嘉靖皇帝斥责廉直忠耿的何孟春为“毀君害政，变乱是非”、“倡众逞忿，非大臣事君之道”（注一）。
斥责、罚俸、左迁；使一向守本分，遵礼法，凡事讲究中庸之道的文徵明，对何孟春的遭际，也不能不感到寒心。他《送何少宰左迁南京工侍二首》中，先把何氏比拟为忠言被放的三闾大夫屈原；次首，则比之为大叹“总为浮云能蔽日”的诗仙李白：
“何人发难干伦纪，有客输忠翼圣明，礼重乾坤那可易？事干名教得无争！百年富贵浮云淡，万里江湖白发生；李白从来多感慨，凤凰台上望神京。”（注二）
吏部尚书乔宇，对立国百五十余年的明朝而言，像王阳明一样，可谓有再造之功。
宁王叛军初起的时候，即率大队人马，出鄱阳，蔽江而下，声言直取南京。
但，这时的南京兵部尚书乔宇，却是一副了不为意的样子，不时带着宾客，到南京城外，饮酒作乐，谈笑自若，实则密察形势，暗置兵马，以为攻防准备。结果南京中外宴然，非但民众安堵如常，连赶赴秋闱的士子，也依旧陆续进入南京。
颇富才略的指挥杨锐，署为安庆守备，是乔宇布在九江、湖口到南京之间的一着险棋。宸濠原本无意攻取安庆，只想顺流而下，和乔宇一决雌雄。文武兼具的知府张文锦、都指挥杨锐、指挥崔文，一面令军士鼓噪，一面登城，大骂宸濠。兵贵神速，只是，宁王经不住这种激怒，顿时忘记了此行的主要目标，竟把艨艟战舰，停留在安庆城外，下令抢攻。而战事也就在张文锦和杨锐、崔文激励士气，誓死守城的情況下，胶着下来。
安庆的久攻不克，成了宸濠的致命伤，也成了战争的转捩点。在南京的乔宇，利用这段宝贵时间，一举肃清了准备为宸濠作内应的三百名死士，悬首江滨，使宁王闻风丧胆，失去了东进的勇气。在江西的王阳明，则出其不意地攻复南昌，断绝了宸濠的退路，并积极部署鄱阳湖中的决战，终使声势浩大的叛王，转瞬之间，一举成擒。
在正德南征的漫长两年期间，江彬屡谋不轨，均经乔宇牵制，化解于无形之中。
江彬索取南京宮门锁钥，乔宇指示都督府说：
“守备者所以谨非常，禁门锁钥孰敢索，亦孰敢予；虽天子诏不可得！”（注三）
江彬不时矫旨，诸多需索，乔宇则一一当廷面白，使江彬不得不为之收敛。
南京及随驾诸臣，三次伏阙，请驾回銮，以免横生枝节，均为乔宇暗中倡导，而他自己也一再伏阙请驾，并一直扈送正德皇帝到扬州，以防不测。
朱厚熜即位，召乔宇为吏部尚书，嘉靖初年的许多用人行事，多由乔宇所策划，使天下欣欣望治。
渐渐地，由于对兴府候补官员的任用、外戚封爵，以及议礼等问题的看法，与皇帝意见诸多不合，感到处处掣肘，乔宇只好乞求致仕。当御史许中、刘隅等觉得乔宇是不可多得的人才，疏请慰留时，嘉靖皇帝对这卫护过明朝命脉的长城，去留了无顾惜：
“朕非不用宇，宇自以疾求去耳！”（同注三）
晋用南京兵部前，乔宇曾拜南京礼部尚书。文徵明杖履从游，久列乔氏门墙。此次金台握别，倍感依依，也为梁柱之去，有着无限的惋叹：
“四十余年仕阙廷，归来双鬓未全星，一身用舍关天下，千载风流尚典型。启事从来夸水鉴，移文曾不愧山灵，等闲颂德知何益，自有勋名照汗青。”——《送乔冢致仕还太原》二首其一（注四）
乔宇是诗人，也是著名的书家，他篆隶的表现，颇具李斯和李阳冰的风貌，评者谓为有明第一。去职数年之后，乃师杨一清卒，乔宇渡江吊祭，行至南京时，父老出迎。忆及宁王叛日，阻敌、固防的各种措施，及正德末抵制江彬、伏阙请驾等对社会与生民的功德，人们莫不举手加额，争相颂赞：
