元明清时期，对昆虫的研究有了进一步发展。
对昆虫形态习性的深入了解
李时珍在《本草纲目》中对蚁、蝇的生活史有描述：“蚁，处处有之，有大小黑白黑赤数种。穴居卵生。其居有等，其行有队，能知雨候。春出冬蛰，壅土成封……其卵名蚳……”；“蝇，处处有之，复出冬蛰，喜暖恶寒。……其足喜交，其蛆胎生。蛆入灰中蜕化为蝇”。对蚁、蝇的习性和生活史说得很清楚。但是李时珍说蝇蛆胎生是不正确的。蝇蛆实际上是由体外蝇卵孵化而成的，只是蝇卵小不易为人察觉。李时珍和另一著名学者王夫之对持续长达千年之久的蜾蠃之争，作了科学的结论，后者在《诗经稗疏》（1692）中说：“蜾蠃之负螟蛉，与蜜蜂采花酿蜜贮以食子同。物之初生，必须饲于母；胎生者乳，卵生者哺，细腰之属则必贮物以使之自食，计日食尽而能飞，……虫非能知文言六兰者，人之听之，仿佛相似耳。物理不审，而穿凿立说，释诗者之过。”
清·赵学敏在《本草纲目拾遗》（1756）中，对水黾、龙虱、蜜虎（燕尾天蛾）作了形象的描述。段玉裁在《论文解字》（1807年前）中记：“蛓，按今之刺毛虫是也，食木叶，体有棱角，有毛而彩色，能螫人，……其老而成蛹，则外有壳如雀卵，《本草经》谓之雀瓮，或出成蛾，放子如蚕子。”把刺蛾的生活史也说得很清楚。
家蚕研究的发展
元代建国初期，对农业生产的摧残破坏是严重的。在农田荒芜、农业凋敝、影响收入的严酷现实面前，有些君主（如忽必列）为统治考虑，采纳部分汉化知识分子（如耶律楚材）的建议，开始重视农业生产的恢复和发展。元世祖即位之初（1260）即在诏书中说：“国以民为本，民以衣食为本，衣食以农桑为本。”并“令各路监抚司晓通农事者无随处劝农官。”次年，立劝农司，公元1271年成立司农司专掌农桑水利，并颁布劝农立社条规十五条，以期尽快恢复农业生产。在这种情况下，产生了许多有关农业生产的专著。其中著名的有元司农司编的《农桑辑要》（1273）、王祯写的《农书》（1313）和鲁明善（维吾尔人）著的《农桑衣食撮要》（1314），继唐代《四时纂要》、宋代《陈旉农书》之后，成为我国科技史上的三大重要农学著作。这三部书中都有关于栽桑、养蚕和养蜂的内容。《农桑辑要》卷三专记栽桑、卷四专记养蚕、卷七记养蜂，多引用前代和元初诸书（如已失佚的《务本新书》）。其中详细地讨论到营养和温度对蚕发育和发蛾的影响，湿度对发病的影响，还提出了蚕苗、蚕蛾和蚕卵的选种法，提出了可用莴苣作为桑叶的代用品养蚕。王祯《农书》在第一至第二卷农桑通诀中记载种桑、养蚕和养蜂。其中第一次记载有蚕的龄期依地区而有不同：“北蚕多是三眠，南蚕俱是四眠。”还记有蚕在各个龄期中的体色变化：“蚕初生黑色，渐渐加食，三日后渐白，……纯黄停食，谓之正眠，眠起自黄至白，自白而青，自青复白，自白而黄，又一眠也。”还记有用“频饲”以调整龄期的方法和蚕病起因是由于桑叶带露，还记有用蚕母（养蚕人）着单衣感知冷热来调节温度的办法。《农桑衣食撮要》采取月令的形式，在三月和十二月记养蚕，其中在凉暖总论中记叙了“自蚁初生，将次两眠，蚕屋正在温暖。……至大眠后，天气炎热，却要屋内清凉”的调节室温原则。在饲蚕总论中提出了饲养与产量的关系：“蚕必昼夜饲，若顿数多者，蚕必蚤（早）老，少者迟老。二十五日老，一箔可得丝二十五两，二十八日老，得丝二十两，若月余或四十日老，止得丝十余两。”还记有在十二月和一月浴蚕的处理方法。
