1913年3月宋教仁被暗杀，蔡锷通电谴责，“痛切陈词，声与泪并”。但他坚决反对用兵，主张宋案应由法庭解决，严禁军人干预。他说宋教仁“生前于南北意见极力调和，若令身后惹起南北恶感，恐九泉之下亦不心安”。内战迫在眉睫之际，黄兴曾派密使请他出兵讨袁，手书“寄字远从千里外，论交深在十年前”一联相赠。他不仅致电黄兴、李烈钧、陈炯明等极力劝阻，指出“讨袁”理由不成立，依据临时约法，如果大总统有谋叛行为，应由参议院弹劾；政治上有过失，则由国务院负责。何况临时政府将要结束，马上就要选举正式总统，届时袁没有获选，却倚仗特别势力不退职，那时可用武力对付他（等到袁世凯称帝，他在《讨袁檄文》里把暗杀宋教仁定为袁的第七大罪）。他和浙江、四川都督联名致电袁世凯及各省都督，进行调停，力劝动兵。他还联合四川、贵州、广西都督发表通电，反对战争，说如有人发难，将视为公敌，并表示要坚决捍卫民国。
蔡锷的态度往往让人不解，其实，他的态度很明确，他只忠于民国，而不管是谁当政，反对任何人以任何借口动用武力挑战共和原则。
“二次革命”终于爆发，虽然蔡锷也曾派兵入川，但他一直把这次战事看作“同室操戈，兄弟阋墙，相煎太急，隐恨良多”。“同种相残，杀机大启”，“非国家之福”。他是始终反对内战的，所以他反对袁为将士授勋，认为这样做无疑是“奖励残杀同胞”。
等到袁镇压了孙、黄等人的武力反抗，把整个民国变成囊中之物，几乎只剩下远在西南边陲的云、贵等省还没有被北洋军所控制。蔡锷曾联合黔、桂等省试图居间调停，主张双方罢兵，用法理解决，当然为袁所忌。
1913年10月，袁世凯发出大总统令：“云南都督蔡锷叠电因病请假，着给假三个月，来京调养。”10月上旬，蔡锷辞去云南都督，动身进京。早在6月中旬，他给梁启超的电文里就说“久欲来京与袁总统面商各政要，并与各方人士接洽。惟因滇事重要，未敢即行”。由此看来他进京未必是被迫的。袁曾同意他的同乡熊希龄的提议由他任湖南都督，但他进京以后袁却再也不提起了。
作为历史转折关头举足轻重的风云人物，手握兵权的蔡锷尽管离开了云南，但他的旧部、他两年来一手训练的滇军还是唯他马首是瞻的，在云南依然有潜在的势力。在北京的两年间，袁世凯表面上对他优礼有加，先后给了他一连串的官衔，如政治会议委员、参政院参政、将军府将军、陆海军统率处办事员、全国经界局督办等，还几乎每天召见，说是磋商政要，其实是防他有变，召他进京本意也就是“槛虎于柙”，袁曾对曹汝霖说过蔡锷有才干，但有阴谋。
从《蔡松坡集》可以看出，这二年多他没有发表什么政见，也亏他沉得住气。期间留下的主要是经界局的文件，他深知让他到经界局是敷衍他，但他认为正经界、清田赋也是治国要政，很想有所建树。不长时间（从1915年1月22日任事到7月22日呈文给袁世凯）就编印了《中国历代经界纪要》、《各国经界纪要》两巨册。从中也不难看出他办事的认真、踏实、细致和严谨。大约只有这个经界局与政治离得最远，他可以无所顾忌地做点事。
