军的四面包围之中：西南的浮粱，景德镇一带有李远继部；东北的黟县山岭间有刘官芳等部，东南的休宁一带有李世贤部；南面有李秀成部方抵婺源。曾国藩势孤力单，岌岌可危。他在倌中哀叹：“自十一月来，奇险万状，风波迭起。文报不通者五日，饷道不通者二十余日。”特别是李世贤部攻占景德镇之后，皖南湘军米粮无继，曾国藩感到“无日不在危机骇浪之中”。他曾移营休宁，亲自督军进攻徽州，企图打通浙江粮道，又告失败。在绝望中，他不得不写下遗书部署后事。其幕僚们也都惶惶然不可终日。及至左宗棠部湘军败李世贤部于乐平，曾国藩才感到“心绪略舒”，宛如绝路逢生。当时，皖南湘军不过三万人，其中半数为新募之勇，战斗力不强，而太平军在皖南的兵力总数一度十倍于敌，如果天京最高当局实行统一计划、统一指挥，及时协调前线各军的行动，对曾国藩的祁门大营步步紧逼，不断缩小包围圈，力求将其全歼或给以歼灭性的打击，则对整个战局将起重大的影响。可惜，各路太平军非但没有统一的作战指挥，而且根本没有会攻祁门大营的计划，以致丧失良机，使曾国藩及其湘军逃脱了在皖南覆灭的命运。
二、安庆的失守
（一）战前态势
自1860年夏初湘军围困安庆以来，守城太平军约二万人在谢天义张朝爵、受天安叶芸来率领下，坚守城池，以待援兵。
1861年4月下旬，陈玉成弃鄂回皖，率军三万人由黄州等处经宿松、石牌，于4月27日进至安庆集贤关，逼近围城的曾国荃部湘军。4月29日，陈玉成与城内守将叶芸来分别率部扎营于城东北的菱湖南北两岸，连夜筑垒十八座（北岸十三、南岸五），并以小艇沟通两岸联系。与此同时，天京当局鉴于“合取湖北”以救安庆的计划未能实现，决定由干王洪仁玕，章王林绍璋自天京率兵直接救援安庆；定南主将黄文金也率部自芜湖西援。1861年5月1日，洪仁玕、林绍璋等会合桐城，庐江一带的吴如孝部，共二万余人，进至安庆北面的新安渡、横山铺、练潭一带，连营三十余里，谋与陈玉成部会师，共解安庆之围。曾国藩惊呼：“所有安庆官军曾国荃等各营，城贼扑之于前，援贼扑之于后，势殊危怨。”他决心投入更大的兵力，与太平军决战于安庆，声称“贼以全力救安庆，我亦以全力争安庆。……迅克安庆，大局乃有挽回之日，金陵乃有恢复之望”。于是，一场争夺安庆的殊死搏斗展开了。
5月10日，曾国藩自祁门移营至长江边上的东流，就近指挥；同时，将鲍超部六千人自景德镇调往江北（5月15日抵石牌）。坐镇太湖晌湖北巡抚胡林翼也调总兵成大吉部五千人赴援安庆。为对付陈玉成和洪仁玕、林绍璋南北两路援军，胡林翼提出了一个“南迟北速”的作战方针。他说：“打璋（林绍璋）、玕（洪仁玕）宜速，打狗（对陈玉成的诬称）宜迟、宜持重，（集贤）关内外无米粮，迫而蹙之，彼必求战，彼求战而我应之，必大捷。”
（二）直接救援安庆失利
5月初开始，太平军与敌人在安庆城外展开了激烈的争夺战。1日，陈玉成及叶芸来部与湘军曾国荃部及杨载福部水师战于菱湖，未分胜负。2日，多隆阿以所部近万人（4月30日由挂车河进至安庆北面的高河铺）分四路向练潭和横山铺猛扑。太平军营地不坚，旋被攻破。驻新安渡的太平军一万余人前往救援，多隆阿以三营步兵迎面接战，以五营步兵从侧翼攻击，以马队绕到后面攻击。太平军前后受敌，伤亡甚众，洪仁玕，林绍璋、吴如孝率余部退守桐城。3日，自芜湖来援的黄文金部太平军七八千人及捻军二万余人赶到，扎营于桐城东南的天林庄一带。6日，黄文金会同洪仁玕、林绍璋、吴如孝等督率三万人，分兵两路，主力直趋新安渡，一部（约五六千人）进攻鄂军挂车河老营。多隆阿由高河铺调步队十三营驰援新安渡，并调驻挂车河的记名副都统金顺率马队往援。待太平军接近新安渡时，多隆阿部从左右两翼进行包抄，金顺则率马队绕至香铺街，从后路截击。太平军以为中了埋伏，纷纷败退，撤回天林庄。进攻挂车河的太平军也被协领穆图善等部清军击退。黄文金等部为多隆阿部听阻，无法与陈玉成部会合，便撤出天林庄，退至桐城东面的孔城镇。
陈玉成见洪仁玕等所率援军受阻，而湘军总兵鲍超，成大吉两部又将来到，知安庆解围不易，便于5月19日留郡将刘琳、李四福、朱孔堂等率部据守集贤关内外各垒，自率马步五六千人绕道赴桐城，以便与洪仁玕等会商进军事宜。多隆阿闻讯，即派兵追击，使负责断后的黄金爱部太平军伤亡千余人。