“活我者，公也。”（同注三）
大概，这也就是文徵明赠别诗中所谓：
“自有勋名照汗青”了。
文徵明在《怀归诗》序中写：
“徵明自癸未入京，即有归志，既而忝列朝行，不得即解，迤逦三年，故乡之思，往往托之吟讽……”（注五）
在这漫长的三年时光中，随着离家的时日和时序的变化、好友的聚散、体康的否泰、政局波荡等不同的因素，文徵明的心灵，也起伏不定。纵观他三年来的吟哦，可以分成几个不同的感情层次：
春日骑马郊游，无论城西的玉泉，或城南的清浅溪流，都能使他暂时沉醉。柔嫩的柳条，轻拂着青衫皂帽。从树梢上面，隐约露出一抹淡淡的山色，仿佛带着会心的微笑，大有“相看两不厌”的意味。无垠的碧草，与溪畔青苔上的点点落花，映照出一种特别的情趣，文徵明顾而乐之，所吟咏出来的小诗，也轻快得像淙淙流过的细波：
“……地偏白日无留鞅，春尽青苔有落花。三载京华尘土里，只应此际不思家。”——《春日郊行》（注六）
这种宜人的春景，使文徵明置身于陶然忘我的境界，怀归情绪，一时为之荡然，是怀归诗中，仅有的一剂清凉散。
玉堂值夜，阒寂中，遥闻刻漏悠长的声响，掺杂着几声细碎的铃索，使睡意蒙眬的文徵明，分不清身在瀛洲，或江流环绕着的故乡。
秋日早朝，待漏宮门。殷殷的钟鼓，在乍分的曙色中敲击着，给人一种心神不宁的感觉。紫云阁仍旧在氤氳里，隐隐现现。缕缕乡愁，就在这种单调刻板的时刻，缠绕、啃噬着他。鼓声和那片带着凉意的玄色氤氳中，他看到了石湖的帆影和石湖精舍四周的篁丛，感到故园、林壑间猿鹤那种幽怨期盼的神情。
“……常年待漏承明署，何日挂冠神武门，”——《秋日早朝待漏有感》（同注六）
那是发自他心灵深处的声音，一种遥远的，故乡的呼唤。
“南望吴门是故乡，兴怀山泽意偏伤；一行作吏违心事，千载移文愧草堂。……”——《次韵卢师陈二首》（其二）（注七）
类似的诗句，几乎成了文徵明的口头禅。面对乡友同样抑郁的眼神，北方的烈酒，沿着喉咙，火一般的流下，不久便在文徵明的脑海中，扩散成洞庭东山一树树初熟的橘苞，菰米羹混杂着飘浮在空气里的桂香。横塘听雨的景象，则永远像挥洒中的水墨画，痛快淋漓，透着一种日暮风急的凉意。
以上种种，在文徵明诸般乡愁中，只是像一袭轻纱那样，充斥于生活里面，似有若无，却是挥之不去。
依据某些年表记述，文徵明嘉靖二年六月家书中，提出妻子进京之议，推测八月由苏州动身，当年九月，即可夫妻团聚。但也有的年表显示，徵明夫人吴氏，直至三年八月，始由吴下起碇。如果后者为真，这漫长的孤独与等待，足以使文徵明的愁绪，浓得像一杯酽茶。其时，文彭二十八岁，文嘉小长兄四岁，虽然均已长大成人，但显然既不了解朝事的纷乱，也难以体会背井离乡的父亲的心境，对万金家书，不免有些疏懒。文徵明自己又何尝不是呢？愁闷当中，反而很少修书给家人好友，一叙衷曲。桃李满园，燕子衔泥，恼人的柳絮，飘飘飞舞，儿子的家书，却是杳然无踪；文徵明一面抱怨儿子少不更事，一面也怪自己慵懒和烦乱，多少知音好友，竟连封信，连首诗都没有寄去：
