在2001年10月，SEC宣布对安然进行调查后，安达信的休斯敦事务所竟将几千份有关安然的档案材料全部给粉碎了。可是，安达信的芝加哥总部却提出：这是休斯敦事务所自己的所作所为，与我们的总部没有什么关系。2002年初安达信将负责安然审计的资深合伙人大卫·邓肯除名。而大卫·邓肯则申辩说：“这一切其实全都是总部的授意。”在初步调查的基础上，司法部在2002年3月14日对安达信提出了刑事诉讼。在这里需要强调的是，司法部的起诉是针对整个安达信事务所而不是具体的某个当事人。
如果事情的结果仅仅只是赔偿或是罚款，安达信还是有可能继续生存下来的，因为它仍有巨大的盈利潜力。但是，司法部对安达信的刑事诉讼，则犹如釜底抽薪，使其盈利能力大大受到了打击。这一点最明显地安达信破产悲剧，该图被当时的各大媒体转载，一个巨大悲剧被浓缩的镜头反映在安达信对安然的赔偿计划上。2002年1月中旬，安达信向安然的股东、债权人和雇员提出了7.5亿美元的一揽子赔偿计划，但是遭到了拒绝。在司法部提起刑事诉讼后，安达信很快将赔偿金额减至3.75亿美元，其后又进一步降到了3亿美元。有关报道分析指出：司法部对安达信的这一起诉犹如一纸“死刑判决”。
SEC曾经要求安达信支付5亿美元的罚款，这些罚款将会通过一个政府基金，用于赔偿给那些安然投资者所受的损失。这一金额相当于安达信过去5年从安然那里所获得收入的两倍。SEC主要是利用了其102e规则迫使安达信就范，根据该规则，SEC有权取消有犯罪记录的事务所从事上市公司的审计业务。毫无疑问，安达信的生存离不开上市公司的审计。据报道，尽管双方对罚款金额尚有约1.5亿美元的分歧，但谈判已经取得了一定的进展。安达信也表示要从此将审计与管理咨询严格区分。但是，在司法部宣布对安达信提起刑事诉讼后，安达信同SEC的谈判即告流产，因为刑事诉讼使这一谈判失去了意义。
美国联邦法庭对安达信一案的判决很耐人寻味。司法部指控安达信有预谋地销毁档案材料。但是，陪审团定罪的证据却并非来自控方。出人意料的是，它的主要证据是来自安达信的公司律师南希·坦普尔所发的内部电子邮件。安达信的辩护律师在裁决公布后指出：这是美国历史上最大的一起“公司谋杀案”。
安达信是世界上最著名的五大会计师事务所之一，在安然事件之前安达信的审计结果一直被视作信誉的标志，为众多投资者所放心。然而，在安然事件发生之后，安达信会计师事务所因销毁不利审计证据被裁定在销毁安然公司文件一案中妨碍司法罪成立。这一罪名的成立使安达信公司面临被罚款50万美元和察看期5年的处罚，更糟糕的是很可能意味着安达信不能继续从事上市公司的审计业务，从而使公司陷入难以生存的困境。安达信妨碍司法罪成立之后，很多的公司都脱离与它的业务关系，还有许多公司将对它提起民事起诉。
尽管如此，名声扫地、处境艰难的安达信还没有放弃，还在苦苦地进行挣扎，毕竟最后的审判还没有来到，以安达信的百年根基不是没有翻身的机会。就在此关键时刻，另一颗重磅炸弹响了。2002年6月25日美国第二大长途电话服务商——世界通信公司爆出惊人的丑闻，该公司在2001年有30亿美元、2002年第一季度则有7.97亿美元的巨款被错误地列入了“资本开支”名下，这意味着世通公司虚构了近38亿美元的盈余。而为世通公司做这段时期账目审计的又是安达信。世界通信丑闻的影响要比安然大得多，其资产多达1000多亿美元，是安然申请破产时的两倍，是环球电信破产时的4倍。世通的财务丑闻加剧了投资者对整个美国证券市场的信任危机，对全球股市都产生较大负面影响，道琼斯指数一度跌破8000点，标准普尔和纳斯达克指数都创下几年来的新低，并引致欧洲和其他一些地区的股市大挫。
安达信妨碍司法罪名的初步成立，在一定程度上已经预判了这家会计师事务所的“死刑”，而世界通信丑闻对安达信来说无疑陷于万劫不复的境地。美国政府可能还将对安达信采取进一步的法律行动，安达信的合伙人和雇员很可能成为美国证券交易委员会SEC日后展开的一连串民事和刑事调查的对象。SEC前任首席会计师特纳称，安达信在很多问题上都有弱点，对这些问题的调查可能会持续两年，一旦调查结束，此案可能会比刚结束的案件更加严重。