环境治理手段是指实施环境标准、环境目标所需的支持和实施手段。在共同体环境政策早期，欧盟注重于针对当时存在的问题做出反应，大部分是控制或禁止手段以及强制性的技术标准，这种强制性的方式即立法手段。随着时间的推移，人们意识到，传统的命令加控制式的方法不能很好地适用预防的要求，于是欧盟弱化了过去那种方式，开始创设多种更具弹性的环境政策手段。从计划五开始运用四种手段：立法手段；市场手段；基础支持手段；财政支持手段。将它们系统化，并站在达成可持续发展的目标这个新的高度来加强这些手段。近年来，共同体出台了一系列有意促进环境政策的实施与生效的措施——这应该是欧盟新的政策手段，其中最重要的正是计划六中的三“I”（Implementation、Information、Integration）中的前两“I”。
一、市场手段
市场手段是指通过税收、成本核算等机制鼓励使用有利于环境的生产工艺、技术，引导重视和尊重环境的行为方式。市场手段有刺激性的和抑制性的两种形式。它们包括用来影响产品成本的经济手段以及鼓励使用对环境更少损害的过程和产品的经济手段。
直接管制和经济刺激是两种主要的环境管理手段。直接管制以大量法律法规、环境标准为基础，通过针对有关对象的直接指令来规范其行为；经济刺激则通过市场价格杠杆的作用，间接影响有关对象的行为方式。具体而言，经济手段的特点是：
刺激的目的是促使管理对象在各自分散决策中纳入环境成本的考虑；
行为调控通过市场信号（价格）的刺激而非行为（权力）限制来实现；
污染者能够直接地（通过税费标准）或间接地（通过价格变化）获知某种环境资源的成本；
污染者自由选择最适合（“成本—效益”最佳）的降低污染的具体途径。
环境管理中的经济手段是欧盟及其成员国非常重视的措施。主要原因有二：一是传统的直接管制（命令加控制）方法日益显露出管理费用高昂、执行困难，不利于大幅度减少环境损害的缺陷；二是得力于经济学家的大力鼓吹。经济学家认为，在一个主要依靠市场力量分配资源的经济中，最好应把环境退化的原因视为市场未能产生经济动力系统。经济刺激手段通过对损害环境的行为收费，提高继续这种行为的成本，从而引导产生损害的实体（企业和家庭）采取成本更低、有利于环境的方式达到某种目的。这种手段是一种以市场为导向的自我规范的手段，一旦实施，市场力量就会解决其他问题，从而具有更高的效率，与“命令加控制”方式相比，能够以较小的成本达到同样的环保目的。
在1989年起草的关于“1992年环境问题”的报告中，委员会任命的特别工作小组强调：“经济手段或市场手段——特许费、可转让许可证和其他措施，如政府和工业企业之间的协议，是为确保统一市场带来的经济增长同时照顾环境利益的一种合适的手段。”1993年实施的计划五要求更系统地采用经济手段。环境经济手段多种多样，包括征税、征收特许费、交付押金、颁发可转让许可证、给予财政援助、签订环境协议，以及所有其他可鼓励企业更好地将环境因素纳入企业管理中的经济手段。生态标签、环境审计制度是典型的市场手段，在第四章已详述。本节介绍自愿协议和税收手段，这是欧盟持鼓励态度、其成员国使用较多的两种手段。
1.环境协议
环境协议是一种重要的经济手段。委员会在1996年即采纳了环境协议，强调这类协议的优势：是一种对工业行业非常有效的方式，是一把钥匙开一把锁式的解决办法，可快速达成环境目标。2002年7月委员会发布了一个行动计划，鼓励自愿承诺和协议，促进企业的环境绩效，实施可持续生产方式。
环境协议有三种不同的来由方式：在委员会没有起草有关法令或并未有意为之的领域中，由利益相关者达成的协议；利益相关者所采纳的为响应委员会提议而来的协议；从委员会的提议中所确认的协议。
环境协议按约束形式可分为自我规范和共同规范两种。自我规范意思是共同体层面并未强迫要求，利益相关者自我约束而来的形式。与自我规范相关的协议一般在社会伙伴、经济行为者或一些行业协会等之间达成。自我规范的形式不包括法律手段，委员会也从来不打算对它们进行评估。共同规范的协议则是在共同体法令的框架内达成，规定有环境目标、时间表、实施细节、监控方法和因没有遵守协议而来的惩罚。这类协议一般由委员会提议。委员会对自我规范主要采取鼓励、承认的态度，而对共同规范则利用它们形成法令从而造成一定程度上的强制性。
