南京大屠杀事件决不是偶然的，它是日本法西斯一次有计划、有组织、有预谋的行动。
进攻南京，妄图用恐怖手段迫使中国政府投降，是由日本最高当局一手阴谋策划的，松井石根则是这一阴谋计划的具体组织者和执行者。
1937年8月15日，日本政府发表了“膺惩暴支”的声明。9月5日，日本外相广田弘毅在议会宣称：“我国为了使这种国家反省他的错误，而决心予以决定性的打击。”对于这些，松井石根是心领神会的。他在接受上海派遣军司令官一职时，曾对陆相杉山元说：无论如何要攻打南京，并且声言：降魔的利剑现在已经出鞘，正将发挥它的神威。他笃信只有武威，才能迫使中国人民畏服。在他亲自起草的《攻克南京城纲要》中，规定了占领南京后，由各部队“分区对城内进行扫荡”的任务。
战后，远东国际军事法庭判决书也认定：“对都市或村庄居民实行屠杀……这就是日方所谓的‘膺惩’行为。这些行为在中日战争中一直未停过，其中最坏的例证就是1937年12月对南京居民的大屠杀。”
日军在南京有组织的大屠杀，显然是得到了指挥官的许可而实行的。日军上海派遣军司令官朝香宫鸠彦，曾向所部下达了“机密，阅后销毁”的命令：“杀掉全部俘虏。”该军第16师师长中岛今吾和第13师第103旅长山田旃二在日记或笔记中，都记载了执行虐杀俘虏的命令和残杀俘虏的情况。隶属于上海派遣军的两个师是这样，归第10集团军统辖的第114师也不例外。该师第66团第1营在其战斗详报中也记载有“根据旅团命令：俘虏全部杀掉，其方法可以10多名为一组枪杀。”
由此可见，不保存俘虏的方针绝非那一个部队的发明，至少是来自日华中方面军的指令。此外，日第10集团军所属第6师随军摄影记者河野公辉，到该师司令部采访时，看到一份关于屠杀平民的命令文件。内容是：“不容许共产主义的暴虐，为粉碎共匪的猖獗活动，农民、工人自不待言，直至妇女儿童皆应杀戮之。”正是在这一方针和命令下，侵华日军制造了一个又一个大屠杀事件。
至于日军在南京奸淫、纵火和破坏的暴行，也是在日本当局和军官的纵容下进行的。对于日军强奸妇女的暴行，师长中岛今朝吾曾若无其事地说什么“强奸妇女在战争中是不得已的。”一位曾参加过侵华战争的日本“志愿兵”在手记中写道：“上级号召士兵们要去养精蓄锐（搞女人）”，并挑唆说，“没有接触过女人的人，就打不了仗。”日本兵在南京的劫掠和破坏，是在日军下达“在当地征收粮食，自谋自活”的征收令的幌子下干的。一位曾参加过这一暴行的日本兵追述说：正是这个征收命令，使“军人们变成了到处偷袭抢夺谷物、家畜来充饥的匪徒”，“使下级军官发狂，不但抢夺粮食，而且强暴了中国妇女。”
日军在南京所犯的种种罪行，还得到了日本当局的默许和支持。南京国际委员会自1937年12月14日至21日，先后12次向日本大使馆提出抗议，并在照会中附录烧、杀、淫、掠罪行计113案，促请日本当局注意约束部属，防止暴行扩大。但是，日本当局对抗议信函一概置之不理。