怀海（720—814年），本姓王，唐朝长乐（今福建县名）人。他出家后曾住百丈山（即今江西奉新的大雄山），所以被称为百丈禅师。怀海的最大贡献是糅合大小乘律，制定了《禅门规式》，后世称为《百丈清规》。
百丈禅师因住于律寺之中，而感到对禅宗“说法住持，未合轨度，故常尔介怀”，从而别创禅林，制立清规。别立禅居，使禅宗僧侣直接从一般寺院中分离出来，成为自主的部分，这样，禅宗作为一个独立的佛教宗派最终成为历史事实。
《百丈清规》为禅院确定了组织、体制、生活方式和行为规范，规定禅宗僧众不再住在律寺，别立禅院居住。
“禅院”最大的特点是“不立佛殿，唯设佛堂”，表示以“法”为重，规定实行“普请”（集众作务）法，上下平等，协作劳动。当时，禅农已经成为一种稳定的寺院经济形式，禅众集团长期形成的同吃同住同劳动和平等消费的生活方式，开始规范化和制度化。“清规”把劳动生产与禅修生活结合起来，给僧人物质生活的自给提供了保障，改变了寺院经济基础，缓解了佛教与社会的经济利益冲突。发端于道信，开拓于弘忍的农禅体系，由怀海完成，将禅行与农作融合为一，并在制度上加以巩固。这是禅宗的一次重大革新，在中国佛教史上具有划时代意义。这一制度，立即得到天下禅宗的普遍承认，并很快通行起来。怀海“一日不作，一日不食”的原则更被传为佳话。
“清规”又规定设立住持，住在方丈，尊为长老。禅院由此完成了禅宗的制度建设。
《百丈清规》制定之后的几百年间，就出现了十几种清规，历代丛林依《百丈清规》为蓝本，作了一些权宜性的增减，到元代至元年间（1335—1340年），奉敕重修，称为《敕修百丈清规》。迄今近七百年间，《百丈清规》一直作为历代寺院的基本法规。禅宗的真正崛起，是以清规的创建为主要标志的，而清规的制定，又对禅宗寺院的普遍兴起起到了根本的推动作用。
《百丈清规》是怀海对禅宗的极大贡献，《百丈清规》使禅宗的体制更加中国化，对禅宗自身的发展起到重大的推进作用。“不立佛堂，唯树法堂”，显示了佛法的崇高性质及僧众在佛法面前的平等地位。“清规”中许多有关禅僧生活的规定，一千多年来始终是禅宗和尚们的基本戒规。
（八）“一花开五叶”——五家宗派的形成
慧能著名的弟子有南岳怀让、青原行思、菏泽神会、南阳慧忠、永嘉玄觉，形成禅宗的主流，其中以南岳怀让、青原行思两家弘传最盛。
怀让禅师（677—744年），金州安康（今属陕西）人，俗姓杜。从六祖处开悟得法后，到湖南衡阳南岳居住，在那里大阐宗风。怀让禅师再传与马祖道一。
怀让继承了慧能禅学“无相”“无住”、不可言说、无所执著的般若思想，突出自然任运的特色。马祖曾居南岳传法院，“唯习坐禅”，见有来访者都不顾。怀让去，“亦不顾”。六祖慧能曾对怀让说：“汝向后出一马驹，踏杀天下人。”见马祖气宇不凡，怀让认为，六祖指的“马驹”就是此人。于是便对他进行诱导开示。有一天，怀让问马祖：“大德坐禅图什么？”马祖回答说：“图做佛。”怀让就取出一块砖，在石头上磨。马祖开始不理他，见他磨的时间长了，就问道：“磨做什么？”怀让回答说：“磨做镜。”马祖问道：“磨砖岂能成镜？”怀让反问道：“磨砖不能成镜，坐禅岂能成佛？”
接着，怀让又进一步开导他说：“汝学坐禅，为学坐佛？若学坐禅，禅非坐卧。若学坐佛，佛非定相。于无住法不应取舍。汝若坐佛，即是杀佛。若执坐相，非达其理。”马祖闻言，豁然开悟。
马祖（709—788年），名道一，俗姓马，汉州什邡（今四川什邡县）人，一般称“马祖道一”。马祖开悟后，奉事怀让十年，后来在钟陵（今江西南昌）开元寺，创“洪州宗”，入室弟子有一百三十九人，各为一方宗主。百丈怀海、南泉普愿、西堂智藏、大珠慧海、盐官齐安、归宗智常、盘山宝积是其中最著名的。百丈怀海、西堂智藏、南泉普愿被称为马祖门下三大士。马祖的禅法经百丈而化出沩仰和临济二宗。
行思禅师（？—740年），吉州庐陵（今江西吉安市）人，俗姓刘。从六祖会下得法之后，到吉州青原山般若寺安住精修，弘扬禅宗，世称“青原行思”。行思的资料很少，也是因为弟子石头希迁而知名。
