中国现代化发展道路选择的理论逻辑基础，是西方近代科学。
现代汉语中的“近代”和“现代”，都可以转译为英语中的modern。作为一个社会历史文化概念，modern是指西方文艺复兴和工业革命以来，与中世纪教会神学统治相对立的，与实验科学和民主政治相适应的思想文化特征。现代汉语里的“近代”和“现代”，是指受到西方思想文化影响，脱离闭关锁国状态，进入世界格局以来的社会历史发展时期。其中，1840年鸦片战争至1915年新文化运动时期为“近代历史”，此后至1949年中华人民共和国成立为“现代历史”。这是以政治变革为社会历史分期界限。本文描述西方中世纪以来的社会历史发展状态，所用“近代”是指西方modern现代社会之前期，大约相当于文艺复兴至第一次世界大战，在思想文化上的特征是古典主义、现实主义和浪漫主义，在科学上的特征是牛顿物理学；所用“现代”是指西方modern现代社会之后期，大约相当于第二次世界大战至20世纪末，在思想文化上的特征是各种现代主义和交叉学科、边缘学科，在科学上的特征是爱因斯坦相对论。另外，用“后现代”指称21世纪以来的社会发展状态。
在人文主义启蒙精神的感召下，西方“科学”与中世纪“神学”分庭抗礼，孕育了工业革命，催生了现代社会。科学建立在观察实验的基础上，秉持两个基本特征： 其一是可控条件，尤其是实验室环境，可以获得纯粹的物质元素；其二是平均值，通过观察实验获得数据后，经过分析总结推论，最后得到的结论是一种反应正常情况的平均值。
实验室环境下的可控条件，养成科学思维上的绝对观念，移植到社会生活领域，就变成文化的劫难。自然条件下不存在绝对纯粹的铁元素、氧元素，总是与其他物质融汇在一起，难解难分。显然，我们生活的实际境况是复杂丰富的自然环境，而不是实验室的可控环境。恰恰是不可控环境的复杂性和多变性，形成了人类世界的多样性和丰富性。漠视多样性，否定多元化，物种就萎缩退化，生活就单调枯燥乏味，文化就贫血亢奋僵硬，人生就丧失创新的能力。
科学结论的平均值，可以作为一定条件范围下的参考指标，如果被绝对化地当成社会生活领域里的命令指标，那将是生命中非常残酷的遭遇。我的同学中有一位高学历母亲，相信科学育儿知识，初为人母时，严格按照科学规范，每天要给孩子喝多少毫升的水，多少毫升的奶，多少剂量的维生素，多少数量的蛋白质，多少分量的脂肪，按部就班，一丝不苟。几个月下来，孩子长得面黄肌瘦，抵抗力下降，疾病缠身。事实面前，她不得不让步，把孩子托付给来自农村的婆婆——只有经验，没有“科学”——孩子茁壮成长。其实，任何生命的成长都有个体差异，越是复杂的生命，越是高级的生命，其个体差异越大。这种差异性，在西方“科学”概念进入中国之前，我们的祖先是以经验、习俗、医术、方术、禁忌等方式方法传之习之，世代养育了中华民族的子孙。其中有很多荒唐的传习，但更有很多实用的真理。
比如，妇女生产期间“坐月子”，江南地区有很多严格的禁忌习俗，避风，忌生水，什么能吃什么不能吃。过了淮河，以面食为主的北方地区就少了很多规矩。而欧美白种人则是完全不同的习俗。这些禁忌、习俗、规矩中，包含着许多不可逾越的真理。遵从之，操习之，妇孺平安，否则就将遭罪。20世纪60年代，到江西插队落户的上海女知青，为了挑战男人犁田打靶的旧观念，在早春时节，天空飘落桃花雪的日子里，不顾个人生理周期，卷起裤腿，下水田耕种，不幸落下妇科疾病，终身不治。今天，随着城市生活环境和生活方式的逐渐改变，妇女产后坐月子的习惯也在逐渐改变。但是，东方与西方、南方与北方的地理环境和习俗传承，以及人类种群肌体记忆等多方面的原因，遵从习俗对于产妇生命健康仍然具有非常重要的意义。