1915年8月，要求袁世凯称帝的舆论已甚嚣尘上，先有“筹安会”，后有“全国请愿联合会”，甚至还出现了妓女请愿团、乞丐请愿团等。蔡锷一方面风花雪月，韬光养晦，终日沉湎于八大胡同以迷惑袁的耳目。一方面领衔签名支持帝制，包括蒋尊簋、孙武、唐在礼、蒋作宾、蒋方震、张一爵、陈仪等12位将军都签了名。“主张中国国体宜用君主制者署名于后八月二十五日昭威将军蔡锷”三行字是蔡锷的亲笔，使袁对他深信不疑。因此，后来袁的统率办事处才会责问他为什么反复无常，他坦然答复：
“国体问题，在京能否拒绝署名，不言而喻。若问良心，则誓死不承。……若云反复，以总统之信誓旦旦，尚可寒盟，何论要言！”
其实，他一直暗中与梁启超频繁来往，与云、贵两省军界密电交加，筹划护国大计。梁当时可以说是执舆论界牛耳，连袁的大儿子袁克定也说他“领袖名流”，得他一言，“贤于十万毛瑟”。蔡锷对帝制的态度很大程度上受梁的影响。“筹安会”发生第二天，他到天津密访恩师，梁说自己的责任在言论，必须立即作文，堂堂正正地反对。他则是军界有大力的人，“宜深自韬晦，勿为所忌，乃可以密图匡复”。
不久梁启超就公开发表了著名的《异哉！所谓国体问题者》，蔡锷则隔几日就去一趟天津，等部署已定，他们先后南下。蔡于1915年11月中旬秘密离开北京，取道日本、上海、香港转河内，12月19日抵达昆明。梁则于12月18日到上海。临行前师生相约“事之不济，吾齐死之，决不亡命；若其济也，吾齐引退，决不在朝”。
袁曾对身边的亲信说从蔡锷临行时的深谋远虑来看，“此人之精悍远在黄兴及诸民党之上，即宋教仁或亦非所能匹”。现在远走高飞必为心腹大患，并感叹“纵虎出柙”，言辞之间隐有悔意。云南独立前的一天蔡锷最后一次忠告袁，“痛哭陈词”。此后的宣言、文告中则一律列数袁的罪状，称其为叛逆、“谋杀凶犯”。
等到袁被迫取消帝制，他虽然坚决反对袁继续当总统，但他也说自己对袁“多感知爱”。多次表示袁对他“礼遇良厚”，“感念私情，雅不愿其凶国害家之举”。他起来反袁，是为保卫民国，为了公义，不能“兼顾私情”。由此看来，他对袁是有一定个人感情的。但袁一旦背叛他自己宣誓效忠的共和，帝制自为，他就要起而反对，毫无回旋余地。在他看来，这是“为国民争人格”。这才是真英雄的本色。
从1911年辛亥革命后至1913年进京前，蔡锷曾通电发表过大量政见，他的政见前后也有些变化，但作为一个坚定的共和主义者，誓死捍卫民国的立场从未动摇过。
他认为辛亥革命是政治革命，而不是种族革命。他致电孙中山等坚决反对君主国体，无论满人还是汉人为君主。他提出要破除省界，用人不必存政见、党见，唯才是举，变革要稳健、渐进等。这些见解即使今天看来也不无见地。
他认为结社自由是文明国的通例。袁上台后，他提出应组织政党内阁，其他政党在旁边监督。鉴于当时政党林立、党同伐异，意见纷歧，水火不容，他主张解散各党，另组健全的政党，并愿意先取消他领导的共和统一党。他说“破坏易，收拾难，建设尤难”。并劝说黄兴“功尚未成，身何能退！”
此后，他首倡军人不入党，自己身体力行，谢绝参加一切政治组织。同时，反对军人结社，认为因政见不同而以武力为后盾，很可能破坏和平，推倒内阁也太容易。
这些看法都光明磊落，浸透着共和精神。所以袁氏称帝，他第一个起来反对。云南举义目的就是拥护共和国体，使帝制永绝于中国。
等到胜利在望，他一再表示功成身退，决不食言。1916年6月21日，他致电梁启超“对于国事，除万不得已外，拟不发表何种政见”。