希迁本姓陈，端州高要（今广东高要）人。他曾住衡山南寺，寺之东有块石头，平整如台。他就在上面结庵，当时的人称其为“石头和尚”。因希迁曾到曹溪找六祖参学，希迁初见行思时，行思就问他：“你从曹溪得着什么来？”希迁回答说：“未到曹溪时也未曾失落什么。”行思又问：“若如此，去曹溪做什么？”希迁回答：“若不到曹溪，怎知不失？”
有僧问希迁：“如何是解脱？”希迁反问道：“谁缚汝？”又问：“如何是净土？”他又反问：“谁垢汝？”僧人接着问：“如何是涅槃？”希迁仍是反问：“谁将生死与汝？”
希迁的著作《参同契》和《草庵歌》在禅门中流传很广。石头希迁的弟子最著名的有天皇道悟和药山惟俨，门下分别流出了云门宗、法眼宗和曹洞宗。其他著名的还有丹霞天然、潮州大颠等。
从马祖和石头二位大师以后，中国佛教的禅宗，即慧能的南宗，就分为五家宗派，闻名天下。达摩大师在传法与慧可大师时又说了四句偈子：“吾本来兹土，传法度迷津，一花开五叶，结果自然成。”禅宗学者认为，五家宗派的形成和发展，即是偈语的暗示。
五家宗派具体的传承如下：
第一家是临济宗。
马祖传百丈，百丈传黄檗希运，黄檗传临济义玄禅师，因义玄住镇州（治所在今河北正定）临济院而得名。
第二家是曹洞宗。
石头传蔼山，蔼山传云岩，云岩传良介禅师，这个法系是由洞山良介禅师与曹山本寂禅师师徒二人联合创立的，所以叫做曹洞宗。
第三家是沩仰宗。
百丈传灵佑禅师，沩山灵佑及其弟子仰山慧寂创立了沩仰宗。沩仰宗自仰山禅师开始，只传到第四代。到了宋朝初期这个宗派就已经不大闻名了。
第四家是云门宗。
石头传天皇，天皇传龙潭，龙潭传德山，德山传雪峰，雪峰传文偃禅师，因文偃住韶州云门山（在今广东乳源县北）光泰禅院而得名“云门宗”。到了南宋时期，这个宗开始逐步趋于衰微。
第五家是法眼宗。
雪峰传玄沙，玄沙传罗汉，罗汉传文益禅师，“法眼宗”由文益创立，因南唐中主李璟赐谥其为“大法眼禅师”而得名。
五家中，最兴盛的是临济宗。自从临济义玄禅师的最初法脉长沙楚圆大师以后，又分传出两个法系，一是传与南昌黄龙山的慧南大师创立了“黄龙派”，因其住黄龙山（在今江西南昌市）而得名。二是杨岐派，创始人是宜春杨岐山方会大师，因方会住杨岐山（治所在今江西萍乡县北）而得名。
禅宗“五家七派”的禅学思想，相差无几，大同小异。归根到底，同出一源，仅是门庭接引学人的宗风有所区别。
禅宗在五家七派以后，禅风有所改变，有“颂古”“评唱”等一类禅门偈颂行世。临济宗杨岐方会派下的圆悟克勤作《碧岩集》，影响很大。克勤弟子大慧宗杲提倡“看话头禅”，深受士大夫们欢迎。这种佛儒合流的倾向，影响到宋明理学的形成。
曹洞、临济两家禅学，自宋以后，经元明清三代，至今不绝。但是曹洞宗的势力不如临济宗，俗谓“临天下，曹一角”。
（九）元代以后禅宗的衰微与没落
1279年，元建都大都（北京），南宋灭亡。蒙古族上升为统治民族。元王朝实行民族等级制，按照民族的不同和被征服的先后，把国内的人民分为蒙古、色目、汉人和南人四个等级，并在官吏的任用和法律地位乃至其他的权利和义务方面，作出了种种不平等的规定。
虽然元代允许多种宗教并存，甚至宪宗蒙哥（1251—1259年）在对宗教加以保护的基础上，重点扶持佛教，把佛教的地位置于诸教之上。但蒙古贵族崇奉的是喇嘛教，历届皇帝都奉喇嘛教僧人为师，成为元朝的一大制度。由于南人是最低等级，主要在南方流行的禅宗自然要受到不小的影响，以至元代形成了“尊教抑禅”的倾向，在政治上，表现出对南人的歧视。
元王朝为了改变禅僧不重经教的学风，向江南禅宗兴盛地派遣讲经僧人，以此树立传统佛教典籍的权威，甚至支持把禅寺改成“讲寺”，如天台宗僧人性澄，请将国清寺由禅院改成“讲寺”，受到了忽必烈的支持。
中唐以来，由于佛教义学的衰微，“从教入禅”是一种时尚，入元以后，僧侣“从禅入教”成为新的潮流。由于北宗在元以后就销声匿迹，南方禅宗的正宗地位和主体地位仍在保持着。对元统治者，南方禅宗采取了消极对抗的态度。如临济宗的禅师中峰明本，就多次拒绝朝廷的征召，而元统治者对南方禅宗也减弱了压力，加强了怀柔的成分，“聘之不至，制金纹袈裟赐之”“加普应国师”，表现出对南方禅宗既有形势的肯定。