“终日思归不得归，强驱羸马著朝衣，岁寒空负梅花约，客舍频看社燕飞。儿子遥怜更事少，故人久讶得书稀；何当便买扁舟去，笠泽东头有钓矶。”——《思归》（注八）
朔风、北雁、落叶，一向最动旅人愁思，文徵明自不例外：
“尺书不至意茫茫，酒醒俄惊雁北翔，迢递秋声连朔漠，蹉跎归思满衡湘。……”——《闻雁》（同注六）
在政潮洶涌，局势混沌的那段期间，文徵明的情绪表现，可就不仅像“终日思归不得归”、“尺书不至意茫茫”那么温婉了；归思之激切，简直到了刻骨铭心的程度，而且，对于妻离子散，措身仕途，抱着极度悔恨的心态：
“年侵病迫久应还，贪恋君恩尚强颜，胜有黄尘随马足，未忘青琐点朝班。……”
这诗的下半首，直以晋世子申生，未及时出走而遭杀身之祸。汉王仲，明天文与道术，济北王兴居反时，仲为惧祸而不愿绾兵，弃职浮海，奔乐浪山中而得全。用来隐喻议礼、哭左顺门诸臣的遭遇。其内心之苦痛与义愤，实不难想见。
“……申生不去终钳市，王仲何如只抱关；连日惊魂殊不定，尽随乡思绕吴山。”（注九）
这时，文徵明心中的“吴山”，无异于避秦的桃源。
《秋夜不寐枕上口占五首》（注十），是他几年来思乡情绪的总爆发，像发自火山口的熊熊岩浆。
这五首七律，魂萦梦绕，尽写吴门风光、家中景况。玉兰堂的碧草帘栊、绿阴门巷的午风、床上的残荐孤琴、书架间的牙签万卷、百花洲上所观赏到的十里红栏、围郭山色……写得缠绵细致，一事一物，莫不有情。而每首诗的结句，都仿佛有惋叹、懊悔的泪光，闪闪烁烁：
“谁令抛却幽居乐，掉鞅来穿虎豹场！”
“谁令抛却幽斋乐，骑马来听午夜鸡！”
“谁令抛却乡关乐，博得黄尘扑马头！”
“谁令抛却江乡乐，来著青衫博俸钱！”
“谁令抛却交游乐，嬴得青青两鬓华！”
怀归到了这种地步，文徵明除了以酒浇愁之外，就只有拼力挣脱那误入其中的利禄牢笼了。尤其在三年考满的关键时刻，避之犹恐不及，岂肯像某些同官所劝说的那样，前往拜谒当道，以求迁升！
嘉靖四年重九，文徵明在北京迎恩寺中度过。这已经是第三度见到塞鸿南归。传自四面八方槌衣的砧声，使他忆及离家时妻子整理征衣的情境；也使他惊觉到新知旧友，已经愈来愈少。
“……愁里漫逢佳节至，撙前殊觉故人稀。……”——《九日迎恩寺怀归》（注十一）
病中的文徵明，怀念起经常和师友诗酒流连的葑门东禅寺，心头不由得一阵酸楚：
“……遥忆故人多隔世，如闻老衲去游方；不知听雨南窗下，谁与经续断香！”（注十二）
南翔的塞雁，在一冬之隔的春天，又将北旋。游方的老衲，在深山野寺中，面对青灯古佛的景象，不仅可以想象，而且也有倦游归来的一日。隔世的亲知好友，则只有泉台相会了。
吴爟逝世于嘉靖二年九月，三个月后，唐伯虎撒手人寰。再三个月，也就是嘉靖三年暮春，太傅王鏊接着谢世。在王鏊眼中，文徵明形同子侄，其一生的道德勋业和治世的理念、学术思想，冀望借文徵明的史笔以传。洋洋三千四百余字的《太傅王文恪公传》（注十三）不但是文徵明的用意之作，也是研究王鏊生平、诠释其学术思想、剖析其历史背景的权威。王文恪公传的墨沈未干，自幼呵护教导他的叔父文森，作古的噩耗继踵而至。
文森卒于嘉靖四年五月。文森雅慕其先祖文天祥为人；又因为这位南宋丞相曾建节吴门，有功德于民，乃奏请朝廷，建文山忠烈祠于自家宅左，命儿子文斗主持。而生平以忠义自许的文森，即易篑于他所崇敬的文山祠侧；在文徵明感觉中，显然不是一件偶然之事。