明代在制备夏蚕种的生产中，发现了家蚕的杂种优势。宋应星在《天工开物》（1644）中说：寒家将早雄配晚雌（就是一代性雄蚕与二代性雌蚕杂交），结果产生了“嘉种”。这是世界上最早的关于家蚕杂交优势利用的记录。明代除邝璠《便民图纂》（1502）、徐光启《农政全书》有关于桑蚕记载外，还有养蚕的专著如金瑶的《蚕训》（嘉靖年间）、黄省曾的《养蚕经》（1506）、许明达的《蚕谱》（万历年间）、沈如封《吴中蚕法》（万历年间）等多部著作。清代由于对外贸易的扩大，蚕丝出口急剧增加。我国产蚕区相应扩展，桑田种植面积扩大，密植和速成栽植法的采用，蚕桑生产技术也有很大提高，对蚕的生物学知识也更丰富。反映在清政府大力提倡栽桑养蚕，还御制的精美的耕织图和《授时通考》；养蚕的专著大批涌现，不下50余种。如薄松龄《农蚕经》（1705）、李拔《蚕桑说》（1751）、陈克任《蚕桑志》（1738年后）、王紫绪《蚕说》（1757年后）、杨艸《蚕证摘要》（1756）、韩梦周《东省养蚕法》（1757年后）、陈斌《蚕桑杂记》（1796年后）李聿术《桑志》（1796年前后）、周春溶《蚕桑宝要》（1818）、黄思彤《蚕桑录要》（1826年后）、杨名飚《蚕桑简编》（1829）、高其垣《试行蚕桑说》（约1820）、高铨《蚕桑辑要》（1845）、陆献《山左蚕桑考》（1835）、程岱弇《西吴蚕略》（1845）、邹祖堂《蚕桑事宜》（1846）、沈练《蚕桑说》（广蚕桑说》和《广蚕桑说辑补》（1875）等等，几乎每年都有专书刊行，形式多样，洋洋大观，对桑树的栽培、接条整枝、管理，蚕的选种饲养等都有论及。
蜜蜂习性研究
元初（1273）《农桑辑要》（卷七）“蜜蜂”记载有：
“新添：人家多于山野古窑中收取。盖小房；或编荆囤，两头泥封。开一、二小窍，使通出入。另开一小门，泥封，时时开却，扫除常净，不令他物所侵。秋花雕尽，留冬月蜂所食蜜，余蜜脾割取作蜜蜡。至春三月，扫除如前。常于蜂前置水一器，不至渴损。春月蜂成，有数个蜂王，当审多少，壮子不壮。若可分为两，止留蜂王两个，其余摘去。如不分，除旧蜂王外，其余蜂王尽行摘去。”
这里，对新收蜂群、蜂巢设置、扫除管理以及分封方法等，都说得很详细，说明对蜂群的管理水平又有提高。
另外，戴表元写有《义蜂行》的诗，描写了蜂群失后和新后继生的情况，很有意思：“群蜂仓皇述所适，竭走欲绝声呀呀；求之不得久乃定，复结一聚犹如麻。”
明代刘基在元初时，弃官入青田山，著有《郁离子》一书，其中有“灵邱丈人”一段，细致描写了养蜂专家的养蜂情况：
“灵邱之丈人善养蜂，岁收蜜数百斛，蜡称之。于是其富比封君焉。丈人卒，其子继之，末期月，蜂有举捉去者，弗恤也。岁余光且丰，又岁余尽去。其家遂贫。陶朱公之齐，过而问焉。曰‘是何昔之熇熇，而今之凉凉也？’其邻之叟对曰：‘以蜂’。‘请问其故？’对曰：‘昔丈人养蜂也；园有疖，庐有守。刳木以为蜂之官，不罅不，其置也，疏密有行，新旧有次。坐有方，牖有乡。五五为伍。一人司之。视其生息，调其喧寒。巩其构架。时其墐发，蕃则从之析之，寡则与之裒之。不使有二王也。