在元代，全国的寺院佛教事务由宣政院统一管理，寺院分为禅、教、律三宗。天台、华严、慈恩三家属“教”，而“律”为佛教各派共同尊奉。喇嘛教因理论与慈恩相通，慈恩便为元代佛教所重。当时的佛教是“二分天下”，形成了所谓“南禅北教”的格局，一直延续到明清两朝。
元代临济宗，在北方有海云印简（1202—1257年）一系，南方有雪岩祖钦（1215—1287年）一系。印简被称为中兴临济的人物，不过，此一系的法统并不很长。祖钦系是元代禅宗影响最大的一个支派，其中高峰元妙、中峰明本、云峰妙高、天如惟则、千岩元长是这一派的代表。
元妙（1238—1295年），号高峰，以话头禅和“三关语”接引和启悟参学者。他著名的三关语是：“大彻底人，本脱生死，因甚命根不断？佛祖公案，只是一个道理，因甚有明与不明？大修行人，当遵佛行，因甚不守毗尼？”
另外，元妙还有“室中三关”——“杲日当空，无所不照，因甚被片云遮却？人人有个影子，寸步不离，因甚踏不着？尽大地是个火坑，得何三昧，不被烧却？”两种三关语，并行于世，引导参学者了生脱死，彻底参悟。
明本（1263—1323年），号中峰，明本是元妙弟子中的佼佼者。他的禅学思想，体现在他对宗杲“看话禅”的复兴和对其他禅法的批判上。另外，禅净一致的理论，虽不是明本的独创，但他提出“禅即净土，净土即禅”，将“话头禅”与念佛法门结合起来，则是他的发明。
在元代密、教、禅、律四宗并存的局面下，明本提出禅宗是“一佛大觉圆满之心”，虽然四宗都是“一佛之旨”，没有高下优劣，但明本的禅学理论，既有为当时禅宗地位低下抱不平的成分，也有他对禅宗的自信。
1368年，朱元璋建立了明王朝，他主张以儒术治天下，治定了严密而有极强针对性的宗教政策，诏令禁止白莲社、大明教和弥勒教等他认定的“邪教”。为达到“化愚俗、弥边患”的政治目的，明统治者还多次对番僧（喇嘛）给予过高的待遇，以致引起朝野不满，最后世宗（1522—1566年）不得不“复汰番僧”，藏传佛教对内地的影响越来越小。
明统治者建立和健全僧司机构，强化佛教管理，朱元璋还多次颁布诏令，把寺院分为禅、讲、教三等，僧人也相应分为三宗，要求“各承宗派，集众为寺”，甚至对僧人的服装也加以具体的规定，这种严苛的政治环境，限制了禅宗的自由，切断了禅宗与其群众基础的联系，导致了禅宗的自然衰亡。
明初著名的禅师多出自临济宗。最有影响的是楚石梵琦（1296—1370年）。他得法于元叟行端，是大慧宗杲的五世法孙。有国初“第一宗师”之称。明中叶以后，有笑岩德宝（1512—1581年），得法于龙泉寺之无闻明聪禅师，是中峰明本的八世法孙。笑岩德宝是明代最著名的禅师之一。德宝提倡“念佛禅”，以念佛来取代参禅，主张默念“阿弥陀佛”“如此用心，不消半年一载，话头自成”。
他说：“净心一志念道……念道即是念佛，念佛即是念自心，自心能成自己佛。”
笑岩德宝门下有幻有正传（1549—1614年），正传门下又有密云圆悟、天隐圆修和雪峤圆信三位各传禅于一方的名僧，在当时被称为“临济中兴”。
曹洞宗在元代的代表人物北方有万松行秀（1166—1246年），南方有天童如净（1163—1228年），两位禅师被称为曹洞宗的两大宗匠。到了明代，著名的禅师则是无明慧经（1548—1618年）及其弟子博山元来（1575—1630年）和鼓山元贤（1578—1657年）。但总的看，随着佛教在入宋以后的衰落，禅宗在明清时期，已开始出现颓败的情景。清世宗雍正在一道上谕中批判当时“师以盲传，弟以盲受。人人提倡宗乘，个个不了自心。岂不使正法眼藏、涅槃妙心垂绝如线？……甚至名利熏心，造大妄语，动称悟道，喝佛骂祖，不重戒律，彼此相欺，卖拂卖衣，同于市井！……虽宗徒愈盛，而宗旨愈泯矣”！
世宗的这道上谕，揭示了当时禅学走向没落的情形。明清时期，出现了各种灯录和语录，禅学进一步文字化和义理化。许多著名的禅师，也都倡导禅净合一、禅净双修，禅宗出现了归向净土宗的倾向。宋明时期理学盛行，禅学开始依附于理学，佛教同儒道融合，在禅儒一致、三教合一的思想文化发展趋势中，禅学完全丧失了自己的独立性而走向没落。
尽管如此，中国禅学的文化精神，早已融入了传统文化思想之中，并对中国人的思想、情感和生活产生了深刻的影响。