日军在南京的另一暴行是对一切财物的掠夺。从城外到城内，从城内各个角落到难民区，无时无处不抢。全城所有私人住宅，不论是中国人的还是外侨的，都遭日军“光顾”，劫掠一空。抢劫的时间，长达2个月。特别令人气愤的是，抢劫、强奸、纵火往往是同时进行，有时还要杀人灭口，搞得不少市民人财两空，家破人亡。一位外侨在信中说，“城内几乎每所房子都遭到了日本兵掠夺，即使美国、英国、德国使馆和大使官邸及外侨住宅，也未能幸免。各种车辆、衣服、被褥、毛毯、钟表、字画、食物、现金，以及其他稍有价值的物品，都是他们掠夺的对象。”
日军在南京大肆抢劫日军大规模的抢劫是在其既定的掠夺政策指导下，有组织地由各部队进行的。南京金陵大学教授贝德斯博士在远东军事法庭作证说：“这种抢劫是非常有组织的，使用了许多军用卡车，并且在军官的指挥下进行。”日军有组织掠夺的主要对象是机关、学校、工厂、仓库和商店。一位留在南京的美国公民在信中写道：“南京的店铺尚未遭到袭击的，只有国际委员会的米店和军用仓库。大多数的店铺，日本兵一来，先把明显的东西抢走。接着在军官的指挥下，有计划地把一切物品用军车拉走，尔后付之一炬。”根据战后南京市临时议会不完全调查统计，在南京事件中，日军共抢劫各种器具30.9万多件，衣服590多万件，金银首饰1.42万两，书籍14.86万册，古字画2.84万件，古玩7300件，牲畜6200头，粮食1200万石。所抢劫的其他财物，如工厂设备、原料、车辆、铁器等尚未统计。
纵火是日军摧毁古都南京的主要手段，也是其重要的暴行之一。日军占领南京之初，就在其军官指挥下，士兵手执火把在大街小巷横冲直撞，到处随意放火。12月20日，一位外侨在日记中写道：
暴行继续发生。全城大火蔓延。下午5时，我和史密斯乘车外出，城内最繁荣的商业区太平路一带，火焰冲天。向南行，我们目睹日本兵在店铺内放火，再向南行，看见日本兵忙于把东西装入军用卡车。夜间，我从窗口眺望，14处火舌正向天空飞腾。日军不仅在城里纵火，而且郊区农村也没有逃脱日军的洗劫。
日军纵火时间长达数月。德国驻华使馆外交官罗森，1938年1月15日在给德国外交部的报告中说：“日本军队放的大火在日军占领一个多月之后至今还在燃烧”。这次日军纵火破坏究竟有多大？远东国际军事法庭判决书认定：“市内的商业区一块一块的，一个接一个的被烧掉……全市约1/3被毁了。”至于郊区，则“在南京四周200华里（约66英里）以内所有村庄，大体上都处于同样的状态。”另据战后南京市临时议会1946年公布的《抗战损失调查》表明，全市共损坏高大华丽房屋748幢和3.1万多间。