徵明因荐释褐之后，文森有家书数封，以示己志；颇想有一番作为；更希望一见亲手培植的犹子，而一切都为时已晚。当文徵明修史二载，初次上疏乞归的时候，这位既是诸父，又似师友的亲长，已经溘然长逝。
嘉靖践位之初，工部李尚书、户部胡侍郎，以及沈御史，曾先后上疏，推荐文森老成，应予起用。其时文森已年逾耳顺；文徵明眼见其后朝政之衍化，于唏嘘悲怆之余，也深庆李尚书等荐疏不报，否则以文森的忠耿正直，置身于议礼的浪涛之中，难免会招不测之祸。
时仅一年之隔，岳父吴愈亦步入黄泉。他的归期愈近。亲友的噩耗，传来愈频；叔父、岳父丧事之间，还有嘉靖三年秋天的都穆之丧。
自从二十六七年前，伯虎春闱冤狱之后，徵明对都穆虽然不像伯虎那样避不与见，但也鲜少往来。有时，文徵明见到祝枝山、都穆、唐伯虎和他，旧日相互唱酬的诗作，不免回想到少时，同在沈周处学诗，以及经常诗酒酬酢的情景。
“外面令人倍惆怅，里边容眼自分明。”（注十四）
苦学强识的都穆，常能随口背诵出沈周诗中的一些警句，沈周那种慈祥、宽恕待人的眼神，就浮现在文徵明的脑中。而沈周这两句《咏帘》诗的意蕴，也常能发文徵明的深省；同一湘帘，外望、内视，竟有扑朔、分明的差别。也许每个人的内心和行为之间，都隔着一重使物态变得朦胧的湘帘；都穆常诵沈周警句，是否也是一种自我剖白和寄托？
“无方漂泊关游子，如此衰残类老夫。”
“懊恼夜生听雨枕，浮沉朝入送春杯。”
“万物死生宁离土，一场恩怨本同风。”（同前注）
沈周的落花诗，文徵明不知曾抄写过多少次；当都穆酒后吟咏这些珠玉般的诗句时，听来仿佛是其内心悔恨的幽叹。渐渐地，文徵明对都穆在北京时，对唐伯虎所造成的无心伤害，采取了比较宽容的态度。
嘉靖四、五年之交，苏州知府胡缵宗到北京述职候迁，王守到北京应诚。曾为伯虎作过墓志铭的胡缵宗，此际更以工部主事伍畴中所为行状，撰为《都少卿墓志铭》，述其生平、为官和为学，文徵明觉得，这对九泉之下的都穆，可能是一种莫大的安慰。
嘉靖五年春闱，王守高中进士，文徵明为好友由衷地欣喜。但，当他在诗酒唱和中，读到王宠给王守的赠别诗，立刻为仍在家乡孤单失意的王宠诗句所感动：
“富贵别离易，贫贱去住难，游子起蓐食，尽室惨不欢。高堂有老亲，雪涕何汎澜，征马为踌躇，僮仆皆辛酸。蓟门莽萧萧，澌水流桑干，朔风旌旗裂，胡雁愁羽翰。……”——《乙酉送家兄履约会试》（二首之一）（注十五）
诗中，为长兄晋京应试而举家悲怆，长歌当哭的情景，使文徵明读之酸鼻，恨不得立刻插翅飞回江南，安慰王宠，一扫几年来日夜煎熬他的乡愁。
嘉靖五年，孟冬十月的北方，正如生长在南国的王宠，送别乃兄诗中所想象的：“蓟门莽萧萧，澌水流桑干……”那样荒寒。
在多位好友并马相送之下，困居京华三年半的文徵明，终于谱出了致仕出京的心曲：
“独骑羸马出枫宸，回首长安万斛尘，白发岂堪供世事，青山自古有闲人。……”——《致仕出京言怀》（注十六）
当友人立马折柳，暮色映照杯酒之际，文徵明的心神，早已回返停云馆玉兰堂下和石湖帆影之中。
但一片白茫茫，横亘在前面的潞河坚冰，使船只胶着，根本无法启航，归心似箭的文徵明，不禁发出穷途之哭。