除了最残忍的大屠杀外，就是对无辜的妇女进行野兽般的奸淫蹂躏。一位曾参加过攻打南京的日本兵田所更三揭露说：“受害最深的还是女性。不管老太婆也罢，什么也罢，谁也逃不过去。我们从下关派出木炭卡车，到各村落、各街坊掳来许多女人，分配给士兵们，大致15～20人分配到一个，找到仓库等墙边挡太阳的地方，拿些树枝树叶遮一下，当做强奸场所。中队长用图章盖在纸上，叫做‘红卷’，大家拿着这个东西轮流入场……奸过之后，还要把她们杀死。”一位目睹日军这一兽行的原鼓楼医院外侨麦加伦牧师，在12月19日的日记中写道：“一周过去了，这里成了世上的地狱……我是有生以来第一次闻知有如此残忍之事。强奸、强奸、又是强奸，我们计算一夜至少有1000多起，连白天也有好多这样的事。如果有抵抗或者不答应的话，就用刺刀刺死，或者用枪打死。我们能够在一天内写上数百件。民众在绝境中呻吟着。”
被日军轮奸后杀害的妇女横行无忌的日军不管在什么地方，只要见到妇女就强奸。金陵女子文理学院收容妇孺9000多人。数日内，“被其奸淫之妇女约占半数”。南京国际委员会致日本大使馆的公函中称：“难民区每天有许多妇女横遭蹂躏，其中有牧师的妻子，有青年会工作人员的妻子，有大学教授的妻子，他们平时都洁身自爱，清白无瑕。”淫虐成性的日军即使对年逾古稀的老妇和尚未成年的幼女也不放过。一天，3个日本兵闯入三牌楼郑姓家中，轮奸了一位已经60多岁的老妇，其孙哭泣不已，被刺两刀。水西门外，某寡妇有女3人，长女18岁，次女13岁，小女9岁，均被日军轮奸。小女儿当场死去，长女、次女亦不省人事。残暴的日军对孕妇和刚分娩的妇女也进行凌辱。12月19日，一名孕妇被日军拉着要强奸，婆婆前去阻拦，被一脚踢开，用刀剖开腹部，胎儿流出，两条性命俱丧。赛虹桥北村55号张孟氏，分娩不久，即遭日本兵强奸，因伤势过重死去。在被日本兵强奸的妇女中，还有出家的尼姑。一位名叫松泉的女尼，于五福横首24号，被日本兵强奸致死。
日军不仅肆无忌惮地强奸、轮奸妇女，更为凶残的是许多日军在奸淫妇女后，又用种种残暴手段将其杀死。据当时目睹这一惨状者记述：“有时用刺刀将奶子割下来，露出惨白的肋骨；有时用刺刀戳穿下部，摔在路旁，让她惨痛呼号；有时用木棍、芦管、萝卜塞入阴部，横被捣死，日寇则在一旁拍手大笑。”一些残暴的日军在蹂躏妇女之后，还灭绝人性地强迫公奸其媳，父奸其女，子奸其母，僧奸少女，以供取乐。据一目睹者说：日军进城第四天，一伙日军闯入水西门的刘姓家中，见-少女，“强令脱去衣服，迫其父母各执一足，然后轮流强奸”。继之强令其父强奸其女，父不允，日兵则以刺刀猛刺，父女同时毙命。一天，一个十八九岁的姑娘，扮成男子出城寻找父母，不料在中华门被守城日本兵识破，当即被拖入卫兵室轮奸了。这时，正好一个和尚走过来，日兵即令其续与行奸，僧拒不从，被处宫刑致死。
日军在南京大规模的兽行，延续达6周之久，涉及地域之广，强奸人数之多，其手段之毒辣，在人类历史上实属罕见。据远东国际军事法庭认定：“在占领后的一个月中，在南京市内发生了2万起左右的强奸事件。”日军的种种兽行表明，其人性已经泯灭殆尽。就连日本的盟友、德国政府也从它派出的代表得到报告说：“这不是个人的而是整个陆军，即日军本身的残暴和犯罪行为。”该报告最后把制造这种暴行的日军称为“兽类的集团”。
日军在侵战南京后的所作所为，在中国人的心里留下了永远也磨不掉的阴影，中国人应时刻谨记。除此，还要对此进行社会学、人类学乃至心理学的科学分析，因为有史以来的侵略战争还不曾有此记录，说明了日本人的残暴和心理畸形。