去其蛛蟊、蚍蜉，弥其土蜂、蝇豹。夏不烈日，冬不凝澌，飘风吹而不摇，淋雨沃而不渍。其取蜜也，分其赢而巳矣，不竭其力也。于是故者安，新者息。丈人不出户而收其利。今其子则不然矣；园庐不葺，污秽不治，燥湿不调，启闭无节，居处枕，出入障碍，而蜂不乐其居矣。及其久也，蛄斯同其房而不知，蝼而螘钻其室而不禁，鹩鸟掠之于白日，狐狸窃之于昏夜，莫之察也，取蜜而。又焉得不凉凉也哉！’陶朱公曰：‘噫！二、三子识之。为国为民者，可以鉴矣。’”
全文通过善于养蜂和不善于养蜂的父子两代人的对比，把一位对蜂群的清洁、寒暖、晴雨、燥湿以及敌害防除各方面照顾得十分周到的养蜂老人，描绘得栩栩如生；对丈人的制箱、排放、管理、取蜜、分封一系列养蜂措施，记述得清清楚楚，使我们对当时养蜂技术水平有了完整的了解；把对蜂群管理的总则，介绍得既概括又系统，而这些原则至今完全适用。这真是一篇不可多得的佳作，它比世界推崇的德国齐松1945年发表的十三条养蜂原理，早了500多年。
古代餐桌上的食用昆虫
昆虫种类繁多，有的昆虫含有丰富的营养，味道鲜美，很早就是我国古代餐桌上的佳肴。
周代的《周礼·天官》中，就记有“蚳醢”。“蚳”就是蚁卵，“蚳醢”就是用蚁卵加工成的蚁卵酱，由鳖人（古代职官）搜集蚁卵，交给醢人（古代职官）加工制成蚁卵酱，供“天子馈食”和“祭礼”之用，是古代统治者的席上佳肴。唐代段公路《北户录》记：“广人于山间掘取大蚁为酱，名蚁子酱。”刘恂《岭表寻异》也提到：“交广间涧酋长收蚁卵，淘滓令净，卤以为酱。或云其味酷似肉酱，非官客亲友不可得也。”可见已被广泛食用。《礼记·内则》还有古代帝王用白蚁幼虫作酱供天了祭祀之用的记录。
古代供“人君燕食”的昆虫，据《礼记》记载还有“蜩”（蝉）和“范”（蜂）。《庄子》记：“仲尼适楚，出于林中，见疴瘘承蜩，犹掇之也。”就是描写一位驼背老人，在林中熟练在捕蝉，以供食用的情景。三国时，曹植还写过《蝉赋》，记述了蝉一生遇到过各种天敌，而最后的“天敌”是厨师。可见那时吃蝉的人很多。南北朝时，吃蝉的人少了，取而代之的是“蜂”。《神农本草经》认为：蜂子、气味甘平微寒，补虚嬴伤中，久服令人光泽不老。唐刘恂《岭表录异》中记：“房存蜂子五六斗至一石，以盐炒曝干，寄入京洛，以为方物《作贡品用）。”唐代，人们把蝗虫也列入食品，《农政全书》记：“唐贞观元年，夏蝗，民蒸蝗曝，飏去翅足而食之。”宋范仲淹疏说：“蝗可与菜煮食。”徐光启在《屯盐疏》还记录了当时天津地区人们把蝗虫当作美味食品互相赠送。缫丝后的蚕蛹可供食用。最早见于元吴瑞的《日用本草》，至今江浙一带产丝区的儿童还喜欢吃它。
有趣的是，古代人们还把臭虫、蜻蜓、天牛等昆虫作为“山珍海味”。例如《耕余博览》中记有：唐剑南节度使鲜于叔明嗜臭虫，“每采拾得三、五升，浮于微热水，泄其气，以酥及五味遨卷饼食之，云天下佳味。”古人竟能把臭虫加工成天下佳味，可见他们的加工技术多么高超。晋·崔豹《古今注》记载了食用蜻蜓的情况。陶弘景在《本草经集说》里记有：把蛴螬（金龟子幼虫）与猪蹄混煮成羹，白如人奶，勾人食欲。