科学是有用的，但科学是有限的。
科学是网，生活是河，再细密的网也不可能捕捉河流里所有的鱼虾。科学像手电筒，光亮照射的范围内，黑夜如昼，秋毫分明。可是，手电筒还有照射不到的地方呢，还没有完全照透的地方呢？你总不能因为相信手电筒的光亮，就认为手电筒光照之外的世界是不存在的吧。并且，手电筒的光照不到的那个黑暗的世界，要远远大于手电筒的光能够照亮的这个光明的世界，是那个黑暗的世界制约着这个光明的世界。
与中世纪神权斗争取得胜利后，西方近代科学信心百倍，凭借数学原理、物理学定律、化学元素周期表等科学发明，坚信上帝创造的这个世界是完全可以被认知的，人定胜天。可是，经历过现代社会中科学带来的种种副作用后，大约在第二次世界大战以后的日子里，西方计算机技术发明过程中，引进了中国道家哲学阴阳二元理论，改变了对世界的认知方式，设定目标，寻找路径，再按回车键。这与近代社会之初，那种企图彻底揭示世界秘密的认知方式是大相径庭的。“吾生也有涯，而知也无涯。以有涯随无涯，殆已！”《庄子·养生主》。如果说世界是一座矿山，我们对世界的认知可以选择“露天开采”与“坑道采掘”两种方式。经过第一个千年实践，结果显示“露天开采”成本太高，副作用太大，单是全球气候变暖就足够我们应付的了。而“坑道采掘”就是瞄准目标，通过有效路径，获得最佳效果，相对成本更小，效率更高。
中国古代数学称为“算术”，是一部算法大全，与西方的“数学”是完全不同的两种思维方式。中国数学家吴文俊先生在接受中央电视台记者采访时说：“中国这个数学的道路跟西方欧几里得的传统公理化的数学道路是不一样，中国的数学是另外一套，中国没有什么公理，没有什么公理系统，根本不考虑定理。所以中国的古代数学，为了要解决形形色色的问题，自然而然引到解方程。那么中国的解方程它是这样子的，是一步一步地做，第二步怎么样，第三步怎么样，要用现代的语言来讲就是程序。根据算法用现在的话，你就可以编成程序，输到机器里面，让它一步一步去做，最后给它要求的解答，这是中国的数学。”建立在科学实验和生理解剖学基础上的西方医学，对人体生命作机械部件式理解。而建立在经验判断基础上的中医，对生命的理解是功能化的，比如穴位和经络，至今没有找到解剖学上的依据，但是其功能作用确是客观存在的。因为功能性存在的前提是生命活体，而解剖学的对象是生命不再的尸体。所以，西医可以医治实体性存在的疾病，对于官能性的疑难杂症往往技逊一筹。视西方科学为神圣，唯西方科学是从，弃中国医术为迷信，以所谓不合科学的名义要消灭中医，是妄自菲薄的“科学自闭症”患者。
根据北京大学吴国盛的研究，科学有三种基本类型。
第一类希腊的科学，奠基于自由的追求之上，是一种独立的、讲道理的、自己为自己提供理由的东西。自由性、内在性、推理性是其基本特征。希腊人讲三重自由： 第一是衣食无忧、有闲暇；第二是言论和学术自由；第三是内在的自由，即童心、好奇心，一种苦苦追求、打破砂锅问到底的精神。