总体上讲，环境协议以自我规范为主，不具有强制的约束力，而是依靠道德劝说和自我规范来改变企业的污染行为。环境协议给相关的企业更多的自由，具有更大的灵活性，因此签订环境协议比通过一项法律更容易、更迅速。而且环境协议能鼓励企业更好地将环境保护纳入企业管理甚至企业战略之中，是一种既能达到环境保护的目的，又可以降低政策实施成本的有效的环境管理手段。
欧盟在很多领域提倡环境协议，例如欧盟环保部长1998年10月在卢森堡与欧洲汽车工业界达成的如下重要协议：到2008年生产的汽车百公里耗油量降低到6升，与1998年相比耗油量降低25%，二氧化碳排放量降低到每公里140克，温室气体的排放减少15%（这是欧盟国家在气候公约中所承担的义务）。
由政府和某个部门的企业所签订的环境保护协议在欧盟国家非常盛行。在这方面经验最丰富的首推荷兰。荷兰已有100多个环境协议，涉及大多数工业污染部门。协议内容包括：①减少电力生产设备中排放的挥发性有机化合物、二氧化硫和氮氧化物或家畜产生的氨；②净化服务场所污染的土壤；③处理带包装和塑料物质的废弃物；④节约能源；⑤减少工业噪音。特别是在涉及化学、印刷和制奶业的环境协议中，荷兰已经制定了详细的反污染计划。公共权力机构参与起草和签署环境协议。1989年和1990年分别制定的两个“国家环境行动计划”为确定环境协议提供了总体框架。计划在2010年实现可持续发展。为此，主要的任务之一是“将环境责任内部化”，引起一些活跃的部门如农业、运输、工业、建筑、废弃物处理和供水的重视。荷兰已签订的协议可分为三类：其一，完善现行环境法规的协议；其二，在通过新的法规之前临时适用的协议；其三，在没有法规的领域签订的独立的自愿协议。
在丹麦，自1987至1997年就签订了16个环境协议，涉及节约能源、废弃物处理、逐步销毁一些物质和净化被污染的风景区。
在德国，从70年代开始至90年代末已签订了80多个自愿协议，涉及废弃物处理、逐步销毁某些物质、向水中排放污染物质、二氧化碳的排放等。除了在巴伐利亚签订了一个普遍性协议外（协议内容包括企业加入环境管理系统、减少废弃物排放、增加使用铁路作为交通工具等），公共权力机构不正式介入协议的签署。然而，这些被认为是单方面宣言的协议规定了工业企业提交报告的义务。
法国是第一个在政府与企业之间签订环境保护协议的欧盟成员国，协议是在法国环境部与水泥工业企业之间签订的。至1997年，政府与主要污染责任工业部门共签订了20多个协议，其中大多数成为立法和国家公布的标准的基础。例如，关于超过使用期的汽车予以报废的框架协议，其目标是降低废弃物排放的最大限值。这一目标被写进75-633号法律中，92-646号法律对此进行了修改，规定了2002年排放废弃物的最大限值。框架协议规定：至2002年，报废汽车平均产生的废弃物不超过汽车总重量的15%；长期目标是不产生超过汽车总重量5%的废弃物。签署这个协议的主体有法国环境部、工业部、对外贸易部、汽车设计者、设备供应者、废弃物拆卸部门、回收和再利用工业企业以及原材料生产者。
2.环境税收和收费——在单一市场内使用税收杠杆
税收（taxes）和收费（charges）合称为征税（levy），由成员国征收。环境税是欧盟鼓励采用的一种经济手段，大力提倡对环境有利的绿色税收。设立环境税（费）的目的，在于通过对环境各种用途的定价来改善环境。环境税（费）制度包括税收或收费、税收减免、对不同的产品实行差别税收（即对有益于环境的产品实行最低税收）。环境税收和收费能作为一种应用“污染者付费原则”（PPP）的方法，引导消费者和生产者采纳环境友好的行为，也促进成员国采取财政措施，提高环境政策的有效性。由于普遍认为环境税较美国所创议的排污交易制度更为可行，因此几乎所有欧盟成员国都不同程度地先行实施了环境税。瑞典、丹麦等北欧国家走得更远，已不限于零打碎敲式地以新环境税解决新产生的环境问题或取代、补充现有的规章制度，而是采纳“一揽子税改计划”，即对税收体系进行综合重构，把税收负担从所得税移到消费税（包括环境税），从而在税负大致不变的同时实现环境目标。
