使用牙签清洁牙齿，古来有之，如有以金、银、象牙制作的带有各种装饰的牙签。目前市场上出售的牙签多用竹、木制成，这种牙签价廉，取材容易。近年来国外普遍使用一种带牙线的塑料牙签，因其光洁度好，洁牙效果好，如应用得当对牙龈损伤小。
就目前使用的牙签，首先应选用光滑无毛刺，质坚而不易折断的牙签。无论是竹、木或金属制作的牙签，其前端应呈扁圆形或三角楔形，以减少剔牙时的损伤。使用牙签时，应将牙签的头朝着牙齿的殆面方向，抵在牙齿的颊面上，以45°滑行到牙缝内，顺着牙缝剔，上牙向下外侧剔拔，下牙向上外侧剔拔。如遇纤维性食物嵌塞时可做颊、舌侧穿刺动作来剔除。剔除后再用水将剔出的残渣漱出。切忌垂直插入牙缝内，那样可造成牙龈损伤，甚至使牙龈萎缩，牙间隙增大，更加重食物嵌塞，而引起牙龈炎、牙周炎和牙齿邻面龋坏。因此，应掌握正确的牙签使用方法。
牙线使用方便，效果较好，值得推广。在使用时，可以以双手执牙线（可为尼龙线或丝线）置于嵌入食物的牙缝处，适当用力压人牙缝间，内外牵拉带出嵌入的食物，这样既可清除食物残渣，又可避免对牙齿的损伤，而且可以清洁牙齿的各个邻接面，起到牙刷及牙签所起不到的作用，是牙齿保健不可缺少的较为理想的工具。现在国外有出售带有柄的牙线，使用更为方便。使用牙线时，牙签就可作为辅助工具。