第二类科学是近代科学，实验科学。这是在欧洲产生的一种整合了希腊思想，同时引入了实验维度的理性科学。实验的目标是征服、控制和利用自然。它通过呈现在自然的可重复性中固定不变的东西，帮助我们建立一种征服和支配的关系。所以这种科学在欧洲很快成了近代文明的发动机，它重建了人和自然的关系、人和人的社会关系，而且把人的生活方式全部改变了。从钟表的出现、工厂的出现、资本主义市场经济的建立，到货币、资本、虚拟经济的建立，科学、技术、经济、社会这四者之间形成了一个循环。这个循环以自然的开发与利用作为推动力，以人类中心主义为价值核心，最终转化为马克思讲的人与人之间的压迫关系。人与自然的压迫关系正是通过人与人的压迫关系来实现的。这种科学在今天是强势，中国人最早接受的也是这种征服性的、力量型的科学，并因而抛弃了自身丰富发达的博物学传统。
第三类科学叫做博物学，实际上是一种最古老原始的科学类型，它表达了人和自然内在的、神秘的关联，因为人本身是出自大自然的，所以他本能地要认识周围的事物，比如什么是可以吃的，什么是有毒的，什么是可以治病的，这就是博物学知识，这些知识在所有的文明社会都是最基本的知识。这些博物学知识一直到近代早期仍然起支配作用，只是随着第三类科学，即笔者称谓的试验科学（近代科学）的出现，才慢慢消失了。过去的博物学是上至天文，下至地理，植物、动物、矿物全部包含在内，但是随着近代科学的发展，都统统以这样那样的方式被纳入了实验科学的范围，成为专门的学科领域。博物学在今天反而成了一种业余爱好。
近代中国的主要问题是如何应对来自西方列强的侵略。先进的中国人提出“师夷长技以制夷”，科学和民主就被认为是洋人的“长技”。在这个语境之下，“科学”其实更多情况下指的是现代西方的技术，是导致“坚船利炮”的东西。在现代汉语中，“科学”经常被读成“科技”，原因就在这里： 中国人其实更关心的是“技术”，对“科学”并不熟悉，也不太关心。
中国人对科学的理解常常是单一的、片面的，我们缺乏一个健康的文化生态。西方的科学家有相当一部分自主性很强，追求那种希腊式的自由科学理想。在中国则几乎没有科学家可以独善所处的环境，既难以持守希腊理性精神，也失去了博物学精神。西方宗教、文学、哲学很多都对科学并不太友好，比如教会总是要说几句达尔文进化论的坏话，文学艺术也经常挑科学的刺，哲学也经常性地反省科学，要解构科学的权威。其实，这些都是健康的文化生态的一部分，并不影响科学自身的发展，相反，这样一种相互制约使社会不会走偏，不会出很大的问题。而我们呢？由于缺乏传统文化的支撑，缺乏多元科学观的支撑，现在一讲科学就只有一种功利主义的现代实验科学。这种单一化的思想其实也是中国传统思想中比较糟糕的一部分，所谓“大一统”，“废黜百家，独尊儒术”，都是很糟糕的。
生态学、环境主义就是要恢复自然领域的，乃至文化领域的、思想领域的、政治领域的多样性。生态文明要求的就是多样性，还有地方性。每一个个体都是不可替代的，每一片树叶都有它的独特性，有其不可替代的魅力。但是从科学的发展状况来看，中国自五四以来的思想仍然没有走出大一统思想习惯，不过是在用另一种一元主义反对传统的一元主义。
因此，从生态的角度看五四以来的科学发展，一个基本的思路就是，首先恢复科学内部的多元性，然后恢复文化领域的多元性，不能让科学主义成为一个全民无意识的意识形态。当然，这需要一些制度化的保障，而对于学者来说则首先是要把问题讲清楚。过强的一元论很容易变成一种思想专制。科学主义本身就是真理一元论，它说唯有通过科学的方式才能达到真理，其他任何方式都没有可能，而人的价值也只有通过科学的方式才能体现。真理一元化，价值一元化，生活方式也一元化了。所以，科学是有用的，科学主义是有害的。处在现代汉语语境下，我们对文化的理解，必须突破对于科学无限性的误解，突破对于科学主义的迷信。