清代赵学敏在《本草纲目拾遗》中引《滇南各甸土司记》说：腾越州外各土司中，把一种穴居棕木中食其根脂、黑色粗如手臂状如海参的棕虫（可能是一种天牛类的幼虫），视为珍馔。土司饷贵客必向各峒丁索取此虫作供。连棕皮数尺解送，剖木取之，作羹绝鲜美，肉亦坚韧而瞍，绝似东海参云。他还在“龙虱”条引方以智《物理小识》所记，把龙虱熏轮油润，去甲翅啖，也可以盐蒸食。实际上，现在我国广东一带市场上还卖作生食。我国传统名点八珍糕，就是用蝇蛆作调料，经过洗涤、曝干、磨碎等程序，与糕粉混合后复制而成的。
古人餐桌上的昆虫，在现代人类“食谱”中，大部分已经消失了。但蚁卵、龙虱、蚕蛹、蝗虫等，仍是人们的佳馔。在国外，昆虫也普遍地列入食谱。昆虫资源丰富，种类很多，繁殖能力强，营养价值也很高，在资料证明一些昆虫虫体中蛋白质干重含量高达30.8～72.02%，还有多种氨基酸、维生素等。我们应该加以研究，发扬我国古代饮食优良传统，把昆虫作为理想的新的食物来源加以利用，为人类生活再作贡献。
害虫防治研究
继汉、宋、金制定治虫法规之后，明成祖永乐元年颁布了第四道治虫法规。清代在《大清律例》和《户部则例》中对治虫规定更加详细。在持续的防治害虫斗争中，我国对昆虫的研究得到进一步的发展。
对于蝗虫的危害，明代郭敦催人泪下的诗句，写出了人民深重的苦难：
飞蝗蔽空日无色，野老田中泪垂血。
牵衣顿足捕不能，大枝全空小枝折。
去年拖欠鬻儿女，今年科征向谁说？
官朝醉卧闻不闻？叹息四首望京阙。
严重的灾害，迫使人们寻找蝗虫发生生活的规律，以治蝗减灾。明清时期许多学者官吏更写下了大量治虫的著作，对蝗虫的生活习性和防治都详加论述，达到了新的水平。明代徐光启说：“详其所自生，与其所自灭，可得歼绝之法矣。”这种认识是极为可贵的。他在《除蝗疏》中对蝗虫的生活史、蝗虫发生与环境的关系，都有进一步认识：“蝗之所生，必于大泽之涯。”“蝗初生如粟米，数日旋大如蝇，跳跃群行，是名曰蝻，又数日即群飞，是名为蝗……又数日孕子于地。地下之子，十八日复为蝻。”“蝗生于夏者，本年即出；生于秋者，患延来年。”对于蝗虫群栖、迁徙、群飞、产卵处所、蝗蝻群聚趋光的习性和不完全变态的发育，都有所了解。据此《除蝗疏》提出了改造蝗虫发生基地以根治蝗虫的办法：夏天的蝗虫卵最易孵化，但是如果卵产后八日内遇到雨水，就会烂掉。冬天，卵不易孵化，一定要等到春天才孵化。如果越冬卵遇到严寒或春雨，必会烂掉，可以根据这些特点控制蝗害的发生。《捕蝗要诀》（1855）、《捕蝗考》（1684）等根据蝗虫生活特点，提出篝火诱杀、开沟陷杀、人工捕打和掘灭虫卵等多种灭蝗方法，还有人提出了利用天敌（鸭子等）灭除蝗蝻一举多得的生物防治方法。2000多年来，我国古代人与蝗虫灾害进行了顽强的斗争，取得了巨大的成绩。但是像改造蝗虫发生基地这样根治的办法，在古代是无法实现的，只有在中华人民共和国成立之后，才可能得以实现。不过，不应忘记，当今世界上（特别是在非洲），蝗害仍很严重，而蝗虫又是一种繁殖很快，迁飞能力很强的害虫，在蝗虫发生基地没有完全改造和彻底消灭以前，蝗虫的发生和危害的可能性就依然存在，治蝗斗争就不能放松更不能停止。
我国古代人民对于其他害虫，如螟虫、粘虫、小麦吸浆虫、稻飞虱等也都有不同程度的认识，采取了从选择抗虫品种、精耕细作、清除杂草、轮种间作到药物防除等一系列办法，取得很大的成就。