某些成员国以往的环境税是对有害产品征收一定费用，目的在于通过提高有害原料的成本，鼓励生产者和消费者使用对环境更为安全的产品，也是欧盟成员国把环境成本打入产品价格的一种方法，这样对改善环境资源有显著的刺激作用。例如，1975年一项欧共体指令要求将废油的回收作为污染防治的手段。作为回应，德国对润滑油征收环境税，很快取得了良好的效果，以不符合规章的方式处理的废油由1979年的9.2万吨下降到1989年的5000吨。意大利对润滑油使用了相似的税收，取得了很大成功，收集的废油从1985年的5.5万吨上升到1986年的10.5万吨。近年来，欧盟国家还引入了一些被认为具有环境意识的税收，鼓励消费者使用污染少的产品，比如，比利时和丹麦对电池、蓄电池、剃刀、一次性照相机甚至轮胎征收环境税；在意大利，对生物不可降解的塑料包装袋征收100里拉的税（为生产费用的5倍）；在丹麦、芬兰和瑞典还对不可处理的饮料容器征收环境税。并且这些税一般由制造商和生产商支付。欧盟成员国还适当实行税收差别政策，充分发挥环境税的鼓励作用。英国、德国、丹麦、荷兰等国都对含铅汽油实行差别税收制度，对符合一定标准（如配有尾气催化净化器）的车辆实行优惠税收。实践证明，这种税收差别政策能够有力地扶持引导环境无害产业和环保产业的发展。
欧盟现有两大类的环境征税：一是排污收费，如在水污染、航空领域的噪音税收；二是产品税，如农药税、汽油消费税等。
为了解决一些日益迫切的环境问题，欧盟及其成员国逐步增加了一些税种。如对含碳燃料征收碳税、对含硫燃料征收硫税等，以解决气候变化、酸雨等问题。丹麦、芬兰、荷兰、瑞典和德国等国从1990年开始征收碳税，奥地利、卢森堡、比利时也即将开征。这种碳税对于减少这些国家的二氧化碳排放量具有积极作用。又如瑞典自1990年起对燃料的硫含量征收每千克硫超过4美元的税。税收管理成本不及普通税收的百分之一，但明显起到了鼓励使用低硫燃料和总体上削减能源使用的效果，使瑞典全国减排目标的实现提前了几年，并带来了大规模的燃料更新。
实践表明，以经济手段为主的环境管理能有效地降低政策的实施成本，比单纯地就污染而采取末端治理的手段能取得更好的环境保护效果。然而，经济活动为其固有的运行准则所制约，在其运行机制中很难或不可能给环境保护活动提供应有的空间和地位。因此，经济手段现在只是作为直接管制的补充而形成所谓“混合型”模式。但是，随着欧盟对经济手段的越来越重视与各成员国实践的进一步成熟，经济手段有逐步发挥更大作用的趋势。
二、基础支持手段
基础支持手段（或称横向支持手段）是指完善必要的社会条件，为共同体环境政策提供一个基础平台。支持手段现有以下几种：改进环境数据；科学研究和技术开发；公共计划程序，指共同体层面上或成员国中的开发项目，对其中一些规定目录内的项目必须作环境影响评价；公众信息。
以下有选择地举例说明基础支持手段。
1.环境影响评价（EIA）
欧共体第85/337号指令建立了环境影响评价制度。该指令要求成员国主管机关在给一些特殊项目颁发开发许可前，要对那些项目可能带给人类和环境的直接或间接的影响作一个评价；开发人必须向成员国主管机关提供有关项目的详细信息，包括避免、降低或者补救重大不良影响的措施，说明或者评价环境影响的必要数据，以及对这些数据的总结。成员国主管机关应当审查开发申请、开发人提供的信息和作出批准决定的条件。在作出决定之前，开发人应当有接受评价的机会。如果项目对其他成员国可能具有重大影响，该成员国有权获得有关信息，并且参与协商。
该指令附录1列出了必须经过环境影响评价的第一类项目：大型石油加工、大型火力发电站、放射性废弃物处理、高速公路、长途铁路、大型机场等。该指令附录2列出了那些因为其自然特性、规模或地理位置极有可能对环境造成重大影响而必须作环境影响评价的第二类项目。
1994年3月，委员会提出了修改第85/337号指令的建议，目的是使环境影响评价程序更加透明，提高环境考虑在开发项目程序中的地位，使开发人更加注意其行为的环境影响。
尽管有些成员国在执行第85/337号指令上明显拖延或者没有达到指令的要求，该指令还是在所有成员国得到了实施。所以，环境影响评价是一项至今发挥着重要作用的环境管理制度。
EIA只是对某个建设项目进行环境影响评价，但是很多的环境破坏却是在发展战略中就可以避免或降低其影响的，所以欧盟在计划六后提出了SEA，即战略环境评价。SEA是指在发展战略或规划中即进行环境影响评价，SEA是一项欧盟正在加强的措施，将在环境保护工作中发挥越来越大的作用。
2.欧洲污染排放与转移登记制度（PRTR）