5月20日，陈玉成抵达桐城，与洪仁玕、林绍璋等会晤，商定于23日分三路进攻挂车河之敌：陈玉成率四千人出挂车河之左，洪仁玕率七千人自江家桥由中路进攻，林绍璋、孙葵意率太平军和捻军共万余人由棋盘岭出挂车河之右。多隆阿事先得到了上述情报，决定“乘其布置来定，先发制人”，当即派出马队多起，分路设伏。24日黎明，太平军发起进攻，多隆阿亲率马步各营，“分兵五队，扬旗而出”，前三队三路迎战，后两队为预备队，“列队不动”。正酣战间，多军伏兵从太平军后方冲出，太平军阵脚遂乱，纷纷后退。多军乘势进击，太平军伤亡较众，不得不退回桐城。
在此以前，湘军援兵鲍超，成大吉两部共万余人已于5月20日抵达集贤关外，并立即进攻关外赤冈岭的四座太平军营垒，被刘琳所部击退。此后，湘军改变战法，在赤冈岭附近修筑炮台数十座，从6月2日开始，不断对赤冈岭四垒实施轰击。8日，太平军三垒被毁，守将李四稻，朱孔堂以下千余人或战死或被俘，惟刘琳所在的第一垒仍顽强抵抗。9日，成大吉部奉调回援湖北（当时李秀成部正向鄂东南进军）；鲍超部继续围攻刘琳部。
当日午夜，刘琳等冒死向北突围，鲍超率马步兵追击。由于溪水泛涨，突围北走的太平军大多被湘军擒杀，刘琳也被敌人俘虏，肢解处死。赤冈岭四垒守军（共约四千人）均系太平军精锐，此次全部被歼，使陈玉成部的战斗力大受影响。
7月1日，太平军平西主将吴定彩部（由苏北来援）自菱湖北向湘军发起攻击，被同知曾贞干所部击败。7月8日，曾国荃督军对菱湖南北两岸的十八座太平军营垒发动进攻，太平军因接连受挫，士气低落，以致数千人出降（结果均被杀），吴定彩率残部退入安庆城内。至此，安庆完全成了一座孤城，战局更加被动。
（三）安庆失陷及其教训
太平军继“合取湖北”间接救援安庆的计划落空后，直接派兵解围的努力又告失败，安庆城内守军被围年余，粮食告罄，出城降敌者与日俱增，形势极度恶化。
陈玉成在进攻挂车河受挫后，6月下旬于皖北无为会晤杨辅清，约其出兵共解安庆之围。7月下旬，杨辅清率部自宁国府出发，渡江后，经无为西进，会合陈玉成部，绕经六安、霍山、英山、宿松，于8月6日攻太湖不下，取道小池驿，黄泥港东趋清河、三桥头、高楼岭，直至马鞍山，由南面威胁挂车河多隆阿部营垒。与此同时，林绍璋、吴如孝率六七千人，自桐城西趋挂车河，黄文金率五六千人，自吕亭驿一带绕至姬公庙，麻子岭，以为策应。多隆阿自率马步各营迎战林。吴两部太平军，并派总兵雷正绾率队迎击黄文金部。8月7日，双方鏖战三小时，太平军不支，退入桐城。其后，太平军以一部驻桐城，牵制多隆阿军，以大部趋安庆，进攻湘军围师之背。8月21日至24日，陈玉成、杨辅清等部约四五万人，陆续进抵集贤关内，在关口、毛岭、十里铺一带扎营四十余座，安庆城内的太平军也列阵于西门一带，遥相呼应。25日和26日，陈玉成、杨辅清等督军向曾国荃部湘军后壕发起进攻，轮番冲锋，西北方向的进攻尤为激烈。曾国荃督率各营坚守营壕，待太平军逼近时，枪炮齐发，使太平军伤亡甚众。8月28日至9月2日，太平军每夜都对敌营进行袭击，并在菱湖北岸陆续建起了十余座营垒。9月3日夜，又发起猛烈进攻，同时用小船运米入城，但被湘军水师全部抢去。城外太平军无法攻破湘军的包围圈，城内太平军米粮枯竭，军心进一步涣散。
9月5日凌晨，湘军于北城用炸药轰塌城墙，纷纷登城，攻久城内，会同长江水师，南北夹击，滥肆屠杀。守城太平军全军覆没，叶芸来、吴定彩殉难，张朝爵乘船突围，不知所终。
安庆失守，标志着自1860年9月开始的太平军“五路救皖之策”的彻底失败，从此，太平天国后期战争形势更加恶化。洪仁玕说：“我军最重大之损失，乃是安庆落在清军之手。此城实为天京之锁钥而保障其安全者。一落在妖手，即可为攻我之基础。安庆一失，沿途至天京之城相继陷落不可复守矣。安庆一日无恙，则天京一日无险。”
在长达一年的安庆会战中，太平军动员了数十万兵力，与以湘军为主的清军进行了反复激烈的搏斗，最终归于失败，教训极为深刻。从战略上看，太平军处于一种被动保守地位，为安庆一城的得失所左右，被迫同敌人进行战略性的决战，失掉了独立自主地组织使用自己力量的自主能力。同时，在会战指导上又犯了一系列错误。
第一，主要将领缺乏一致而坚定的决心。除陈玉成积极主张救援安庆外，其他主要将领李秀成、李世贤、杨辅清等，对于“五路救皖之策”的态度并不十分积极，以致西进的行动相当迟缓。当安庆极度危急之际，拥众数十万的李秀成由鄂返赣后，不主动配合陈玉成等部进攻安庆外围之敌，竟率部东返，更是严重影响了整个战局。